Equipe Pléiade
Ingénieur biologiste en traitement de données (A2A41)
Franck SALIN est ingénieur d’études hors classe à l’ UMR 1202 Biogeco : Biodiversité Gènes et Communautés, une unité mixte de recherche du département ECODIV. Il travaille en particulier sur l’analyse bio-informatique des microbiotes au sein de l’équipe INRAE/Inria Pleiade
Mon parcours
A la sortie de ma thèse en biochimie/biologie moléculaire sur le métabolisme terpénique du pin maritime, j’ai voulu élargir mes connaissances au-delà de la biochimie et de la biologie moléculaire en réalisant un premier post-doc en chimie analytique ou j’ai pu approfondir mes connaissances en technologies d’analyses biologiques. Par la suite, j’ai intégré en tant qu’ingénieur un projet européen (Ecoslopes) ou j ai pu explorer les frontières entre les lois de la mécanique et leur perception/expression chez les plantes à travers la thigmomorphogénèse, le géotropisme ou le phototropisme. Fort de ce savoir-faire multidisciplinaire, j’ai réussi en 2006 le concours de responsable plateforme de génomique à l‘INRAE de Pierroton au sein de l’Unité Mixte de Recherche 1202 BIOGECO (poste d’IE). Pendant treize ans, j’ai assuré la direction technique de la PGTB, une plateforme en génomique adossée à notre UMR. C ‘est dans ce contexte que je me suis intéressé à la bioinformatique et à l’analyse des données dans le big data. Début 2019, j’ai souhaité aller plus loin dans mon projet professionnel en m'orientant vers l'informatique et l'analyse de données. Pour cela, j’ai intégré une l'équipe INRAE/Inria : Pléiade. Cette équipe se concentre sur le développement et l'application de méthodes informatiques avancées pour l'analyse et la modélisation des données biologiques et écologiques. Aujourd'hui, j'ai l'opportunité de mettre à profit l'ensemble de mes compétences et connaissances, tant dans le domaine de la biologie moléculaire que dans la bio-informatique.
Ce que je fais au quotidien
Au quotidien, j’ analyse et traite les données issues du séquençage NGS de microbiotes (Short reads/long reads) : trimning, denoising, mapping, assemblage, annotation) dans des approches de métabarcoding ou de métagénomique. L’objectif est de transformer ces données biologiques en un langage standard de description de modèles facilitant leur réutilisation et l’échange d’informations entre les biologistes et modélisateur (le sbml) comme par exemple , la modélisation des flux métabolique d’une bactérie. Pour cela j’utilise des langage de script comme le bash, ou bien du python et de nombreuses applications/pipeline.
Je suis aussi datamanager de mon équipe. J’assure au quotidien le cycle de vie des données que nous gênerons et analysons : identification, recueil, organisation, sauvegarde , valorisation et mise à disposition de ces data en adéquation avec les différents PGD des projets.
Mes projets en cours
Mes activités se focalisent autour du PEPR Agroécologie et numérique (Inria) : Mistic, porté par notre équipe, dont l’objectif est de concevoir de nouveaux outils d’analyse de données multi-omiques et des modèles spatio-temporels multi-échelle de communautés microbiennes dans les cultures. Plus simplement, nous essayons de déchiffrer les liens entre la diversité, la structure des communautés et les fonctions biologiques afin d’identifier ceux qui peuvent intervenir dans la santé d’une culture et son adaptation aux stresses écologiques et environnementaux. Pour cela nous nous appuyons sur des données issues de projets transversaux INRAE comme VITAE et GETUP (PARSADA) qui développent des stratégies de lutte alternative contre le mildiou de la vigne en s’appuyant à la fois sur des stratégies de biocontrôle (microbiote) et de lutte par conservation Responsable.
Toujours prêt pour de nouveaux défis tournés vers l’innovation, je participe aussi à un projet EXPLOR’AE : TARGET qui vise à montrer que la combinaison d’approches de biologie des systèmes, d’ingénierie génomique et de culturomique peut permettre de lever le verrou de la non-cultivabilité d’une bactérie.
Activités transversales :
- Co-responsable RSE
- Co-responsable des infrastructures des bâtiments de notre UMR
- Développement de l’IOT (Internet of things) - développement de logiciels en micropython
- Développement d’infrastructures informatiques (hardware et software)
- Jury expert auprès de l’ex HCERES et jury de concours ITA
Ce que j’apprécie dans mon métier et les qualités nécessaires/
Ce que j’apprécie le plus dans mon métier, c’est la diversité des projets sur lesquels je suis amené à travailler. Qu’il s’agisse de génomique ou de modélisation, chaque nouveau sujet ouvre une nouvelle porte. Cette richesse thématique s’accompagne d’une forte interdisciplinarité, où se croisent biologie, informatique et data science, créant un terrain d’innovation particulièrement stimulant. Je suis passionné par l’usage d’outils technologiques de pointe, du big data à l’intelligence artificielle, qui permettent d’explorer et d’interpréter des volumes massifs de données biologiques. Ce contexte en constante évolution nourrit ma curiosité scientifique et mon envie d’apprendre. Mais ce sont aussi les collaborations humaines qui donnent du sens au quotidien : échanger avec des chercheurs, ingénieurs et étudiants venus d’horizons variés est une source d’enrichissement inestimable.
Travailler à l’interface entre biologie et informatique demande à la fois des compétences techniques solides en bioinformatique (assemblage, annotation, traitement NGS), en programmation (Bash, Python, R) et en gestion de données complexes. Il faut savoir s’adapter rapidement à de nouveaux outils, rester en veille sur les évolutions technologiques (IA, big data), tout en gardant une rigueur scientifique constante. Mais au-delà des aspects techniques, c’est aussi une capacité à travailler en équipe, à dialoguer avec des profils très variés, et être capable de faire le lien entre les données et leur sens biologique ...
Publications et valorisations :
Les 12 articles les plus explicites de ma carrière (parmi la cinquantaine)
1. Salin, F., Pauly, G., Charon, J., Gleizes, M., 1995. Purification and Characterization of Trans-β-farnesene Synthase from Maritime Pine (Pinus pinaster Ait.) Needles. Journal of Plant Physiology 146, 203–209. https://doi.org/10.1016/S0176-1617(11)82042-0
2. Plomion, C., Aury, J.-M., Amselem, J., Leroy, T., Murat, F., Duplessis, S., Faye, S., Francillonne, N., Labadie, K., Le Provost, G., Lesur, I., Bartholomé, J., Faivre-Rampant, P., Kohler, A., Leplé, J.-C., Chantret, N., Chen, J., Diévart, A., Alaeitabar, T., Barbe, V., Belser, C., Bergès, H., Bodénès, C., Bogeat-Triboulot, M.-B., Bouffaud, M.-L., Brachi, B., Chancerel, E., Cohen, D., Couloux, A., Da Silva, C., Dossat, C., Ehrenmann, F., Gaspin, C., Grima-Pettenati, J., Guichoux, E., Hecker, A., Herrmann, S., Hugueney, P., Hummel, I., Klopp, C., Lalanne, C., Lascoux, M., Lasserre,
E., Lemainque, A., Desprez-Loustau, M.-L., Luyten, I., Madoui, M.-A., Mangenot, S., Marchal, C., Maumus, F., Mercier, J., Michotey, C., Panaud, O., Picault, N., Rouhier, N., Rué, O., Rustenholz, C., Salin, F., Soler, M., Tarkka, M., Velt, A., Zanne, A.E., Martin, F., Wincker, P., Quesneville, H., Kremer, A., Salse, J., 2018. Oak genome reveals facets of long lifespan. Nature Plants. https://doi.org/10.1038/s41477-018-0172-3
3.Zarrillo, S., Gaikwad, N., Lanaud, C., Powis, T., Viot, C., Lesur, I., Fouet, O., Argout, X., Guichoux, E., Salin, F., Solorzano, R.L., Bouchez, O., Vignes, H., Severts, P., Hurtado, J., Yepez, A., Grivetti, L., Blake, M., Valdez, F., 2018. The use and domestication of Theobroma cacao during the mid-Holocene in the upper Amazon. Nature Ecology & Evolution 2, 1879–1888. https://doi.org/10.1038/s41559-018-0697-x
4. Chancerel, E., Lamy, J.-B., Lesur, I., Noirot, C., Klopp, C., Ehrenmann, F., Boury, C., Provost, G.L., Label, P.,Lalanne, C., Léger, V., Salin, F., Gion, J.-M., Plomion, C., 2013. High-density linkage mapping in a pine tree reveals a genomic region associated with inbreeding depression and provides clues to the extent and distribution of meiotic recombination. BMC Biol 11, 50. https://doi.org/10.1186/1741-7007-11-50
5. Coma, V., Martial-Gros, A., Garreau, S., Copinet, A., Salin, F., Deschamps, A., 2002. Edible Antimicrobial Films Based on Chitosan Matrix. Journal of Food Science 67, 1162–1169. https://doi.org/10.1111/j.1365-2621.2002.tb09470.x
6. Guichoux, E., Lagache, L., Wagner, S., Chaumeil, P., LéGer, P., Lepais, O., Lepoittevin, C., Malausa, T., Revardel, E., Salin, F., Petit, R.J., 2011. Current trends in microsatellite genotyping: TRENDS IN MICROSATELLITE GENOTYPING. Molecular Ecology Resources 11, 591–611. https://doi.org/10.1111/j.1755-0998.2011.03014.x
7. Lepais, O., Chancerel, E., Boury, C., Salin, F., Manicki, A., Taillebois, L., Dutech, C., Aissi, A., Bacles, C.F.E.,Daverat, F., Launey, S., Guichoux, E., 2020. Fast sequence-based microsatellite genotyping development workflow. PeerJ 8, e9085. https://doi.org/10.7717/peerj.9085
8. Masneuf-Pomarede, I., Salin, F., Börlin, M., Coton, E., Coton, M., Jeune, C.L., Legras, J.-L., 2016. Microsatellite analysis of Saccharomyces uvarum diversity. FEMS Yeast Research 16, fow002. https://doi.org/10.1093/femsyr/fow002
9. Ruiz, E., Talenton, V., Dubrana, M.-P., Guesdon, G., Lluch-Senar, M., Salin, F., Sirand-Pugnet, P., Arfi, Y.,Lartigue, C., 2019. CReasPy-Cloning: A Method for Simultaneous Cloning and Engineering of Megabase-Sized Genomes in Yeast Using the CRISPR-Cas9 System. ACS Synthetic Biology. https://doi.org/10.1021/acssynbio.9b00224
10. Berciaud, S., Rayne, F., Kassab, S., Jubert, C., Faure-Della Corte, M., Salin, F., Wodrich, H., Lafon, M.E., 2012.Adenovirus infections in Bordeaux University Hospital 2008–2010: Clinical and virological features. Journal of Clinical Virology 54, 302–307. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2012.04.009
11. Staedel, C., Tran, T.P.A., Giraud, J., Darfeuille, F., Di Giorgio, A., Tourasse, N.J., Salin, F., Uriac, P., Duca, M., 2018. Modulation of oncogenic miRNA biogenesis using functionalized polyamines. Scientific Reports 8, 1667. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20053-5
12. Genet, M., Stokes, A., Salin, F., Mickovski, S.B., Fourcaud, T., Dumail, J.-F., van Beek, R., 2005. The Influence of Cellulose Content on Tensile Strength in Tree Roots. Plant and Soil 278, 1–9. https://doi.org/10.1007/s11104-005-8768-6
