Dispositif QTL hêtre

Dispositif QTL hêtre

Nom du dispositif
Dispositif cartographie génétique et QTL hêtre
Localisation
Nouzilly (37) et Guémené Penfao (44)

Map_QTL_Hetre

Type de dispositif
Dispositif expérimental
Mono ou multi-site
Multi-site
Insertion dans un réseau
Non
Site Web
Non
Description
Ce dispositif est composé de plusieurs familles de plein-frères (reconstituées grâce à un test de paternité), installées à Tours sur une parcelle proche de l'UE de orfrasière (Nouzilly 37) et à la pépinère de l'état de Guémené Penfao (44).
Date(s) d'installation
Fev. 2017 à Nouzilly, Janv.2019 à Guémené
Surface
0,63 ha à Nouzilly, 0,5 ha à Guémené
Type de substrat
Espèces structurantes
Fagus sylvatica
Variables testées/observées
Génotype (test de paternité et RNAseq) et phénotype (débourrement, mortalité, croissance); uniquement sur les descendants plantés à Nouzilly
instrumentation-équipement particulier
Filets pour quantifier la reproduction de l'arbre mère MSSB à Saint- Symphorien (33)
Nature des données / type de mesures
Survie, hauteur, phénologie (INRAE)
Disponibilité des données
Données séquencées au CEA (Génoscope) -projet France Génomique BEECHGenome

*6 RNA-Seq de l'accession MSSB : https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB46583?show=reads
*Unigene : https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/HBVZ01000000
*200 RNA-Seq : https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB46593?show=reads

Gestionnaire des données
INRAE
Contact scientifique
C Plomion et C Bodénès
Partenaires (installation/gestion/suivi)
UE orfrasière d'INRAE Nouzilly
ONF Guéméné Penfao
Publications

-articles : 1/ carte génétique construite pour valider l'assemblage d'un 1er génome du hêtre (accession BAGHA) en 12 pseudomolécules https://doi.org/10.3389/fgene.2021.691058 ; 2/ génome de référence de MSSB à venir. Il est actuellement utilisé dans le cadre de deux projets (étude génétique sur les faux de Verzy coord. C Plomion et étude de l'adaptation du hêtre coord. I Scotti, en partenariat avec le Génoscope, JM Aury) ; 3/ les données de RNAseq pourront servir à une étude eQTL.

Date de modification : 16 août 2023 | Date de création : 29 octobre 2019 | Rédaction : François Ehrenmann