Logiciels, bases de données

Logiciels

• CAVISOFT (Burlett R) : Logiciel d'acquisition de données, de contrôle et d'analyse dedié aux instruments cavitron. 

Plateforme de simulation

• METAPOP (Soularue JM et Kremer A) : Metapop simule l'évolution de méta-populations de plantes monoïques à travers des paysages hétérogènes. Basé sur la théorie de la génétique quantitative, Metapop décrit des individus avec une représentation explicite de leur génétique et de leur position spatiale. Sa structure comprend plusieurs modules en interaction. Metapop, développé dans l’UMR BIOGECO est un logiciel gratuit sous licence GNU General Public License version 3. Mol. Ecol. Resour. (2019) 19(1):296-305. 

Programmes

Disseq, MPI-Disseq, Diskm, Diagno-Syst

Objectifs : 

1) calculer les distances entre séquences d'un échantillon environnemental (smith-waterman pour disseq, parallélisé en mpi-disseq ; distances k-mers pour diskm ; traite des grands jeux de données

2) annotation taxonomique read par read d'un échantillon environemental par apprentissage supervisé (mapping sur une base de référence, calcul des distances query  x référence, décision d'assignation)

Les programmes et plus de précisions techniques sont disponibles sur github.La démarche générale est publiée dans : Frigerio JM, Rimet F, Bouchez A, Chancerel E, Chaumeil P, Salin F, Thérond S., Kahlert M, Franc A- (2016)  diagno-syst: a tool for accurate inventories in metabarcoding. arXiv:1611.09410v1 [q-bio.QM].

Systèmes d'informations / Bases de données

• PINELINE (Ehrenmann F, Bouffier L, Segura R, Gion JM) : Application web / base de données pour le stockage des données de micro-variations journalières du pin maritime ainsi que les données environnementales associées (uniquement accès interne Biogeco).

• QUERCUS PORTAL (Ehrenmann F) : Système d'information européen sur les ressources génétiques et génomiques des chênes . Portail web d'accès aux ressources en génomique et génétique sur les fagacées. Le portail donne accès à 9 bases de données distinctes (QUERCUSMAP, GD², CMap, EST, TREEPOP, OAK PROVENANCE, SSR, CANDIDATE GENES, SNP). Une section statique du portail est consacrée aux informations générales sur le genre Quercus.

• PINUS PORTAL (Ehrenmann F) : Système d'information européen sur les ressources génétiques et génomiques des pins. Portail web d'accès aux ressources en génomique et génétique sur les pinacées. Le portail donne accès à 5 bases de données distinctes (PINUSMAP, GD², CMap, EST, TREEPOP). Une section statique du portail est consacrée aux informations générales sur le genre Pinus. 

• GIDE (Meredieu C., Deyris L., Ehrenmann F) : Gestion Informatisée des Dispositifs Expérimentaux. GIDE regroupe les métadonnées des dispositifs INRAE suivis par les unités du département ECODIV. Ce système d'information contient des métadonnées sur tous les dispositifs qui nécessitent des observations répétées. Ces dispositifs peuvent être inscrits dans des Infrastructures de Recherche nationales de la feuille de route du ministère en charge de la recherche (In-Sylva France, ANAEE, ICOS, RAre); ils peuvent faire partie de réseaux multipartenariaux d’observation ou d’expérimentation (par exemple, dispositifs de Groupements d’Intérêt scientifique).

• SYLVCOOP : Application web / base de données locale pour les dispositifs de sylviculture (uniquement accès interne Biogeco) (Ehrenmann F, Meredieu C)

• MAGGOT : Metadata Management Tool for Data Storage Spaces (uniquement accès interne Biogeco) (Ehrenmann F, Chaumeil P) - MAGGOT est un outil de gestion des métadonnées qui répond aux problèmes d'organisation, de documentation, de stockage et de partage des données dans une unité ou une infrastructure de recherche, et s'intègre parfaitement dans un plan structurel de gestion des données.

Sites Web

• IN-SYLVA France: site web de l'infrastructure nationale de recherche regroupant tous les services (in-situ, in-lab et in-silico)  des principaux établissements travaillant sur la gestion forestière et son adaptation (Ehrenmann F, Saint-André L, Meredieu C, Plomion C)

• oakgenome.fr : site web regroupant toutes les données du génome du chêne (Ehrenmann F, Plomion C) 

•  treepeace.fr : site web regroupant toutes les données du projet ERC TREEPEACE (Ehrenmann F)

• Erysiphe alphitoides sequencing project : site web regroupant les données et informations sur le projet de séquençage d'Erysiphe alphitoides (Dutech C, Ehrenmann F)

Outils d'aide à la décision

-ForestGALES implémenté dans CAPSIS

Meredieu C, Labbé T, De Coligny F, Gardiner B (2015) ForestGALES in Capsis: a new library in JAVA. Mathematical Modelling of Wind Damage Risk to Forests, Arcachon (présentation orale)

-Impact de la plateforme Capsis sur la filière en France et dans le monde. [Vidéo] Anne Jambois, Philippe Dreyfus, François de Coligny, Céline Meredieu, Christine Deleuze, Benoît Courbaud, Thierry Sardin Mathieu Fortin, Ariane Gaunand, Laurence Colinet (2017) La plateforme de modélisation Capsis –de la recherche aux impacts. Etude Asirpa [Vidéo]. Paris, FRA : INRA