LESUR KUPIN Isabelle

Ingénieure de Recherche en Bioinformatique

MOTS-CLÉS : Génomique, Transcriptomique, Épigénétique, Annotation, Adaptation, Variabilité, Forêt, Fardeau génétique, Programmation, Linux, Ubuntu, Python, Pipeline

Isabelle Lesur Kupin est Ingénieure de recherche au laboratoire Biogeco, Biodiversité Gènes et Communautés, une unité mixte de recherche qui travaille en particulier sur la variabilité génétique en lien avec la variabilité phénotypique dans de nombreuses espèces forestières en réponse aux changements climatiques. Elle appartient à l’équipe E4E qui étudie l’évolution des ecosystèmes forestiers.

Son parcours et ses fonctions 

Après l'obtention de son Master à l’Institut National Agronomique Paris-Grignon, Isabelle Lesur Kupin reçoit en 2000 une bourse de doctorat de la fondation Burroughs Wellcome. Elle rejoint alors l’université California Institute of Technology (CALTECH) en Califormie, où elle mène les expérimentations de sa thèse portant sur le vieillissement cellulaire.

C’est au cours de cette période qu’elle découvre, en collaboration avec le Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI) de l’Université de Bordeaux, le domaine de la Bioinformatique. Fascinée par cette discipline qui consiste à analyser les données génétiques issues des séquences biologiques à l’aide d’outils informatiques, elle décide de s’y spécialiser.

Elle soutient sa thèse intitulée « Study of the Transcriptome of the Prematurely Aging Yeast Mutant dna2-1 Using a New Method Allowing Comparative DNA Microarray Analysis » en 2005. Par la suite, elle rejoint l’unité INSERM TAGC U1090 à l’Université d’Aix-Marseille pour un contrat postdoctoral de deux ans, où elle occupe également un poste d’Attachée Temporaire d’Enseignement et de Recherche (ATER). Durant cette période, elle développe un modèle murin pour l’étude du sepsis sévère chez l’homme et approfondit ses compétences en transcriptomique.

Elle poursuit son parcours postdoctoral à l’ENS de Lyon, où elle s’intéresse aux liens entre la structure et l’organisation fonctionnelle des génomes procaryotes. Elle intègre ensuite l’INRAe de Bordeaux en tant que post-doctorante au sein de l’UMR Biogeco. C’est là qu’elle découvre le monde de la recherche forestière, un domaine riche en questions scientifiques, auxquelles elle espère répondre grâce à sa double expertise en génétique et en informatique.

Ses projets en cours

Depuis plus de 15 ans, Isabelle Lesur Kupin consacre ses recherches à l’étude de la structure des génomes procaryotes et eucaryotes, avec un intérêt particulier pour le déterminisme génétique des caractères impliqués dans l’adaptation à l’environnement chez les arbres forestiers. Cette thématique est d’actualité, dans un contexte où le réchauffement climatique affecte profondément les forêts françaises. Face à l’intensification des stress environnementaux (hausse des températures, épisodes de sécheresse prolongés ou pluies plus intenses mais moins fréquentes), les espèces forestières n’ont que deux issues : s’adapter grâce aux capacités évolutives inscrites dans leur génome, ou disparaître. L’étude de cette capacité d’adaptation passe par l’analyse de la variabilité génétique, un travail nécessitant l’acquisition et le traitement de volumes considérables de données, notamment issues du séquençage génomique. Ce champ de recherche repose donc sur une approche résolument pluridisciplinaire, combinant des connaissances approfondies en biologie et en génétique avec des compétences en informatique, indispensables pour le développement de méthodes d’analyse et d’outils adaptés à la complexité des organismes étudiés et aux questions posées.

Isabelle Lesur Kupin mène actuellement ses travaux au sein du GPR Bordeaux Plant Science, un programme de recherche interdisciplinaire dédié à l’étude des réponses des plantes aux multiples stress biotiques et abiotiques (chaleur, sécheresse, pathogènes, etc.). L’objectif est de proposer des stratégies innovantes pour accompagner la transition de l’agriculture vers des pratiques plus durables et résilientes face aux enjeux climatiques. Le programme met un accent particulier sur les trade-offs, c’est-à-dire les compromis que les plantes doivent opérer pour optimiser l’allocation de leurs ressources dans un environnement changeant. Dans ce cadre, Isabelle Lesur Kupin s’intéresse notamment à l’impact du fardeau génétique, c’est-à-dire à l’accumulation de mutations défavorables dans le génome, sur la fitness (valeur sélective) de différentes espèces d’arbres comme le hêtre commun, le chêne sessile, le pin maritime, le pin sylvestre et l’if commun.

Elle collabore également avec l’unité EPGV (Étude du Polymorphisme du Génome des Végétaux) à Toulouse sur la caractérisation du génome du cyprès commun, une espèce dont le génome présente les traits caractéristiques des génomes obèses, typiques de nombreux conifères.

Ce qu’elle apprécie dans son métier et les qualités nécessaires pour l’exercer

Ce qui passionne Isabelle Lesur Kupin, c’est avant tout l’analyse des données et le développement de nouvelles méthodes d’analyse. C’est cette affinité pour le travail de fond et la technique qui l’a naturellement conduite vers une carrière d’ingénieure plutôt que de chercheuse. Elle préfère être directement impliquée dans le traitement des données plutôt que de consacrer son temps à la recherche de financements.

Grâce à sa double compétence en biologie et en informatique, elle intervient à l’interface de plusieurs disciplines, ce qui lui permet de collaborer à une grande diversité de projets au sein de différentes équipes de son unité. C’est justement cette variété dans ses missions qui nourrit son enthousiasme pour son métier.

La majorité des projets de recherche étant menés en parallèle, ce poste demande une grande capacité d’adaptation, de la flexibilité et de l’efficacité, afin de pouvoir passer rapidement d’un sujet à un autre sans ralentir l’avancée des travaux.

Participer à toutes les étapes du processus (depuis la collecte des données brutes jusqu’à la publication des résultats, en passant par l’analyse et les échanges scientifiques avec les équipes) est pour elle une source de grande satisfaction. Elle trouve également beaucoup de sens dans la transmission de ses connaissances, que ce soit au travers de collaborations directes ou de publications scientifiques.

Ses coordonnées

UMR Biogeco
INRAE - Campus de recherche & Innovation Forêt-Bois
69 route d'Arcachon
33610 Cestas, FRANCE
(+33) 5 35 38 53 31

Ses Publications

https://scholar.google.com/citations?user=mMB2K1MAAAAJ&hl=fr&oi=ao