Equipe XylomeS
Jean-Marc GION
CIRAD
UMR Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (AGAP), Equipe GS
UMR Biodiversité Gènes et Communautés.
INRA
69 route d'Arcachon
33612 CESTAS Cedex – France
Tel : 05 57 12 28 22
Fax: 05 57 12 28 81
Courriels : gion_at_cirad.fr gion_at_pierroton.inra.fr
Formation
1997-2001 :Thèse de doctorat en Biologie des plantes, Ecole Doctorale “Vie-Agronomie-Santé”, Université Rennes I, France, Laboratoire de génétique du Département Forêt du CIRAD (Montpellier, France).
1995-1996 :DEA en amélioration génétique des plantes, Université de Rennes I / Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes, France. Stage effectué au laboratoire de "Génétique et Amélioration des Arbres Forestiers" (INRA, Bordeaux-Pierroton, France. Sujet: Etude de l’architecture génétique de caractères quantitatifs chez l’eucalyptus.
Activités de recherches
Un enjeu scientifique majeur et commun à chacun des écosystèmes forestiers est d’identifier les déterminants biotiques, abiotiques et génétiques de la variation phénotypique des caractères adaptatifs et d’intérêt économique. Les activités scientifiques qui en découlent sont :
- d’identifier les gènes qui conduisent au(x) phénotype(s) grâce aux outils de génomique fonctionnelle et structurale,
- de cerner leurs mécanismes d'expression, par la mise en place d’expérimentations au champ
- de mettre en évidence leur variabilité au sein des populations naturelles et/ou d’amélioration, et enfin,
- d’évaluer l’impact des processus évolutifs sur leur variabilité et sur celle des caractères d’intérêt économique et/ou adaptatif.
L’utilisation des nouveaux outils de génomique, associés aux approches de génétique quantitative et des populations, à l’écologie et aux biomathématiques devrait permettre de répondre efficacement à cet enjeu.
Mes activités de recherches sont centrées sur l’analyse de l’architecture génétique de caractères quantitatifs d’intérêt économiques et/ou adaptatifs chez l’eucalyptus.
Mots clefs: Protéomique – Génomique –Génétique forestière – Croissance et Qualité du bois – Génétique Moléculaire- Marqueurs Moléculaire – Cartographie Génétique – QTL – Sélection assistée par marqueurs - eucalyptus.
Projets de recherches
- Projet ERANET-Plant genomics "34 Joules" (2011-2014) : Tree For Joules: Improving eucalypt and poplar wood properties for bioenergy. Coord. J Grima-Pettenati (CNRS, Université Paul Sabatier Toulouse)
- Projet FEDER- Région Aquitaine "ABIOGEN" (2009-2012) : Adaptation aux contraintes abiotiques des génomes forestiers d’intérêt régional. Coord. JM Gion
- Projet Innovant (2009-2010) « Déterminisme génétique de la dynamique de croissance chez le pin maritime. ». Financement INRA. Coord : JM Gion & D Bert .
- Projet d’ATP(2007-2010) « Plasticité phénotypique des plantations pérennes sous contrainte hydrique au champ. ». Financement CIRAD. Coord : JM Gion & C Jourdan.
- Projet national : BRG (2005-2007) « Un modèle de variabilité fonctionnelle chez les arbres forestiers: le gène CCR d'eucalyptus », référencé N°25. Coord : JM Gion.
- Projet ERANET-Plant genomics "EUCANET" (2007-2010): Sustainable Fiber: Eucalypt genomics research for improved wood properties and adaptation to drought. Coord. J Grima-Pettenati (CNRS, Université Paul Sabatier Toulouse)
- Projet « Jeune équipe INRA-CIRAD » (2006-2009)appel d’offres 2005 pour l’émergence de jeunes équipes : « Bases moléculaires de l’adaptation aux contraintes hydriques chez les arbres forestiers : plasticité et diversité » Responsable : C. Plomion.
- Projet avec Partenaires Européens Privés : Collaborative research agreement N° CNRS 1412286.02 RAIZ-ENCE-CNRS-CIRAD “Varaibility of the CCR gene inEucalyptus globulus”(2005-2006).
- Projet européen ULCOS :Ultra Low CO2 Steelmaking (ULCOS) Integrated Project. Montant total du projet : 40 Millions € sur 5 ans. Recherches menées dans le cadre du Sub-project 7 : Biomass based Steel Production.16800 € (Phase 1 de 18 mois,2004-2006).
Cours
Les biotechnologies et l’amélioration génétique des arbres forestiers (Université de Montpellier II, Ecole thématique du Master 2 biologie fonctionnelle des plantes)
Publications
2015
Bartholomé J, Mabiala A, Savelli B, Bert D, Brendel O, Plomion C, Gion, J-M (2015). Genetic architecture of carbon isotope composition and growth in Eucalyptus across multiple environments. New Phytologist 206(4):1437-1449
Bartholomé J, Mandrou E, Mabiala A, Nabihoudine I, Klopp C, Plomion C, Gion JM (2015) High-resolution genetic maps of Eucalyptus improve E. grandis genome assembly. New Phytol. 206(4):1283-96
Gion JM, Chaumeil Ph, Plomion C (2015). EucaMaps : Linking genetic maps and associated QTLs to the Eucalyptus grandis genome. Tree Genetics and Genomes 11:795
Laclau J.P., Gay F., Bouillet J.P., Bouvet J.M., Chaix G., Clément-Demange A., Do F.C., Epron D., Favreau B., Gion J.M., Nouvellon Y., Pujade-Renaud V., Thaler P., Verhaegen D., Vigneron P. (2015). Adaptation au changement climatique et atténuation dans les plantations d'arbres tropicaux. In : Torquebiau Emmanuel (ed.). Changement climatique et agricultures du monde. Versailles : Ed. Quae, p. 185-195.
2014
Mandrou E, Denis M, Plomion C, Mortier F, Gion JM (2014). Nucleotide diversity in lignification genes and QTNs for lignin quality in a multi-parental population of Eucalyptus urophylla. Tree Genetics and Genomes 10 (5): 1281-1290
2013
Bartholomé J, Salmon F, Vigneron Ph, Bouvet JM, Plomion C and Gion JM (2013) Plasticity of primary and secondary growth dynamics in Eucalyptus hybrids: a quantitative genetics and QTL mapping perspective. BMC Plant Biology 13: 120
Le Provost G, Domergue F, lalanne C, Ramos Campos P, Grosbois A, Bert D, Meredieu C, Danjon F, Plomion C and Gion J-M (2013) Soil water stress affects both cuticular wax content and cuticle-related gene expression in young saplings of maritime pine (Pinus pinaster Ait). BMC Plant Biology 13: 95
Chancerel E, Lamy JB, Lesur I, Noirot C, Klopp C, Ehrenmann F, Boury C, Le Provost G, Label P, Lalanne C, Léger V, Salin F, Gion JM, Plomion C (2013)High density linkage mapping in a pine tree reveals a genomic region associated with inbreeding depression and provides clues to the extent and distribution of meiotic recombination. BMC Biology 11:50
Denis M, Favreau B, Ueno S, Camus-Kulandaivelu L. Chaix G, Gion J.-M., Nourrisier-Mountou S., Polidori J., Bouvet J.-M. (2013) Genetic variation of wood chemical traits and association with underlying genes in Eucalyptus urophylla. Tree Genetics & Genomes DOI 10.1007/s11295-013-0606-z
2012
Bedon F, Villar E, Vincent D, Chaumeil P, Dupuy JW, Lomenech AM, Mabialangoma A, Chaumeil P, Barré A, Plomion C, Gion JM (2012) Proteomic plasticity of two Eucalyptus genotypes under contrasted water regimes in the field. Plant Cell Env 35, 4: 790-805
Mandrou, E., Gherardi Hein, P.R., Villar, E., Vigneron, P., Plomion, C., Gion, J.M. 2012. A candidate gene for lignin composition in Eucalyptus: Cinnamoyl-CoA reductase (CCR). Tree Genetics and Genomes, 8 (2): 353-364.
2011
Villar E, Klopp C, Noirot C, Novaes E, Kirst M, Plomion C,Gion J-M(2011). RNA-Seq reveals genotype-specific molecular responses to water deficit in Eucalyptus. BMC Genomics 12:538
Gion JM, Carouché A, Dewaere S, Boudet C, Bedon F, Pichavant F, Charpentier JP, Baillères H, Rozenberg P, Carocha V, Ougniabi N, Verhaegen D, Grima Pettenati J, Vigneron P, Plomion C (2011) Comprehensive genetic dissection of wood properties in a widely-grown tropical tree: Eucalyptus. BMC Genomics 12: 301
Abril N,Gion JM, Kerner R, Müller-Starck G, Navarro Cerrillo RM, Plomion C, Renaut J, Valledor L, Jorrin-Novo JV (2011) Proteomics research on forest trees, the most recalcitrant and orphan plant species. Phytochemistry 72: 1219-1242
Bedon F, Majada J, Feito I, Chaumeil P, Dupuy JW, Lomenech AM, Barre A,Gion JM, Plomion C (2011) Interaction between environmental factors affects the accumulation of root proteins in hydroponically grown Eucalyptus globulus (Labill.). Plant Physiol Biochem 49: 69-76
< 2010
Gion J-M, Mortier F, Mandrou E, Hein Gherardi P.R, Costecalde T, Chaix G, Etienne M. , Sivadon P., Grima-Pettenati J., Villar E., Saya A., Pollet B., Lapierre C., Vigneron P. (2008) Un modèle de variabilité fonctionnelle chez les arbres forestiers : le gène CCR d’eucalyptus Actes du 7ème colloque national "Ressources génétiques".
A.A. Myburg A, B.M. Potts, C.M.P. Marques, M. Kirst,J-M. Gion, D. Grattapaglia, J. Grima-Pettenati (2007) Genome mapping and molecular breeding in Eucalyptus: Molecular domestication of a major fiber crop. In: Genome mapping and molecular breeding, Chittaranjan Kole (eds). Volume 7 Forest Trees Springer, Heidelberg. ISBN: 978-3-540-34540-4
JM. Gion, C. Lalanne, G. Le Provost, H. Ferry-Dumazet, J. Paiva, JM. Frigerio, P. Chaumeil, A. Barré, A. de Daruvar, J. Brach, S. Claverol, M. Bonneu, C. Plomion. 2005. The proteome of maritime pine wood forming tissue. Proteomics, 5, 3731-3751(pdf)
JF Blanc, C Lalanne, C Plomion, JM Schmitter , K Bathany , JM Gion, P Bioulac-Sage, C Balabaud, M Bonneu, J Rosenbaum (2005). Proteomic analysis ofdifferentially expressed proteins in hepatocellular carcinoma developed in patients with chronic viral hepatitis C. Proteomics, 5, 14, 3778-3789(pdf)
Plomion C, Bahrman N, Costa P, Dubos C, Frigério J-M, Gerber S,Gion J-M, Lalanne C, Madur D, Pionneau C (2003) Proteomics for genetics and physiological studies in forest trees: application in maritime pine. In : Molecular Genetics and Breeding of Forest Trees, S. KUMAR, M. FLADUNG (eds), The Haworth Press, Inc. Bringhamton, NY, USA, p53-80
Gion J.M.(2000). La cartographie de gènes candidats chez l’Eucalyptus. Bois et Forêts des Tropiques, n. 266, p. 61-65.
Gion J.M., Rech P., Grima Pettenati J., Verhaegen D., Plomion C., 2000. Mapping candidate genes in Eucalyptuswith emphasis on lignification genes. Molecular Breeding, vol. 6, p. 441-449.(pdf)
Verhaegen D., Plomion C., Gion J.M., Poitel M., Costa P., Kremer A., 1997. Quantitative trait dissection analysis in Eucalyptususing RAPD markers. 1. Detection of QTL in interspecific hybrid progeny, stability of QTL expression across different ages. Theoretical and Applied Genetics, vol. 95, p.597-608. (pdf)
