2026

Janvier

30 Janvier 2026 - 9h30 / 10h30 - Airial

François Ehrenmann & Philippe Chaumeil. Créez, gérez et partagez vos métadonnées avec MAGGOT.

Maggot (Metadata Aggregation on Data Storage) est un outil web permettant de gérer localement un catalogue de données à l'aide de métadonnées de haut niveau.

Avec Maggot, les utilisateurs peuvent facilement générer et associer des métadonnées à des ensembles de données, ce qui permet un partage transparent dans un environnement collaboratif. Cette approche s'aligne sur de nombreux plans de gestion des données, car elle répond efficacement aux défis liés à l'organisation, à la documentation, au stockage et au partage des métadonnées selon les principes FAIR au sein et au-delà du groupe collaboratif.

A quelles questions répond concrètement l'outil Maggot ?

  * Mise en œuvre concrète de certains points à aborder dans le PGD ?  
    * Organisation et documentation des données,
    * Décrire ses données avec des métadonnées,
    * Rechercher et partager ses métadonnées / données,    
    * Publier ses métadonnées avec les données
        
  * Comment garantir que les métadonnées suivent les principes FAIR ? 
    * quelques points importants du FAIR sur l'open data, sur les vocabulaires, sur l'interopérabilité, ...

Vous verrez lors de ce séminaire, au travers de quelques exemples concrets, comment Maggot peut répondre à ces différentes questions.

Instance Maggot Biogeco : https://maggot.biogeco-bioinfo.synology.me/

Février

6 Février 2026 - 9h30 / 10h30 - Airial

Jean-Marc Frigerio. Bonnes pratiques autour de l'IA à l'INRAE

Résumé: Réfléchissons ensemble sur le "Guide du bon usage des assistants à 
base d’intelligences artificielles génératives" que l'INRAE nous a 
proposé en Novembre 2025.

   Balayons les 30 pages de ces recommandations générales et spécifiques 
en confrontant nos usages, rêves, attentes et frustrations sur ces 
propositions de nouvelles façons de travailler (mais pas que...)

  Une grand place sera laissée au débat

27 Février 2026 - 9h30 / 16h00 - Airial

Journée d'animation "Multi-risques en forêt".

9h00-9h15 café de bienvenu

9h15-9h30 =-15 min  Christophe  Plomion : point sur les avancées des thèmes et calendrier à venir

9h30-10h00 =-30 min Hervé Jactel: Les concepts du multirisque et comment l’étudier 

10h00-10h30 =-30 min Tom Barlier  (Heidy Schimann) : Vulnérabilité de la chênaie

10h30-11H =-30 min Cécile Robin : Vulnérabilité des châtaigniers face aux aléas abiotiques et aux pathogènes 

11h-11h30=-30 min Marc Kleinhentz : Mécanismes de résistance du pin maritime 

11h30-12h00=-30 min Bastien Castagneyrol : Les arbres urbains sont ils plus menacés que les autres ? 

Mars

06 mars 2026 - 9h30 / 10h30 - Airial

Guilhem Sommeria-Klein. Modelling microbial communities in space and time across ecosystems

Résumé : The development of high-throughput sequencing has generated a trove of data on naturally-occurring microbial communities. These data offer considerable potential for a better understanding of how and why microbial communities vary in space and time, yet this potential is still largely untapped due to a lack of models based on ecological processes and amenable to quantitative statistical inference. Such a modelling framework can be built by bringing together models from different fields thanks to probabilistic modelling and Bayesian inference. I will illustrate this approach on spatial, time-series and tree-structured data from different microbial ecosystems, namely soil, gut microbiota and ocean plankton. Through these different examples, I will try to address three general questions : 1) At what scales do communities vary in space and time ; 2) What ecological processes shape community assembly, and in particular what is the relative role of dispersal limitation and local selection ; and 3) What is the link between community composition and function?

13 mars 2026 - 9h30 / 11h20 - Airial

Journée d'animation des doctorant·e·s en 1ère année 

27 Mars 2026 - 9h00 - 12h00 - Airial

Matinée M2 : panorama des sujets de recherche des stagiaires de Biogeco.