Janvier
30 Janvier 2026 - 9h30 / 10h30 - Airial
François Ehrenmann & Philippe Chaumeil. Créez, gérez et partagez vos métadonnées avec MAGGOT.
Maggot (Metadata Aggregation on Data Storage) est un outil web permettant de gérer localement un catalogue de données à l'aide de métadonnées de haut niveau.
Avec Maggot, les utilisateurs peuvent facilement générer et associer des métadonnées à des ensembles de données, ce qui permet un partage transparent dans un environnement collaboratif. Cette approche s'aligne sur de nombreux plans de gestion des données, car elle répond efficacement aux défis liés à l'organisation, à la documentation, au stockage et au partage des métadonnées selon les principes FAIR au sein et au-delà du groupe collaboratif.
A quelles questions répond concrètement l'outil Maggot ?
* Mise en œuvre concrète de certains points à aborder dans le PGD ?
* Organisation et documentation des données,
* Décrire ses données avec des métadonnées,
* Rechercher et partager ses métadonnées / données,
* Publier ses métadonnées avec les données
* Comment garantir que les métadonnées suivent les principes FAIR ?
* quelques points importants du FAIR sur l'open data, sur les vocabulaires, sur l'interopérabilité, ...
Vous verrez lors de ce séminaire, au travers de quelques exemples concrets, comment Maggot peut répondre à ces différentes questions.
Instance Maggot Biogeco : https://maggot.biogeco-bioinfo.synology.me/
Février
6 Février 2026 - 9h30 / 10h30 - Airial
Jean-Marc Frigerio. Bonnes pratiques autour de l'IA à l'INRAE
Résumé: Réfléchissons ensemble sur le "Guide du bon usage des assistants à
base d’intelligences artificielles génératives" que l'INRAE nous a
proposé en Novembre 2025.
Balayons les 30 pages de ces recommandations générales et spécifiques
en confrontant nos usages, rêves, attentes et frustrations sur ces
propositions de nouvelles façons de travailler (mais pas que...)
Une grand place sera laissée au débat
27 Février 2026 - 9h30 / 16h00 - Airial
Journée d'animation "Multi-risques en forêt" (TS)
9h00-9h15 café de bienvenu
9h15-9h30 =-15 min Christophe Plomion : point sur les avancées des thèmes et calendrier à venir
9h30-10h00 =-30 min Hervé Jactel: Les concepts du multirisque et comment l’étudier
10h00-10h30 =-30 min Tom Barlier (Heidy Schimann) : Vulnérabilité de la chênaie
10h30-11H =-30 min Cécile Robin : Vulnérabilité des châtaigniers face aux aléas abiotiques et aux pathogènes
11h-11h30=-30 min Marc Kleinhentz : Mécanismes de résistance du pin maritime
11h30-12h00=-30 min Bastien Castagneyrol : Les arbres urbains sont ils plus menacés que les autres ?
Mars
06 mars 2026 - 9h30 / 10h30 - Airial
Guilhem Sommeria-Klein. Modelling microbial communities in space and time across ecosystems (T3)
Résumé : The development of high-throughput sequencing has generated a trove of data on naturally-occurring microbial communities. These data offer considerable potential for a better understanding of how and why microbial communities vary in space and time, yet this potential is still largely untapped due to a lack of models based on ecological processes and amenable to quantitative statistical inference. Such a modelling framework can be built by bringing together models from different fields thanks to probabilistic modelling and Bayesian inference. I will illustrate this approach on spatial, time-series and tree-structured data from different microbial ecosystems, namely soil, gut microbiota and ocean plankton. Through these different examples, I will try to address three general questions : 1) At what scales do communities vary in space and time ; 2) What ecological processes shape community assembly, and in particular what is the relative role of dispersal limitation and local selection ; and 3) What is the link between community composition and function?
13 mars 2026 - 9h30 / 11h20 - Airial
Journée d'animation des doctorant·e·s en 1ère année (T1 T2 T3 TS)
| 9h30-9h50 | Maurane Rakotoarisoa | Caractérisation morphologique et génétique des arbres du genre Eschweilera pour la gestion et la conservation en Guyane Française |
| 9h55-10h15 | Yannis Clavier | Écologie évolutive conjointe de Bursaphelenchus xylophilus, Bursaphelenchus mucronatus et Diplodia sapinea : une approche multirisques face au changement global |
| 10h35-10h55 | Marie Lebourg | Effet de la biodiversité sur la vulnérabilité du châtaignier |
| 11h00-11h20 | Fernanda Neves Lima | Ressources génétiques pour une production durable d’huile essentielle de bois de rose en Amérique du Sud : approches génétiques, génomiques et chimiques |
27 Mars 2026 - 9h00 - 12h00 - Airial
Matinée M2 : panorama des sujets de recherche des stagiaires de Biogeco. (T1 T2 T3 TS)
| 9h-9h10 | Bastien Richard | Diversité génétique et potentiel évolutif chez le chêne sessile |
| 9h10-9h20 | Théo Quintard | Suivis de la phénologie foliaire et de l'état sanitaire des arbres |
| 9h20-9h30 | Haseeb Abdullah | Pollen Contamination and parental analysis in maritime pine seed orchards |
| 9h30-9h40 | Jade Geudin | Déformations du système racinaire du pin maritime planté |
| 9h40-9h50 | Martin Garnier | Connecting above- and below-ground genetic diversity in an ectomycorrhizal fungus |
| 9h50-10h | Marjorie Lucas | Interactions interspécifiques entre Bursaphelenchus xylophilus, Bursaphelenchus mucronatus et Diplodia sapinea |
| 10h-10h10 | Tess Colbeau | Etude des interactions plantes-mammifères dans un contexte post-incendie en pinèdes landaises |
| 10h10-10h20 | Sacha Le Royer | Modèle métabolique de Fusarium graminarum |
| 10h20-10h40 | Pause café | |
| 10h40-10h50 | Mawsam Sammoudi | Genomic maladaptation in Scots pine (Pinus sylvestris) to climate change |
| 10h50-11h | Soraya Black | The process of physiological dormancy release in Pinus nigra seeds and its relationship with early fitness |
| 11h-11h10 | Ludivine Codoner | Etude de la corrélation entre diversité spécifique et diversité génétique des communautés végétales dunaires |
| 11h10-11h20 | Adèle Piveteau | Using near-infrared spectroscopy-based models to classify Pinus nigra seed origin and predict germination properties |
| 11h20-11h30 | Elise Barrier | Enjeux de biodiversité et scénarios de gestion sur le campus universitaire Talence-Pessac-Gradignan de l'Université de Bordeaux. |
| 11h30-11h40 | Lucas Taranne | Etude de la variabilité de la réponse à la sécheresse chez le pin maritime : suivi in situ et exclusion de pluie |
| 11h40-11h50 | Valentine Weider | Suivi environnemental des projets de restauration low tech mis en oeuvre dans le cadre du programme ERABLE |
| 11h50-12h | Erwan Labbé | De la vigne au pin maritime : quelle multifonctionnalité forestière en Entre-deux-Mers pour demain? |
MAI
29 mai 2026 - 9h / 12h - Airial
Matinée d'animation des doctorant·e·s en 2ème et 3ème années (T1 T2 T3 TS)
| 9h00-9h20 | Daniela N'DO | Identification of improved drought-tolerant Sorghum varieties |
| 9h20-9h40 | Thomas Francisco | P. pinaster intra-population variation in genomic sensitivity and adaptive potential under climate change |
| 9h40-10h00 | Marie-Gabrielle Harribey | Best practices for genetic indicator estimation from DNA-based data |
| 10h00-10h20 | Florent Couturier | The pangenome of European white oaks: A new approach to identify potential barriers to gene flow |
| Pause café | | |
| 10h40-11h00 | Juan VILLALBA | Vulnérabilité de la foret urbaine à la métropole de Bordeaux face aux changements climatiques |
| 11h00-11h20 | Sthyve Tatho | cMFA for multi-omics data integration in
microbial community models |
| 11h20-11h40 | Tom Barlier | Conséquence de l'infestation de la punaise réticulée sur les forets de chêne en Europe |
SEPTEMBRE
11 septembre 2026 - 9h / 11h30 - Airial
Matinée d'animation des Master 2 soutenus par l'UMR BIOGECO en 2026 (T1 T2 T3 TS)
| 9h00-9h30 | Mawsam Sammoudi encadrée par Thomas Fransisco, Santiago Gonzalez-Martinez | Genomic maladaptation to climate change within-population and evolutionary responses of Scots Pine (Pinus sylvestris L.) |
| 9h30-10h00 | Tess Colbeau-Justin (visio) encadrée par Capucine Bouflet, Soizig Le-Stradic, Maya Gonzalez | The role of mammal- mediated endozoochory in post-fire environments |
| Pause-café | | |
| 10h30-11h | Marjorie Lucas (visio) encadrée par Yannis Clavier, Méline Saubin, Laure Villate | The pine wood nematode and its biotic interactions under different temperatures |
| 11h00-11h30 | Jade Geudin, encadrée par Frédéric Danjon et Céline Meredieu | Modifications de l'architecture du système racinaire de pins maritimes (Pinus pinaster) par l'élevage en pépinière et la plantation mesuré à 1 et 3 ans. |
OCTOBRE
16 Octobre 2026 - 9h30 /10h30 - Airial
Presentation by Angelina Nunziata
Current Studies in Chestnut Genetics at CREA Caserta (Italy): Results and New Perspectives (T1)
Angelina will provide a brief introduction to CREA, the leading Italian research organization dedicated to agri-food supply chains, outlining its overall structure and highlighting the activities of the Research Centre for Olive, Fruit and Citrus Crops, with a particular focus on the facilities located in Caserta.
She will then present CREA's research on chestnut genetics through a story shaped by questions raised by stakeholders and the answers that research has been able to provide. How can molecular markers support the management of genetic resources in the field? Are traditional cultivars truly distinct from one another? How far have ancient chestnut varieties spread across Europe? How reliable are the genetic tools currently available? And can we breed our cherished traditional cultivars while preserving their genomic background?
Some answers arise from the rapid and cost-effective genotyping protocols available through KASTRACK (https://kastrack.crea.gov.it/) and the associated KASTRACKdb, whose potential can be further expanded through the results of the ongoing collaboration with BIOGECO. Other insights have emerged from studies investigating somatic mutation rates in ancient grafted chestnut trees. Some new CREA perspectives on chestnut breeding by genome editing will be also discussed on demand.
