2025

JANVIER

Vendredi 17 Janvier : Séminaire de Didier Bert (BIOGECO), à l'Airial de 9h30 à 10h30 et en visio.
Titre : « Voyages dans le temps : croissance des pins de la Forêt Usagère de La Teste De Buch entre 1870 et 2100 & INRA 1987-2025 » 
Résumé: Le massif forestier situé à l’est de la Dune du Pyla a été incendié en juillet 2022. L’exploitation des pins brûlés a permis de prélever des échantillons pour une étude dendrochronologique (ce n’est pas le mobile de l’incendie). Comment a évolué la croissance moyenne durant ces 150 dernières années ? Quels facteurs climatiques sont les plus corrélés avec la croissance annuelle ? Comment ce type de peuplement sur dune évoluerait dans l’ambiance des climats futurs estimés selon plusieurs scénarios d’émissions de gaz à effet de serre ? L’évolution de la croissance de ces pins sauvages est-elle en synergie ou antagoniste aux effets de la sélection génétique ? Tout cela pourrait bien être évoqué lors de ce débat délicatement teinté d’autobiographie...

Diapos et exposé en français.

FEVRIER

Vendredi 7 février. 9h30-10h30. Aurore Desgroux.   (Annulé et reporté)

Titre : Appui aux politiques publiques sur les Ressources génétiques forestières à INRAE : bilan et perspectives.

Résumé : une tournée d'atelier dans les unités INRAE impliquées sur la thématique des rgf a eu lieu fin 2024 afin d'avoir une meilleure visibilité et compréhension des agents impliqués et de leur missions en lien avec l'appui aux politiques publiques. Cette présentation vise à faire un retour aux unités sur ces ateliers et à présenter les prochaines étapes pour une meilleures reconnaissance et la mise en place d'un dispositif pérenne entre le MASAF et INRAE. (en visioconférence)

Vendredi 14 février, à l'Airial  9h - 17h - Animation scientifique et technique du projet d'unité - session Thème 3 : "Comprendre la dynamique et le rôle fonctionnel de la biodiversité".

9h30: PRESENTATION DU THEME & RETOURS HCERES (10 min) (Heidy, Bastien, Simon)
9h40: Priorité 1 - Dynamique des fonctions et des interactions microbiennes au sein de l’holobionte. (10min + 10 min échanges)
Fait Marquant : Effets des stress abiotiques sur les communautés muicrobiennes des plantes. Heidy.
+ Arndt, Simon, Cécile, Marie-Lise 
10h00: Priorité 2 - Dynamique des interactions multi-trophiques et mécanismes sous-jacents.  (10min + 10 min échanges)
Fait Marquant : Effets de la biodiversirté sur le contrôles des herbiviores par leurs ennemis naturels. Bastien
+ Heidy, Marie-Lise, Céline
10h20: Biodiversité et résilience des écosystèmes aux changements globaux  (10min + 10 min échanges)
Fait marquant : Biodiversité et santé des forêts. P.O. Hervé
+ Thierry, Cécile, Myriam, Frédéric R., Céline
Pause (20 min)
10h40: PORTFOLIO avancées techniques (10 min + 10 min échanges)
Outils innovants pour l'automartisation du suivi de la biodiversité
11h00: Innovations technologiques pour la caractérisation et le suivi de la biodiversité (2 * (10min + 10min échanges))
 
Fait Marquant #1 - Utilisation de la télédétection pour le suivi de la santé des forêts. Thierry
+ Cécile, Marie-Lise
 Fait Marquant #2 - Indicateurs de biodiversité. Myriam, Frédéric
11:40: Méthodes mathématiques et informatiques appliquées à l'analyse de la biodiversité et de sa dynamique (10min+10min)
Fait Marquant: Modélisation de communautés microbiennes. Simon
+ Alain
12:00: DISCUSSION / BILAN DU BILAN

###### APRES MIDI
Pour rappel : inscriptions aux après midi ici https://framadate.org/I27dHePRy6AvGWqj
14h00: Ateliers en groupes : C'est quand qu'on va où ?
Quels sont les projets structurants pour 2025-2030.
A quelles priorités sont-ils rattachés ?
Evolution du thème :
Quelles priorités 2020-2025 ne sont plus prioritaires et pourquoi ?
Quelles thématiques émergent comme nouvelles priorités pour 2025-2030?
15h00: Plénière
Restitution.
SWOT

MARS

Vendredi 14 Mars: journée des M2, à l'Airial à partir de 9h10

Vendredi 21 mars : Antoine Krémer, BIOGECO, 9h30 - 10h30 à l'Airial, en présentiel et visio (le lien zoom sera communiqué par mail). Exposé et diapos en français.
Titre : Microevolution of trees and climate change
Résumé : A long-standing question and nowadays recurrent concern is the pace of microevolution of trees  in response to on-going climate change. While most temperate tree populations are in place since several millenia no genetic diachronic approach allowed so far to grasp the time span needed to achieve adaptation to climate.   I will review recent studies assessing temporal genetic changes in European oaks and address the following questions :
• What is the pace of microevolution at contemporary time scales ?
• What is the mode and direction of microevolution ?
• What are the drivers of microevolution in extant ecological settings  ?
• Are there limits and constraints to ongoing microevolution ?

Vendredi 28 Mars: journée des doctorants 1ère année à partir de 9h15 à l'Airial

AVRIL

Vendredi 11 avril, à l'Airial  9h - 17h - Animation scientifique et technique du projet d'unité - session Thème 1 : "Étudier l’histoire évolutive et la réponse des espèces et communautés aux changements globaux".

######### MATIN  9h-12h15 (Airial)

9h00: PRESENTATION DU THEME (30 min)

9h30: Priorité 1 - Sources de la variation génétique. (30min + 10 min d'échanges)

Résultats principaux, faits marquants et alimentation d'un tableau de type SWOT.

10h10: PAUSE

10h35: Priorité 2 - Processus évolutifs et plasticité phénotypique.  (30min + 10 min d'échanges)

Résultats principaux, faits marquants et alimentation d'un tableau de type SWOT.

11h15: Priorité 3 - Sélection naturelle (30min + 10 min d'échanges)

Résultats principaux, faits marquants et alimentation d'un tableau de type SWOT.

11h55: Discussion générale et alimentation du tableau SWOT (20 min)

###### APRES MIDI 14h-17h (Airial)

Format world café dans Airial (trajet aléatoire), 15 min par session, puis pause.

 - 4 groupe = 4 tableau de post-it
 - Objectifs : identifier les projets et perspectives émergentes et en quoi elles résonnent avec les analyses SWOT
 - Restitution et discussion (1h30)
 - Réactions à chaud

Vendredi 18 avril, à l'Airial  9h - 17h - Animation scientifique et technique du projet d'unité - session Thème 4 : "Comprendre la dynamique et le fonctionnement des socio-écosystèmes pour la gestion, la conservation et la restauration de la biodiversité".

9h-9h15: Rappel du contexte et des objectifs scientifiques du thème 4​

9h15-9h45: P1. Intégrer les différentes composantes de la biodiversité et leur réponse aux CG pour la conservation des populations et des espèces​

- contexte et objectifs de P1 (5 min)​

- fait marquant (5 min)​

- autres projets/actions sur ce thème (5 min)​

- discussion (10 min)​

9h45-10h15: P2. Comprendre les processus écologiques pour la restauration des milieux dégradés​

10h15-10h45: Pause​

10h45-11h15: P3. Accroître l’interdisciplinarité et les liens avec la société pour une étude plus intégrée des socio-écosystèmes​

11h15-11h45: P4. Conception d’outils d’aide à la décision pour le transfert des connaissances vers les gestionnaires​

11h45-12h: discussion générale

------------------------------------ pause déjeuner

13h30-15h30: perspectives du thème 4​

- discussions sur chacune des 4 priorités (25 min par priorité) ​

- quelle structuration du thème 4 (20 min)​

2025

AVRIL

Workshop: Nomadic Approaches of Plant Studies

April 23, 2025, at the University of Bordeaux (Salle des thèse, Bat. C,  Pessac campus).

This interdisciplinary workshop will explore the status and representations of plants in a rapidly changing world, addressing the interdependencies between economic and biological dimensions in the development of societies. Through diverse perspectives in philosophy, ecology/evolution, and bioeconomics, we will examine how plants can contribute to societal adaptation in the Anthropocene.

Participation is free, register here. 

The program (displayed at the end of this message) can be downloaded here.
The poster is available here.
Sylvie Ferrari (BSE) and Sophie Gerber (Biogeco)

MAI

Vendredi 16 Mai, à l'Airial à partir de 9h15: Séminaire John Pannell & journée des doctorants 2e et 3e année

9h15 -9h50 Prof. John Pannell (Université de Lausanne en Suisse) - Evolution of the Mercurialis annua model: sexual systems, biogeography and beyond

Summary: Mercurialis annua is an ugly little European weed of disturbed habitats and roadside ditches. It is wind-pollinated and thus has inconspicuous, unattractive flowers. Yet it displays remarkable variation in its sexual system and ploidy across its distributional range. Particularly unusual for an annual plant is its expression of separate sexes throughout most of its European range. Accordingly, there is a long history of studying M. annua to address questions concerning the evolution of combined versus separate sexes, mating systems, sex determination, sex chromosomes and sexual dimorphism. The species has also been a valuable model for testing hypotheses on the evolution of colonizing species, both during range expansions and in the context of metapopulations with recurrent population extinction and re-colonization. In this seminar, I will outline the development of M. annua as a model for evolutionary and ecological genetic analysis, drawing on several research highlights relevant to the above topics. I will also summarise what we have been learning from a long-term experimental evolution study in which natural selection has driven transitions between dioecy and hermaphroditism in real time. This experiment has also generated new variation that now allows us to test long-standing hypotheses concerning sex-allocation and life-history evolution that have resisted convincing tests in the past.

9h50 - 10h10 : Pause

Vendredi 23 mai, à l'Airial  9h - 15h30 - Animation scientifique et technique du projet d'unité - session Thème 2 : "Comprendre et prédire les phénotypes complexes - Bilan et perspectives".

9h00 - 11h45 : Bilan / perspectives P1 – P5 – P3
Intro générale Thème 2 et organisation de la journée (10 min) - Laurent

P1 : Décrire, décomposer les phénotypes complexes et définir des proxies (60 min) - Sylvain
Stress biotiques et abiotiques:
-    Emergence du nématode du pin: anticipation et gestion d’un enjeu sanitaire majeur au sein de la plateforme EMERGREEN (Marc Kleinhentz)
-    Phénotypage de différents traits du Fomes (Fanny Robledo-Garcia)
-    Simple measurements for complex phenotype – The case of drought induced mortality (Regis Burlett)
Outils:
-    Avancées techniques : suivi croissance, phénologie et biotique au niveau de l’arbre et du peuplement (Raphaël Segura)
-    Gestion et intégration des données de capteurs (François Ehrenmann)

Pause 10h15-10h30

P5 : Prédire les dynamiques phénotypiques au cours des générations (35 min) - Laurent
-    Sélection génétique chez les arbres forestiers: apport des marqueurs moléculaires (Laurent Bouffier)
-    Exploration et prédiction de la diversité génétique quantitative du pin maritime en jardins communs et populations naturelles (Santiago Gonzales)
-    Genetic changes of phenotypic traits responding to contemporary selection (Antoine Kremer)

P3 : Modéliser les normes de réaction, source de variation des phénotypes liée à l’environnement (35 min) - Sylvain
-    Forland: the living lab of the experimental forest - Form monitoring to forest based solutions (Sylvain Delzon)
-    Modélisation de normes de réaction pour la croissance chez le pin maritime (Laurent Bouffier)
-    GENSPIR: Caractérisation Génétique et Ecologique des provenances de chênes du LimousiN au sein de leur complexe d'eSpèces? (Camille Lepoittevin, Pauline Garnier-Géré)
-    Apport du suivi microdendrometrique pour la caractérisation du fonctionnement des individus (Alexandre Bosc)

13h30 - 15h30 : Bilan / perspectives P2 – P4 + Discussion générale

P2 : Etudier l’ontogénèse, source de variation des phénotypes liée au développement (30 min) - Greg
-    Modification de l'architecture racinaire du pin maritime par l'élevage en pépinière et la plantation (Fred et Céline)
-    Avenir de la dendrochronologie à BIOGECO (Annabelle)

P4 : Etudier les dynamiques des déterminants génétiques et épigénétiques des variations phénotypiques (45 min) - Greg
-    Mécanismes moléculaires impliqués dans la spéciation écologique chez les chênes blancs (Gregoire Le Provost)
-    Identification des déterminants génétiques de phénotypes longitudinaux par un modèle Bayésien à Coefficients Variables (BVCM) (Louis Blois)
-    Génétique d’association génome entier chez le chêne sessile (Q. petraea) (Benjamin Brachi)

Discussion - Perspectives (1h)

JUIN

Vendredi 20 Juin 2025, à l'Airial 9h30 - 10h30 - Félix Roy (courte introduction du contexte par S.Labarthe)

Détermination des interactions écologiques à partir de séries temporelles

En écologie microbienne, l'identification du type d'interaction entre organismes (prédation, compétition, mutualisme...) est pleine de promesses en termes de biocontrôle, mais difficile en pratique. Si les techniques de séquençage modernes permettent de réaliser des expériences au niveau de communautés entières de microbes pour caractériser la biodiversité microbienne, l'analyse statistique permettant d'identifer des interactions écologiques reste compliquée. C'est dans ce cadre que nous étudions différentes méthodes d'inférence ; en particulier quand le nombre de points temporels est petit par rapport au nombre d'espèces. Nous présenterons notamment quelques résultats de *clustering* : comment regrouper les espèces en sous-groupes à partir de la dynamique observée, afin d'identifier des interactions écologiques, non pas à l'échelle spécifique, mais entre groupes d'espèce. Le modèle principalement utilisé est un modèle de Lotka-Volterra généralisé, et le jeu de donnée est issu d'expériences de biocontrôle contre le mildiou de la vigne.

Septembre

26 Septembre 2025 - 9h30/10h30 - B2

Clément Delmas (Master 2 Intelligence Artificielle Univ Bordeaux) : Comptage automatique de nématodes sur images de microscope

Développement d'un modèle de segmentation multi-instances - Augmentation de données - Entrainement de réseaux de neurone

Encadrement : Nicolas Papadakis (IMB, Equipe MONC) et Laure Villate (BIOGECO, Equipe ECOGERE)

Résumé de la présentation :

Cette présentation porte sur le développement d’une solution basée sur des méthodes de deep learning pour le comptage automatique de nématode du pin à partir d’images de microscopie. Après avoir introduit le contexte biologique et les enjeux liés à cette problématique, un état de l’art des principales méthodes de comptage automatique sera présenté, justifiant le choix du modèle YOLOv8 pour cette tâche. Les défis rencontrés, tels que le manque initial de données, seront abordés ainsi que les solutions mises en place pour les surmonter. La présentation détaillera ensuite les architectures utilisées, la méthodologie d’entrainement et d’évaluation du modèle. Enfin, les résultats obtenus seront présentés, avant de conclure par une démonstration de l'application.

Novembre

14 Novembre 2025 - 9h30 / 10h30 - B2

Vivandredi - rencontres entre sciences naturelles et sciences humaines

Présentation par Claire Varin d'Ainvelle (Université Bordeaux-Montaigne) et Sarah Cookson (Inrae ISVV)

« La greffe a-t-elle pris ? Regards croisés entre les textes anciens et la science contemporaine »

Résumé : Maîtrisées depuis plusieurs millénaires, les techniques de greffage des plantes ne cessent de faire l’objet d’étonnement et d’émerveillement, chez les auteurs anciens (Antiquité, période médiévale, Renaissance) comme à notre époque. Le greffage suscite une diversité d’interrogations, qui portent tant sur la biologie et la physiologie végétale (comment déterminer les rôles du porte-greffe et du greffon, par exemple) que sur les conséquences de cette technique du point de vue du rapport de l’être humain à son environnement : tenter des greffes impossibles ne contribue-t-il pas à bouleverser l’ordre naturel ? D’une époque à l’autre, la question implique des enjeux pluriels, qu’une étude croisée, entre biologie et histoire des sciences et des textes, permettra de comparer.

21 novembre 2025 - 9h30/10h30 - Airial.

Baptiste Bedessem: « Les sciences et recherches participatives, entre connaissances et actions »

RESUMÉ

Face aux défis collectifs que représentent les transitions écologiques et solidaires, il semble nécessaire de reconfigurer les rôles respectifs des chercheurs académiques et de la “société civile” dans l’élaboration de solutions aux problèmes (environnementaux, sociaux, climatiques) auxquels nous faisons face. La notion polysémique de “sciences et recherches participatives” entend ainsi rendre compte de la diversité des dispositifs qui fleurissent afin de donner corps à ce nouveau contrat social des sciences. Cette notion sert de point d’appui à une institutionnalisation, fragile mais réelle, des pratiques de “participation” en science (passant notamment par la création d’instruments de financements dédié),   institutionnalisation qui impose une vision normative de ce que sont et doivent être les collaborations entre chercheurs et non-chercheurs. Sur la base d’une analyse critique des concepts qui sous-tendent ce développement actuel des sciences et recherches participatives, en particulier celui de “participation” et de “co-construction des connaissances”, nous formulons une proposition de typologie de ces pratiques à l’aune de leurs rapports à l’action, et des différentes figures de l’engagement des chercheurs qu’elles révèlent.

24 novembre 2025 - MARATHON SCIENTIFIQUE et TECHNIQUE, BIOGECO, Airial

• Waterloo : Mechanisms of plant water loss after stomatal closure and implications for survival during severe drought (Sylvain Delzon)
• Perfit : Le meilleur arbre ou le moins mauvais ? Le rôle du fardeau génétique dans la (mal)adaptation (Santiago Gonzalez-Martinez)
• Tepimemory : Impact of transannual epigenetic memory on the response to recurrent water stress in pedunculate oak (Grégoire Le Provost)
• Créez, gérez et partagez vos métadonnées avec MAGGOT (François Ehrenmann, Philippe Chaumeil)
• EpiTREE: uncovering the role of epigenetics in local adaptation in sessile oak trees (Shannon Brandt, Ludovic Duvaux)
• Ecologging : Un réseau de stations instrumentées évolutives, modulables et déplaçables en IoT (Pierre Bordenave, Philippe Chaumeil)
• REINFORCE : Arboretums expérimentaux : dix ans d’observations de plus de 30 espèces face aux aléas climatiques et biotiques (Céline Meredieu)
• 7 familles d’arbres et Memory des ravageurs (Céline Monetti, Bastien Castagneyrol)
• RGF Châtaigniers : Le châtaignier forestier en France: enjeux de conservation (Catherine Bodénès, Rémy Petit)
• Étude des communautés végétales dunaires multidimensionnelle et de leur environnement  (Olivier lepais, Marie-Lise Benot)
• Indicateurs génétiques fongiques (Myriam Heuertz)
• Restauration des infrastructures vertes pour les pollinisateurs dans des paysages fragmentés (Frédéric Revers)

28 novembre 2025 - 9h30/10h30 - Airial.

Journée du réseau NaQuaGen (Nouvelle Aquitaine Quantitative Genetics). Organisateurs : Benjamin Brachi & Louis Blois, BIOGECO

Matin
9h00 – 9h30 : Accueil
9h30 – 9h45 : Présentation de NaQuaGen (Anthony Bernard, UMR BFP)
9h45 – 10h30 : Présentation de travaux de GWAS dans un contexte d’interaction GxE (Vincent Segura UMR AGAP, en distanciel)
10h30 – 11h00 : Pause-café
11h00 – 11h30 : Présentation des résultats du work package ‘Dynasty’ du GPR Bordeaux Plant Sciences (Louis Blois, UMR EGFV)
11h30 – 12h00 : Présentation de travaux de génétique quantitative de l’UMR BIOGECO (Benjamin Brachi, UMR BIOGECO) 

12h00 – 13h00 : Pause-déjeuner

Après-midi :
13h00 – 14h30 : Visite d’un dispositif expérimental
14h30 – 15h00 : Présentation de travaux concernant l’identification des déterminants de la virulence de Plasmopara viticola contournant une résistance dans la vigne (Rpv1) via approches GWAS et QTL (Julie Ramirez Martinez, UMR SAVE)
15h00 – 15h45 : Présentation sur les erreurs de pedigree et précision des valeurs génétiques chez le pin maritime (Laurent Bouffier, UMR BIOGECO)
15h45 – 16h15 : Présentation sur la science ouverte, exemple des Peer Community In (Laurent Bouffier, UMR BIOGECO)