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Janvier 2023

Vendredi 13 Janvier -  à l'Airial de 9h30 à 10h30 François Ehrenmann présente le nouvel outil de gestion de métadonnées pour les espaces de stockages de données, pour notre UMR. Cet outil est disponible à cette adresse : http://147.100.113.193:8087/

Pour rappel, les motivations sont les suivantes :
   • Répondre aux enjeux de l'organisation, de la documentation, du stockage et du partage des données d'un site, d'un projet ou d'une structure (unité, plateforme, ...)
   • S’inscrire dans une démarche qualité de science ouverte pour le partage et la reproductibilité
Cet outil vous permet donc :
   • de décrire vos jeux de données à l'aide de l'interface web (création fichier format JSON)
   • de déposer dans un espace NAS personnalisé votre ou vos jeux de données ainsi que le ou les fichiers json générés dans le point précédent
   • de rechercher via l'interface de recherche : http://147.100.113.193:8087/search, les jeux de données produits au sein de l'unité, grâce à leurs métadonnées (les données seront accessibles ou non, selon les choix des dépositaires des jeux de données)
La documentation est accessible à cette adresse : http://147.100.113.193:8087/doc/about
La description de l'interface et des métadonnées la constituant est accessible à cette adresse : http://147.100.113.193:8087/doc/meta
A noter que cet outil est accessible via VPN pour l'ensemble des personnels en dehors de Pierroton et de Pessac
N'hésitez pas à contacter François si vous souhaitez plus d'informations, il vous accompagnera pour une première utilisation si besoin.

Février 2023

Mardi 21 Février - nos recherches dans la vallée du Ciron

Airial (INRAE, Cestas-Pierroton):

 9h00: Accueil café

 9h30: Mot de bienvenue – F. Revers (Biogeco)

 9h35: Incendies de l'été 2022 sur le bassin du Ciron : conséquences et perspectives – S. Irola (SMABVC)

 9h50: Projet SEEFOREST

- Introduction du projet – F. Revers (5min)

- Quels regards portez-vous sur votre forêt au cœur du site Natura 2000 de la vallée du Ciron? Enquête auprès de propriétaires forestiers. E. Brahic & P. Deuffic (ETTIS) – 30min

- Etude du rôle des facteurs écologiques locaux dans la conservation de la biodiversité : exemple de la ripisylve du Ciron – A. Acloque (Biogeco) – 30min

- Diversité des lichens du Ciron – J-L. Farou (Association française de Lichénologie) – 30min

- Diversité floristique du Ciron – A. Ducousso (Biogeco) – 30min (sous réserve)

 12h-13h30: Pause repas

 13h30: Présentation du peuplement piscicole du Ciron depuis 2010 – F. Lafitte (Fédé Pêche33) (30min)

 14h00: Acquisition foncière dans la hêtraie du Ciron – I. Serra (SMABVC) (15 min)

 14h15: Quels facteurs expliquent le mieux les variations du microclimat dans la vallée du Ciron? – J. Ogée (ISPA)(30min)

 14h45: Discussion générale: quelles perspectives pour le programme de recherche-action « Ciron »?

 16h00: clôture de la journée

Vendredi 24 Février :  Laura Schillé, Lisa Eichenlaub et Nattan Plat organisent la  "Matinée des Docorants de BioGeco" qui se déroulera à l'Airial, en présentiel de préférence

lien visio zoom : https://inrae-fr.zoom.us/j/97529047222

2023-Programme_JDD_BIOGECO-2pdf - 1,3 MB

9H00-9H20 : Nattan Plat : Vers un bocage forestier: Connectivité et Multifonctionnalité des lisières feuillus en paysage de plantation de pins

9H20-9H40 : Marion Carme : Le renouvellement des forêts comme condition préalable au succès des stratégies d'adaptation face au changement climatique : Évolution des niches climatiques de germination des chênes et des sapins

9H40-10H00 : Julien Bonnier : Ressources de bois durable en Guyane sous l’effet du changement climatique : Caractérisation génomique et orientation pour la gestion

10H00-10H20 :  Clémence Bécans : Evolution d’Hymenoscyphus fraxineus, un pathogène forestier en expansion

10H20-10H50 :  Pause-café

10H50-11H10 : Estelle Blanquart : Diversité taxonomique et génétique des communautés à isoétides des lacs et étangs du littoral Aquitain

11H10-11H30 : Arnaud Chevalier-Mairet : Caractérisation génétique et écologique des provenances de chênes du Limousin au sein de leur complexe d’espèces : application à la gestion et à la conservation des ressources forestières du futur

11H30-11H50 : Laura Schillé : Gradient latitudinal et insectivorie avienne : effets complémentaires du climat, de l’habitat et de la diversité des oiseaux

11H50-12H10 : Marion Boisseaux : Traits fonctionnels et distribution des arbres tropicaux à travers des habitats contrastés dans un contexte de changement climatique

12H10-12H30 : Lisa Eichenlaub : Causes multiples des dépérissements des chênes dans un contexte de changement climatique

MARS 2023

Vendredi 10 Mars  -  de 9h30 à 10h30, à l’Airial de Cestas Pierroton - développements méthodologiques utilisant l’imagerie (aérienne ou fixe) et leurs applications dans le cadre de nos recherches forestières

Ce séminaire  sera accessible soit en présentiel dans cette salle, soit en visioconférence en suivant le lien Zoom ci-dessous :

https://inrae-fr.zoom.us/j/5222337416

Le sujet de cette animation technique est la présentation de développements méthodologiques utilisant l’imagerie (aérienne ou fixe) et leurs applications dans le cadre de nos recherches forestières.

Quatre présentations de 15 minutes sont au programme :

-       Alexia Mathou (UEFP) : Mesurer des hauteurs individuelles d’arbres par photogrammétrie aérienne

-       Thomas Caignard, Raphael Segura : Imagerie aérienne par drone: Suivie de la phénologie foliaire dans la forêt expérimentale de l’Université de Bordeaux

-       Cyril Dutech, Raphael Segura : Reconstruction des dynamiques de populations de pourridiés racinaires par images aériennes de haute résolution

-       Gilles Saint-Jean : Développement d’une méthode de mesure de la phénologie des arbres en milieu forestier par analyse d’images prises par caméra

Avec une pause-café à 10h30

Une discussion ouverte à toutes et tous s’en suivra en salle Pyramide et visioconférence  (même lien que ci-dessus) pour permettre l’échange autour des premiers résultats obtenus et d’éventuels nouveaux besoins au sein de l’unité.

Lundi 20 Mars - Dans le cadre de deux journées consacrées aux mutations somatiques à l'UMR Biogeco à Pierroton, nous vous invitons le 20 Mars à venir écouter les deux présentations introductives suivantes, dans la salle des séminaires de l'Airial :

10:00 Accueil des participants : café - viennoiseries (entrée bâtiment Airial)
10:30 - 11:00 : Introduction générale sur les mutations  - Thibault Leroy (INRAE Toulouse)
"Mutations somatiques et germinales chez les animaux et les plantes : une introduction"
11:00 - 11:30 : Principaux résultats du projet TreeMutation - Sylvain Schmitt (INRAE Montpellier)
"Mutations somatiques au sein de la couronne de deux arbres tropicaux"

24 Mars - 9h30-10h30 - Airial et Zoom - Ludovic Duvaux (Biogeco)

Titre : Évaluer le rôle adaptatif des variants structuraux grâce à la pan-génomique. Applications aux chênes blancs européens et aux abricotiers.

Résumé : "La démocratisation du séquençage massif commencée il y a une quinzaine d'années nous a permis de constater que de nombreux gènes n'étaient pas présents chez tous les individus d'une même espèce. La réalisation de l'abondance des variations structurales a alors fait émerger le concept de pangénome constitué d'un "génome cœur" invariable et d'un "génome dispensable" variant entre individus.

Durant cette présentation, j'introduirai le concept de pangénome et son lien avec les variants structuraux classiques. J'exposerai également les conséquences attendues et observées en termes de diversité génétique, phénotypique et d'adaptation locale des populations. Je présenterai les avancées du projet pangenoak visant à obtenir un pangénome du complexe d'espèce de chênes blancs européens et à étudier le rôle des variants structuraux dans l'adaptation locale des peuplements de chênes (notamment le développement de workflows d'analyses). Les premiers résultats d'analyses pangénomiques d'une collaboration sur les abricotiers seront également présentés."

NB : exposé en Français et diapos en Français ou Anglais

et pause café à 10h30 pour continuer les discussions

AVRIL

Mercredi 5 Avril : Soutenance d’HDR d’Olivier Lepais « Diversité génétique au sein des populations : histoires évolutives, processus écologiques et implications pour la gestion »à 13h30 à l’amphithéâtre Collette et Josy Bové du site INRAE Nouvelle-Aquitaine-Bordeaux de la Grande Ferrade.
Pour y assister par visio-conférence : https://inrae-fr.zoom.us/j/97699702690?pwd=bEI5OHBLOGt0VU5VSXUxaUhxQkxFdz09 (Code secret : LRh6wbC$$W , ID de réunion : 976 9970 2690). Un pot sera organisé dans le hall d’entrée de l’amphi à l’issue de la soutenance.

 Vendredi 14 Avril - Sarah Benharrech Associate Professor of French, School of Languages, Literatures, and Cultures, University of Maryland, en salle des séminaires (B2) (& Zoom), 10h-11h

« Les disruptions de la bouture: l'arbre entre individu et collectif   »
Cette présentation examinera comment la bouture et les autres modes de multiplication végétative ont mis en question la compréhension de l'intégrité corporelle et la conceptualisation de l'individualité façonnées par l'analogie animale dans les sciences du végétal de la France du Xviiie siècle.
Depuis l'antiquité, les arboriculteurs et les jardiniers savent que les arbres sont des entités collectives, ce dont témoignent les pratiques du bouturage, marcottes et greffes, qui leur permettaient de multiplier les arbres fruitiers. Toutefois les théoriciens du végétal étaient incapables de fournir une explication à cette faculté propre aux plantes. Le système mécaniste qui informait la recherche anatomique et la théorie de la préformation des germes qui reposait sur le paradigme de la graine pour expliquer la reproduction, faisaient obstacle à l'appréhension de la nature plastique et divisible de la matière végétale. Devant les facultés des plantes qui leur posaient des problèmes insurmontables, ils ont eu recours à des images pour imaginer d'autres rapports entre le tout et les parties.
Dans cette présentation, je me concentrerai sur trois modèles analogiques qui tentent de saisir l'unité collective des arbres: l'arbre-maître d'école, l'arbre-femme enceinte et l'arbre-corail, que l'on peut trouver dans l'Abrégé de la philosophie de Gassendi (1684) composé par son disciple Bernier, Les Observations sur les plantes et leurs analogies avec les insectes (1741) de Bazin et Le Voyage à l'Ile de France (1773) de Bernardin de Saint-Pierre.

MAI

Lundi 22 Mai - Marathon technique

•Adline Delcamp & Christophe Boury « Le Métier d'ITA à la PGTB »•Patrick Léger « Nouveaux développements de l'activité broyage: ergonomie, métrologie et amélioration du protocole »•Régis Burlett « Stomatal Margin Retention Index (SMRI) : un nouveau (et meilleur) indicateur du temps de survie des plantes lors d'une sécheresse »•Frédéric Raspail « Les use cases du pcm info » •Benjamin Dencausse « Les croisements contrôlés et activités expérimentales »•Cloée Jean  « Bilan des activités d’une technicienne du PCM OEL »•Philippe Chaumeil « Infrastructures, panorama sur la gestion d'activités discrètes mais essentielles à l'unité »

JUIN

Vendredi 2 Juin - Marie-Pierre Raymond, Sybille De-Mareschal, "Bonnes pratiques pour atteindre 100 % de publications librement accessibles" - 9h30-10h30, Airial (Pierroton) (&zoom)

Carole Caranta, DGD à la Science et à l'Innovation, a envoyé à l'ensemble des chefs de départements scientifiques un courrier et un document sur les « Bonnes pratiques de publication », pour une diffusion très large au sein des unités INRAE. Cette animation s'axera autour de ces recommandations via un point sur la politique Science Ouverte de l'établissement et le rôle essentiel de HAL INRAE. Plus concrètement, nous vous donnerons des éléments sur le contexte réglementaire (loi pour une république numérique, Stratégie de non-cession des Droits), puis nous aborderons le processus de publication et leur dépôt dans HAL, la création de vos identifiants ORCID et idHAL en lien avec les exports pour l'évaluation CSS.

Document : https://hal.inrae.fr/hal-04028495

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Vendredi 16 Juin

Anna Mrazova - Post-Doc BIOGECO

Bottom-up and top-down forces driving the dynamics of tri-trophic interactions

Pathogens, parasitoids, and predators that attack plant-feeding insects, can benefit plants by reducing insect abundances. Among others, plants control arthropods by releasing chemical defensive compounds which indirectly attract predators of herbivorous insects via chemical signals. According to the crying for help hypothesis, predators and parasitoids can use herbivore-induced plant volatiles as a cue to find their herbivorous prey or hosts on the host plant, and thus helping the plant to cope with herbivores. Despite their importance, the role of birds in tri-trophic interactions is understudied. Specifically, the issue of insectivorous birds’ ability to use volatile cues to locate their prey has been studied only superficially. I will present you with six case studies trying to deepen our knowledge of tri-tropic interactions functioning. Finally, I will introduce you to my postdoctoral project entitled Tree defence strategies: why and how does the strength of bottom-up control vary along latitudinal gradient? – the reason for my two years’ research experience in France.

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Vendredi 23 juin

GUITART XARPELL, LÍDIA. Stage Gemfor. Association des propriétaires forestiers du Montnegre-Corredor (NE Espagne)

Sylviculture adaptative au changement climatique dans les forêts mixtes méditerranéennes subhumides catalanes : caractérisation des traitements et évaluation sylvicole, écologique et économique

La forêt méditerranéenne subhumide est un écosystème d'une grande singularité. Les conditions climatiques dans lesquelles on la trouve permettent la présence d'une grande diversité d'essences. En Catalogne (nord-est de l'Espagne), l'état de ces forêts est souvent caractérisé par une densité excessive et une structure et une composition simplifiées issues d'une gestion forestière ciblée à l'obtention d'un seul produit, généralement de basse valeur économique. À cause de cela, les masses actuelles présentent généralement des problèmes de vitalité et de stabilité, étant très vulnérables aux perturbations.

Pour faire face à cette problématique, les gestionnaires de certaines de ces zones tentent d'appliquer une sylviculture caractérisée par la promotion de la complexité des structures et de la composition des essences, dans le but d'obtenir des forêts plus résilientes et résistantes aux perturbations issues du changement climatique en profitant de la diversité des forêts méditerranéennes. Il s'agit, donc, d'une sylviculture d'intensité douce et dynamique, qui intègre certains critères de gestion d’arbre individuel et des critères pour la favorisation de la biodiversité et, en même temps, qui promeut la diversification et la valorisation des produits.

Cet exposé vise à expliquer ce type de sylviculture à travers les résultats des effets à court terme des traitements réalisés dans le cadre du projet LIFE MixForChange dans 39 peuplements (77 ha) de chêne -vert, de châtaignier, de chênes (sessile, pubescent et zéen) et de pins (parasol et maritime) mixtes au massif du Montnegre-Corredor, en évaluant son impact au niveau forestier, écologique et économique.

Lídia Guitart Xarpell: Msc Ingénieure forestière et diplômé en Sciences de l'environnement. Étudiant du Master en géoinformatique pour la gestion des ressources naturelles. Gérante de l'Association des propriétaires forestiers du Montnegre-Corredor (NE Espagne).

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Vendredi 30 juin 10h30-11h30 Salle Pyramide RDC

Ludovic Bonhomme  'UMR INRAE/UCA 1095 Génétique, Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC) à Clermont". 

"Sensibilité du blé tendre à la fusariose de l'épi: Physiologie moléculaire d'une manipulation parasitaire de l'immunité végétale"

Over the past two decades, the multiple evidences of plant genes required for pathogen infection have opened new opportunities to improve immunity in crops, providing alternative sources of resistance for designing original epidemic control strategies. These genes, the so-called susceptibility (S) genes, are involved in a wide range of plant fundamental processes that are hijacked by the pathogen through the delivery of pathogen effectors. In the wheat - Fusarium graminearum pathosystem, the role of such S genes in the Fusarium head blight outcome has already been demonstrated in several studies but the identification of their diversity and the characterization of their contribution to the disease development remain a major challenge. Improving our knowledge of effectors and their targets is therefore a particularly promising lever for tracing original S genes. Over the last ten years, we designed a range of genomics and original dual-omics approaches to decipher the intricate interplay of F. graminearum effectors with wheat responses during the early stages of the infection progress. Merging information from both the fungus and the plant responses using system biology approaches, this work shed light on a highly conserved and complex infection program based on a core-effectome sequentially expressed during the infection progress. The dual-integration of wheat’s responses with the expression data of the F. graminearum core-effector genes led to the identification of susceptibility factors mostly involved in the inhibition of plant defense mechanisms of which, several genes corresponded to highly connected master regulators orchestrating wheat responses to a wide range of stresses. Taken together, our results lead to the identification of reliable key fungal genes involved in the wheat’s susceptibility to pathogen and brought valuable information for further researches in generic plant stress adjustments.

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SEPTEMBRE

Vendredi 15 : 9h30 - 11h30 Airial, organisé par Raphaël Ségura " Réflexion autour de la création d’un "fablab" 

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Vendredi 22 , Anne-Lise Liabot "VICTOR - Veille Intelligente pour les cadres, textes et objets réglementés - https://victor.inrae.fr/" - 9h30-10h30 à l'Airial et visio zoom

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Vendredi 29 - toute la journée,  lancement du PSGAR GRIFON

9h-9h30 accueil

9h30-12h30

-intro (Christophe Plomion et Arnaud Sergent) 10’   

-METAPROJET n°1 (échelle du peuplement) 90’

Heidy Schimann et Philippe Deuffic:  présentation du MP1 (10’) suivi de la présentation des Action de Recherche (AR) qui le constituent.

-METAPROJET  n°2 (échelle du territoire) 50’

Christine Bouisset et Hervé Jactel : présentation du MP2 (10’) suivi de la présentation des Action de Recherche (AR) qui le constituent (40’).

 pause déjeuner 12h30-13h30 (pique-nique ou cantine dans ce cas vous inscrire dans l’evento suivant https://evento.renater.fr/survey/psgar-grifon-p83fbi7f). Le paiement du repas (env. 12€) se fait directement sur site.

 13h30-16h

-SEMINAIRE invité sur les « risques multiples au cœur d’enjeux sociétaux majeurs » 30’

-METAPROJET n°3 (échelle du massif) 35’

Denis Loustau et Régis Pommier présentation du MP3 (10’) suivi de la présentation des Action de Recherche (AR) qui le constituent (40’).

 -Volet Animation et Gouvernance : Christophe Plomion & Arnaud Sergent 10’

-Volet Formation : Maya Gonzalez/JM Domec pour BSA et Mauricette Mesguich pour Maison de la Science 20’

-Volet Transfert & Communication : Christophe Orazio 10’

-Discussion générale 30’

-Conclusion de la journée par ses deux « grand témoins » porteurs des 3R BIOSENA et FUTURS-ACT 30’

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OCTOBRE

Vendredi 6 - 9h30 - 10h30, Airial & Visio, Présentation de Richard Whittet. NB : le séminaire sera en anglais

Titre: “Applied Forest Genetics in Great Britain”

In this seminar, Richard Whittet will briefly introduce British forestry and provide an overview of applied forest genetics research at Forest Research – a programme that has been running for 75 years this year. His team are working on Picea sitchensis, Pinus sylvestris, Fraxinus excelsior, Pseudotsuga menziesii, Betula pendula and Larix spp. UK Government investment in research and development related to tree planting is currently favourable and the team is growing as a result with several new short-term projects. Richard will discuss how these opportunities are being used and combined to consolidate tree breeding resources and develop new techniques but also discuss the challenges of advancing tree improvement programmes under short funding cycles and in a changing environmental and social context for forestry.

Richard is spending three weeks in France (Oct. 2nd – Oct. 20th 2023) as part of a research exchange funded by Institut Européen de la Forêt Cultivée, which has also supported visits by two INRAE students/staff to the UK. He is spending two weeks in Bordeaux and one week in Orleans. As well as exploring opportunities for future collaboration and visiting forests, he is interested in reviewing the overall governance of forest genetics research in France and supporting research infrastructure such as field trials and plant production.

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Vendredi 13 - 9h30 - 10h30, Airial & Visio (le lien visio  sera envoyé par mail)

Brigitte Musch, ONF

Titre : Les Ilots d'avenir: un dispositif expérimental en gestion
Résumé : Le changement climatique a des impacts importants sur la forêt: diminution de la croissance, dépérissement, mortalité... Les enjeux pour la biodiversité sont très importants. Pour répondre à ce défi, l'ONF s'est doté d'une stratégie d'adaptation au changement climatique. Celle-ci s'appuie notamment sur les ressources génétiques et le renouvellement. Différentes options sont proposées dont la plantation avec des ressources génétiques autochtones ou non. Or, pour beaucoup d'essences et de provenances, nous manquons de référentiel et la vitesse du changement climatique implique de proposer rapidement des options. C'est pour répondre à ce double objectif que des tests en gestion, les ilots d'avenir sont actuellement installés en forêt.

exposé et diapos en français.

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Vendredi 20 - organisé par Bastien Castagneyrol, Airial, 9h30 - 11h45 , "stratégie à mettre en place au niveau de l'unité pour péréniser nos actions de médiation auprès des scolaires"

Discussion sur l'implication de BIOGECO auprès des scolaires.

Les demandes sont nombreuses, mais bien sûr le temps manque pour répondre à toutes favorablement. Malgré ça, nous accueillons tous les ans des élèves de différents niveaux, de la sixième à la terminale et plusieurs personnes interviennent aussi au moins ponctuellement auprès des classes. L'unité a aussi été impliquée dansplusieurs actions pilotées par Cap Science ou le rectorat.

L'objectif de cette animation serait de :

1/ Pourquoi est-ce qu'on s'impliquerait auprès des scolaires ?

2/ Faire un point sur qui a déjà fait quoi, avec un retour d'expérience
Celles et ceux qui voudraient apporter un témoignage peuvent préparer une diapo max à  envoyer àbastien.castagneyrol@inrae.fr la veille. Mais ces personnes peuvent aussi se manifester pour témoigner sans diapo !

3/ Quelles actions pourrait-on péréniser au niveau de l'unité

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NOVEMBRE

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 DECEMBRE

Vendredi 01 - 9h30-10h30, Airial, Arndt Hampe: "Dynamiques des forêts dans un monde changeant"

Les politiques actuelles accordent beaucoup d'attention à la restauration des forêts pour faire face à la double crise du changement climatique et de la perte de biodiversité. Dans le même temps, les forêts du monde subissent des variations sans précédent des conditions environnementales. Ce séminaire tente de donner une vue d'ensemble des dynamiques forestières récentes et de leurs implications pour la restauration forestière.

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Vendredi 15 - 9h30-10h30, Artiga, Soizig Le Stradic & Inge Van Halder : "Evaluation multi-taxon de la recolonisation spontanée d’une prairie alluviale sur l'île de Raymond".

Dans un contexte mondial d’érosion de la biodiversité et de dégradation des habitats, les efforts visant à restaurer les zones humides, notamment les prairies alluviales, sont d’une importance majeure pour le rétablissement de la biodiversité. La limitation de la dispersion étant l’un des principaux obstacles à la restauration, les apports de matières végétales (par exemple le semis direct) sont couramment utilisés pour compenser la limitation des graines. Cependant, ces apports peuvent à leur tour entraver l’établissement d’autres espèces en raison d’une exclusion compétitive (par exemple, effets prioritaires), et le succès de la restauration n’est alors pas garanti. Par conséquent, la recolonisation spontanée doit être évaluée sur les zones où des apports biologiques ont été effectués, en particulier sur le long terme, car les trajectoires de restauration peuvent être très variables. Dans ce contexte, nous avons utilisé une approche multi-taxons (Botanique, papillons et faune du sol) pour évaluer la recolonisation spontanée d’une prairie alluviale, située dans le sud-ouest de la France (Île de Raymond) et qui fait l’objet d’une réhabilitation depuis 2010.