2022

DECEMBRE

Vendredi 2 décembre - 9h30-10h30 - Airial et Zoom - Présentation de deux nouveaux projets Horizon Europe coordonnés par Biogeco

OptFORESTs par Santiago González-Martínez

wildE par Arndt Hampe

Vendredi 9 décembre

- Animation IA pour l'écologie

L'équipe d'animation S&T et le PCM informatique proposent une animation transversale autour de l'IA pour l'écologie.

Matin

9h30 - 10h15: Vincent Miele (CNRS). Images, machine learning et écologie : pièges et recommandations.

10h15 - 10h25: B.Castagneyrol. Utilisation de BirdNet pour reconnaître les chants des oiseaux dans le cadre de sciences participatives

10h35 - 10h45 : A. Franc. Données et modèles en grande dimension : malédiction ou bénédiction

10h45-11h: pause

11h-11h45 : Pierre-Olivier Liabot (IFREMER).  Estran, télédétection et deep learning : un parcours sinueux

11h45-11h55 : L. Duvaux. Apprentissage automatique en génomique: l'exemple de la détection de SNPs faux positifs

11h55 - 12h05 : S. Labarthe. "Informed IA". Intégrer de la connaissance a priori dans des méthodes d'apprentissage.

12h05 - 12h30: Discussions. Créer un démonstrateur utilisant le deep-learning sur un jeu de données de l'unité?

Après-midi:

TP: "TP d'introduction à l'IA avec python et Keras". Pierre-Olivier Liabot (IFREMER).

Pré-requis : il faudrait que chaque participant ait un PC avec un accès à internet et un compte Google. L'idée serait de travailler sur Google Colab (https://colab.research.google.com/) .

NOVEMBRE

Vendredi 25 - 9h30-10h30, !!! Salles des Pyramides, Pierroton !!!

Enregistrement disponible pour téléchargement : http://gofile.me/5ffet/0ETgyTVac 

Irene Castañeda González

Caractérisation des facteurs écologiques qui structurent les assemblages d’espèces
Mes recherches se focalisent sur l’étude des interactions trophiques comme sont la prédation, la dispersion de graines et l’herbivore exercé par les mammifères dans les écosystèmes plus ou moins anthropisés (des espaces protégés jusqu'aux zones urbaines) de l’échelle locale à celle globale pour répondre à deux questions principales: i) quel est le rôle des interactions biotiques dans le fonctionnement et la structure des écosystèmes ? et ii) comment ces connaissances peuvent-elles être appliquées pour la conservation et la restauration des habitats naturels? Pour répondre à ces questions, j’ai étudié la prédation exercée par les renards roux (Vulpes vulpes) et les chats domestiques (Felis catus) et les conséquences écologiques des interactions prédateurs-proies. Aussi, j’ai étudié le rôle des ruminants sauvages et domestiques dans la dispersion de graines et l’effet de l'herbivorie exercée par une race rustique locale de bovidé (vache Marine Landaise) sur la végétation des landes humides.

Vendredi 18 - 9h30-10h30 

Enregistrement disponible pour téléchargement : http://gofile.me/5ffet/yzUqh4tYF

Laurie Dupont-Leduc - Doctorante à l'Université du Québec à Rimouski (en français)

Comprendre les effets de la diversité fonctionnelle, de la structure de la canopée, du climat et du vent sur la productivité forestière dans l’est du Canada

L’approche écosystémique en aménagement forestier a reçu beaucoup d’attention au cours des dernières décennies en favorisant à la fois la diversité structurale et spécifique. Ces deux types de diversité influencent plusieurs éléments de la dynamique des peuplements forestiers, tels que la croissance, le recrutement et la mortalité des arbres, en plus des multiples interactions au sein même des communautés. Cependant, dans le contexte actuel des changements climatiques, l’interaction entre la diversité fonctionnelle, la productivité et le climat reste encore à définir afin de savoir si les forêts plus diversifiées ont une meilleure capacité d’adaptation que les forêts monospécifiques. Ainsi, l’objectif général de ma thèse est d’expliquer l’effet de la diversité fonctionnelle sur la productivité forestière ainsi que sur la structure de la canopée, à travers une étude à grande échelle couvrant les forêts dans l’est du Canada. Pour ce faire, des variables d’inventaires forestiers classiques en plus de celles provenant de lidar aéroporté, encore peu
exploitées pour prévoir le développement des forêts, serviront à établir : (i) quels traits fonctionnels influencent l’accumulation en biomasse des forêts et dans quelle mesure, chacun des éléments de la dynamique forestière (croissance, mortalité ou recrutement de nouveaux arbres) y contribuent (ii) comment le climat interagit avec la diversité des traits fonctionnels pour affecter le gain en biomasse (iii) comment la canopée varie avec la diversité fonctionnelle et interagit avec le climat et le vent. Ainsi, l’apport des contraintes biomécaniques par le vent et ceux des stress environnementaux sur le développement des forêts de l’Est-du-Canada seront départagés. Les
retombées scientifiques attendues permettront de prendre la diversité en considération dans les trajectoires sylvicoles afin d’augmenter la productivité des peuplements tout en réduisant leur vulnérabilité face aux perturbations et aux changements climatiques.

Enrique Sáez Laguna - postdoc Biogeco (in English)

Role of genetic load in woody plant adaptation.

Introductory talk in which Enrique will present his career, where is he coming from, what are his interests and the focus of his research at Biogeco. He has joined us within the GPR-BPS – WP5: Perfit project to explore the role of genetic load and negative selection in adaptation and its relation with fitness and productivity. A collection of genomic data from several woody species, from temperate to tropical trees and from wild to domesticated species, will be analysed for this purpose.

OCTOBRE

Lundi 3 oct. Animation Scientifique transversale : « Interactions hôtes - microorganismes » (organisation JC & Cyril)

14h15 – 15h15 : Véronique Jorge : "Identification de résistance dans les pathosystèmes Populus spp./Melampsora spp."

15h15 – 16h25 : courtes présentations présentant des activités de recherches menées à  Biogeco (8 min + 2min discussion)

 -              Santiago Gonzalez-Martinez : Adaptation des pins aux agents biotiques

 -              Cécile Robin & Marc Kleinhentz : interaction pin maritime - nématode

 -              Marylise Marchand : Effet de dilution d'un pathogène racinaire par des espèces non-compétentes

 -              Fanny Robledo-Garcia: Phénotypage de la résistance des arbres: quels espoirs offrent la SPIR?

 -              Cyril Dutech : Interaction(s) Fomes – Pin Maritime : Par quel bout la(es) prendre ?

 -              Jean-Paul Soularue : Effets antagonistes du déploiement d'arbres résistants sur l'évolution de l'agressivité de pathogènes fongiques

 -              Benjamin Brachi : Plant genetic effects on microbial hubs impact host fitness in repeated field trials

16h25 – 17h Discussion générale

 Quelques points de discussion possibles:

-              Relations entre diversité des hôtes et diversité des micro-organismes en tenant compte de la gestion sylvicole

-              Quelle gestion sylvicole intégrant les épidémies?

-              Place des micro-organismes dans les stratégies de migration assistée

-              Que sait-on des trade-off éventuels entre réponse/adaptation des arbres à leur pathogènes et les interactions biologiques pathogènes-microbiome 

Mardi 11 octobre - 9h30-10h30, enregistrement sur le NAS Biogeco de Pierroton, mp4 téléchargeable sur http://gofile.me/5ffet/lfpnQAef4

Ivan Paz-Vinas, Colorado State University, USA (in English, questions en français ou anglais)

"Opportunities and challenges of macrogenetic studies"

Abstract - The rapidly emerging field of macrogenetics focuses on analysing publicly accessible genetic datasets from thousands of species to explore large-scale patterns and predictors of intraspecific genetic variation. Facilitated by advances in evolutionary biology, technology, data infrastructure, statistics and open science, macrogenetics addresses core evolutionary hypotheses (such as disentangling environmental and life-history effects on genetic variation) with a global focus. Yet, there are important, often overlooked, limitations to this approach and best practices need to be considered and adopted if macrogenetics is to continue its exciting trajectory and reach its full potential in fields such as biodiversity monitoring and conservation. In this seminar, I will review the history of this rapidly growing field, highlight knowledge gaps and future directions, and provide guidelines for further research.

Roberta Gargiulo, Kew Gardens, UK (in English)

“Estimates of effective population size in plants with complex life-history traits” 

Short summary: Effective population size (Ne) is a fundamental parameter in evolution and conservation as it provides an indication of the loss of genetic variation in natural populations. However, current baselines for effective population size to census size ratios are not representative of species with complex life-history traits, especially plants. The lack of reliable effective population size to census size ratios hinders our ability to predict loss of genetic diversity from the number of individuals in a population, and this misleads conservation efforts. In this talk, I will describe my research on Ne in orchids and our recent progress in estimating Ne in tree species during my short-term scientific mission at INRAE BioGeCo.

Jeudi 13 et Vendredi 14 octobre - Réunion du réseau de génétique ECODIV à Pierroton

Olivier Lepais: Apports de l'analyse de polymorphismes liés pour l'inférence de l'histoire démographique

Jules Romieu: Comment identifier la part de l'introgression qui est due à la sélection ?

Domitille Coq--Etchegarray: Architecture génétique des métabolites spécialisés foliaires chez le chêne sessile (Quercus petraea)

Thomas Dumartinet: Une architecture adaptative complexe impliquée dans l'érosion de résistances variétales chez le champignon Pseudocercospora fijiensis, agent causal de la maladie des raies noires du bananier

Sukanya Denni: Assemblage automatique et reproductible de génomes à partir de données PacBio HiFi

Andrea Modica: GWAS on beech phenological and other adaptative traits

Benjamin Brachi: Détection des bases génétiques de l’efficience d’utilisation de l’eau chez le chêne Sessile par séquençage en pool

Erwan Quéméré: L'ADNe pour décrypter la dynamique éco-évolutive d'un système hôte-parasite en milieu aquatique : le cas de la PKD dans les populations de truites des Pyrénées

SEPTEMBRE 2022

2 sept. 9h-12h00 (Airial) Espace de discussion scientifique "post-incendie" multi-unité (biogeco, ispa ettis, uefp) organisé par C Plomion.

invités Eric Rigolot: URFM Avignon, Christophe Orazio: IEFC, Klara Bouwen: ispa

9 sept. 9h30 - 11h30 Airial, présentiel - Grégory Lambert (Cellule de Communication INRAE-Nouvelle Aquitaine), Margaux Herschel et Patrick Lambert (chercheurs à l'unité EABX)  - Jeux sur la biodiversité. Les jeux sont des "serious games" créés par l'unité EABX avec deux objectifs: (i) le premier est de fournir aux participants un objet de médiation répondant à un des objet de recherche, afin que sans trop de préparation n'importe quel collègue de l'unité puisse participer à des évènements de culture scientifique (fête de la science, etc...), (ii) le deuxième est que ce jeu soit adapté du collège au public adulte. 

9h15-9h30 Pause café

9h30-9h45 Grégory Lambert (à distance) & Margaux Herschel (en présentiel) : Un peu de théorie sur les jeux sérieux et la médiation scientifique

En présentiel:

9h45h-10h45 Test de deux jeux « biodiversité » visant à comprendre leur mécanique (2 groupes pour 2 jeux : grand public & gestionnaires, 30’ par jeu): 

10h45-11h05 Patrick Lambert : Réflexion, et l'articulation science/médiation, coûts, bilan, difficultés

11h05-11h30 Discussion

16  sept.  9h30 -10h30 Airial, hybride - Andrea Rau, Leveraging multi-omic data for integrative exploratory, predictive, and network analyses

Abstract: The increased availability and affordability of high-throughput sequencing technologies in recent years have facilitated the use of multi-omic studies, expanding and enriching our understanding of complex systems across hierarchical biological levels. Integrative methods for these heterogeneous and multi-faceted omics data have shown promise for enhancing the interpretability of exploratory analyses, improving predictive power, and contributing to a holistic understanding of systems biology. However, such integrative analyses are accompanied by several major obstacles, including the potentially ambiguous relationships among omic levels, high dimensionality coupled with small sample sizes, technical artefacts due to batch effects, potentially incomplete or missing data… and the occasional difficulty in posing well-defined and answerable research questions of such data. In light of these challenges, in this talk I will discuss a few of our recent methodological contributions to integrate multi-omic data for (1) exploratory analyses, (2) genomic prediction, and (3) network inference, all with a focus on enhanced interpretability and user-friendly software implementations.

23 sept 9h00-10h45, Airial et Zoom: Discussions post-incendie, les actions !

Après avoir fait part à la présidence du centre NA en fin de semaine passée des dommages subis (dispositifs de recherche à Biogeco) suite au incendies, les unités de recherche du centre vont maintenant aborder la phase 2 qui concerne celle des opportunités (très court terme +  suivi temporel) pour la recherche. Il faut bien anticiper avant même de solliciter la région NA pour de possibles financements !

Nous vous proposons de nous faire part des actions que vous souhaiteriez mener ou discuter. Elles peuvent être de différentes natures : des observations, des récoltes d’échantillons (sol, plantes, animaux), des réflexions sur la place de la recherche dans la reconstitution de ces 30kha … avec déjà qqs ateliers (nous les mènerons en parallèle vendredi 23 sept. au matin  de 9h-10h avant une mise en commun de 10h15-10h45 (pausé café entre deux).

HEIDY - suivi des dynamiques de régénération forestière, incluant non seulement les peuplements d'arbres mais surtout les processus, réseaux trophiques et communautés du sol. pour questionner  les capacités de résistance et de résilience à des évènements extrêmes.

SYLVAIN (ne sera pas présent, mais informe sur les actions menées) - échantillonnage (en cours) de parcelles brûlées pour tester l'impact du feu sur la survie des arbres

CÉCILE, CYRIL ou HEIDY (à confirmer) - suivi des champignons pourridés et autres communautés/taxons de champignons du sol
ALEXIS - un moratoire pour la gestion forestière de la forêt usagère de la Teste de Buch, mais pour quoi faire ?

CÉLINE - réflexion sur la sur la classification des zones à étudier, voir Fernández-Guisuraga JM, Calvo L, Fernandes PM, Suárez-Seoane S. Short-Term Recovery of the Aboveground Carbon Stock in Iberian Shrublands at the Extremes of an Environmental Gradient and as a Function of Burn Severity. Forests. 2022; 13(2):145. https://doi.org/10.3390/f13020145

FRED D. - idée à discuter: quadrillage du massif par des grands pare-feu pour éviter que tout le massif de brûle en cas de feu hors norme...

CATHERINE - info: le CBNSA a commencé à faire des inventaires botaniques sur la Teste (ils en avaient fait avant depuis un moment); la végétation repart vite pour certaines espèces et ils réfléchissent aussi à la question de quoi faire après. Je transmets cette info dans l'idée de concertation plus large.

Jeudi 29 septembre - après-midi, Webinaire de restitution du projet TREEPEACE

Ce webinaire à destination de l'ONF et d'un public large offrira un résumé des principaux résultats du projet TREEPEACE sous forme vulgarisée.

Programme:

14h00-14h15 : Treepeace : s’inspirer des leçons du passé pour comprendre l’évolution contemporaine et future des chênes :  Antoine Kremer

14h15-14h45 : Que nous apprend l’ADN ancien sur l’évolution des chênes ? Stéfanie Wagner

14h45-15h15 : Introgression et adaptation chez les chênes blancs européens : Thibault Leroy 

15h15-15h30 : Pause

15h30-16h00 : Changements évolutifs au cours de l’Anthropocène  chez les chênes blancs : Antoine Kremer

16h00-16h30 : Fructification des chênes et changement climatique :Thomas Caignard

16h30-17h00 : Adaptation à la sécheresse chez le genre Quercus: variations phénotypiques et génétiques des traits hydrauliques : Sylvain Delzon

Les intervenants :
Thomas Caignard, Post doctorant INRAE UMR BIOGECO Bordeaux
Sylvain Delzon, Directeur de Recherches INRAE UMR BIOGECO Bordeaux
Antoine Kremer, Directeur de recherches Emérite INRAE UMR BIOGECO Bordeaux
Thibault Leroy, Chargé de recherches INRAE UMR GDEC Clermont Ferrand
Stefanie Wagner, Ingénieur de Recherche CNRS UMR AMIS Toulouse

Vendredi 30 septembre, 13h30 - 17h00 Airial (Cestas Pierroton) et Zoom - Animation transversale Biogeco sur les Forêts tropicales: enjeux scientifiques et sociétaux de la gestion durable et de la production de bois (en Guyane)

Enregistrement disponible: http://gofile.me/5ffet/EvDw0QZU5

L'objectif de cette demi-journée sera de mieux comprendre les enjeux autour de la gestion durable des forêts tropicales, recueillir l'expertise des collègues de Biogeco mais aussi d'autres collègues et avoir des discussion dans l'idée de pouvoir proposer un projet de recherche interdisciplinaire autour de cette question dans le futur. Comme le PEPR FORESTT est refusé (vraiment trop dommage), nous pensons que cela reste utile d'avoir des discussions et d'identifier de possibles pistes de travail et des collaborations. Nous vous proposons de remplir un tableau de post-it Klaxoon avec vos intérêts et idées de recherche en amont et durant l'animation: https://app.klaxoon.com/join/PUJS9KM. La synthèse des discussions pourrait aboutir à l'écriture d'un petit article de synthèse de la journée (diffusion à discuter).

Programme

13h30 - 14h15 Plinio Sist, CIRAD, UR Forêts et Sociétés, Montpellier (par visio): Exploitation sélective de bois d'oeuvre en Amazonie: les conditions de sa durabilité écologique (40 min + questions de compréhension)

14h15 - 15h15 Géraldine Derroire, CIRAD, UMR Ecofog, Kourou; Guillaume Salzet, UMR Bureau d'Économie Théorique et Appliquée (BETA), Nancy, et UMR 745 EcoFoG, Kourou; Julie Bossu, CNRS, UMR Ecofog, Kourou (par visio): Contexte de la production de bois en Guyane: volets écologique et socio-économique (titre à confirmer)

15h15 - 15h35 Pause café

15h35 - 16h30 Tour de table: tous les participants se présentent et finissent de remplir le tableau de post-it Klaxoon (https://app.klaxoon.com/join/PUJS9KM)
- Quelles sont vos expériences, compétences et intérêts de recherche (spécifiques) sur les forêts tropicales?
- Selon vous, en prenant en compte les présentations d'aujourd'hui, quelles sont les questions générales et les enjeux larges à aborder en rapport avec la gestion durable des forêts tropicales?
- Pouvez-vous proposer des collaborations ou des dispositifs expérimentaux en Guyane ou d'autres régions/pays tropicaux qui pourraient être utiles pour aborder ces questions?
- Quelles synergies avec les recherches sur les forêts tempérées pourraient être mises en avant (techniques, success stories etc.)?
- Quels financeurs possibles pour aborder ces questions?

16h30 - 17h00 Discussion générale et synthèse du Klaxoon (connexions entre questions, dispositifs, synergies etc.)

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JUILLET 2022

1er Juillet - 9h30 Airial et zoom

>Clémence Becans, M2 encadré par Jean-Paul Soularue (présenté par Jean-Paul) : 

"Evolution d'un pathogène forestier en expansion : le cas d'Hymenoscyphus fraxineus, l'agent causal de la chalarose du frêne"

 >Brice Mitsoune, M2 encadré par Didier Alard :

"Faune sauvage et dispersion dans la trame paysagère : interactions avec les ILTs (Infrastructures Linéaires de Transport)"

JUIN 2022

24 juin

séminaire "vivants et technologies" . Place des technologies dans les recherches sur le monde vivant.
-Stéphanie Mariette, Sophie Gerber (INRAE) : Place des techniques de marquage génétique et de séquençage dans nos pratiques de recherche sur la biodiversité depuis les années 2000, regard rétrospectif.
-Michel Hernould (Université de Bordeaux) : Édition des génomes (notamment CRISPR-Cas9), démarche, mise en œuvre, applications, éventuels dangers.
-Pascal Ragouet et Philippe Gorry (Université de Bordeaux) : Génomique et cancer. La construction sociale d'un dogme scientifique.

17 juin

9h-9h30 Olivier Le Bourdelles, Biogeco: Olivier présentera son stage de M2 financé par Biogeco, et dirigé par Victor Papin.Titre : Acquisition de données phénotypiques avec le résistographe pour la construction de normes de réaction-

9h30 - 10h30 Muriel Dagens, Coordonnatrice académique pour l’Education au Développement Durable, Rectorat de Bordeaux, Académie de Bordeaux

Résumé: L'écologie occupe une place importante dans les programmes de l'éducation nationale, de la maternelle au lycée. Elle y est abordée de manière disciplinaire, notamment au collège et au lycée dans les cours de Sciences de la Vie et de la Terre, mais également de manière transversale dans l'Education au Développement Durable. Les savoirs enseignés sont alors mobilisés pour construire des savoir être, et préparer les élèves à agir en citoyens face aux défis socio-environnementaux qui les attendent. L'Education Nationale ne peut pas à elle seule porter cette ambition, d'autant que les connaissances scientifiques évoluent rapidement. En tant que personnels de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche, nous pouvons jouer un rôle dans l'éducation à la science et à l'environnement, en partenariat avec l'Education Nationale.

10 juin

Pierre Bonnet (Cirad)  9h30 à 10h30 visioconférence. Le projet PlantNet.

3 juin

David Chagné, The New Zealand Institute for Plant & Food Research Ltd

Le manuka néo-zélandais: de la génomique à la culture Maori 

Enregistrement : https://nas-pgtp.pierroton.inra.fr/drive/d/s/ozRP1uZ9bcpmihfdwpRDKrhbzO0mVCAl/Qbj9KbI5TzRLfSBim7Gjab1tXY2lIiZr-rblgcQzjmAk

MAI 2022

19 mai en visio

Guillaume Théroux-Rancourt - University of Natural Resources and Life Sciences, Vienna

invité par  Santiago Trueba dans le cadre du GPR BPS

Unpacking leaf anatomy : How leaves develop over three dimensions to adapt to their growth environment, from single species to the dominance of angiosperms

13 mai - 9h30-10h30 Airial (Pierroton) et visio - Brainstorm Biogeco sur le topic HORIZON-CL6-2024-BIODIV: Conservation and protection of carbon-rich and biodiversity-rich forest ecosystems

6 mai, visioconférence, 13h30 - 17h00 - Séminaire sur les indicateurs de fragilité génétique pour l’anticipation des changements climatiques 

Le changement climatique transforme les conditions d’existence des espèces et de leurs populations. Or, ces dernières disposent de moyens plus ou moins importants de résistance face au changement climatique, y compris des capacités de résilience aux aléas extrêmes qu’il implique. Ainsi, chez les espèces à vaste répartition géographique, les populations sont souvent adaptées aux conditions environnementales et montrent un potentiel d’adaptation aux changements climatiques qui fonction de la diversité de leurs génomes (et epigenomes) et de leurs histoires démographiques, démontrant leurs capacités passées à s’adapter à des climats divers. 

Mais la vitesse du changement climatique actuel pourrait se révéler bien plus rapide que leurs capacités d’évolution, les rendant plus vulnérables. La diversité génétique locale ou la vitesse de migration naturelle des populations pourraient ainsi être insuffisantes à les préserver localement, même compensées par d’autres mécanismes tels que la mémoire épigénétique, qui permet la transmission d’information indépendante de l’information génétique. A l’extrême, les espèces elles-mêmes pourraient être menacées si les populations étaient en trop faibles effectifs et si leur niche écologique se restreignait trop fortement. 

Mettre au point et tester des indicateurs de vulnérabilité des populations au changement climatique est donc une nécessité pour évaluer les risques encourus par les espèces. Cette mise au point d’indicateurs demande des approches combinées en écologie, écophysiologie, (épi)génomique et génétique de populations. En outre, la vulnérabilité des espèces et de leur diversité (épi)génétique intéresse les aménageurs et tous ceux qui sont concernés par l’évolution à court et moyen termes de la biodiversité, que ce soit dans le cadre de l’aménagement du territoire, de l’utilisation des ressources génétiques en agriculture ou de la conservation de la biodiversité. 

Le vendredi 6 mai de 13h30 à 17h, ce premier séminaire a pour objectif de réunir la communauté scientifique et les acteurs régionaux intéressés à la définition et à l’utilisation d’indicateurs de vulnérabilité des populations naturelles ou cultivées, dans les domaines végétal, animal, mycologique ou microbien afin de faire émerger un ou plusieurs projets contribuant à la production de connaissances sur ces derniers pour anticiper les changements climatiques.

Public : Chercheurs et enseignants chercheurs, et tout public intéressé par la vulnérabilité des espèces et leur diversité ainsi qu’à l’adaptation et l’anticipation au changement climatique. 

Intervenants et animateurs 

❖ Jean-Louis Durand , Directeur de recherche INRAE Nouvelle-Aquitaine-Poitiers, Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies Plantes Fourragères (UR P3F). 

❖ Jean-Paul Sampoux, Ingénieur de recherche INRAE Nouvelle-Aquitaine-Poitiers, Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies Plantes Fourragères (UR P3F). 

❖ Philippe Gallusci, Professeur de biologie moléculaire végétale à l’Université de Bordeaux, Unité mixte de recherche ecophysiologie et génomique fonctionnelle de la vigne. 

❖ Myriam Heuertz, Directrice de recherche INRAE, Nouvelle-Aquitaine-Bordeaux, Unité mixte de recherche Biogeco. 

❖ Elsa Barrillon, Chargée de mission Futurs-ACT (Animatrice) 

Contact Elsa Barrillon - Chargée de mission Futurs-ACT - info@futurs-act.fr

AVRIL 2022

26 avril - 10h30 - 11h30 Airial (Pierroton) et Zoom  - David Pot, CIRAD, UMR AGAP, Montpellier

From ideotyping to varietal innovation, a long bumpy road from evolutionary genetics to optimized breeding strategies. Application to multi-purpose sorghum breeding

Plant breeding is a matter of numbers, but not only.... The breeding pipeline relies on several key steps including i) the definition of the ideotype(s) to target, ii) the assessment of the functional diversity that will be mobilized, iii) the development of tools to assess the performance(s) of the breeding materials and more importantly to predict them, iv) the optimization of the breeding strategies... In the frame of a collaborative effort merging plant scientists (geneticists, ecophysiologits, modellers, biochemists, breeders) from France and West Africa and end-product scientists (animal nutrition, energy, building materials), we tried to contribute to the optimization of this pipeline with the aim to develop multi-purpose sorghum varieties. The objective of this presentation won't be to provide a turnkey solution (that we don't have !!) but to try to highlight what could have been done with more efficiency and what we missed or failed to anticipate.

Enregistrement : https://nas-pgtp.pierroton.inra.fr/drive/d/s/oRHxe54qgJmX3YtAl66wLaZBPglZ9YhD/KxCKWgrygbE4lQQQXv2Q5FP5LXfUDDF7-jLMg38XWeQk

22 avril - 9h30 - 10h30 Airial (Pierroton) et Zoom - Benjamin Adroit, Swedish Museum of Natural History / Université de Montpellier

La nécessité des interactions plante-insecte pour caractériser les changements des écosystèmes passées. 

Ecosystems are defined by the community of living organisms and how they interact together and with their environment. Insects and plants are key taxa in terrestrial ecosystems and their network determines the trophic structure of the environment. However, what drives the interactions between plants and insects in modern and fossil ecosystems is not well understood. Through an analysis of insect herbivory traces on 5,000 fossil leaves from early Miocene strata of Central Europe and the Mediterranean, comprising a latitudinal gradient in a temperate climate setting, we highlighted the differences of interpretation based on univariate or multivariate analyses of the plant-insect interactions measured. If a univariate analysis suggests a close trophic similarity between the Mediterranean and either the one or the other Central European plant assemblage; the multivariate analysis indicates a closer similarity among the two Central European locations, which is highlighting the importance of biogeographic legacy. The results that are presented call for careful interpretations of plant- insect interaction patterns in palaeoecological studies and propose a new type of figure and approach associated that might be a promising complementary method in comparative studies of plant-insect interactions.

Enregistrement : https://nas-pgtp.pierroton.inra.fr/drive/d/s/oNwkLnOGIdP2byGrIye0OGWFAsamwmyM/2abI3JzvgEIoO23QqTrYxeOQeqgrCkqO-F7oASz8_dwk

8 Avril - Animation "écologie urbaine" - salle des séminaires du bâtiment B2 (Pessac) et en visioconférence

- 9h-9h05:  introduction

- 9h05-9h55: "Influence sur les plantes et les pollinisateurs d'un double gradient d'anthropisation agricole et urbain en milieu périurbain" par Emmanuelle Baudry (UMR Ecologie Systematique et Evolution, Université Paris Saclay)

- 9h55-10h15: Pause café

- 10h15-11h15: Exposés Biogeco (10 min/exposé + 2 min de questions)

• Factors driving urbanization effects on biodiversity: a meta-analysis" par Irene Castañeda 
• Biodiversité péri-urbaine à Bordeaux métropole: premiers résultats d'un échantillonnage multi-taxons de la faune par Frédéric Barraquand
• Suivi des pollinisateurs par les sciences participatives sur le territoire de Bordeaux Métropole par Frédéric Revers
• L'action COST Urban Tree Guards (Safeguarding European urban trees and forests through improved biosecurity) par Hervé Jactel
• Quelques considérations sur les systèmes racinaires des arbres urbains par Frédéric Danjon

- 11h15-12h15: Discussion générale

1 avril, "Wind damage to Norway spruce during storms in Norway and Italy". Peter Zubkov, Norwegian University of Life Sciences and Maximiliano Costa, University of Padua.

Enregistrement : https://nas-pgtp.pierroton.inra.fr/drive/d/s/o9Ahhb2d90xKH3ETHMJB8O2XjBgwpyej/VhyxROB_ySSo8YN3SQWBwbH8oR2aTgAE-er1AIgnJawk

MARS 2022

25 mars, "Echelles et patrons de variations de la densité des bois des résultats du projet XyloDensMap et des perspectives", Jean-Michel Leban

Enregistrement : https://nas-pgtp.pierroton.inra.fr/drive/d/s/nzCbN8Vp854j9dhaxY5L6Tcq0VddEFVF/TTMHhJ6jvsdycE7_ousVW3SujZYhZMb_-4rPglCcUZAk

14 mars AG d'unité, 14-17h, Airial

Dérèglement climatique: de la connaissance à la réflexion collective sur nos activités de recherche

Au cours des dernières années, la société s’est mobilisée, à l’échelle internationale, pour faire respecter les accords de Paris de la conférence des parties sur le changement climatique (COP21 de 2015). Ces accords engagent les signataires à réduire leurs émissions de gaz à effet de serre et à maintenir le réchauffement à un niveau bien inférieur à 2, de préférence à 1,5 degré Celsius, par rapport au niveau préindustriel. A Biogeco, les recherches que nous menons concernent notamment l’évolution de la distribution géographique des espèces en réponse au dérèglement climatique (risque d’extirpation des espèces, leur possible adaptation, ou migration, invasion biologique, etc) ou elles peuvent aussi s’intéresser au rôle joué par les écosystèmes comme puits de carbone, ou bien encore elles visent à leur conservation ou restauration.
Cette après-midi d’assemblée générale a pour ambition de faire un pas de côté et d’adopter trois angles d’analyse de nos activités de recherche : (i) tout d’abord en les considérant comme sources de dérèglement climatique par elles-mêmes, comme n’importe quelle autre activité anthropique, (ii) ensuite en se posant la question des savoirs à mobiliser, au-delà des sciences climatiques et biologiques, pour assurer une transition écologique qui puisse être juste et solidaire, (iii) enfin, en posant la question de la nécessité d’une démocratisation de toute l’activité scientifique, étant donné l’urgence climatique et plus largement écologique dans laquelle nous nous trouvons.
 
La première proposition est de partager la connaissance sur l’évolution du climat actuel. Pour aborder la complexité des causes et conséquences du dérèglement climatique, la fresque du climat est un outil de choix pour aborder le sujet avant l’AG (comptez environ 2H pour une version rapide de la fresque). Ensuite, Didier Swingedouw, chercheur à l’UMR EPOC qui s’intéresse notamment au futur possible de la circulation océanique de l’Atlantique Nord, nous présentera les figures marquantes du dernier rapport AR6 du GIEC publié en 2021.
 
Le débouché du partage de la connaissance sur le dérèglement climatique et la prise de conscience qui s’ensuit peut conduire à l’estimation de son empreinte carbone individuelle. Ce n’est pas l’enjeu de l’AG, qui vise à aborder directement les réponses collectives. La seconde proposition est donc de s’intéresser au collectif des Labos 1point5, qui mène notamment une étude scientifique nationale relative à l’empreinte carbone de la recherche publique française. Tamara Ben Ari (chercheuse en agronomie globale à l’INRAE, rattachée à l’Institut d’écologie et des sciences de l’environnement de Paris (IEES) nous présentera ce collectif et les outils développés (Tamara sera là en visioconférence, présentiel si son agenda se simplifie). A Biogeco, un groupe de travail s’est mis en place pour traiter en particulier de l’estimation de l’impact climatique du fonctionnement de nos recherches. Philippe Chaumeil illustrera une application de la démarche et expliquera les actions entreprises, celles qui paraissent réalisables, et les limites rencontrées. Marie-Lise Benot apportera son avis de naturaliste sur les aménagements du campus de l’université de Bordeaux.
 
Les calculs de cette empreinte carbone à différentes échelles peuvent donner l’impression que la question de la «décarbonation» des activités humaines pourrait être simplement d’ordre (bio)technique. Les scénarios du GIEC d’évolution de température moyenne à la surface du globe sont en fait directement dépendants de choix socio-économiques. Il a été en effet été montré que la croissance économique, traditionnellement mesurée par le Produit Intérieur Brut, est directement reliée à l’émission de gaz à effet de serre – et plus largement à la consommation de ressources biologiques et physiques – et que cette croissance a notamment pour traduction la production de biens et services de notre société de consommation. Le découplage de la croissance de l’émission de GES est très débattu. De plus, toute une partie du monde n’a pas de responsabilité historique dans l’émission de GES et cela pose directement la question de la justice climatique. Traiter la question des bouleversements climatiques et écologiques dépasse donc largement les sciences climatiques et biologiques. La troisième proposition de cette assemblée générale est de s’intéresser à la démarche de collectifs qui se sont constitués afin de «tisser des liens entre des connaissances dispersées et de réfléchir à la façon de les partager avec l’ensemble de la société, afin d’œuvrer avec elle aux moyens de réorienter notre trajectoire en changeant en profondeur les modes de fonctionnement socio-économiques actuels» (voir les Manifestes de l’Atécopol - Atelier d’Ecologie Politique de Toulouse - et de l’Ecopolien - Atelier d’écologie politique francilien - sur leurs sites internet). Laure Teulières, historienne contemporanéiste (université Toulouse - Jean-Jaurès), étudie les migrations et notamment l’histoire des Italiens en France. Elle sera là pour nous présenter l’Atécopol, dont elle est cofondatrice.
 
Face au dérèglement climatique qui s’accélère, une partie de la communauté scientifique se propose de pouvoir à l’avenir contrôler l’évolution du climat via des techniques de géoingénierie climatique. Deux catégories sont par exemple explorées en laboratoire : les techniques de captation de CO2 (usine en Islande) et les techniques de modification du rayonnement solaire (envoi d’aérosols dans la stratosphère). La dernière proposition lors de cette assemblée générale sera de se poser collectivement la question de l’utilisation de ces techniques sans contrôle démocratique, et de se poser plus largement la question du lien entre science, société et démocratie. A cette fin, Jérôme Santolini, chercheur chimiste au CEA et administrateur de l’association Sciences citoyennes, nous présentera quelques axes de réflexion et prises de position de cette association.
 
L’après-midi se clôturera par un débat permettant de relativiser chacune des approches et des implications pour les recherches à Biogeco.

4 Mars , Airial et visioconférence - Diapos en anglais et exposé en Français
Jean-Michel Leban, INRAE, UR BEF, Nancy

Echelles et patrons de variations de la densité des bois des résultats du projet XyloDensMap et des perspectives

Résumé : Le projet XyloDensMap (XDM) a débuté en 2015 à l’initiative de Jean-Michel Leban (INRAE) et de Jean-Christophe Hervé (IGN) sur la base d’une innovation de rupture permettant la mesure à haut débit de la densité du bois sur des carottes de sondage.
En associant le Service de l’Inventaire Forestier en Environnemental, le Laboratoire de l’Inventaire Forestier de l’IGN, l’Unité Biogéochime des Ecosystèmes Forestiers de l’INRAE (y compris le plateau technique XyloScience), ce projet initié sur fonds propres, visait à progresser dans la comptabilité du carbone forestier de l’ensemble des ressources forestières de France métropolitaine.
En 2017 nous avons été lauréat de l’appel à projet « Innovation et Investissement pour l’Amont Forestier » du 13 décembre 2016 en tant que projet d’envergure nationale.
Cela a permis la conduite de deux campagnes annuelles supplémentaires de collecte de carottes de sondage et la mesure de la densité de leur bois. Ce financement a également permis d’associer la Fédération Nationale du Bois, l’École Nationale Supérieure des Technologies et Industries du Bois et le Département d'Expertise sur les Ressources Forestières et le Carbone de l’IGN dans le but de transférer les nouvelles connaissances acquises aux gestionnaires, décideurs forestiers et aux structures de formations des cadres des industries du bois.
Ce projet a également bénéficié du soutien de l’ADEME et de la Région Grand-Est qui ont financé la thèse de Baptiste Kerfriden, permettant ainsi une première analyse des données acquises lors des deux premières campagnes de collecte.
Au total, à l’issue de quatre campagnes annuelles de collecte, 110589 carottes furent collectées par l’IGN et envoyées à INRAE pour la mesure d’infradensité et constituer une xylothèque des bois français. Cette nouvelle base de données permet d’enrichir les mesures de terrain faites sur les placettes d’inventaire par des mesures de propriétés des bois.
Elle est aujourd’hui complète et intégrée aux bases de données de l’inventaire forestier. C’est un exemple d’intégration réussie des données issues d’un programme de recherche dans la base de données de l’inventaire forestier national dont la vocation est d’être ouverte mais également d’être maintenue sur le long terme. Cela s’inscrit dans la démarche de la science ouverte qui vise à rendre la recherche scientifique et les données qu'elle produit accessibles à tous.
En termes de résultats, nous avons déjà pu faire une réévaluation à la hausse d’environ 10% des stocks de carbone des forêts métropolitaines.
Au cours de cet exposé je vais présenter la méthode mise en œuvre et des résultats illustrant les différents niveaux de variabilité pour les essences forestières métropolitaines, les perspectives de valorisation et le nouveau projet XyloQual qui découle de XyloDensMap.
https://www.researchgate.net/publication/321698655_Le_projet_XyloDensMap

3 mars, 10H45 - 11H30 en visioconférence
Mélanie Bayens (chargée de mission Transitions environnementales et sociétales à l'université de Bordeaux) nous parlera de la fresque du climat.

FEVRIER 2022

11 février

Soizig Le Stradic, CR Biogeco