2021

DECEMBRE

vendredi 10 dec., 9h30-16h Airial et visio. Journée d'information sur les résultats de la R&D en santé des forêts

-Bilan sanitaire 2021. Sygrid LAUNES (DRAAF SRAL Santé des Forêts Nouvelle-Aquitaine)
-Chute de la productivité des vergers à graines de pin maritime : de l’état des lieux vers la recherche. Jérôme PUISEUX (DRAAF SRFoB Nouvelle-Aquitaine) et Marion MERCADAL (FCBA)
-Nouvelle connaissances sur la biologie et le biocontrôle de Leptoglossus occidentalis, la punaise américaine des graines de pin. Inge VAN HALDER (INRAe UMR BIOGECO)
-Expansion et évolution de la Chalarose du frêne. Jean-Paul SOULARUE (INRAe UMR BIOGECO)
-Projet Sylviculture Nouvelle-Aquitaine : distribution de l’encre du châtaignier. Tatiana ALLERY (INRAe UMR BIOGECO)
-Etude des populations de Cronartium pini sur les sites de Herm, Léon et Castets - Landes. Renaud IOOS (ANSES par Visio) ou Gaëlle BURLOT (Caisse Phyto Forêt)
-Mieux connaître les tiques pour prévenir leur piqûre et agir pour la science. Jonas DURAND (INRAe UMR IAM)

jeudi 9 décembre, 14h15 - Airial. Ecologie des tiques et des pathogènes associés. Jonas Durand  - UMR  IAM

vendredi 3 décembre. 9h00-10h00 Genome-wide evolutionary response of European oaks during the Anthropocene - Antoine Kremer et Jean-Charles Leplé

The pace of tree microevolution during Anthropocene warming is largely unknown. We used a retrospective approach to monitor genomic changes in oak trees since the Little Ice Age (LIA). Allelic frequency changes were assessed from whole-genome pooled sequences for four age-structured cohorts of sessile oak (Quercus petraea) dating back to 1680, in each of three different oak forests in France. The genetic covariances of allelic frequency changes increased between successive time periods, highlighting genome-wide effects of linked selection. We found imprints of parallel linked selection in the three forests during the late LIA, and a shift of selection during more recent time periods. The changes in allelic covariances within and between forests mirrored the documented changes in the occurrence of extreme events (droughts and frosts) over the last three hundred years. The genomic regions with the highest covariances were enriched in genes involved in plant responses to pathogens and abiotic stresses (temperature and drought). These responses are consistent with the reported sequence of frost (or drought) and disease damage ultimately leading to the oak dieback after extreme events. They provide support for adaptive evolution of long-lived species during recent climatic changes. While we acknowledge that other sources (e.g. gene flow, generation overlap) may have contributed to temporal covariances of allelic frequency changes, the consistent and correlated response across the three forests lend support to the existence of a systematic driving force such as natural selection.  

vendredi 3 décembre. 9h00-10h00 Atelier technique: tout savoir sur le NextSeq 2000 - Erwan Guichoux et société  Illumina

NOVEMBRE

vendredi 26 nov. 9h30-12h 13h30-16h Journée des doctorant.e.s (Airial en présentiel, zoom en distanciel)
 
9h30-10h00 Méta-analyse de l'effet de la diversité des forêts sur les ennemis naturels des herbivores - Alex Stemmelen
10h00-10h10 Potentiel d'évolution de trois espèces fondatrices dans des unités de conservation génétique - Adélaïde Theraroz
10h10-10h30 Etude de l'effet de la diversité des arbres sur les tiques et les pathogènes qu'elles portent - Audrey Bourdin
 
10h30-11h00 Pause
 
11h00-11h10 Analyse du microbiome de la vigne et des sols viticoles pour développer le biocontrôle microbien de l'oidium et du mildiou - Poala Fournier
11h10-11h30 Déterminisme génétique de la variation des métabolites foliaires chez le chêne sessile - Domitille Coq--Etchegaray
11h30-11h40 Diversité des prédateurs et régulation de l'herbivorie sur le chêne : Effet du climat et de l'urbanisation à différentes échelles - Laura Schille
 
11h40-13h30 Pause
 
13h30-13h50 Sélection génomique et construction de normes de réaction chez le pin maritime - Victor Papin
13h50-14h00 Pathologies émergentes des chênes et causes multiples des dépérissements dans un contexte de changement climatique - Lisa Eichenlaub
14h00-14h20 Etude du rôle des facteurs écologiques locaux dans la conservation de la biodiversité - Amandine Acloque
 
14h20-14h40 Pause
 
14h40-14h50 Caractérisation génétique et écologique des provenances de chênes du limousin au sein de leur complexe d'espèces - Arnaud Chevalier--Mairet
14h50-15h10 Genomic predictions across generations in a breeding programm of Eucalyptus globulus - Geoffrey Haristoy
15h10-15h30 Apprentissage statistique pour l'identification d'OTUs et la caractérisation de la biodiversité - Mohamed-Anwar Abouabdallah

OCTOBRE

Lundi 18 oct. 11h  Marie-Agnès Jacques (IRHS INRAE) et Jean-Pierre Rossi (CBGP INRAE) 

« Resultats des prospections réalisées en France  pour évaluer le risque Mme X» .

Vendredi 15 octobre, 9h30 - 11h00, B2 Pessac et visio

Marion Desquilbet, Toulouse School of Economics & INRAE

Y a-t-il une apocalypse des insectes ?
Des publications utilisant des approches de revue de littérature ou de méta-analyse et présentant des limites méthodologiques importantes alimentent la controverse
L'application de normes rigoureuses pour les analyses sur le changement global est essentielle, notamment parce que les résultats pourraient avoir un impact important sur les décisions politiques et le sort de la biodiversité. Une récente revue de la littérature (Sanchez-Bayo et Wyckhuys, 2019) et deux méta-analyses récentes (van Klink et al, 2020 ; Crossley et al, 2020) ont eu une influence significative en raison de l'autorité scientifique apportée par leurs méthodologies systématiques, des revues renommées dans lesquelles elles ont été publiées et de leur large couverture médiatique vers le grand public. Toutes trois ont suscité des commentaires critiques de la part de la communauté scientifique. Nous analysons leurs limites et leurs forces méthodologiques en termes de collecte de données, de qualité de l'ensemble de données, de représentativité des études, de méthodes statistiques et d'appariement avec des bases de données externes.

Is there an insect apocalypse?
Publications using systematic literature review or meta-analysis approaches and presenting significant methodological limitations are fuelling controversy
The application of rigorous standards for analyses on global change is essential, especially because results could have a significant impact on policy decision-making and the fate of biodiversity. A recent systematic literature review (Sanchez-Bayo and Wyckhuys, 2019) and two recent meta-analyses (van Klink et al, 2020; Crossley et al., 2020) have had a significant influence due to the scientific authority provided by their systematic methodologies, the renowned journals in which they have been published, and their extensive media coverage towards the general public. All three have generated critical comments from the scientific community. We analyse their methodological limitations and strengths in terms of data collection, quality of the dataset, representativeness of the studies, statistical methods and matching with external databases.

Références

• Sánchez-Bayo, F., Wyckhuys, K.A.G., 2019. Worldwide decline of the entomofauna: A review of its drivers. /Biological Conservation/ 232, 8-27.
• van Klink, R., Bowler, D.E., Gongalsky, K.B., Swengel, A.B., Gentile, A., Chase, J.M., 2020b. Meta-analysis reveals declines in terrestrial but increases in freshwater insect abundances. Science 368, 417-420.
• Crossley, M.S., Meier, A.R., Baldwin, E.M., Berry, L.L., Crenshaw, L.C., Hartman, G.L., Lagos-Kutz, D., Nichols, D.H., Patel, K., Varriano, S., Snyder, W.E., Moran, M.D., 2020. No net insect abundance and diversity declines across US Long Term Ecological Research sites. Nature Ecology & Evolution 4, 1368-1376.
• Desquilbet, M., Gaume, L., Grippa, M., Céréghino, R., Humbert, J.-F., Bonmatin, J.-M., Cornillon, P.-A., Maes, D., Van Dyck, H., Goulson, D., 2020. Comment on “Meta-analysis reveals declines in terrestrial but increases in freshwater insect abundances”. Science370, eabd8947.
• Desquilbet, M., Cornillon, P.-A., Gaume, L., Bonmatin, J.-M., 2021. Adequate statistical modelling and data selection are essential when analysing abundance and diversity trends. Nature Ecology & Evolution, https://doi.org/10.1038/s41559-020-1269-4.

Lundi 4 Oct. marathon Scientifique et technique: les nouveaux projets de recherche

SEPTEMBRE

Vendredi 24  septembre, 9h30 - 10h30. salle Airial du site de Cestas Pierroton. Comptoir des techniques :  Saisie des données sur le terrain avec et sans GPS. Par Raphaël Segura et le PCM OEL.

Vendredi 10 septembre, 9h30 - 10h30. R3 R3IA sur l'Intelligence Artificielle (http://r3ia.bordeaux.inria.fr/fr) par Nicolas Roussel (INRIA).

Réseau régional de recherche en IA : état des lieux et perspectivesL’Intelligence Artificielle (IA), forme aboutie du numérique, est devenue un enjeu majeur des politiques de développement territorial à travers ses implications en matière de formation, recherche et innovation. La région Nouvelle-Aquitaine compte des acteurs académiques et économiques de premier plan sur ce sujet. Le réseau régional de recherche en IA (R3IA) récemment créé vise à fédérer les acteurs académiques pour mieux faire connaître et développer leurs atouts. La présentation proposera un rapide état des lieux de cette communauté et un aperçu des actions envisagées dans l'année à venir.La présentation est accessible sur le NAS: http://gofile.me/5ffet/JhSYdltFA

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JUILLET

Vendredi 2 juillet, 9h30 - 10h30 : Rosalía Piñeiro, postdoc Biogeco

Titre: Genomics of tropical legumes in Africa: species delimitation and biogeography (talk in English, questions en anglais ou français)

Vendredi 9 juillet 9h-11h  : MP Raymond, S de-Mareschal, M Desailly (IST*)

Titre: Formation ouverte à tout le personnel de l'UMR : création de son ID-HAL et dépôt des productions sur l'archive ouverte HAL (en français, enregistrement disponible sur le nas)

Cette séance sera dédiée 1/ à la création de votre ID-HAL et 2/ au dépôt des productions du personnel de l'unité (cela concerne tout le personnel). Vous sortirez de la formation avec votre ID-HAL et des compétences pour alimenter votre profil. Au sujet de l'alimentation des profils, Marion Desailly <marion.desailly@inrae.fr> est notre modératrice pour HAL-INRAE. Vous pouvez donc faire appel à elle pour toute question. Je pense notamment aux chercheurs qui passeront pas HAL pour générer les annexes de leur dossier d'évaluation CSS en septembre (le site pour l’export CSS 2021 est désormais accessible : https://exportcss.inrae.fr).

A court terme (d'ici fin juin) nous allons ouvrir un collection** HAL "biogeco" qui sera alimentée par les profils individuels. Elle regroupera l'ensemble des productions de l'unité et permettra de les mettre en libre accès. C'est un pas de plus vers l'accès libre aux connaissances auquel nous espérons une adhésion massive. C'est particulièrement important pour les articles que nous publions dans les journaux qui ne sont pas en accès libre pour lesquels la loi sur le numérique nous demande de mettre à disposition du public les post-print non formatés, après un embargo de 6 mois. C'est aussi important pour des productions de l'unité qui sont moins facilement "moisonnables", s'agissant par exemple de la littérature grise pas(peu) présente dans les bases de données internationales.

* https://ist.inrae.fr/
**une centaine déjà disponibles ds HAL-INRAE https://hal.inrae.fr/page/par-collection

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JUIN

Vendredi 25 juin, 9h30 - 10h30 : Cyril Rathgeber, Chargé de Recherche, Animateur Équipe EcoSilva, UMR SILVA, INRAE Grand Est – Nancy, France (exposé en français, diapositives en anglais)

Titre : Écophysiologie de la formation des cernes de croissance des arbres : Concepts, méthodes et applications
Résumé : Le bois, le composé biologique le plus abondant sur terre, est d'une importance cruciale pour l'humanité et la biosphère. Bien que les cernes des arbres et le processus de xylogenèse qui les crée soient depuis longtemps sous le microscope des biologistes, ce n'est que récemment que l'invention de nouvelles techniques ont permis de suivre la dynamique intra-annuelle de la formation du xylème par le cambium, ainsi que les conditions environnementales qui l’influencent.
Dans la plupart des régions du monde, l'activité du cambium suit un cycle saisonnier. Au début de la saison de croissance, lorsque les températures augmentent, le cambium reprend son activité. Pendant la saison de croissance, les nouvelles cellules du xylème produites par le cambium subissent de profondes transformations, passant par des étapes de différenciation successives, qui leur permettront de remplir leurs futures fonctions dans les arbres. Enfin, à la fin de la saison de croissance, lorsque les conditions climatiques se détériorent, l'activité du cambium s'arrête, suivie rapidement par l'arrêt de tous les processus de différenciation.
Dans cet exposé, après avoir passé en revue les bases biologiques de la formation du bois et décrit les méthodes qui permettent de la suivre, nous étudions et modélisons les relations entre la phénologie du cambium, la dynamique de la formation des cernes de l'arbre, la cinétique de différenciation des trachéides et les facteurs climatiques. Les résultats obtenus sont utilisés pour décrire la coordination entre la croissance des tiges en taille et en biomasse, ainsi que les relations entre la source (la canopée) et le principal puits (le cambium) de carbone dans les arbres.
Enfin, trois pistes de recherche prometteuses seront présentées, explorant les relations entre : (1) la dynamique intra-annuelle de la production de biomasse ligneuse et de la productivité primaire brute ; (2) la dynamique intra-annuelle de la conduction de l'eau dans le xylème et le flux de sève des tiges et l'évapotranspiration des peuplements ; (3) la cinétique de la différenciation des trachéides et la création des signaux isotopiques dans les archives des cernes des arbres.
Dans le contexte de l'accélération des changements globaux, il est crucial d'étudier ce qui régit la formation des cernes des arbres et la production de bois, afin de mieux évaluer comment les modifications en cours des facteurs environnementaux affectent les arbres, les cycles biogéochimiques, les sociétés humaines et, finalement, le climat lui-même.

Vendredi 18 juin, 9h30 - 10h30 : Valentin Hivert, Postdoc, University of Queensland, Australia,

Title: Estimation of non-additive genetic variance in human complex traits from a large sample of unrelated individuals

Authors: Valentin Hivert¹, Julia Sidorenko¹, Florian Rohart¹, Michael E Goddard^2,3, Jian Yang^1,4, Naomi R Wray^1,5, Loic Yengo^1,6 and Peter M Visscher^1,6

¹ Institute for Molecular Bioscience, The University of Queensland, Brisbane, Queensland 4072, Australia; ² Agriculture Victoria Research, AgriBio, 5 Ring Road, Bundoora, VIC 3083, Australia; ³ Faculty of Veterinary & Agricultural Science, University of Melbourne, Parkville, VIC 3010, Australia; ⁴ School of Life Sciences, Westlake University, Hangzhou, Zhejiang 310024, China; ⁵Queensland Brain Institute, The University of Queensland, Brisbane, Queensland 4072, Australia; ⁶These authors contributed equally to this work.

Abstract: Non-additive genetic variance for complex traits is notoriously difficult to estimate in non-laboratory species, including humans, since the environment cannot be controlled so that non-additive genetic variance can be confounded with environmental covariance among relatives. In principle, non-additive variance attributable to common DNA variants can be estimated from a random sample of unrelated individuals with genome-wide SNP data. In this design, the proportion of phenotypic variance explained by epistatic effects can be quantified in a classical variance component framework using the Hadamard product of a Genomic Relationship Matrix (GRM) with itself. Here, we propose to jointly estimate the proportion of variance explained by additive (), dominance () and additive-by-additive () genetic variance in a single analysis model. We derive the sampling variances of  from the properties of the Hadamard product of the GRM and apply the model to 70 complex traits using 254,679 unrelated individuals from the UK Biobank and 1.1M genotyped and imputed SNPs. While we found strong evidence for additive variance (average across traits ), we did not find evidence of significant non-additive variance across traits (average across traits , and =0.055 ). Our results provide new evidence that genetic variance for complex traits is predominantly additive, and that sample sizes of many millions of unrelated individuals are needed to estimate epistatic variance with sufficient precision.

L'enregistrement du seminaire (.mp4) est disponible sur le NAS de Biogeco: https://nas-pgtp.pierroton.inra.fr/, sous BIOGECO, Réunions

Vendredi 11 juin, 9h30 - 10h30 : R3 sur la Bioéconomie Forestière par Arnaud Sergent (Inrae) Biosena sur la Biodiversité et les Services Ecosystémiques (https://biosena.univ-lr.fr/) par Pascale Garcia (La Rochelle Université)

Résumé :  Au travers du Schéma Régional de l’Enseignement Supérieur, de la Recherche et de l’Innovation la Région Nouvelle Aquitaine a affirmé son intention de jouer un rôle moteur en accompagnant l’émergence et la structuration de réseaux pluridisciplinaires de recherche reconnus aux niveaux national et international sur des thématiques stratégiques pour son territoire. Cette initiative du Conseil Régional de Nouvelle-Aquitaine s’est traduite par la création récente de plusieurs Réseaux Régionaux de Recherche (R3) dont nous vous proposons un tour d’horizon au travers la présentation.

L'enregistrement du seminaire (.mp4) est disponible sur le NAS de Biogeco: https://nas-pgtp.pierroton.inra.fr/, sous BIOGECO, Réunions

Vendredi 4 juin, 9h30 - 10h30 : R3 Futurs-ACT sur l’Anticipation du Changement Climatiques dans les Territoires en Transition (https://futurs-act.fr/) par Colin Brown (Manageur de Futurs-ACT, Université de Bordeaux). Présentation en français ou anglais selon l'audience, diapos en anglais.

Résumé : Les réseaux régionaux de la recherche (R3) sont de nouveaux outils de la région N-A pour structurer les acteurs et thèmes de recherche en région. Les porteurs du réseau Futurs-ACT (Anticipation des Changements Climatiques dans les Territoires en Transition) proposent de présenter les thèmes clés, sujets et acteurs identifiés dans ce réseau pour vous informer de son périmètre d'action et voir comment renforcer les collaborations et implications possibles de Biogéco dans ces sujets. Les mots clés de ce projet sont : anticipation, changement climatique, territoires, terrains d'expérimentation, construction de démarches science-société-politique, trajectoires. Ce projet est dans le prolongement de l'action d'AclimmaTerra (http://www.acclimaterra.fr/qui-sommes-nous/) qui depuis plus de 10 ans a su développer un mini GIEC sur le périmètre de la région Nouvelle Aquitaine.

Par ailleurs: Organisation d'une journée tremplin le 11 juin, de 9h à 16h00, l'occasion pour les chercheurs d'obtenir de plus amples renseignements sur le réseau, et d'échanger entre collègues et acteurs territoriaux. Même si pas possible d'y assister, nous avons préparé une enquête (dont voici le lien) qui vise à recueillir des informations sur les expertises, expériences, souhaits et perspectives pour le futur développement du réseau dans les années à venir. Vous trouverez toutes les infos sur notre site-web.

L'enregistrement du seminaire (.mp4) est disponible sur le NAS de Biogeco: https://nas-pgtp.pierroton.inra.fr/, sous BIOGECO, Réunions

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MAI

Vendredi 28 mai, 9h30-10h30 Antoine Bouzin, Doctorant en sociologie au Centre Émile Durkheim (CED, UMR 5116 : CNRS, Sciences Po Bordeaux, Université de Bordeaux)

Titre : Interroger le rapport aux sciences en situation d'urgence écologique et sanitaire. Le cas des ingénieurs engagés dans le militantisme "vert" 

On peut désormais ajouter la situation pandémique actuelle à la longue liste des conséquences de l’« urgence écologique », aux côtés du changements des climats, de la pénurie des ressources naturelles, de la dégradation de la  biodiversité et des multiples pollutions. Face à ces effets de la modernité, particulièrement manifestes depuis la première révolution industrielle, de nombreux mouvements sociaux se sont constitués pour lutter contre l’exploitation sociale et environnementale. On observe depuis quelques années un engagement militant inédit des ingénieurs au service de la cause écologiste à travers la création d’organisations et la conduite d’actions collectives. Néanmoins, cet engagement suscite d’intenses débats et interroge notamment le rapport entretenu aux sciences. En effet, héritiers d’une épistémologie positiviste animée par des hypothèses ontologiques et déterministes singulières, les ingénieurs sont amenés, dans et par les mobilisations sociales, à réviser leurs convictions pour concevoir une « Science » peu à peu ré-encastrée dans le monde social et politique.

Vendredi 21 mai, 9h30-10h30 Jérôme Santolini, chercheur CEA, Laboratoire Stress Oxydant et Détoxication, UMR 9198 - Institut de Biologie Intégrative de la Cellule

Titre : « NO Signal » Communication redox chez les plantes. L’exemple de la myrthe argentée

Le monoxyde d’azote (NO°) est une molécule-signal au centre de nombreux processus physiologiques. Caractérisé initialement chez les mammifères, NO° est également un médiateur essentiel dans de nombreux processus de signalisation chez les plantes, en particulier dans des conditions de stress biotiques et abiotiques.

La source de NO° chez les mammifères est une famille d’hémoprotéine, les NO-Synthases (NOS), qui ont été identifiées dans tout l’arbre du vivant. Première surprise : les NOSs sont absentes chez les plantes, à l’exception de quelques algues. Deuxième surprise : la découverte d’une NOS dans le génome d’un arbre, la myrthe argentée (Rhodamnia argentea). Quel peut-être le rôle des NOSs dans les algues ? Comment expliquer la présence d’une NOS chez Rhodamnia argentea, alors que les NOSs sont absentes des plantes terrestres ? Quelle évolution de la biosynthèse et du rôle physiologique de NO dans la lignée verte, en particulier au moment de la terrestrialisation ?
Afin de débattre avec vous de ces questions, je présenterai l’histoire du NO° et des NO-Synthases, leur rôle et fonction chez les mammifères et chez les plantes et les premières données de notre laboratoire sur les NO-Synthases d’algues modèles et de la myrte argentée.

Vendredi 7 mai, 9h30-10h30 Denis Bourguet / Thomas Guillemaud

Title : Peer Community In: A free recommendation process of preprints based on peer reviews (en français)
Abstract : The Peer Community in (PCI, https://peercommunityin.org) project offers an alternative to the current system of publication - which is particularly expensive and not transparent. PCI is a non-profit scientific organization that aims to create specific communities of researchers reviewing and recommending, for free, unpublished preprints in their field (i.e. unpublished articles deposited on open online archives like arXiv.org and bioRxiv.org). Each PCI is a group of several hundred recommenders playing the role of editors who recommend such preprints based on peer-reviews to make them complete, reliable and citable articles, without the need for publication in ‘traditional’ journals (although the authors can submit their recommended preprints afterwards). Evaluations and recommendations by a PCI are free of charge. When a recommender decides to recommend a preprint, they write a recommendation text that is published along with all the editorial correspondence (reviews, recommender's decisions, authors’ replies) by PCI. The preprint itself is not published by PCI: it remains in the preprint server where it has been posted by the authors and can therefore be submitted to a journal. The first Peer Community in has been launched in 2017: Peer Community in Evolutionary Biology (PCI Evol Biol). More than 1200 recommenders have already joined PCI Evol Biol, PCI Paleontology, PCI Ecology, PCI Animal Science, PCI Zoology, PCI Mathematical and Computational Biology, PCI Archaeology, etc. We've won the 2020 LIBER award for library innovation of the European League of Research Libraries.

L'enregistrement du seminaire (.mp4) est disponible sur le NAS de Biogeco: https://nas-pgtp.pierroton.inra.fr/, sous BIOGECO, Réunions

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AVRIL

9 avril : Atelier "ECODIV et la société", organisé par le département INRAE ECODIV                              

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MARS

26 mars. 9h30-10h30 François Ehrenmann et Philippe Chaumeil

Titre: Déploiement d'une nouvelle application de gestion des groupes d'échantillons et des équipements de l'unité

Descriptif

ÉCHANTILLONS / ÉQUIPEMENTS est une application web adossée à une base de données développée pour gérer le stockage des échantillons et les équipements de l’UMR BIOGECO.Deux accès distincts permettent de consulter d'une part les groupes d'échantillons (Pessac et Pierroton), et d'autre part les équipements localisés dans les différents bâtiments de l'unité.Cette nouvelle application, basée sur Samples développée initialement à l'INRAE d'Orléans, permet notamment de mieux caractériser les groupes d'échantillons, de les localiser précisément et de leur appliquer différents traitements et analyses. Une courte présentation sera suivie d'une démonstration de cet outil.

19 mars 2021. 14h - 15h Guillaume Ravel (exposé en français)

Titre: Combining experimental imaging of swimmers with mathematical modelling to perform realistic numerical simulations : two study cases

For this talk, I will address the topic of modelling biological phenomena through two specific study cases: the escape response of zebrafish and bacterial swimming in biofilms. First, Zebrafish swimming can be entirely modelled by deterministic and mechanistic equations from fluid mechanics. Zebrafish is used by biologists as an animal model to study the effects of neurotoxicants (present in pesticides or warfare chemicals) and drugs on locomotion and develop pharmacological treatments. In this work, we have developed an experiment-driven numerical approach that combines experimental imaging and 3D numerical simulations, to recover real body deformations and thus perform realistic simulations to compute the energetic performance of swimming and support animal experimentation. As a first application, three escape locomotion were recorded across six high-viscosity fluids and numerically reproduced to compute the zebrafish power output. Eventually, fictitious simulations will be presented to motivate the implementation of an effort test. As for bacterial swimming, we modelled the diffusion process of a biocide in a biofilm, combined with the swimming motion of micro-swimmers. The main idea is to enhance the biofilm destruction by using efficient micro-swimmers. Numerical simulations are required to assess the impact of micro-swimmers. In this case, swimming equations are set to simply characterize the bacterial stochastic behaviour. That is why, the main objective is to infer the parameters of the model from the experimental data, by using Bayesian techniques. Therefore, I will show how both computational methods pursue the same goals despite considerable modelling differences. 

12 mars 2021: Ateliers "ECODIV et la société"

1er mars 2021. Marathon scientifique interne

Bérengère : Présentation de mon parcours et de mon travail au sein de l’UMR
Olivier: Présentation de mon parcours et de mon travail au sein de l’UMR
Christophe: Publier … à quel prix ?
Domitille: Déterminisme génétique de la variation des métabolites spécialisés en lien avec les interactions biotiques chez une plante de grande culture et une espèce forestière dominante
Julia: Évaluation du microbiote et des cascades trophiques dans un contexte de migration assistée d'arbres forestiers
Mohamed-Anwar: Apprentissage statistique pour l’identification d’OTUs et la caractérisation de la biodiversité
Raphaël : Utilisation du drone et de la photogramétrie … où en sommes-nous au sein de l’unité
Santi : Un nouveau projet Européen sur la gestion des ressources génétiques forestières pour la biodiversité, l’adaptation au changement climatique et le matériel forestier de reproduction
Sylvain: La forêt expérimentale de Floirac

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FEVRIER

5 février 2021. Elena Valdés-Correcher

"Facteurs de l'herbivorie des insectes chez le chêne pédonculé (Quercus robur) de l'échelle de l'arbre à l'échelle biogéographique"

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JANVIER

22 janvier 2021 "Anticiper les dynamiques forestières dans des climats futurs : sociologie de la fabrication des modèles et des données" par Antoine Dolez Docteur en sociologie, chercheur associé à SAGE (Sociétés, Acteurs, Gouvernement en Europe), Université de Strasbourg