Prochains séminaires

2025

AVRIL

Workshop: Nomadic Approaches of Plant Studies

April 23, 2025, at the University of Bordeaux (Salle des thèse, Bat. C,  Pessac campus).

This interdisciplinary workshop will explore the status and representations of plants in a rapidly changing world, addressing the interdependencies between economic and biological dimensions in the development of societies. Through diverse perspectives in philosophy, ecology/evolution, and bioeconomics, we will examine how plants can contribute to societal adaptation in the Anthropocene.

Participation is free, register here. 

The program (displayed at the end of this message) can be downloaded here.
The poster is available here.
Sylvie Ferrari (BSE) and Sophie Gerber (Biogeco)

MAI

Vendredi 16 Mai, à l'Airial à partir de 9h15: Séminaire John Pannell & journée des doctorants 2e et 3e année

9h15 -9h50 Prof. John Pannell (Université de Lausanne en Suisse) - Evolution of the Mercurialis annua model: sexual systems, biogeography and beyond

Summary: Mercurialis annua is an ugly little European weed of disturbed habitats and roadside ditches. It is wind-pollinated and thus has inconspicuous, unattractive flowers. Yet it displays remarkable variation in its sexual system and ploidy across its distributional range. Particularly unusual for an annual plant is its expression of separate sexes throughout most of its European range. Accordingly, there is a long history of studying M. annua to address questions concerning the evolution of combined versus separate sexes, mating systems, sex determination, sex chromosomes and sexual dimorphism. The species has also been a valuable model for testing hypotheses on the evolution of colonizing species, both during range expansions and in the context of metapopulations with recurrent population extinction and re-colonization. In this seminar, I will outline the development of M. annua as a model for evolutionary and ecological genetic analysis, drawing on several research highlights relevant to the above topics. I will also summarise what we have been learning from a long-term experimental evolution study in which natural selection has driven transitions between dioecy and hermaphroditism in real time. This experiment has also generated new variation that now allows us to test long-standing hypotheses concerning sex-allocation and life-history evolution that have resisted convincing tests in the past.

9h50 - 10h10 : Pause

Vendredi 23 mai, à l'Airial  9h - 15h30 - Animation scientifique et technique du projet d'unité - session Thème 2 : "Comprendre et prédire les phénotypes complexes - Bilan et perspectives".

9h00 - 11h45 : Bilan / perspectives P1 – P5 – P3
Intro générale Thème 2 et organisation de la journée (10 min) - Laurent

P1 : Décrire, décomposer les phénotypes complexes et définir des proxies (60 min) - Sylvain
Stress biotiques et abiotiques:
-    Emergence du nématode du pin: anticipation et gestion d’un enjeu sanitaire majeur au sein de la plateforme EMERGREEN (Marc Kleinhentz)
-    Phénotypage de différents traits du Fomes (Fanny Robledo-Garcia)
-    Simple measurements for complex phenotype – The case of drought induced mortality (Regis Burlett)
Outils:
-    Avancées techniques : suivi croissance, phénologie et biotique au niveau de l’arbre et du peuplement (Raphaël Segura)
-    Gestion et intégration des données de capteurs (François Ehrenmann)

Pause 10h15-10h30

P5 : Prédire les dynamiques phénotypiques au cours des générations (35 min) - Laurent
-    Sélection génétique chez les arbres forestiers: apport des marqueurs moléculaires (Laurent Bouffier)
-    Exploration et prédiction de la diversité génétique quantitative du pin maritime en jardins communs et populations naturelles (Santiago Gonzales)
-    Genetic changes of phenotypic traits responding to contemporary selection (Antoine Kremer)

P3 : Modéliser les normes de réaction, source de variation des phénotypes liée à l’environnement (35 min) - Sylvain
-    Forland: the living lab of the experimental forest - Form monitoring to forest based solutions (Sylvain Delzon)
-    Modélisation de normes de réaction pour la croissance chez le pin maritime (Laurent Bouffier)
-    GENSPIR: Caractérisation Génétique et Ecologique des provenances de chênes du LimousiN au sein de leur complexe d'eSpèces? (Camille Lepoittevin, Pauline Garnier-Géré)
-    Apport du suivi microdendrometrique pour la caractérisation du fonctionnement des individus (Alexandre Bosc)

13h30 - 15h30 : Bilan / perspectives P2 – P4 + Discussion générale

P2 : Etudier l’ontogénèse, source de variation des phénotypes liée au développement (30 min) - Greg
-    Modification de l'architecture racinaire du pin maritime par l'élevage en pépinière et la plantation (Fred et Céline)
-    Avenir de la dendrochronologie à BIOGECO (Annabelle)

P4 : Etudier les dynamiques des déterminants génétiques et épigénétiques des variations phénotypiques (45 min) - Greg
-    Mécanismes moléculaires impliqués dans la spéciation écologique chez les chênes blancs (Gregoire Le Provost)
-    Identification des déterminants génétiques de phénotypes longitudinaux par un modèle Bayésien à Coefficients Variables (BVCM) (Louis Blois)
-    Génétique d’association génome entier chez le chêne sessile (Q. petraea) (Benjamin Brachi)

Discussion - Perspectives (1h)

JUIN

Vendredi 20 Juin 2025, à l'Airial 9h30 - 10h30 - Félix Roy (courte introduction du contexte par S.Labarthe)

Détermination des interactions écologiques à partir de séries temporelles

En écologie microbienne, l'identification du type d'interaction entre organismes (prédation, compétition, mutualisme...) est pleine de promesses en termes de biocontrôle, mais difficile en pratique. Si les techniques de séquençage modernes permettent de réaliser des expériences au niveau de communautés entières de microbes pour caractériser la biodiversité microbienne, l'analyse statistique permettant d'identifer des interactions écologiques reste compliquée. C'est dans ce cadre que nous étudions différentes méthodes d'inférence ; en particulier quand le nombre de points temporels est petit par rapport au nombre d'espèces. Nous présenterons notamment quelques résultats de *clustering* : comment regrouper les espèces en sous-groupes à partir de la dynamique observée, afin d'identifier des interactions écologiques, non pas à l'échelle spécifique, mais entre groupes d'espèce. Le modèle principalement utilisé est un modèle de Lotka-Volterra généralisé, et le jeu de donnée est issu d'expériences de biocontrôle contre le mildiou de la vigne.