In silico : bases de données et modèles
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In silico : bases de données et modèles

In silico : bases de données et modèles

 

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 METAPOP

Plateforme de simulation.

Metapop simule l'évolution de méta-populations de plantes monoïques à travers des paysages hétérogènes. Basé sur la théorie de la génétique quantitative, Metapop décrit des individus avec une représentation explicite de leur génétique et de leur position spatiale. Sa structure comprend plusieurs modules en interaction. Metapop, développé dans l’UMR BIOGECO est un logiciel gratuit sous licence GNU General Public License version 3.

Antoine Kremer
 PINUS PORTALPortail web d'accès aux ressources en génomique et génétique sur les pinacées. Le portail donne accès à 5 bases de données distinctes (PINUSMAP, GD², CMap, EST, TREEPOP). Une section statique du portail est consacrée aux informations générales sur le genre Pinus.François Ehrenmann
 QUERCUS PORTALPortail web d'accès aux ressources en génomique et génétique sur les fagacées. Le portail donne accès à 9 bases de données distinctes (QUERCUSMAP, GD², CMap, EST, TREEPOP, OAK PROVENANCE, SSR, CANDIDATE GENES, SNP). Une section statique du portail est consacrée aux informations générales sur le genre Quercus.François Ehrenmann
 PINELINEApplication web / base de données pour le stockage des données de micro-variations journalières du pin maritime ainsi que les données environnementales associées (uniquement accès interne Biogeco).François Ehrenmann
 

MAGGOT

PGD BIOGECO

Interface web pour la saisie de jeux de données et métadonnées, dans le cadre du PGD de l'unité (accès intranet)

PGD d'unité et logigramme des flux de données de l'UMR (accès intranet)

François Ehrenmann / Philippe Chaumeil
 R-SYSTBase de données mutualisée entre ECODIV & SPE des bases de référence de barcoding / métabarcoding pour une diversité d'organises d'intérêt pour l'INRAE.Alain Franc
 OAK GENOMEApplication web : site web concernant le séquençage du génome du chêne et identification des gènes importants pour l'adaptation des arbres forestiers.François Ehrenmann
 CAVISOFTLogiciel d'acquisition de données, de contrôle et d'analyse dédié aux instruments cavitron.Régis Burlett
 DISSEQ, DEKAMProgrammes en C de calcul de distances entre séqueces par l'algorithme de Smith-Waterman ; version parallélisée en MPIAlain Franc
 METABARCODING SUITEEnsemble de programmes python d'apprentissage supervisé et non supervisé en métabarcoding (échantillons environnementaux) ; declic pour l'analyse des bases de référence (dictionnaire moléculaire / morphologique) ; diagno-syst pour l'apprentissage supervisé ; yapotu pour la construction d'OTUs (apprentissage non supervisé)Alain Franc
 FaMozLogiciel pour l'analyse de parenté à partir de marqueurs génétiques dominants et codominants. Publié en 2003, possède encore une vie minuscule.Sophie Gerber

Date de modification : 08 décembre 2025 | Date de création : 12 février 2019 | Rédaction : FEhrenmann