Lettre de BIOGECO       N° 100 Novembre & Décembre 2019
Edito

Bonjour à tous,

La fin de l'année est traditionnellement un temps privilégié pour les soutenances de thèses... 2019 sera un cru exceptionnel pour Biogeco : pas moins de 7 soutenances de thèses sont programmées. Venez-nombreux écoutez nos futur.e.s ex-doctorant.e.s, qui vont résumer en 45 minutes trois années de travail et collaboration au sein de notre Unité. Les soutenances de cet automne concernent également les HDR : bravo à Stéphanie pour sa prestation.

Le temps est précieux, certes, mais les échanges et l'écoute constituent une dimension fondamentale dans la vie de l'Unité, pour enrichir nos connaissances professionnelles, mieux connaître nos collègues et leurs activités, assurer notre épanouissement personnel. C'est dans cet esprit que nous encourageons la participation aux animations scientifiques et techniques. La dernière en date a concerné le séminaire organisé à Pierroton les 29 et 30 octobre...un grand succès... Porté par le 2RI France-Québec (Réseau de Recherche International consacré aux milieux forestiers et de leurs usages), ce séminaire a fait la part belle aux interactions écologie - sciences humaines et sociales, prolongeant ainsi notre débat Sciences-Société du mois de juin sur le thème de la gestion forestière. Le prochain colloque du 5 au 7 Novembre consacré à l'écologie du paysage et co-organisé par Marie-Lise Benot, Didier Alard et Frédéric Revers participe à cette même dynamique.

Vous avez dit site web!! Le flegme et la persévérance de Sandrine auront fini par payer : le nouveau site internet est enfin en ligne après 4 mois d'allers-retours incessant avec les services informatiques de l'INRA.

Enfin, sur le plan des projets, cette fin d'année reste une période très intense. Biogeco est impliqué dans cinq propositions de projet ANR. De nombreux projets associés par exemple aux labex CEBA, GPR COTE2 et BPS sont en cours de rédaction en ce mois de novembre et les projets "Région" sont soit déjà soumis (Phy2sudoe) soit le seront d'ici la fin d'année.

Bonnes soutenances à nos doctorant.e.s !

Emmanuel
Sommaire
 

La photo du mois : (© Eric Roy, URP3F Lusignan). Orthophotographie réalisée par assemblage des 686 prises de vues faites au dessus d'un bloc d'orphée à 30m d'altitude. Copyright

Novembre
> Du 5 au 7 novembre :
Colloque Ecologie des Paysages co-organisé par BIOGECO  - campus de BSA. Programme ici.

> 25 novembre :
Journée d'animation Scientifique et Technique de l'UMR 9h-17h00 -  Airial
N'oubliez pas de vous inscrire ici.
 
Décembre
2 Décembre
> Conseil d'unité 9h30-12h00 - Airial

9 décembre
> Assemblée de site Pessac 10h00-12h00 - B2
> Comité de Direction 13h30-16h30 - B5

16 décembre
> Assemblée de site de Pierroton 9h00-11h00 - Airial

A noter dès à présent pour 2020
13 Janvier : Assemblée Générale - Airial
14 Janvier : Débat Sciences - Société sur le thème de la "Biodiversité" - Airial
5 mai : AG en présence de nos tutelles (INRAE et UB) pour discuter du bilan et du projet dans le cadre de l'évaluation du HCERES
6 mai : débat Sciences - Société - Airial

Arrivées :

-Jérôme Tricaud actuellement à l’UE est embauché à Biogeco pour 10.5 mois avec Céline Méredieu.

-Emily Koot (Plant and Food research, New Zealand) sera accueillie du 11/11 au 13/12/2019 au sein de l'équipe E4E. Elle travaillera avec Santi et Christophe.

-L'équipe BIODIV accueille Ana Farinha de l'ISA Lisbonne pour un post-doc de 2 ans, financé par l'IDEX de l'université de Bordeaux, afin de développer des recherches sur la résistance des plantations de pin maritime à la punaise Leptoglossus occidentalis, espèce exotique envahissante
 

Départs :

A l'issue de près de deux ans de post-doctorat à Biogeco dans le cadre du projet BiodiverCité (resp. Didier Alard), Elsa Alfonsi vient d'être recrutée fin octobre comme chargée de projet en environnement au bureau d'études CERAG (Martillac). Félicitations et bonne continuation à elle !

 
> Le nouveau site internet de l'UMR est accessible ici. Nous sommes toujours preneurs de vos remarques et compléments d'ici la fin du mois de novembre. Une fois stabilisée (fin d'année) la version anglaise sera mise en ligne. Vous pouvez aussi compléter votre page personnelle en vous connectant avec votre LDAP.

> Entretien des Véhicules de Service (VS): Veillez systématiquement après une mission (notamment sur le terrain) à nettoyer les VS. Vous avez à disposition dans la serre Biogeco tout le matériel nécessaire: éponges, produits de lavage ainsi qu'un nettoyeur haute pression et un aspirateur (demander la clé du cadenas à Véronique). Avant chaque déplacement pensez à réserver les véhicules et respecter les réservations. Après chaque voyage n'oubliez pas de vider le véhicule (bouteilles, mouchoirs etc...) et refaire le plein si nécessaire. Enfin, merci de signaler aux gestionnaires des VS (<vsbiogeco@inra.fr>) l'échéance de l'entretien quand le kilométrage indiqué sur le compteur est atteint. Pour terminer, vous trouverez ici une note des SDAR quant à l'emprunt des véhicules du parc auto mutualisé.

> Pour mémoire, l'accès au B2 est fermé par des barrières. Ces barrières s'ouvrent via un badge ou via l'interphone qui est relié au téléphone d'Alice et de Gaëlle.

> A propos de la section DERNIERES PUBLICATIONS de la lettre mensuelle:
Le référencement des articles reste un tâche difficile, même si les adresses commencent à se stabiliser. Même si certaines sont très récentes, en cette fin d'année nous constatons un écart d'une trentaine de publications entre celles rapportées tous les mois dans la lettre de l'année et celles présentent sur le profil google citation de l'UMR (qui ne rend d'ailleurs pas compte de façon exhaustive des productions de l'UMR).  Pour 2020, nous vous demandons de bien vouloir envoyer à Sandrine les références des ACL (articles à commité de lecture) dès que vous recevez le doi que ce soit via une plate-forme de dépot (comme bioarxiv) ou un journal. Le doi permet alors de consulter l'article cité dans la lettre. Vous êtes toujours bien entendu invités à écrire quelques lignes pour présenter le contexte dans lequel l'étude s'est déroulée.
> Ludovic Duvaux est désormais titularisé dans le corps des Ingénieurs de Recherche et Benjamin Brachi dans le corps des Chargés de Recherche.

> Pendant la fête de la science Elena, Cécile, Cathy et Bastien ont font découvrir la recherche forestière à des lycéens béarnais.

> Sophie Gerber participe à un atelier en sociologie " La plante-machine" qui se tiendra le 7 novembre à Bordeaux.
 
> Résumés des 7 soutenances de thèse de cet automne.

Charlie Pauvert : 12 novembre -14h - B5/Amphithéâtre GABA
Comparaison et évaluation d’approches bioinformatiques et statistiques pour l'analyse du pathobiome des plantes cultivées.
Les interactions entre micro-organismes sous-tendent de nombreux services écosystémiques, y compris la régulation des maladies des plantes cultivées. Un acteur de cette régulation est le pathobiome, défini comme le sous-ensemble des micro-organismes associés àune plante hôte en interaction avec un agent pathogène. L'un des défis actuels consiste à reconstruire les pathobiomes à partir de données de metabarcoding, pour identifier des agents potentiels de biocontrôle et pour surveiller en temps réel leurs réponses aux changements environnementaux [A1]. Plusieurs verrous méthodologiques doivent cependant être levés pour atteindre ces objectifs. Tout d’abord, il n’existe pas de consensus concernant l’approche bioinformatique la plus fiable pour déterminer l’identité et l’abondance des micro-organismes présents dans les échantillons végétaux. De plus, les réseaux microbiens construits avec les méthodes actuellement disponibles sont des réseaux d’associations statistiques entre des comptages de séquences, non directement superposables aux réseaux d’interactions (ex: compétition, parasitisme) entre micro-organismes. L’objectif de la thèse était donc de déterminer les approches bioinformatiques et statistiques les plus pertinentes pour reconstruire des réseaux d’interactions microbiennes à partir de données de metabarcoding.Le modèle d’étude était la vigne (Vitis viniferaL. cv. Merlot noir) et l’oïdium de la vigne, Erysiphe necator. Nous avons tout d’abord déterminé l’approche bioinformatique la plus adaptée pour identifier la communauté fongique associée à ce pathogène, en comparant la capacité de 360 pipelines à retrouver la composition d’une communauté artificielle de 189 souches fongiques. DADA2 est apparu comme l’outil le plus performant [P1]. Nous avons ensuite évalué l’influence de la pratique culturale (viticulture conventionnelle vs. biologique) sur les communautés fongiques des feuilles et évalué le niveau de réplicabilité des réseaux microbiens construits avec une méthode d’inférence classique, SparCC. La réplicabilité était très faible, jetant ainsi un doute sur l’utilité de ces réseaux pour le biocontrôle et la biosurveillance [P2]. Nous avons donc utilisé une nouvelle approche statistique, le modèle PLN, qui permet de prendre en compte la variabilité environnementale,pour explorer finement le pathobiome d’Erysiphe necator. Les interactions microbiennes prédites par le modèle sont en cours de comparaison avec les résultats d’expériences de co-cultures [P3]. Une approche alternative, HMSC, a également été testée sur un autre modèle biologique et certaines prédictions ont été confrontées avec succès aux données de la littérature [A2]. Les réseaux microbiens, sous réserve d’amélioration des méthodes de reconstruction, pourraient donc être utilisés pour capturer les signaux des interactions biotiques dans le pathobiome.

Thomas Damestoy : 15 novembre - 14h30  - Airial
Interactions entre les chênes et la chenille processionnaire du chêne, Thaumetopoea processionea L.: de l’arbre à la forêt 
Les forêts fournissent de nombreux services écosystémiques, lesquels peuvent être compromis par les insectes ravageurs. Le maintien de la santé des forêts est un enjeu majeur de la gestion forestière qui nécessite l’acquisition de connaissances sur les interactions arbres-ravageurs. Dans ce contexte, nous nous sommes focalisés sur la question de la résistance des forêts de chênes à un défoliateur ravageur, la chenille processionnaire du chêne (CPC), Thaumetopoea processionea.
La CPC est un herbivore spécialiste des chênes décidus en Europe. Elle est responsable de fortes défoliations, en plus de graves urtications chez les professionnels et usagers de la forêt. Au travers d’une série d’observations et d’expériences menées à plusieurs niveaux d’intégration (depuis le génotype de l’arbre jusqu’au peuplement forestier), nous nous sommes intéressés à la réponse de cet insecte à différents facteurs écologiques intervenant dans la résistance des arbres : la composition du peuplement, les effets de voisinage et les traits foliaires potentiellement liés à la défense.
La résistance des arbres aux herbivores est influencée par la composition des forêts. Pour une espèce donnée, les arbres subissent généralement moins d’attaques dans les mélanges que dans les peuplements purs (i.e. résistance par association). Mais l’inverse – la susceptibilité par association – existe aussi. Nous avons testé l’effet des associations entre espèces d’arbres sur la résistance des chênes à la CPC, en comparant l’abondance des adultes et les dégâts des larves sur le chêne pédonculé (Quercus robur) et le chêne sessile (Q.petraea) dans des peuplements purs ou mélangés. Nous avons aussi exploré les mécanismes sous-jacents, en recherchant les traits foliaires des chênes impliqués dans la variabilité des performances de la CPC. Enfin, nous nous sommes interrogés sur les causes génétiques et environnementales de la variabilité interindividuelle dans l’expression de ces traits.
Premièrement, nous avons mis en évidence une plus grande susceptibilité de Q. petraea, caractérisée par (i) une plus grande attractivité de Q. petraea pour les papillons de CPC, (ii) un niveau de défoliation plus élevé et (iii) une plus grande survie et prise de poids des larves sur cette essence. Nous avons aussi mis en évidence une plus grande susceptibilité des chênes dans les peuplements purs par rapport aux peuplements mélangés, en particulier ceux associant un chêne à une autre essence non hôte. Ensuite, nous avons étudié les mécanismes conférant une plus grande résistance à Q. robur et aux peuplements mélangés, en mesurant les traits foliaires : les défenses chimiques et la phénologie des feuilles. La synchronisation entre le développement des feuilles et celui des larves est apparue comme un facteur clé déterminant les performances de la CPC. La concentration des défenses chimiques dans les feuilles était positivement corrélée au taux de consommation des feuilles par les chenilles, suggérant une compensation alimentaire pour maintenir la croissance sur les feuilles les plus défendues. Nous avons montré que l’expression de ces traits était influencée par l’identité des voisins des chênes étudiés. Enfin, chez Q. robur, nous avons mis en évidence l’existence d’un contrôle génétique de l’arbre sur les performances des chenilles.
L’ensemble de ces résultats permet de mieux comprendre les processus impliqués dans l’effet du mélange d’essences sur les dégâts d’insectes et apporte des éléments permettant d’orienter la gestion des peuplements de chênes pour une meilleure résistance à la CPC. Au vu des résultats de cette étude, il semblerait préférable de favoriser Q. robur pour sa moindre attractivité et sa plus grande résistance à la CPC, sur le terrain comme en laboratoire. Cette proposition va toutefois à l’encontre des préconisations d’utilisation de Q. petraea pour adapter les chênaies au risque de déficit hydrique et ne fait que rajouter un élément de complexité à la gestion de la résistance des forêts face à des perturbations multiples en interaction. A l’aune de la mise en évidence de l’effet du génotype de l’arbre et de ses traits foliaires dans le développement de la CPC, la caractérisation des gènes et des molécules de défenses impliquées reste un champ de recherche quasi inexplorée, qu’il conviendra de défricher.

Tania Fort : 10 décembre - 14h - Amphithéâtre Grande Ferrade
Fonctions, transmission et émission du microbiote de la canopée
Les arbres interagissent avec des communautés microbiennes diversifiées qui influencent leur fitness et le fonctionnement des écosystèmes terrestres. Contrairement aux micro-organismes associés aux racines et au sol, les micro-organismes qui colonisent la canopée forestière sont encore mal connus. L’objectif de cette thèse est de mieux comprendre les fonctions des micro-organismes associés aux parties aériennes des arbres (feuilles, tiges, graines) ainsi que leur dynamique de transmission verticale (de l’arbre à ses descendants) et horizontale (émission de l’arbre vers l’atmosphère), en combinant des analyses d’écologie moléculaire et d’écophysiologie végétale. Le chapitre II montre que les communautés fongiques de la phyllosphère du hêtre (Fagus Sylvatica) sont fortement structurées par l’arbre hôte, contrairement aux bactéries qui sont plus fortement influencées par les gradients environnementaux verticaux à l’intérieur de la canopée. Dans les deux cas, les variations de composition microbienne sont mieux expliquées par la chimie foliaire que par la morphologie ou physiologie. Ce chapitre révèle aussi la prédominance des champignons pathogènes dans la phyllosphère du hêtre, ainsi qu’une forte abondance de saprotrophes en bas de la canopée. La phyllosphère du hêtre contenait très peu de bactéries diazotrophes, contrairement à d’autres espèces d’arbres. Le chapitre III met en évidence la présence de champignons dans les tissus internes des glands du chêne sessile (Quercus petraea), y compris l’embryon, suggérant que le microbiote peut être transmis verticalement de l’arbre mère à ses descendants et influencer la régénération forestière. Les glands contiennent en particulier plusieurs espèces de champignons pathogènes, en association avec leurs mycoparasites. Ces communautés fongiques varient significativement en fonction de l’arbre mère et de la population de chêne. Enfin, le chapitre IV teste un prototype de mesure des flux d’émissions bactériennes au-dessus des couverts végétaux. Il montre que la moitié des espèces capturées dans l’atmosphère est présente sur la surface des feuilles et suggère que la composition des bioaérosols est fortement influencée par la plante cultivée dominante en Nouvelle-Aquitaine, la vigne (Vitis vinifera). Cette thèse apporte donc des éléments pour modéliser la dynamique et l’évolution du système arbre-microbiote-atmosphère, qu’il conviendra de renforcer et d’intégrer aux connaissances sur le sol afin de répondre aux défis posés par le changement climatique.


Myriam Garrouj - 16 décembre - 13h30 - Amphithéâtre B6
Restauration écologique des zones humides alluviales en contexte péri-urbain : approche locale et spatiale.
Les prairies humides alluviales abritent une faune et une flore originales et diversifiées du fait de leur hétérogénéité spatio-temporelle et apportent de nombreux services aux êtres humains (services écosystémiques). Pourtant, ces milieux qui résultent d’activités agricoles traditionnelles sont soumis à divers types de menaces, telles que l’urbanisation ou l’intensification des activités agricoles, associées au drainage ou à la mise en culture et au labour. Ces écosystèmes sont également soumis à des modifications des processus de dispersion des espèces. Dans un contexte de régression des zones humides au niveau mondial et national, l'enjeu de conservation et de restauration de certains sites doit s'accompagner d’une connaissance approfondie du fonctionnement de ces milieux. L’écologie de la restauration est une discipline basée sur les théories et les concepts fondamentaux de l’écologie des communautés, fonctionnelle et du paysage. Les connaissances en découlant permettent la définition de protocoles de gestion des milieux. L’écologie de la restauration constitue en retour un moyen de tester les concepts d’écologie fondamentale. Parmi les processus qui entrent en jeu dans l’assemblage d’une communauté, les filtres écologiques (de dispersion, environnementaux et de co-existence) occupent un rôle clé. Leur compréhension est nécessaire pour l’atteinte des objectifs de restauration écologique. Sur la base des approches issues des assemblages des communautés végétales, cette thèse a permis d’identifier des processus intervenant dans les premières phases de restauration écologique des prairies alluviales. Nous avons ainsi pu approfondir les connaissances relativesà la préparation des conditions initiales via un travail du sol, aux effets des types d’apport biologique, de plus en plus complets, et au rôle de la gestion sur les trajectoires des cortèges floristiques au cours des premières années de restauration écologique. Premièrement, nos résultats tendent à soutenir le fait qu’une préparation des conditions initiales du milieu à restaurer favorisait l’installation des espèces végétales cibles. En revanche, cette préparation ne semble pas nécessiter une intervention lourde (comme un labour profond du sol). Des interventions plus légères, comme une fauche et un hersage, semblent suffisants pour permettre le recrutement et l’installation des espèces cibles. Ensuite, nos résultats ont montré que le transfert de matériel biologique, qu’il s’agisse d’un semis de graines, de transfert de foin ou de transfert de blocs de sol, permettait de contourner la limitation de dispersion et de disponibilité des graines des espèces cibles des prairies humides alluviales, vérifiant les résultats observés dans la littérature. De faibles différences ont néanmoins été détectées entre les types de matériel biologique transféré, mais nécessiteraient des investigations à plus long terme pour être confirmées. Enfin, nos observations ont permis d’apporter des éléments sur les effets de la gestion sur les trajectoires des communautés végétales lors des toutes premières phases de restauration. Ainsi, le maintien d’une perturbation mécanique sur des périodes adaptées permet de renforcer la dynamique des communautés vers celles de la référence. Les acteurs de la sociétés (politiques, gestionnaires) sont de plus en plus impliqués dans la mise en place de programmes de restauration et toutes ces connaissances nous ont permis d’apporter des éléments concrets pour la restauration des prairies humides alluviales.

 Homero Garate : 17 décembre - 15h - Amphithéâtre PABA
Comprendre l'adaptation locale et la plasticité phénotypique des caractères liés à la valeur adaptative dans l'aire de répartition du hêtre européen : implications en contexte de changement climatique.
Le changement climatique modifie l'aire de répartition des espèces dans le monde. Pour mieux comprendre et prévoir de façon plus réaliste les aires de répartition futures des espèces, il est essentiel de tenir compte de l'adaptation locale et de la plasticité phénotypique dans les réponses des populations au changement climatique. C'est un défi, cependant, parce que l'adaptation locale et la plasticité phénotypique dépendent des caractères et parce que les caractères varient le long des gradients climatiques dans toute la gamme, avec des conséquences différentes pour la condition physique. C'est un défi, cependant, parce que l'adaptation locale et la plasticité phénotypique dépendent des caractères et parce que les caractères varient le long des gradients climatiques dans toute la gamme, avec des conséquences différentes pour la valeur adaptative. Une façon de relever ce défi consiste à construire des modèles à partir de données empiriques issues d'expériences à grande échelle sur les jardins communs, comme celles qui ont été réalisées au cours des dernières décennies pour certaines essences forestières. Cette thèse a utilisé des mesures individuelles de plusieurs caractères phénotypiques liés à la valeur adaptative (croissance verticale et radiale des arbres, phénologie foliaire printanière et automnale et mortalité) du hêtre européen (Fagus sylvatica L.) enregistrés dans le cadre du projet BeechCOSTe52, le plus grand réseau de caractères phénotypiques d'arbres mesurés dans des jardins communs à travers l'Europe (>150 000 arbres) pour modéliser la réponse probable de l'espèce au changement climatique récent. Plus précisément, j'ai poursuivi les objectifs suivants : (i) quantifier la variation et la covariation à l'échelle de l'aire de répartition de l'adaptation locale et de la plasticité phénotypique pour quatre caractères phénotypiques majeurs liés à la valeur adaptative (croissance verticale, croissance radiale, survie et phénologie des feuilles au printemps), et de projeter son aire de répartition dans le climat actuel et futur en fonction de cette information (chapitre 1) ; (ii) quantifier les variations entre les populations en ce qui concerne la phénologie foliaire printanière et automnale et la durée de la période de végétation qui en résulte, et prévoir leurs tendances à l'échelle de l'aire de répartition sous le climat actuel et futur (chapitre 2) ; et (iii) quantifier la plasticité phénotypique à différents stades de développement pour la croissance verticale, la croissance radiale, la survie et la phénologie des feuilles au printemps et à l'automne, et déterminer dans quelle mesure la variation climatique interannuelle au cours du 20e siècle est liée à la variation de la plasticité phénotypique dans l'aire de répartition des espèces (chapitre 3). Après avoir mis en place les bases de données requises, j'ai réalisé différents types de modèles linéaires à effets mixtes qui relient la variation et la covariation des caractères à l'adaptation locale (c'est-à-dire la variation des caractères liée au climat d'origine des populations plantées) et la plasticité phénotypique (c'est-à-dire la variation des caractères liée au climat du site de plantation). Finalement, j'ai calculé un indice de plasticité phénotypique pour les populations en fonction de leurs normes de réaction (la forme spécifique de la réponse phénotypique à l'environnement d'un individu ou du génotype). Mes résultats l'ont révélé : (i) la contribution de la plasticité à la variation des caractères intraspécifiques est toujours plus élevée que celle de l'adaptation locale, ce qui suggère que le hêtre est moins sensible aux changements climatiques (modérés) que ce qui avait été rapporté précédemment ; ii) des caractères différents et des facteurs climatiques limitent les populations de hêtres dans différentes parties de l'aire de répartition de l'espèce ; (iii) la prise en compte de la covariation des caractères améliore les prédictions basées sur des caractères uniques ; iv) la durée de la saison de croissance augmentera sous l'effet du changement climatique dans les provenances de hêtres du nord, mais diminuera dans les populations du cœur et de l'aire de répartition du sud ; (v) les populations de hêtres du nord présentent une plasticité phénotypique élevée pour les caractères étudiés ; et (vi) la plasticité phénotypique tend à augmenter avec l'âge dans les caractères liés à la croissance. Mes résultats soulignent que les réactions des populations au climat sur de grands gradients géographiques dépendent des caractères, ce qui suggère qu'un ensemble complet de caractères liés à la valeur adaptative est nécessaire pour bien comprendre la sensibilité des espèces au changement climatique.


Agathe Hurel : 17 décembre - 14h00 - Airial
Génomique écologique de l’adaptation locale du pin maritime (Pinus pinaster)
De récentes prédictions montrent que le changement climatique causera une perte de valeur économique des forêts européennes de 21 à 50% d’ici 2071-2100. En France, la région Nouvelle-Aquitaine dépend fortement de ses forêts, qui occupent 34% du territoire. Le pin maritime (Pinus pinaster) y tient une place particulièrement importante car il représente 40% de la ressource en bois de cette région. Cette espèce, emblématique du bassin méditerranéen et de la zone Atlantique Sud-Ouest possède une distribution discontinue, ce qui en fait un objet d’étude particulièrement intéressant pour étudier son adaptation à différents environnements. C’est ce que j’ai entrepris pendant cette thèse en considérant différentes échelles spatiales et différents stades de la vie de l’arbre.
 La première partie de ce travail explore la susceptibilité de différentes origines de pins maritimes à deux champignons phytopathogènes : Armillaria ostoyae, pathogène des racines et Diplodia sapinea, pathogène systémique. Nous nous sommes pour cela appuyé sur un jardin commun (CLONAPIN) au sein duquel sont regroupés des représentants clonés d’une trentaine de populations du pin maritime. L’héritabilité au sens large (H2) et la différenciation génétique (Qst) de cette susceptibilité ont été estimés ainsi que ceux pour la hauteur totale des arbres et la phénologie du débourrement du bourgeon végétatif. Pour la majorité des traits une H2 modérée a été observée, alors que les Qst élevé indiquent une forte différenciation entre populations. Les génotypes de ce dispositifs ayant tous été génotypés, nous avons pu également étudier les liens statistiques entre la variabilité génétique et phénotypique. Les SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) associés aux traits ont le plus souvent un faible effet, signe que ces caractères sont sous contrôle polygénique. Enfin, des corrélations ont été établies entre les valeurs génétiques des traits et des variables climatiques.  
 La deuxième partie de ce travail, s’inscrit dans le projet GenTree, destiné à étudier l’adaptation génétique et le potentiel évolutif des populations naturelles d’arbres sur l’ensemble du continent européen. Nous nous sommes intéressés aux populations de pin maritime d’Espagne, d’Italie et de France, ainsi que de pin sylvestre (Pinus sylvestris) d’Espagne, d’Allemagne, de Lituanie et de Finlande. Vingt-cinq arbres par population ont été phénotypés pour la hauteur, le diamètre, la densité du bois, la surface des aiguilles (SLA) et la discrimination isotopique du carbone, un proxy de l’efficience d’utilisation de l’eau. Des graines récoltées sur chaque arbre phénotypé ont alors servi afin d’établir des plantations comparatives réciproques en Espagne et en France pour le pin maritime et dans les quatre pays d’origine du pin sylvestre. Dans chacun de ces dispositifs, toutes les populations de l’espèce ont été plantées, de façon à mimer une régénération naturelle. La germination, la croissance en hauteur, la survie et les stades de développement des plantules ont été mesurés durant un (P. pinaster) ou deux ans (P. sylvestris). Nous avons montré que ces caractères de la fitness des plantules, possédaient fort un effet « population ». Puis, pour chaque population et dans chaque dispositif nous avons calculé les gradients de sélection en régressant les caractères de fitness des plantules sur les performances des adultes, tout en conservant la structure familiale. Une tendance très nette entre espèces a pu être observée : P. sylvestris présentant majoritairement des gradients de sélection significatifs vis-à-vis de la taille de l’arbre mère (hauteur et diamètre), alors que les gradients de sélection de P. pinaster étaient relatifs à la SLA et à la discrimination isotopique du carbone.
La dernière partie de la thèse s’intéresse aux populations de la Corse. Cette île a la particularité de présenter un seul gene-pool du pin maritime qui a réussi à s’adapter aux environnements très divers de ce territoire. Nous avons bénéficié de la plantation comparative PINCORSE, composée de 900 familles issues de 33 populations corses, qui ont été mesurées pendant plusieurs années pour la hauteur, et dont une partie a bénéficié d’un phénotypage de la discrimination isotopique du carbone. Nous avons pu estimer l’héritabilité au sens strict (h2) et le Qst de ces caractères quantitatifs, et l’utilisation de 50,000 nouveaux marqueurs SNPs nous a permis d’identifier les populations marginales sur ce territoire.
 Ces études apportent de nouveaux résultats sur les paramètres génétiques de caractères liés à la réponse à des perturbations biotiques et abiotiques chez le pin maritime. Ces connaissances pourront alimenter des réflexions pour des applications relevant soit de la recombinaison génétique au sein du programme d’amélioration, soit de la conservation des ressources génétiques dans un environnement changeant.
 
Arthur Demené : 19 décembre
Evolution des génomes et mode de reproduction de Cryphonectria parasitica, l’agent causal du chancre du châtaignier, dans le contexte d’une double Introduction en Europe.
L’invasion de nouveaux environnements par des espèces exotiques est un phénomène d’importance écologique, patrimoniale et économique mondiale. Ces espèces passent par différentes stratégies évolutives pour s’adapter à un environnement nouveau, qui dépendent de l’écosystème concerné et de l’espèce introduite. Dans le cas des invasions de champignons pathogènes par exemple, on constate que le succès invasif est souvent associé à un changement de mode de reproduction entre l’aire native et l’aire d’introduction, en étant soit la cause, soit la conséquence de ce succès invasif. Pour étudier les mécanismes évolutifs qui peuvent mener à un tel succès invasif, j’étudie Cryphonectria parasitica, un ascomycète pathogène causant le chancre du Châtaignier. Natif d’Asie (Chine et Japon), il a été introduit en Amérique du Nord à la fin du XIXème siècle, entraînant la disparition quasi-totale des populations naturelles de Châtaignier américains. Des études de génétique des populations ont montré que cette épidémie dévastatrice a été causée par des populations se reproduisant sexuellement. Les souches introduites en France depuis les États-Unis et l’Asie au début du XXème siècle ont un impacte moindre sur le Châtaignier Européen. En Europe, les populations sont majoritairement structurées en lignées clonales contrairement aux populations Nord-Américaines et Asiatiques ce qui suggère un changement de mode de reproduction principale. Pourtant, de nombreux indices suggèrent que la reproduction sexuée est toujours possible: les structures sexuelles sont souvent repérées sur le terrain, les deux types sexuels essentiels à ce type de reproduction sont présents sur les parcelle étudiée et environ 25% des individus échantillonnés n’appartiennent à aucune lignée clonale et présentent parfois un génotype typique d’hybrides entre ces lignées.Les multiples introductions de ce pathogène en Europe et en Amérique du Nord, les différentes structures de ces populations et les différentes conséquences sur les populations d’hôtes en font un modèle particulièrement adapté à l’étude de l’évolution des modes de reproduction et de l’isolement reproducteur chez les eucaryotes en général.Pour mieux décrire la structure des populations et caractériser précisément les échanges génétiques entre les lignées clonales et chez les «hybrides», j’effectue des analyses de génomique des populations sur environ une centaine d’individus d’origines différentes. Je teste quatre hypothèses de mécanismes qui pourraient mener à des échanges réduits et/ou peu fréquents entre les lignées clonales observées en France:- Des réarrangements chromosomiques entre les lignées clonales rendent la méiose impossible et les échanges génétiques sont maintenus grâce à des mécanismes de parasexualité (échanges génétiques hors méiose).- Des réarrangements chromosomiques entre les lignées clonales rendent la méiose difficile et seuls de rares appariements sont possibles.- La méiose est fonctionnelle mais suivie de rétro-croisements successifs dirigés sur un parent qui aboutissent à l'introgression de régions limitées du génome.- La méiose est fonctionnelle mais la viabilité et/ou la fitness des descendants est fortement réduite chez les génotypes trop éloignés génétiquement de chaque génotype parental.

 
> Biogeco et UEFP sur France 3 Aquitaine  3 nov. (19/20) sur le thème de la sécheresse en forêt.

> Retrouvez le communiqué de presse du Morton Arboretum sur la phylogénie des chênes ici.

> Et si le microbiote d’une plante cultivée avait un rôle protecteur vis-à-vis des maladies ? Retrouvez ici un article dédié aux travaux menés au sein de l'unité dans le cadre du projet BCMicrobiome Ce projet est financé par le consortium public/privé Biocontrôle initié par l'Inra et réunissant une cinquantaine de partenaires.
Le mildiou de la vigne est l'un des deux pathogènes étudié dans le cadre du projet BCMicrobiome financé par le consortium public/privé Biocontrôle initié par l'Inra et réunissant une cinquantaine de partenaires. © Inra


 
  Retrouvez ici toute l'actualité de la PGTB

 

activité Broyage: un article portant sur le broyage en série de matériel végétal pour des analyses chimiques, physiologiques et génétiques à l’aide d’un agitateur de peinture dans cahier-des-techniques : https://www6.inra.fr/cahier_des_techniques/Les-Cahiers-parus/Les-N-reguliers/2019/Cahier-N-98/Art2-ct98-2019

 

Animation S&T de Novembre :
Mardi 5 - 13h30 - Airial
Richard Kerr : « Incorporation of genomic data in Treeplan breeding values evaluation”

Vendredi 15 - 9h30 - Airial
Atelier drones : projet Dron'haut

Vendredi 22 - 9h30 - Airial
Ludovic Duvaux : "Inférence de l'histoire évolutive des populations et test d'hypothèses biologiques par calcul bayésien approché (ABC)"

Lundi 25 - 9h - Airial
Journée S&T : programme des exposés courts à venir

Vendredi 29 - 9h30 - Airial
Stéphanie Wagner : "Ancient DNA: New avenues for designing retrospective research at the INRAE"

Animation S&T de Décembre
Vendredi 6 - 9h30 - Airial
Olivier Le Gall & Antoine Kremer: "L'intégrité scientifique en France et à l'INRA"

Vendredi 13 - 9h30 - B2 salle des séminaires
Cyrille Rathgeber : "Ecophysiology of Wood Formation: Concepts, Methods and Applications"

Vendredi 20 - 9h30 - Airial
Christophe Tzourio : "Apport des cohortes dans la recherche en santé des populations: l'exemple de l'étude i-Share, une etude de grande ampleur sur la santé des étudiants "
>Projets déposés à l'ANR en oct. 2019...résultats en mars 2020 pour la phase 2.

Gµstavo – Genomes of tropical trees and their endophytes: mutation effects of sunlight and tree architecture, and evolutionary consequences (Myriam et al.)
Communication - Communication in a changing world: monitoring reproduction and social perception of European beech populations (Marta et al.)
Defoliation - Role of eco-evolutionary processes within populations: why are leaf defense traits so polymorphic in oak populations? (Ben et al.)
Beechtrees - Beech ecological-genetic, heritable trends and evolutionary potential under climate change (Arndt et al.)
CIP - Role of Competition by Interference among Plants: plant-soil processes and applications (Manu).

> Le GIS IBiSA vient de labelliser le Pilier Forêt de l'infrastructure national RARe. Des moyens financiers permettront d'appuyer en 2020 les développements méthodologiques pour la préservation et la caractérisation des ressources génétiques. L'UMR est concernée par le pin maritime et les chênes (cf Laurent pour la coordination interne des propositions).
> PGD: Poursuite des consultations des collectifs par François et Philippe en novembre et décembre. Une synthèse sera présentée au prochain CU.

> Xavier Bouteiller est maintenant Data Scientist en CDI chez MP Data et enseignant à Bordeaux Data University (Campus Darwin). Ses missions l'amène à résoudre des questions d'analyse de données dans des entreprises telles que ArianeGroup.

- Kremer A, Hipp AL. Oaks: an evolutionary success story. New Phytol
Tansley review du Journal New Phytol sur le thème du succès évolutif des chênes, écrite avec Andrew Hipp du Morton Arboretum de Chicago. Andrew avait passé un séjour d'un an au sein de l'Unité.

- Cannon CH, Petit RJ. The oak syngameon: more than the sum of it. New Phytol
Ce court papier fait le point sur le concept de syngameon (ensemble d'espèces restant distinctes malgré des échanges génétiques réguliers) tel qu'appliqué au genre Quercus. C'est un autre exemple de la collaboration entre Biogeco et le Morton Arboretum près de Chicago : Chuck Cannon est le directeur du Center for Tree Science de cet organisme auquel appartient aussi Andrew Hipp, par exemple.

van Halder I., Castagneyrol B., Ordóñez C., Bravo F., del Río M., Perrot L., Jactel H., 2019. Tree diversity reduces pine infestation by mistletoe. For. Ecol. Manag. 449, 117470.
 Dans cet article nous montrons que le niveau d'infestation des pins sylvestres par le gui (Viscum album ssp. austriacum) était significativement plus élevé dans les parcelles pures (45,1%) que dans les parcelles mixtes de pins sylvestres et de pins maritimes (25,4%). Les pins sylvestres plus hauts que les arbres environnants présentaient une probabilité d'infestation plus élevée, dans les peuplements purs et mixtes. Cependant, l'effet du type de parcelle (pure vs mixte) restait significatif après que l'effet de la hauteur des arbres a été pris en compte, indiquant ainsi que d'autres facteurs ont également contribué à réduire l'infestation de gui dans les parcelles mixtes (étude faite dans le cadre du projet REFORM).

- Oustriere N, Marchand L, Lizama-Allende K, Roulet E, Rousset C,  Bordas F, Mench M.  Selection of macrophytes with Cu-enriched root biomass intended for ecocatalyst production. Ecological Engineering138: 88-96
La valorisation des biomasses issues du phytomanagement et de la rhizofiltration est un enjeu mondial. Ceci demande une sélection des végétaux les plus appropriés, pour ensuite avoir les assemblages les plus pertinents face aux filières de transformation. Ici, ces travaux issus du projet EU INTENSE, du projet ANR Phytochem, et de la thèse de Nadège Oustrière (co-financée par l'ADEME) démontrent le potentiel de plusieurs macrophytes pour rhizofiltrer un effluent (synthétique) contenant du cuivre et fournir une biomasse à forte concentration en Cu ; celle-ci peut être utilisée pour produire  un écocatalyste à base de Cu, demandé en chimie biosourcée.

- Rioux, J.-F., Cimon-Morin, J., Pellerin, S., Alard, D. & Poulin, M. (2019) How Land Cover Spatial Resolution Affects Mapping of Urban Ecosystem Service Flows. Frontiers in Environmental Science, 7, 1-14.
Premier papier méthodologique réalisé avec les collègues de l'Université Laval et de l'Univ de Montréal sur les services écosystémiques urbains pendant le CRCT de Didier.

- Ioos R, Chrétien P, Perrault J, Jeandel C, Dutech C, Gonthier P, Sillo F, ... Multiplex real‐time PCR assays for the detection and identification of Heterobasidion species attacking conifers in Europe. Plant Pathology 68 (8), 1493-1507
Article en collaboration avec des collègues scandinaves et italiens et Renaud Ioos de l'ANSES Nancy dans le cadre d'un projet financé par le département Santé des Forêts ayant pour but de développer des marqueurs génétiques pour mieux comprendre l'écologie et l'épidémiologie des différentes espèces d'Heterobasidion infectant de nombreuses espèces de résineux en Europe.
 
- Demené A, Legrand L, Gouzy J, Debuchy R, Saint-Jean G, ... Whole-genome sequencing reveals recent and frequent genetic recombination between clonal lineages of Cryphonectria parasitica in western Europe. Fungal Genetics and Biology.
Premier article de la thèse d'Arthur Demené portant sur l'évolution des génomes de Cryphonectria parasitica, le chancre du châtaignier introduit notamment en Europe. Cet article a été réalisé en collaboration avec une équipe de bio-informatique de Toulouse et intègre notamment des données de génomique de la plateforme de Pierroton.

- Heinzelmann R, Dutech C, Tsykun T, Labbé F, Soularue JP, Prospero S. Latest advances and future perspectives in Armillaria research. Canadian journal of plant pathology 41 (1), 1-23
Cette synthèse sur les dernières recherches sur les Armillaires, pourridiés des racines des arbres forestiers, est une collaboration avec plusieurs collègues du WSL en Suisse et intègre notamment plusieurs résultats des travaux de la thèse de Frédéric Labbé soutenue en décembre 2015 et de récentes analyses de simulation d'un modèle d'évolution des populations de pourridiés racinaires développé par Jean-Paul Soularue.

- Volaire F, Morvan-Bertrand A, Prud’homme M-P, Benot M-L, Augusti A, Zwicke M, Roy J, Landais D, Picon-Cochard C. The resilience of perennial grasses under two climate scenarios is correlated with carbohydrate metabolism in meristems, Journal of Experimental Botany,
Cet article est issu d'une expérimentation sur des écosystèmes prairiaux de moyenne montagne, réalisée à la plateforme de macrocosmes de l'écotron de Montpellier, à laquelle MLB a eu l'occasion de participer lors de son post-doctorat à l'Unité de Recherche sur l'Écosystème Prairial (UREP, INRA Clermont-Ferrand).
 

- Chandelier A, Massot M, Fabreguettes O, F Gischer, F Teng, C Robin. 2019. Early detection of Cryphonectria parasitica by real-time PCR. Eur J Plant Pathol (2019) 153: 29.

- Compant, S., Vacher, C. 2019. Sources, niches and routes of colonization by beneficial bacterial endophytes. In Endophyte biotechnology: potential for agriculture and pharmacology (Ed. A. Schouten), Cabi Biotechnology Series, pp 32-41.
 
- Cochard, H., Petit, G., Torres-Ruiz, J., & Delzon, S. (2019). XIM4 meeting report, Sept. 25-27 2019, Padua (Italy) The hydraulic community has taken a step forward towards non-invasive measurements. JPH 6, e002-e002

- Schermer É, Bel-Venner MC, Gaillard JM, Dray S, Boulanger V, Le Roncé I, Oliver G, Chuine I, Delzon S, Venner S. (2019). Flower phenology as a disruptor of the fruiting dynamics in temperate oak species. New Phytologist.

- Creek, D., Lamarque, L. J., Torres-Ruiz, J. M., Parise, C., Burlett, R., Tissue, D. T., & Delzon, S. (2019). Xylem embolism in leaves does not occur with open stomata: evidence from direct observations using the optical visualisation technique. Journal of Experimental Botany.

- Torres-Ruiz, J. M., Kremer, A., Carins-Murphy, M. R., Brodribb, T. J., Lamarque, L. J., Truffaut, L., ... & Delzon, S. (2019). Genetic differentiation in functional traits among European sessile oak populations. Tree Physiology.

- Denéchère R, Delpierre N, Apostol EN, Berveiller D, Bonne F, Cole E, Delzon S, Dufrêne E, Gressler E, Jean F, Lebourgeois F, Liu G, Louvet JM, Parmentier J, Soudani K, Vincent G. (2019). The within-population variability of leaf spring and autumn phenology is influenced by temperature in temperate deciduous trees. International Journal of Biometeorology, 1-11.

- Craine JM, Elmore AJ, Wang L, Boeckx P, Delzon S, Fang Y, Gray A, Guerrieri R, Gundale MJ, Hietz P, Nelson DM, Peri PL, Templer PH, Werner C. (2019). Reply to: Data do not support large-scale oligotrophication of terrestrial ecosystems. Nature Ecology & Evolution, 1-2.

- Emilio, T., Lamarque, L. J., Torres-Ruiz, J. M., King, A., Charrier, G., Burlett, R., ... & Delzon, S. (2019). Embolism resistance in petioles and leaflets of palms. Annals of Botany.

- Bortolami, G., Gambetta, G. A., Delzon, S., Lamarque, L. J., Pouzoulet, J., Badel, E., ... & Jansen, S. (2019). Exploring the Hydraulic Failure Hypothesis of Esca Leaf Symptom Formation. Plant Physiology, pp-00591.

- Schermer, É., Bel‐Venner, M. C., Fouchet, D., Siberchicot, A., Boulanger, V., Caignard, T., ... & Delzon, S. (2019). Pollen limitation as a main driver of fruiting dynamics in oak populations. Ecology Letters, 22(1), 98-107.

- Fernandez-Conradi, P., Fort, T, Castagneyrol, B., Jactel, H., Robin, C. (2019) Fungal endophyte communities differ between chestnut galls and surrounding foliar tissues. Fungal Ecology, 42, 100876.

- Castagneyrol, B., Kozlov, M.V., Poeydebat, C., Toïgo, M., Jactel, H. (2019) Associational resistance to a pest insect fades with time. Journal of Pest Science, 1-11.

- Kambach S, Allan E , Bilodeau-Gauthier S, Coomes DA, Haase J , Jucker T, Kunstler G, Müller S, Nock C, Paquette A, van der Plas F, Ratcliffe S, Roger F, Ruiz-Benito P, Scherer-Lorenzen M, Auge H, Bouriaud O, Castagneyrol B, Dahlgren J, Gamfeldt L, Jactel H , Kändler G , Koricheva J , Lehtonen A , Muys B , Ponette Q, Setiawan N, Van de Peer T , Verheyen K , Zavala MA, Bruelheide H (2019) How do trees respond to species mixing in experimental compared to observational studies? Ecology and Evolution 9(19), 11254-11265.

- Ampoorter, E; Barbaro, L; Jactel, H; Baeten, L; Boberg, J; Carnol, M; Castagneyrol, B; Charbonnier, Y; Dawud, S M; Deconchat, M; De Smedt, P; De Wandeler, H; Guyot, V; Hattenschwiler, S; Joly, FX; Koricheva, J; Milligan, H; Muys, B; Nguyen, D; Ratcliffe, S; Raulund-Rasmussen, K; Scherer-Lorenzen, M; van der Plas, F; Verheyen, K; Vesterdal, L; Allan, E (2019) Tree diversity is key for promoting the diversity and abundance of forest-associated taxa in Europe. Oikos

- Jouveau, S., Toïgo, M., Griffard, B., Castagneyrol, C., van Halder, I., Vétillard, F., Jactel, H. (2019). Carabid activity-density increases with forest vegetation diversity at different spatial scales. Insect Conservation and Diversity.

- Jactel, H., Koricheva, J., Castagneyrol, B. (2019) Responses of forest insect pests to climate change: not so simple. Current Opinion in Insect Science, 35, 103-108.

- Baeten, L., Bruelheide, H., Van der Plas, F., Kambach, S., Ratcliffe, S., Jucker, T., Allan, E., Ampoorter, E., Barbaro, L., Bastias, C. C., Bauhus, J., Benavides, R., Bonal, D., Bouriaud, O., Bussotti, F., Carnol, M., Castagneyrol, B., Charbonnier, Y., Chećko, E., Coomes, D. A., Dahlgren, J., Dawud, S. M., De Wandeler, H., Domisch, T., Finér, L., Fischer, M., Fotelli, M., Gessler, A., Grossiord, C., Guyot, V., Hättenschwiler, S., Jactel, H., Jaroszewicz, B., Joly, F.-X., Koricheva, J., Lehtonen, A., Müller , S., Muys, B., Nguyen , D., Pollastrini, M., Radoglou, K., Raulund-Rasmussen, K., Ruiz-Benito, P., Selvi, F., Stenlid, J., Valladares, Vesterdal, L., Verheyen, K., Wirth, C., Zavala, M. A., Scherer-Lorenzen, M. (2019). Identifying the tree species compositions that maximize ecosystem functioning in European forests. Journal of Applied Ecology, 56 (3), 733-744.

- Barbaro, L., Allan, E., Ampoorter, E., Castagneyrol, B., Charbonnier, Y., De Wandeler, H., Kerbiriou, C., Milligan, H., Vialatte, A., Carnol, M., Deconchat, M., De Smedt, P., Jactel, H., Koricheva, J., Le Viol, Muys, B., Scherer-Lorenzen, M., Verheyen, K., van der Plas, F. (2019). Biotic predictors complement models of bat and bird responses to climate and tree diversity in European forests. Proceedings of the Royal Society. B, Biological Sciences, 286 (1894), 2018-2193. ,

- Damestoy, T., Brachi, B., Moreira, X., Jactel, H., Plomion, C., Castagneyrol, B. (2019). Oak genotype and phenolic compounds differently affect the performance of two insect herbivores with contrasting diet breadth. Tree Physiology (Oxford Academic), online first, 1-13.

- Guyot, V., Jactel, H., Imbaud, B., Burnel, L., Castagneyrol, C., Heinz, W., Deconchat, M., Vialatte, A. (2019).Tree diversity drives associational resistance to herbivory at both forest edge and interior. Ecology and Evolution, 9(16),

- Jactel, H., Bonifacio, L., Van Halder, I., Vetillard, F., Robinet, C., David, G. (2019). A novel, easy method for estimating pheromone trap attraction range: application to the pine sawyer beetle Monochamus galloprovincialis. Agricultural and Forest Entomology, 21 (1), 8-14.

- Jactel, H., Verheggen, F., Thiery, D., Escobar-Gutiérrez, A. J., Gachet, E., Desneux, N., Neonicotinoids Working Group (2019). Alternatives to neonicotinoids. Environment International, 129, 423-429.

- Robinet, C., David, G., Jactel, H. (2019). Modeling the distances traveled by flying insects based on the combination of flight mill and mark-release-recapture experiments. Ecological Modelling, 402, 85-92.

Taillebois L, Sabatino S, Manicki A, Daverat F, Nachón DJ, Lepais O. 2020. Variable outcomes of hybridization between declining Alosa alosa and Alosa fallax. Evolutionary Applications, .
Recherche issue du travail postdoctoral de Laura Taillebois à ECOBIOP INRA UPPA dans le cadre d’un projet régional cherchant à comprendre le déclin des populations de grande alose coordonné par Françoise Daverat à l’IRSTEA EABX. Nous avons étudié dans quelle mesure l’hybridation entre la grande alose et l’alose feinte pouvait être un facteur contribuant au déclin. L’utilisation combinée de 77 SNP diagnostiques permettant de retracer précisément la dynamique d’hybridation récente jusqu’à la troisième génération d’hybridation et de marqueurs mitochondriaux témoin de l’hybridation plus ancienne nous a permis de mettre en évidence de phénomènes d’introgression fréquents, récurrents et très variables géographiquement liés à des facteurs environnementaux et démographiques locaux. La dynamique d’hybridation mise en évidence ne peut expliquer le déclin de la grande alose, et pourrait même s’avérer être un phénomène avantageux pour l’adaptabilité du complexe d’espèces. Des perspectives de recherches sont proposées afin de poursuivre notre compréhension de ce dernier aspect dans ce système qui semble particulièrement bien se prêter pour aborder ces questions avec des approches de génomique des populations.

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Retrouver les Échos d’Ecofor ici. et une vidéo de présentation d'Ecofor là.
et pour rappel en cas :
Des nouvelles du groupe ETI (Labex COTE)
 
- Yohan Sahraoui vient de prendre un poste de maître de conférence en géographie à Paris 1 (UMR 8586 - Prodig). Bravo Yohan!
- Alix Sauve continue avec le groupe ETI jusqu'à fin 2019, elle travaille notamment sur le projet BiodiverCité et les pollinisateurs urbains.
- Coralie Picoche commence une thèse sur la modélisation de la diversité planctonique (école doctorale Mathématiques et Informatique) et participe à l'enseignement dans l'UF de biologie.
- Frédéric Barraquand recevra un doctorant norvégien (Eivind Kleiven, Université de Tromsoe) pendant 15 jours début janvier 2020. Eivind travaille avec Frédéric sur la modélisation des dynamiques prédateur - proie dans la toundra à partir de pièges photographiques.
INRA
> Olivier Lavialle a été nommé par la DG de l'INRA au poste de Président du centre Nouvelle-Aquitaine-Bordeaux, à compter du 1er janvier 2020.  Il est actuellement directeur de Bordeaux Sciences Agro.

> Loi de programmation pluriannuelle de la recherche
> Une cellule d’écoute externe à l’Inra (Allodiscrim) permet de signaler une situation ou un agissement en matière de discriminations et/ou de violences sexuelles ou sexistes. Le diaporama accessible ici, décrit les modalités pratiques de contact.
 
 
> L'édition 2019 des Rencontres d’Écologie des Paysages se déroulera à Bordeaux Sciences Agro du 5 au 7 novembre 2019. BIOGECO est co-organisateur de cette manifestation par l'implication d'Inge, Marie-Lise, Didier et Fred R. Vous pouvez retrouver le programme ici

> Genetics to the rescue: Managing forests sustainability in a changing world.
28 et 29 Janvier, Avignon. Cette conférence se déroulera en aparté de la dernière réunion du projet H2020 GENTREE.

> L’ANR et l’ADEME organisent conjointement un colloque sur la thématique « Arbre, forêt, bois et société » pour faire un point sur 10 années de recherches. 4-6 novembre, Bordeaux. Programme ici.

> Séminaire sur l'interdisciplinarité ouvert aux scientifiques Inra et Irstea. 5 et 6 décembre, Amphi d’AgroParisTech. Il sera un moment d’échanges d’expériences et de pratiques et permettra de préciser les critères de réussite des approches interdisciplinaires et les attentes des équipes impliquées. Les personnes souhaitant partager leurs expériences d’interdisciplinarité et celles qui se lancent dans ces démarches sont encouragées à participer (https://intranet.inra.fr/metaprogrammes/Page-d-accueil/Actualites/Seminaire_InterD).

> Soutenance de Thèse de David VIDAL : Evaluations sylvicole et environnementale d’un itinéraire forestier incluant la culture d’un sous-bois fixateur d’azote – Expérimentations in situ de longue durée dans les Landes de Gascogne - Jeudi 21 novembre 2019 à 14h00 Grande Ferrade - Amphithéatre Colette & Josy Bové 

> Retrouver ici la compilation des rapports des projets et résumés des thèses financés par le métaprogramme EcoServ.

> Séminaire du GIP Ecofor :« Améliorer le suivi de la biodiversité des forêts métropolitaines : pourquoi, comment ? »,  3 Décembre 9h30 à 17h30,  Ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation (Salle Gambetta), 78 rue de Varenne, 75007 Paris. Pour vous inscrire c'est ici.

> Le consortium public-privé Biocontrôle et le réseau PhytoMic organisent conjointement une journée scientifique sur le thème  « Microbiome et biocontrôle ». Cet événement aura lieu le 12 décembre 2019 au siège de l’INRA, 147 rue de l’Université, 75007 Paris, de 9h30 à 17h. L'inscription est gratuite mais obligatoire ici.

Le 20ème XyloDating sur le thème EMBALLAGES BOIS, l'adaptation du secteur face à l'évolution de la demande se tiendra le Jeudi 5 décembre 2019.
 
> Le programme Marie Sklodowska Curie Actions - Innovative Training Network (ITN) est actuellement ouvert et se clôture le 14 janvier 2020. Le "guide for applicants 2020" ainsi que le formulaire de candidature sont disponibles ici et là.

> Comme tous les ans, l'ISF (international fundation for science) ouvre un appel à projets pour des jeunes chercheurs (en thèse ou ayant soutenu <5 ans). Liste des nationalités éligibles ici.

> Participation de l'ADAS/INRA Pierroton au semi-marathon de Bordeaux. Un groupe de 7 coureurs a pris le départ du semi-marathon de Bordeaux qui s'est déroulé le 26 octobre. Inscrite au challenge des entreprises, notre équipe a terminé 19ième/48. Elle était constituée de Juliette Archambeau, Myriam Heuertz, Simon Labarthe, Benjamin Penaud, Laurent Severin, Frédéric et Antoine Revers. Bravo aux coureurs et merci à l'ADAS pour son soutien!
Les prochains rendez-vous ADAS course à pieds sont la course des restos du cœur à Talence (15 novembre) et le trail du Téléthon de Bouliac (7 décembre).

> Cette année nous avons reçu l’autorisation d’ouvrir une section « Tir à l’Arc » à l’ADAS INRA Pierroton. Nous comptons actuellement 24 pré-inscrits pour découvrir, et plus si affinité, cette activité. L’aménagement du pas de tir, localisé à proximité du jardin commun, étant presque terminé la première séance devrait avoir lieu très prochainement. Si vous êtes intéressés n’hésitez pas à contacter JC Leplé.
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