Lettre de BIOGECO                      N° 92 Janvier 2019
Edito

Bonjour,

Je commencerai cet édito par remercier l’équipe de direction sortante ainsi que vous tous qui œuvrez depuis la création de l’UMR pour répondre à des questions de recherche diversifiées, nécessitant des approches de plus en plus multidisciplinaires ainsi que des interactions toujours plus fortes au sein de l’unité ou avec des partenaires extérieurs.

A l‘issue d’une année qui nous aura tous mobilisé dans la construction de nouvelles communautés fonctionnelles, je tenais aussi à vous remercier pour votre disponibilité et pour avoir été force de proposition dans cette nouvelle organisation. La qualité du travail accompli, votre investissement et votre capacité à vous projeter dans de nouveaux périmètres sont autant d’éléments prometteurs pour la réussite de notre collectif. Votre confiance ainsi que les encouragements et soutiens reçus tout au long de ce processus m’ont beaucoup touché. Je remercie plus particulièrement Cécile, Manu et Sandrine pour leur accompagnement pendant ces trois prochaines années.

Enfin, qu’ils restent à nos côtés pour quelques mois à quelques années afin de s’approprier la démarche scientifique ou qu’ils nous rejoignent pour constituer les nouvelles forces vives de l’UMR, je souhaite la bienvenue aux nouveaux arrivants.

Je vous souhaite une très belle année 2019 et beaucoup de réussite dans vos projets.

Christophe


 
Sommaire
 

La photo du mois : (© Joylilworld) Illustration réalisée dans le cadre du projet LABEX Latitudinal gradients in bottum-up and top-down drivers of insect herbivory. Le dessin illustre la collaboration entre les élèves de 35 écoles en Europe et BIOGECO pour chercher à comprendre comment le climat influence les facteurs régulant les dégâts causés par les insectes herbivores sur le chêne pédonculé.
Lundi 7
Codir - 14h - Pessac

Jeudi 17
Assemblée de site Pessac - 10h - Salle des Séminaires
 
Vendredi 18
Conseil de gestion (Direction et pôle administratif) - 9h - Pessac

21 janvier
Assemblée Générale 9h - Cestas, Airial
 
Lundi 28 et Mardi 29
Journées des nouveaux arrivants 14h - Cestas et Pessac

Arrivées
Thomas Badie commence son stage de Master 2 le 7 janvier, et jusqu'au 20 juin 2019. Il sera co-encadré par Pauline Garnier-Géré et Camille Lepoittevin. Son sujet est : Evaluation des performances d’hybrides interspécifiques de chênes.

Audrey Bourdin est en stage de Master 2. L'intitulé de son sujet est :  « disentangling the effects of host genotype, anti-herbivore defenses and landscape context on oak-herbivore interactions”. Elle est encadrée par Elena Valdes.

Thomas Folituu, est accueilli en stage de master 2 du 7.1.2019 au 30.6.2019. Il travaillera sur le développement de marqueurs moléculaires pour génotyper une collection de plusieurs centaines d'individus de différentes espèces d'Eschweilera de Guyane française pour la délimitation génétique des espèces. Son travail sera dirigé par Olivier Lepais et Myriam Heuertz.

L’équipe XYLOMES accueille Geoffrey Haristoy pour un stage de M2 de 6 mois à partir du 14 janvier 2019 dans le cadre du projet MAAF « ressources génétiques ». Il sera encadré par Laurent Bouffier et Marc Kleinhentz. Son stage portera sur le génotypage des parcs à clones de pin maritime pour vérifier les identités et les pedigrees.  Il sera dans un bureau de l'Artiga.

Alex Stemmelen sera accueillie pour 6 mois en stage de M2 avec Marie-Lise Benot et Bastien Castagneyrol sur le sujet "DRIVERS OF PEST INSECT DAMAGE ON URBAN TREES". Son bureau sera à l'observatoire mais il ira régulièrement au B2.

Départs
Départ de Yasmine Kadiri qui a travaillé avec Bastien Castagneryol et Elena Valdés-Correcher sur le projet LAGRIBOT, puis avec Hervé Jactel et Charlotte Poeydebat sur le projet REFORM. Yasmine a réalisé des notations de dégâts d'insectes sur des feuilles de différentes espèces d'arbres et a réalisé des analyses biochimiques (stoechimétrie, sucres, phénols...) sur ces mêmes feuilles.

-Catherine Bastien, Cheffe du Département (CD) EFPA, sera la référente du département pour l’UMR BIOGECO (elle se partage les Unités EFPA avec les CD adjoints pour le suivi rapproché des unités).

-Suite aux trois premières campagnes de labellisation des ISC (Infractructures Scientifiques Collectives) de l'Inra, 50 dispositifs (Unités Expérimentales, Installations Expérimentales, Plate Forme analytiques,...) ont été labellisées sur les 110 dossiers déposés. La quatrième campagne vient d'être lancée. Elle concerne la construction d'Infrastructures de Recherche (IR) distribuées, globalement alignées sur celles retenues en 2018 sur la feuille de route nationale. Deux PCM de l'UMR sont concernés par ce processus: GENOBOIS en lien avec l'IR "Forêt" et PGTB en lien avec l'IR "Génomique".

-Deux nouvelles nominations pour deux collègues de l'unité:
Santiago Gonzalez-Martinez pour la coordination du réseau EVOLTREE
Frédéric Revers comme représentant du département EFPA auprès de l'Agence Française pour la Biodiversité (AFB). Nous leur souhaitons plein succès dans l'accomplissement de leur mission.

-La dernière campagne d'avancement au choix s'est achevée par les promotions de Frédéric Lagane (TREX), Frédéric Raspail et Franck Salin (IEHC), Philippe Chaumeil (IR1). Félicitation !

-Enfin toutes nos félicitations à Sylvain Delzon qui rentre dans le palmarès international des chercheurs les plus cités au cours de ces dix dernières années selon la méthodologie utilisée par clarivate. Deux autres chercheurs bordelais (en sciences humaines et neurosciences) sont également cités dans ce classement.

-Le site web de l'UMR va être mis à jour. Nous demandons aux responsables des équipes et PCM de nous renvoyer les maquettes en français et en anglais d'ici le 15 janvier.

Le colloque « Regards croisés entre sciences écologiques et sciences humaines et sociales dans le domaine de la conservation et restauration écologique » que nous avons organisé en interaction avec le Labex COTE le 26 novembre dernier a été un succès. Plus de 170 personnes venant d'horizons variés (scientifiques en écologie, en génétique, en SHS, étudiants en master (Bordeaux, Toulouse), gestionnaires, collectivités territoriales, associations,etc.) y ont participé. Un compte-rendu sera prochainement publié dans la revue Natures Sciences Sociétés. Les présentations sont disponibles sur le site du Labex COTE.

De nouvelles listes de diffusion d'équipe et PCM ont été créées :

  • Biodiv : biodiv-biogeco@inra.fr
  • Xylomes : xylomes-biogeco@inra.fr
  • Dmi : dmi-biogeco@inra.fr
  • Pleaide : pleaide-biogeco@inra.fr
  • Ecogere : ecogere-biogeco@inra.fr
  • E4E : E4E-biogeco@inra.fr
  • Gemfor : gemfor-biogeco@inra.fr
  • PCM oel : oel-biogeco@inra.fr
  • PCM info : info-biogeco@inra.fr
Pour mémoire, l'ensemble des listes de diffusion de l'unité sont disponibles sur l'intranet.
Chaque arbre cache une forêt ! Sous ce titre accrocheur mais quelque peu galvaudé...Jean-Baptiste Veyrieras retrace les connaissances acquises dans le cadre du projet de séquençage du génome du chêne dans un article publié dans Science et Vie. En savoir plus.
 

Un article sur les recherches conduites dans la vallée du Ciron dans le Sud-Ouest Mag du samedi 22 décembre 2018 pages 30-31 sous la plume d'Alexandre Marsat.


La revue Natures Sciences Sociétés a publié sur la toile, en novembre 2018, un texte (coordonné par Sophie Gerber) qui propose un portrait et l'histoire du groupe Sciences en questions de l'Inra.
Résumé : créé en 1994 au sein de l'Inra, le groupe Sciences en questions s’est donné pour mission d’animer la réflexion des acteurs de la recherche en questionnant les manières dont la science se fait et comment elle conçoit sa responsabilité vis-à-vis de la société et de l’environnement naturel. Le groupe choisit les sujets et les auteurs des conférences (en philosophie, épistémologie, sociologie, anthropologie ou éthique, principalement). Les conférences sont suivies d’un dialogue avec l’auditoire, l'ensemble est transcrit et publié aux Éditions Quæ, dans la collection homonyme Sciences en questions. Cette démarche originale et les livres qui en résultent ont reçu et continuent de recevoir un accueil public favorable.
PCM Info

Dans le contexte actuel de l'amélioration de la gestion des données scientifiques et de leur partage, le conseil d'unité de Biogeco avait souhaité que soit organisée une formation collective à destination de l'ensemble des collègues intéressés portant sur la politique actuelle de la recherche publique en terme de gestion des données de la recherche, la préservation et le partage des données, la valorisation ainsi que la réglementation actuelle et également la rédaction des Plans de Gestion de Données (PGD).
Nous sommes donc heureux de vous inviter à une formation organisée en partenariat avec le pôle Digitalist et la formation permanente du centre INRA de Bordeaux le vendredi 1er février 2019 sur le thème « Partager les données de la recherche : pourquoi, comment ? », sur le site Recherches Forêt Bois de Pierroton.

La matinée sera consacrée aux apports théoriques et des ateliers pratiques seront organisés l’après-midi. Vous pouvez donc venir nombreux, écouter non seulement les formateurs mais aussi plusieurs collègues de l'unité, qui vous feront des retours d'expérience.
 
Programme détaillé accessible ici.
Pour vous inscrire, merci d'en informer Annissa Ouerdane par mail (Annissa.Ouerdane@inra.fr) ou téléphone (05 57 12 26 66) avant le 15 Janvier 2019.
  Retrouvez ici toute l'actualité de la PGTB.
Projets
Au programme de ce début d’année :
 
  • Le séquençage du génome mitochondrial chez la truite pour une étude phylogénétique des populations du fond du golfe de Gascogne, en collaboration avec Joëlle Chat (UMR ECOBIOP).
  • Du génotypage Sequenom sur du sapin de Céphalonie et du cèdre, dans le cadre d’un projet en collaboration avec Caroline Scotti-Saintagne (INRA Avignon).
  • Toujours du génotypage sur chêne pédonculé et hêtre dans le cadre du projet SPONFOREST (coordination Arndt Hampe).
  • Du séquençage long-reads pour étudier le microbiote des mouches des fruits de la Réunion, dans le cadre du projet ARN NGB (collaboration Corinne Vacher et les collègues de l’UMR PVBMT de Saint Pierre à la Réunion).
 
Colloque

La PGTB organise le Nanopore Day 2019 le lundi 18 mars prochain, à l’Agora du Haut-Carré à Talence. Cet événement national, dont ce sera la troisième édition, est l’occasion de découvrir les dernières avancées et applications en séquençage long-reads Oxford Nanopore, que vous soyez néophyte ou utilisateur averti de la technologie. Ce colloque est gratuit (y compris le déjeuner) et ouvert à tous, dans la limite des places disponibles (150). Ne tardez pas à vous inscrire ici. Plus d’informations à venir très bientôt sur le page INRA du colloque !
 

Qualité
Le 8 janvier, la PGTB a eu son audit externe de qualité, dans le cadre de sa certification ISO 9001|NFX 50-900.
 
Vendredi 11
pas d'animation S&T en raison de l'AG du labex COTE au même créneau horaire.
 
Vendredi 18
9h30 - 10h - Airial - Pierroton
  • Exposé de Hermine Alexandre - Estimation in situ de la variation génétique associée à des traits fonctionnels chez deux espèces de chênes (Q. petraea et Q. robur)
10h - 10h30 - Airial - Pierroton
  • Exposé de Gema Escribano - Demographic, selective and genotypic consequences of mutualistic partner switch from native to invasive
Vendredi 25
9h30 - 10h Airial - Pierroton
  • Exposé de Charlie Pauvert, doctorant, équipe Biodiv : "Bioinformatics matters: the accuracy of plant and soil fungal community data is highly dependent on the metabarcoding pipeline"
  • 10h - 10h30: Carlos Lara-Romero - Genetic variation in flowering phenology in the context of climate change. A case study with a Mediterranean alpine plant
Lancement en janvier 2019 du projet " Les faux de Verzy (Fagus sylvatica L. var. tortuosa Pépin) : Elucider les bases moléculaires du phénotype tortillard et comprendre son histoire évolutive " (2019-2021).  Il implique des collègues des équipes E4E et XylomeS ainsi que du PCM PGTB (Catherine, Christophe, Erwan, Grégoire, Isabelle, Ludovic). Il sera mené en partenariat avec  l'ONF, le CNRS, l'IRD, l'Univ. d'Orléans, l'Univ. de Perpignan, le CEA, et des unités INRA à Avignon, Toulouse, Versailles et Clermont-Ferrand). Ce projet est financé par la société LVMH dans le cadre d'un mécénat. Il est coordonné par Christophe et s'appuie sur le projet de séquençage du génome du hêtre en cours au Génoscope.
Les nouvelles équipes PREVENTION et QUALITE ont été constituées en 2018. Elles vous présenteront  leurs perspectives pour 2019 lors de l'AG du mois de janvier.
Jérôme Bartholomé, en doctorat puis en post doctorat à Biogeco de novembre 2010 à janvier 2017 nous a envoyé de ses nouvelles : « J’ai rejoint le CIRAD et l’UMR AGAP, il y bientôt deux ans, en février 2017. Je travaille maintenant sur le riz (oryza sativa), céréale emblématique de l’Asie. Mes travaux de recherche s’axent principalement sur l’optimisation des stratégies de sélection via les outils génomiques et les approches de simulation. Après quelques mois passés à Montpellier pour me familiariser avec l’équipe et la plante, me voici depuis août 2018 aux Philippines où je suis accueilli à l’Institut international de recherche sur le riz (IRRI). Au sein de plateforme Rice Breeding, je travaille sur le programme d’amélioration du riz irrigué pour l’Asie du Sud-Est.
Mes meilleurs vœux pour la nouvelle année à tout Biogeco Jérôme »

 
Mon cadre de travail est bien différent des pins et des chênes de Pierroton : les rizières expérimentales de l’IRRI avec en arrière-plan le Mont Makiling (1090 m).
Michalecka M, Masny S, Leroy T, Puławska J (2018). Population structure of Venturia inaequalis, a causal agent of apple scab, in response to heterogeneous apple tree cultivation. BMC Evolutionary Biology 18: 5
Depuis un siècle, les sélectionneurs cherchent à améliorer la résistance du pommier domestique à un de ses pathogènes principaux, le champignon Venturia inaequalis, agent de la tavelure du pommier. Dans cet article, Monika et ses collaborateurs en Pologne, ont échantillonné plusieurs centaines de souches de ce pathogène dans différents vergers en Pologne, à la fois sur des variétés commerciales (particulièrement sensibles) ainsi que sur différentes variétés issues de ces programmes. Des précédentes études génétiques avaient suggéré que les variétés domestiques sont attaquées par deux grandes populations de ce pathogène, que celles-ci sont particulièrement divergentes et suggéraient qu'elles étaient mutuellement exclusives (incapables d'attaquer des variétés communes, au moins en vergers commerciaux). Les analyses que l'on a effectué permettent de démontrer qu'au contraire cette structure génétique peut être rapidement érodée dans les vergers commerciaux. Cette recombinaison précédemment ignorée crée des combinaisons génétiques nouvelles qui peuvent potentiellement avoir des conséquences épidémiologiques

Grossman J J, Vanhellemont M, Barsoum N, Bauhus J, Bruelheide H, Castagneyrol B, Cavender-Bares J,  Eisenhauer N, Ferlian O, Gravel D, Hector A, Jactel H, Kreft H, Mereu S, Messier C, Muys B, Nock C, Paquette A, Parker J, Perring M P, Ponette Q, Reich P B, Schuldt A, Staab M, Weih M, Zemp D C, Scherer-Lorenzen M, Verheyen K (2018) Synthesis and future research directions linking tree diversity to growth, survival, and damage in a global network of tree diversity experiments. Environmental and Experimental Botany. 152: 68-89
Cet article de synthèse fait le point sur les recherches en écologie menées dans le réseau international TreeDivNet auquel appartient le site ORPHEE

Soularue  JP, Thöni A, Arnoux L, Le Corre V, Kremer A (2018) Metapop: An individual‐based model for simulating the evolution of tree populations in spatially and temporally heterogeneous landscapes. Molecular Ecology Resources https://doi.org/10.1111/1755-0998.12958
 
Caignard T, Delzon S, Bodénès C, Dencausse B, Kremer A (2019) Heritability and genetic architecture of reproduction-related traits in a temperate oak species. Tree Genetics and Genomes 15(1) doi: 10.1007/s11295-018-1309-2.

Van Rossum F, Martin H, Le Cadre S, Brachi B, Christenhusz MJM, Touzet P (2018) Phylogeography of a widely distributed species reveals a cryptic assemblage of distinct genetic lineages needing separate conservation strategies. Perspectives in Plant Ecology, Evolution and Systematics. 35: 44-51
 
Beilsmith K, Thoen MPM, Brachi B, Gloss AD, Khan MH, Bergelson J (2019) Genome-Wide Association studies on the phyllosphere microbiome: embracing complexity in host-microbe interactions. The Plant Journal https://doi.org/10.1111/tpj.14170
 
Garcia C, Guichoux E, Hampe A (2018) A comparative analysis between SNPs and SSRs to investigate genetic variation in a juniper species (Juniperus phoenicea ssp. turbinata). Tree Genetics and Genomes, 14: 87
Cette comparaison se focalise sur un genre de conifères qui pose certains problèmes lors du développement de marqueurs moléculaires. Elle résulte d'une collaboration menée dans le cadre du projet SPONFOREST.

Dumas PY, Mansier O, Prouzet-Mauleon V, Koya J, Villacreces A, de la Grange PB, Paz DL, Bidet A, Pasquet JM, Praloran V, Salin F, Kurokawa M, Mahon FX, Cardinaud B, Lippert E (2018) MiR-10a and HOXB4 are overexpressed in atypical myeloproliferative neoplasms. BMC Cancer 18: 1098

Wachowiak W, Zaborowska J, Labiszak B, Perry A, Zucca GM, Gonzalez-Martinez SC, Cavers S (2018) Molecular signatures of divergence and selection in closely related pine taxa. Tree Genetics and Genomes 14: 83

Blanc-Jolivet C, Kersten B, Bourland N, Guichoux E, Delcamp A, Doucet JL, Degen B (2018) Development of nuclear SNP markers for the timber tracking of the African tree species Sapelli, Entandrophragma cylindricum. Conservation Genetics Resources10: 539–541
Labex COTE
L'Assemblée Générale du LabEx COTE se tiendra le 11 janvier 2019 à l'Agora du Haut-Carré. Le programme est téléchargeable ici.

Idex
L'Idex de Bordeaux lance un appel à "programmes de recherche" (ex-labex) en 2019. L'unité participe à la nouvelle mouture de COTE (contact Sylvain) ainsi qu'à la construction d'un nouveau projet "Plant Science" (contact Christophe).
INRA
- Le dernier numéro d’Inra en Bref, avec notamment la communication du palmarès des Lauriers 2018 est lisible ici.
- pour l'inscription à la formation EDEN "doctorant-encadrant" c'est ici. Date limite 28 janvier 2019
 
La date limite d’inscription est fixée au 28 janvier 2019.

Université de Bordeaux
Retrouvez ici les appels d'offres en cours concernant la mobilité internationale sortante.

Le programme IdEx pour la mobilité internationale des Enseignants-Chercheurs et personnels de recherche est téléchargeable ici.

Les nouveaux départements de recherche ont été adoptés par le Conseil d’administration de l'Université de Bordeaux. En savoir plus. Biogeco sera rattaché au Département Sciences de l’environnement dont les préfigurateurs sont Jérôme Joubes et Magalie Baudrimont. Pour en savoir plus sur ce nouveau département rendez-vous à l'AG.
 
- Retrouvez ici les animations en Bioinformatique de l’Université de Bordeaux. L'UMR peut proposer des invités.

- L’Ecole d’été « Autour du 2°C – Enjeux de l’interdisciplinarité autour du changement climatique » à l’organisation de laquelle nous sommes associés avec le soutien de FormaSciences, du département SAE2 et du MP GloFoodS de l’INRA, aux côtés notamment du CNRS, de l’Université de Grenoble-Alpes et de l’IRD.
Cette seconde édition aura lieu du 3 au 7 juin 2019 à Autrans (Isère) et sera centrée sur les « Trajectoires, vulnérabilités et capacités d’action ». Elle s’adresse à tous les chercheurs et enseignants-chercheurs s’intéressant ou travaillant sur le changement climatique (atténuation et adaptation) et souhaitant réfléchir à la façon de concevoir et organiser des programmes de recherche interdisciplinaires. De plus amples informations sont disponibles ici.
 
- Comme vous le savez, nous accueillons depuis quelques mois Cécile Nivet, responsable de la médiation scientifique et de la valorisation des recherches au sein du GIP ECOFOR. Pour mieux faire connaissance avec le GIP voici une présentation vidéo. Vous pouvez également accéder aux deux premières conférences organisées dans le cadre de l'Ecoforum XXV:
Les deux prochaines conférences sont en cours de montage
L'IPBES recherche des candidats pour appuyer un groupe d’experts dans l’analyse de scénarios de biodiversité et services écosystémiques. La date limite de candidature est fixée au 15 janvier 2019. En savoir plus.

Dans le cadre de l’Initiative d’excellence de l’université de Bordeaux, l’appel à projets 2019 du programme « Emergence » est ouvert.
 
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