Lettre de BIOGECO                      N° 129 Octobre 2022
Edito

Bonjour à tous,
 

Bonjour, oui, juste bonjour. Coucou, hello, hey!, wesh bro, good day, good vibes etc.. juste bonjour et point... Fin de l’édito. Juste le petit hello.
Mais l’édito est un « Article de fond, commentaire, signé ou non, qui exprime, selon le cas, l'opinion d'un journaliste ou celle de la direction ou de la rédaction du journal, de la radio ou de la télévision ». Fond de quoi ? Du sceau ? De tiroir ? Du puits ? De veau? Fond du… oui... c’est bien ça, la fondue, c’est le début de la saison en plus. Un article sur la fondue… chiche. Mélangeons les idées et piquons le pain du voisin. Mélangeons nous les pinceaux mais pas trop tout de même. Cadrons un peu l’exercice et rappelons quelques règles. Si j’ai du beurre qui vient de l’université, ma convention de recherche est donc ouverte à l’université et mon interlocutrice sur cette convention sera Alice. Si j’ai de l’oseille sur une convention positionnée à l’INRAe, mon interlocutrice sera Florence. Parfois, le melting-pot de mes conventions nécessite une petite attention pour que la salade ne déborde pas trop sur la table une fois mélangée. En effet, se sont nos gestionnaires d’unités qui passent après pour nettoyer le gloubiboulga du budget.
Merci, oui, juste merci. Thanks, danke, grazie, gracias, дякую, etc. juste merci et point final… Fin de l’éditorial.

 
Sommaire
 

La photo du mois : (© Prototype de rhizotron permettant d’observer la croissance racinaire des chênes (crédit G le Provost)
> AG 3 et 4 oct.
3 oct.(Pierroton)
Matin : Vie d’unité / Présentation du département Sciences de l’Environnement de l’Université / Prévention / sobriété énergétique
Après-midi: Animation scientifique transversale "Interactions hôtes – microorganismes"
4 oct.
Matin (site de la Gde Ferrade): visite de la serre S2+
Après-midi (Pierroton): chambres climatiques (bilan d'utilisation, fonctionnement et visite)

> Le programme des prochains séminaires est disponible ici

Clémence Bécans débute sa thèse le 1er Octobre dans l'équipe Gemfor. Elle travaillera sur l'évolution d'Hymenoscyphus fraxineus, l'agent causal de la chalarose du frêne. Clémence s'intéressera particulièrement à la plasticité des caractères du pathogène. Encadrement Cécile/Jean-Paul.

Guillaume Forget commence sa thèse au sein du PCM PHENOBOIS. Il travaillera sur les mécanismes de perte d'eau après fermeture stomatique et leurs implications pour la survie des plantes sous sécheresse sévère. Il sera encadré par Jerome Joubes du LBM (encadrant principal) ainsi que par Régis, Santiago et Sylvain pour BIOGECO.

Roberta Gargiulo, chercheuse aux Royal Botanic Gardens Kew (Royaume Uni) nous rend visite du 19 septembre au 18 octobre dans le cadre d'une Short Term Scientic Mission de l'action COST-GBIKE. Elle s'intéresse à l'estimation de la taille génétique efficace à partir de jeux de données génomiques de plantes, en collaboration avec Myriam, Santi et Adélaïde.
https://www.kew.org/science/our-science/people/roberta-gargiulo

Enrique Sáez Laguna rejoint Biogeco à partir du 1er octobre pour un postdoc de 14 mois dans le cadre du projet GPR - Bordeaux Plant Science, Work package Perfit coordonné par Santi González-Martínez. Il travaillera sur la caractérisation des signaux de sélection négative dans des jeux de données d'arbres sauvages et domestiqués et sera encadré par Santi, Myriam et Véronique Decroocq de l'UMR BFP.
Enquête : prévision d'accueil du personnel non permanent en 2023
A l'instar des précédentes années, l'enquête dédiée à recenser les nouveaux arrivants pour l'année 2023 est lancée. Merci de renseigner le tableau sur le NAS d'ici mi-novembre si possible et de le mettre à jour au fil de l'eau: https://nas-pgtp.pierroton.inra.fr/drive/oo/r/548738451778875839#tid=55 Pour mémoire, les accueils financés sur des crédits UB sont gérés par Alice et ceux financés sur des crédits INRAE sont traités par Sandrine. Attention aux délais de traitement imposés par les tutelles. N'hésitez pas à vous rapprocher de votre référente.

Accès à JSTOR
Notre abonnement INRAE à JSTOR Life Sciences est maintenu jusque fin 2023 (se connecter depuis son poste informatique sur le site de Pierroton, c'est l'adresse IP qui est reconnue). Comme l’Université est également abonnée à l'ensemble de la collection (donc au delà de Life Sciences), nous invitons les utilisateurs à progressivement utiliser leur accès ENT pour accéder à cette ressource à partir de 2024. L’accès à JSTOR est direct depuis l’Espace Numérique de Travail (ENT) de l’université en allant dans l’onglet « Bibliothèque » puis « Babord+ UB ». Babord+ est un point d'accès unique à toute la documentation des bibliothèques universitaires de Bordeaux. Pour avoir accès à l’ENT, on doit avoir son IDNUM (identité numérique) : https://activation.u-bordeaux.fr/index.php Pour les agents INRAE, il faut demander la création de ce compte IDNUM auprès d'Alice.
> Les jeudi 13 et vendredi 14 Octobre 2022, BIOGECO accueille la réunion annuelle du réseau génétique du département ECODIV. Nous accueillerons pour l’occasion des collègues des centres de Bordeaux, Montpellier, Rennes, Avignon et Orléans! En comptant les inscrits de BIOGECO, nous serons une trentaine pour assister à 9 présentations scientifiques, échanger lors d’une table ronde sur le thème de la génétique d’association, et participer à un atelier autour du logiciel de simulation gmetapop, développé à BIOGECO. Pour ceux qui le souhaitent, nous nous rejoindrons au centre ville de Bordeaux le Jeudi soir pour un moment convivial.

> Hervé Jactel a été élu membre du Conseil Scientifique de l'EFI, European Forest Institute.

> Myriam Heuertz et Heidy Schimann se rendent ce mois en Guyane pour assister aux journées annuelles du Labex CEBA, qui auront lieu à Cayenne le 4 et 5 octobre. 
Retrouver une expo consacrées aux plantes et insectes (du 13 sept 22 au 2 avril 23) à laquelle Biogeco est associé et qui se déroule au jardin botanique de Bordeaux.
  Retrouvez ici toute l'actualité de la PGTB

Arrivée
Zachary Allouche a rejoint l’équipe de la PGTB au début du mois d’octobre pour une durée de 2 ans, en qualité d’ingénieur d’études. Il sera en charge des développements et analyses en séquençage Illumina.
 
Projets
Quelques projets au programme ce mois-ci :
  • L’étude de mutations somatiques chez deux arbres tropicaux, afin de savoir si elles sont transmises à la descendance en les reséquencent dans les fruits. Ce travail est fait en collaboration avec Myriam Heuertz et Sylvain Schmitt (UMR ECOFOG de Kourou).
  • Du metabarcoding dans le cadre d’un projet avec Vincent Lailheugue et Virginie Lauvergeat (UMR EGFV - ISVV) pour étudier notamment les champignons mycorhiziens à arbuscules du sol.
  • Du séquençage Illumina sur des souches issues de vins aux paramètres extrêmes, en collaboration avec Claire Le Henaff, de l’UR d’œnologie de l’ISVV.
  • Du génotypage MassArray pour caractériser des pins issus de populations d'amélioration en Corse et en Galice. Ce projet est réalisé en collaboration avec Laurent Bouffier.
 
Formation
Le 7 octobre nous accueillons les étudiants de M2 Microbiologie-Immunologie et de M2 d’œnologie.
 
Le Provost G, Brachi B, Lesur I, Lalanne C, Labadie K, Aury JM, Da Silva C, Postolache D, Leroy T, Plomion C. Gene expression and genetic divergence in two sympatric oak species highlights adaptive genes to soil water constraints. Plant Phys. 

G Gillerot, L., Landuyt, D., Oh, R., Chow, W., Haluza, D., Ponette, Q., ... Jactel, H., …& Verheyen, K. (2022). Forest structure and composition alleviate human thermal stress. Global Change Biology.

Nardi, D., Jactel, H., Pagot, E., Samalens, JC., Marini, L. (2022) Drought and stand susceptibility to attacks by the European spruce bark beetle: A remote sensing approach. Agricultural and Forest Entomology.

Garcia, A., Vaz, P. G., Franco, J. C., Nunes, P., Jactel, H., & Branco, M. (2022). Urban tree isolation affects the abundance of its pests and their natural enemies. Landscape and Urban Planning, 227, 104515.

del Río, Miren; Pretzsch, Hans; Ruiz-Peinado, Ricardo; Jactel, Herve; Coll, Lluís; Löf, Magnus; Aldea, Jorge; Ammer, Christian; Avdagic, Admir; Barbeito, Ignacio; Bielak, Kamil; Bravo, Felipe; Brazaitis, Gediminas; Černý, Jakub; Collet, Catherine; Condes, Sonia; Drössler, Lars; Fabrika, Marek; Heym, Michael; Holm, Stig-Olof; Hylen, Gro; Janson, Aris; Kurylyak, Viktor; Lombardi, Fabio; Matović, Bratislav; Metslaid, Marek; Motta, Renzo; Nord-Larsen, Thomas; Nothdurft, Arne; van Ouden, Jan; Pach, Maciej; Pardos, Marta; Poeydebat, Charlotte; Ponette, Quentin; Perot, Thomas; Reventlow, Ditlev Otto Juel; Sitko, Roman; Sramek, Vit; Steckel, Mathias; Svoboda, Miroslav; Verheyen, Kris; Vospernik, Sonja; Wolff, Barbara; Zlatanov, Tzvetan; Bravo-Oviedo, Andres. (2022) Emerging stability of forest productivity by mixing two species buffers temperature destabilizing effect. Journal of Applied Ecology.

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