Lettre de BIOGECO                      N° 133 Mars 2023
Edito

Bonjour à tous,
Un court message pour remercier l'ensemble du personnel de l'unité des efforts réalisés au quotidien pour limiter notre consommation énergétique (électricité, déplacements). Nous publierons les données à intervalle régulier pour mesurer l'effet des actions entreprises et les porter à connaissance. Vous les trouverez dans ce numéro synthétisées pour les années 2018-2022.

Afin de pouvoir débuter les travaux de rénovation du LRBB, je compte sur vous le plus vite possible pour le débarrasser des encombrants qui y sont stockés.
Une benne est à votre disposition. Si vous souhaitez conserver des documents nous trouverons une solution (contactez moi).

christophe
 
Sommaire
 

La photo du mois : (© Yves Billaud) Pieux palafittiques préhistoriques utilisés dans le cadre du post-doc de Stefanie Wagner (projet ERC Treepeace). Photo reprise par Mol Ecol pour sa couverture de son nouveau numéro à l’occasion d'une publication de Stefanie: Wagner et al. (2023) Tracking population structure and phenology through time using ancient genomes from waterlogged white oak wood
>6 mars 9h30 Airial : CU (visite LRBB et serre ouverts à tous)

>13-17 mars: accueil des nouveaux et séminaires ECODIV (Lyon). Nos contribution disponibles ici

>20 mars 13h30 Airial : CoDir

>24 mars 13h30 Airial : Soutenance de thèse d'Audrey Bourdin "Étude de l’effet de la diversité des arbres sur les risques liés aux tiques pour la santé humaine."

> 5 avril 13.30: soutenance de l'HDR d’Olivier Lepais intitulée « Diversité génétique au sein des populations : histoires évolutives, processus écologiques et implications pour la gestion » 
amphithéâtre Collette et Josy Bové du site INRAE Nouvelle-Aquitaine-Bordeaux de la Grande Ferrade.
Le jury est composé d’Annie Guiller, Lounès Chikhi, Sophie Beltran-Bech, Sylvie Muratorio, Eric Petit, Simon Blanchet, et Patricia Faivre-Rampant.
Un lien de visioconférence sera communiqué quelques jours avant la soutenance pour y assister à distance.

Arrivées
Romane Callarec, étudiante à l'agro de Rennes / ESA Angers - niveau master 2 - est accueillie à Biogeco à compter du 27 février jusqu'au 25 août 2023. Dans le cadre du projet EPITREE, elle étudiera "l'implication de la variabilité de la méthylation de l’ADN dans l’adaptation des populations naturelles de chênes" et sera encadrée par Ludovic D. et Christophe P. Elle rejoindra donc l'équipe E4E.

Laure Jabaud est recrutée pour cinq mois à compter du 1er mars 2023 dans l'équipe Ecogere, en tant qu'ingénieure d'étude CDD dans le cadre du projet Clonix2D financé par l'Agence Nationale de la Recherche. Laure participera à une méta-analyse sur les espèces partiellement clonales en collaboration avec Stéphanie Mariette (équipe Ecogere), Cyril Dutech (équipe Gemfor) et des membres du projet Clonix2D. Elle est dans le bureau de Myriam Heuertz (1er  étage de la pagode).

Mathilde Grand-chavin, du Master 2 Biologie Ecologie Evolution d’Aix-Marseille Université, sera accueillie au sein d’Ecogere pour un stage de 6 mois. Mathilde sera encadrée par Soizig et Inge. Elle travaillera sur l’évaluation de la recolonisation spontanée d’une prairie alluviale qui a fait l’objet d’action de restauration en 2010 en utilisant des relevés de végétation et de papillons de jour. Il s’agira de comparer la zone restaurée avec les prairies de référence situées à Cadaujac et de comparer le rétablissement temporel de la végétation et des communautés de papillons (entre 2014 et 2023). Mathilde sera le plus souvent au B2.

Marie Thomas est accueillie en stage de M2 intitulé Causes et conséquences d'un décalage phénologique entre Corythucha arcuata et ses hôtes. Elle est encadrée par Bastien Castagneyrol et Thomas Caignard

Jean-Baptiste Rivoal est recruté en CDD en qualité d'ingénieur en charge des inventaires entomologiques dans les lisières de feuillus des paysages de plantations de pin. Il travaillera avec Hervé Jactel.
>RSE
Nous publierons à intervalle régulier la consommation électrique du site de Pierroton (partie UMR) pour mesurer l'effet des actions entreprises par tout un chacun pour baisser la consommation énergétique.
      
  2018 2019 2020 2021 2022
janvier 42895  46341  39474  46895    38500
fevrier 47414     36033 32503  33655 34135
mars 39117 32791 30660  36482 31759
avril 29486 28761 20841  30770 27580
mai 26509 26849 22370  28590 23931
juin 26509 25574 21183  24731 24228
juillet 26311 27633 22607  25692 26358
août 25252 23861 22257  24126 25451
septembre 24081 23367 24131  24179 22749
octobre 29236 24793 28598  28818 21101
novembre 34816 33520 31634  37836 23766
décembre 36710 34101 38448  40454 à venir

vous trouverez aussi ci-dessous les données pour les déplacements
       2019    2020    2021    2022
Avion   national    31 571    14 784    7 497    20 300
  europe    109 836    19 444    25 012    107 575
  international    238 698    14 162    74 486    164 447
           
  total km 380 105 48 390 106 995 292 322
           
train total km 172 850 53 690 74 386 134 337
VS total km  170 000 102 000 85 000 112 000


>Pour info (relayé par Catherine Beaumont)
 
Comme vous le savez, l’Union européenne a mis en place une politique volontariste en faveur de l’égalité professionnelle.
Au niveau des projets de recherche, elle passe par :
  • L’obligation d’avoir mis en place un plan d’action en faveur de l’égalité entre femmes et hommes.
  • L’équilibre entre femmes et hommes dans les équipes et comités.
  • L’intégration de la dimension de genre et/ou sexe dans la recherche.
 
Le colloque en ligne et gratuit, organisé à l’issue du programme européen Gender-Net Plus, présente les résultats des recherches menées dans des domaines aussi variés que le vieillissement, les effets secondaires des médicaments, l’immunothérapie, les politiques de santé, l’impact du changement climatique et l’entreprenariat.  
 
https://www.cnrs.fr/fr/cnrsinfo/conference-internationale-en-ligne-comment-integrer-le-sexe-et-le-genre-dans-les-travaux
 
Il intéressera donc les personnes intéressées et/ou prévoyant de monter des projets européens
Merci en conséquence de diffuser largement cette information.

> Training school epigenetic : Les cours ont lieu en mode hybride, essentiellement lundi prochain à partir de 8h ( heure, Argentine ; 12h France) et seront enregistrés. Il y en aura aussi l’après-midi , donc en soirée ici.
Pour avoir accès aux enregistrement il faut s’inscrire au lien indiqué.
Fiches écologiques des essences forestières de la Belgique : https://www.fichierecologique.be/
>Merci aux doctorant.e.s pour l'animation scientifique d'excellente qualité qu'ils.elles ont organisé.e.s autour de leurs travaux de recherche menés au sein de l'unité.

>Le Monde de Jamy était en tournage à BIOGECO le 21/02/2023 pour nos contributions aux analyses portant sur le dépérissement des chênes de Chantilly.  Le documentaire grand-format devrait être diffusé au troisième trimestre 2023 sur France 3 à une heure de grande écoute. Erwan a exposé les méthodes de génotypage et de séquençage mises en œuvre à la PGTB pour caractériser la variation génétique des chênes en forêt de Chantilly, et Zoé a fait une démonstration de l’utilisation des robots de pipetage et de la mise en route d’un run de séquençage. Camille et Cloée ont présenté les analyses de sol réalisées à Phénobois par spectrométrie infra-rouge. Lisa a exposé son travail de thèse sur les agents pathogènes microbiens associés au dépérissement et Benjamin a parlé de diversité génétique et de potentiel adaptatif !

>La seconde chapelle de la serre de Pierroton est quasi-opérationnelle. Les demandes pour son utilisation peuvent se faire via le GED.




>A symposium on somatic mutations will be organized on March 20th and 21st at the INRAE research campus in Cestas Pierroton.
The first day will be dedicated to the presentation of the different topics more or less associated with somatic mutations, including plant genomics and evolution, mutation detection methods, UV and other mutagens etc. But also implications of the plant mosaicism (within-individual heterogeneity) regarding more general questions, with a particular focus on the philosophy of biology. The objective will not only be to cover the results of the main projects (TreeMutation, Genoak and Treepeace, from our research unit, Biogeco), but also to present some other past and ongoing works.
Exposés en français ouverts le 20 mars 9 (airial). Contact Thibault Leroy <thibault.leroy@inrae.fr>
  Retrouvez ici toute l'actualité de la PGTB

Départ
Après de nombreuses années passées à BIOGECO et à la PGTB, Emilie a donc "administrativement" quitté l’unité le 1er mars 2023, dans le cadre d’une mise à disposition. Nombreux sont ceux dans l’unité qui ont collaboré, de près ou de loin, avec Emilie au cours de ces années. En témoigne les nombreux collègues qui étaient présents à son pot de départ en fin d’année dernière. Son expertise, sa rigueur, sa disponibilité, sa pédagogie et sa gentillesse en ont fait une collègue exemplaire et son départ va laisser un grand vide. Nous lui souhaitons pleins de belles choses dans sa nouvelle aventure !
 
Projets
Quelques projets au programme de ce mois de mars :
  • Du développement et du génotypage de marqueurs microsatellites chez la camomille romaine, en collaboration avec l’Institut technique interprofessionnel des plantes de Chemillé-en-Anjou.
  • Du metabarcoding sur le taupin, un insecte ravageur principal des plantations de maïs. Pus précisément sur des champignons entomopathogènes, dont certains tels que ceux du genre Metarhizium sont connus pour réduire l'importance des attaques de taupins. Ce travail se fait en collaboration avec l’IPREM de l’Université de Pau et des Pays de l’Adour.
  • De la génétique des populations par génotypage SNP sur le corail rouge de Méditerranée, en collaboration avec l’Observatoire de Banyuls.
  • Du séquençage whole genome bisulfite sur 48 échantillons de chêne pour en caractériser l’épigénome, dans le cadre du projet EPITREE, en collaboration avec Grégoire Le Provost.
 
Recrutement
La PGTB recrute un(e) assistante(e) ingénieur(e) par concours externe INRAE. Toutes les informations ICI.
 
Formation
Le 15 mars, nous accueillons les étudiants de l’UE Génétique Génomique et Epigénétique des Plantes du M1 B2AS.
Lancement du projet de forge institutionnelle
Les codes et logiciels sont considérés comme des produits de la recherche à part entière dont l’ouverture, le partage et la valorisation constituent des enjeux forts pour une science ouverte, reproductible et cumulative.
Pour renforcer son accompagnement de ces enjeux stratégiques, INRAE se dote d’une Forge institutionnelle visant à fournir aux équipes de recherche qui le souhaitent des outils et un accompagnement pour leurs productions informatiques. Il s’agit d’une part de faciliter le développement collaboratif de codes et logiciels dans le respect des standards de qualité en matière de développement logiciel, et, d’autre part, de proposer des possibilités simples et sécurisées de tests des codes et logiciels sur différents environnements (développement, test, pré-production et production).
Sous la gouvernance du bureau du plan données pour la science, un comité de pilotage de cette forge a été mis en place. A compter du 1er février 2023, celui-ci va  conduire le chantier pour une  ouverture attendue au 2ème semestre 2023. Ce comité prendra en considération l’existant en terme d’expertise et de services mais aussi l’accompagnement nécessaire des nouveaux utilisateurs. Pour les projets hébergés dans des forges existantes, il veillera à en faciliter pour les utilisateurs qui le souhaitent la transition vers la forge institutionnelle lorsque celle-ci sera en mesure de les accueillir.
Dans l’attente de la mise en production de la forge institutionnelle, le bureau du plan données pour la science encourage l’utilisation de la forge MIA (https://forgemia.inra.fr/) pour le démarrage de nouveaux projets. Pour les projets déjà en cours dans des forges existantes, un accompagnement à la migration vers la forge institutionnelle sera proposé à partir de septembre 2023.
Contact : copil-forge-inrae : copil-forge-inrae at inrae.fr
 
2 Paris Scientifiques du dpt ECODIV ont été retenus pour 2023

>Le projet «Phenologging» vise à optimiser une méthode de phénotypage fine et en continu de la saison de dormance chez les arbres forestiers. Il s’appuiera d’une part sur l’optimisation et la sélection de capteurs de croissance appropriés mais sera aussi associé à des techniques d’imagerie afin de déterminer quelle technologie est la plus adéquate pour capter du signal informatif au niveau du bourgeon. Cette approche sera associée à une caractérisation fine et en continu de l’environnement afin de déterminer leurs rôles dans la régulation de la dormance. Nous développerons des capteurs autonomes au sein de l’arbre avec une transmission automatique des données. L’idée à court terme étant d’optimiser un système de phénotypage autonome qui permettrait de cibler précisément les stades clefs de la dormance et qui offrirait la possibilité de s’affranchir des tests de forçage et de ne réaliser des prélèvements que pour des stades précis et bien identifiés. Ce projet fait appel à plusieurs unités (Biogeco, ISPA, UEFP) et différents pôles de compétences métiers (OEL/informatique) de l’unité BIOGECO. Principaux intervenants : Grégoire Le Provost (porteur), Raphael Segura, Frederic Raspail, Pierre Bordenave (UEFP), Alexandre Bosc (ISPA), Philippe Chaumeil.
 

>Le projet Dynaplast (pari scientifique Ecodiv) implique Camille Lepoittevin, Benjamin Brachi, Marie Foulongne-Oriol (Mycsa), Cécile Robin, Clémence Bécans et Jean-paul Soularue (porteur). Les plateformes Génome Transcriptome de Bordeaux, Phénobois, ainsi que l’Unité Expérimentale Forêt de Pierroton sont également associées à ce projet. Dynaplast visera à caractériser l'évolution de la plasticité de l'aggressivité d' Hymenoscyphus fraxineus, l'agent causal de la chalarose du frêne en expansion en Europe, en fonction du niveau de résistance des frênes et de la température. Dans un second temps, la structure de la  diversité génétique de nos populations d'Hymenoscyphus fraxineus sera étudiée à partir d'un séquençage complet de nos isolats.
Retrouver ici un flyer dédié à la déconnexion.
>"Bien choisir sa revue de publication, c’est éviter les éditeurs douteux !" c'est ici

principales recommandation: 1/ être vigilant face aux sollicitations éditoriales agressives (i.e. des revues en open access et en mode APC) dont la motivation scientifique est plus que douteuse, notamment dans le cadre de numéros spéciaux! Si vous avez des doutes discutez-en autour de vous pour prendre votre décision en connaissance de cause ; 2/  toujours déposer votre Ms "auteur" dans HAL (accompagné d'une licence CC-BY) lors de la soumission à un journal (si vous le souhaitez, comme dans bioarxiv) mais surtout après acceptation (ça ne se discute, pas c'est la loi !) ; 3/ échangez sur ce sujet lors de vos réunions d'équipe pour partager vos points de vue.

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Blaix, C., Chabrerie, O., Alard, D., Catterou, M., Diquelou, S., Dutoit, T., ... & Bonis, A. (2023). Forage nutritive value shows synergies with plant diversity in a wide range of semi-natural grassland habitats. Agriculture, Ecosystems & Environment, 347, 108369.

Le Provost G, Lalanne C, Lesur I, Louvet JM, Delzon S, Kremer A, Labadie K, Aury JM, Da Silva C, Moritz T, Plomion C. Oak stands along an elevation gradient have different molecular strategies for regulating bud phenology. BMC Plant Biology,
Dans cet article, nous avons utilisé un gradient d'altitude dans les Pyrénées pour explorer les réseaux de gènes qui influencent la régulation de la dormance dans des populations naturelles de chênes sessiles potentiellement adaptées à des conditions climatiques différentes, principalement déterminées par la température. Nos résultats ont mis en évidence que les populations de basse et de haute altitude ont développé des stratégies moléculaires différentes pour minimiser les dommages causés par le gel tardif et maximiser la période de croissance, augmentant ainsi potentiellement leur fitness respective dans ces conditions environnementales contrastées.

Pulido F, Castagneyrol B, Rodriguez-Sanchez F, Cáceres Y, Pardo A, Moracho E, Kollmann J, Valladares F, Ehrlen J, Jump A, Svenning JC, Hampe A (2023) Widespread latitudinal asymmetry in the performance of marginal population: a meta-analysis. Global Ecology and Biogeography,
 
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