Lettre de BIOGECO                      N° 135 Mai 2023
Edito

Bonjour,
Nous profitons de cet edito pour vous convier à l'Assemblée Générale de l'UMR les 22 et 23 mai, avec :
- le 22 matin 9h accueil thé-café, suivi à 9h30 de / la vie d'unité / le b.a-ba du montage des projets et du suivi des contrats /  Biogeco en Transition / "marathon technique" par les Pôles de Compétences Métiers, fin 12h30.
-le 23 matin 9h30 accueil thé-café suivi de Biogeco a 20 ans :  les anciens nous raconte une anecdote de leur passage  au sein de l'unité et leur trajectoire professionnelle. Cette séquence a aussi été pensée à destination des étudiant.e.s en Master, Doctorant.e.s et Post-Doctorant.e.s, alors venez nombreux ... nous comptons sur leurs encadrant.e.s. pour leur passer le message.
-le 23 après-midi 12-14h apéritif-dînatoire, suivi d'une animation par la section ADAS de Pierroton, fin 17h.

Afin d’organiser au mieux ces journées, nous devons connaitre le nombre de participant.e.s. Merci de prendre le temps de remplir l'enquête ici.

Sandrine, Fred, Virgil, Christophe



l'Arbre qui tweete (@l_tweete) / Twitter
La photo du mois : (© MASA - chiffres clés de la forêt FR)
Sommaire
 
>15 mai : CU
>22 et 23 mai : AG d'unité
>5 juin : CODIR

ARRIVEES

Léa Morillon, étudiante en M1 "médiation des sciences" de l'Université Montaigne a démarré un stage début avril pour une durée de 4 mois. Léa s'implique dans l'organisation de plusieurs évènements au sein de l'unité dont la préparation des "20 ans" le 23 mai matin. Elle est installée au B2 avec des venues régulières à Pierroton et encadrée par Fred.


Mathilde Agro sera accueillie du 2 mai au 7 juillet 2023 au B2, pour son stage de Master 1 BEE portant sur l'étude de la recolonisation spontanée d’une prairie alluviale par la faune du sol. Ce stage s'intègre dans le projet d'évaluation multi-taxon de la recolonisation de l'Île de Raymond porté par Soizig Le Stradic et visera à faire un premier état des lieux de la diversité de la pédofaune, dans la zone restaurée de l'Île de Raymond et dans des prairies de référence, afin de fournir un point de départ pour évaluer les trajectoires et l’efficacité de la restauration. Mathilde sera accueillie au B2, effectuera son travail de terrain à L'Île de Raymond ainsi qu'à Cadaujac et Villenave d'Ornon, et sera encadrée par Laure Villate et Soizig Le Stradic.
 
Louis Dariet, actuellement en Licence 2 de Biologie à l'UB, réalisera un stage de 4 semaines de mi-mai à mi-juin et sera encadré par Soizig Le Stradic et Laure Villate. Il participera aux inventaires botaniques et édaphiques de l'Île de Raymond.

Ninon Cullmann, stage de L3 du 2 mai au 30 juin 2023 "Caractérisation par photographie aérienne des mortalités de pins maritimes associés aux pourridiiés racinaires" - Encadrement: Cyril Dutech

Louis Monnier, Stage L3 « caractérisation du pouvoir pathogène de différentes souches de Fomès sur le pin maritime » du 2 mai au 31 juillet 2023.Encadrement: Fanny Robledo-Garcia & Cyril Dutech

Jeanne Coubard, étudiante en M1 BEE, arrivera début mai au B2 (jusque fin août). Elle travaillera sur les conséquences de la sécheresse de 2022 (dépérissement, survie) sur les forêts de feuillus (rurale et urbaine) et de conifères, avec Sylvain Delzon et Déborah Corso
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Découvrez, ou redécouvrez la Direction pour la science ouverte (DipSO) ses missions, son organisation et produits à destination du personnel. Par exemple,

- les bonnes pratiques pour atteindre 100 % de publications librement accessibles en 2030 c'est ici

- et la stratégie de non-cession des droits sur les publications scientifiques c'est ici,

dont nous discuterons le  2 Juin avec Marie-Pierre Raymond et Sybille De-Mareschal,  9h30-10h30, Airial.

Le numérique pour la science
>Découvrez le travail de la Task Force IUFRO sur la mortalité des arbres ici

>Réformes de l’imaginaire social et contrôle des subjectivités Un article du collectif universitaire Rogue.ESR qui fait une synthèse des changements d'objectifs de la recherche scientifique et de l'enseignement supérieur, sur les conséquences sur le sens de nos métiers et sur les moyens de revenir à des pratiques plus en phase avec l'éthique scientifique.
>Collaboration avec l'Ukraine: En mai 2023 (28 avril - 6 mai), Annabel et Maksym recevront la visite de Yulia Prokopuk, qui viendra de Kyiv dans le cadre de la mise en place de nos collaborations entre Biogeco et son Institut à Kyiv. Elle participera ensuite, avec Maksym, à la conférence 'TRACE 2023 – Tree rings in Archaeology, Climatology and Ecology' à Coimbra, Portugal (7-14 mai), où elle présentera les résultats de ces travaux sur le pin sylvestre.


>Nous avons accueilli sur le site de Pierroton la réunion annuelle du projet européen SUPERB (solution pour la restauration des forêts) en cette fin du mois d'Avril. Plus sur les haies bocagères au sein de la pinède landaise ici. Biogeco était représenté par Marta et Hervé.
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  Retrouvez ici toute l'actualité de la PGTB
Projets
Quelques projets au programme de ce mois de mai :
  • Du metabarcoding sur des échantillons de sols, rhizosphères et racines pour étudier l'influence du génotype du porte-greffe sur la communauté microbienne, en collaboration avec l’UMR EGFV (GPR Bordeaux Plant Sciences).
  • Du séquençage avec la toute dernière chimie d’Oxford Nanopore sur des levures et bactéries œnologiques, en collaboration avec l’ISVV.
  • Du génotypage MassArray pour caractériser les populations de Pin Salzmann du Col d’Uglas dans les Cévennes (zone Natura 2000), en collaboration avec l’INRAE d’Avignon.
 
Equipements
Nous mettons en service ce mois-ci le nouveau séquenceur P2 Solo d’Oxford Nanopore Technologies, qui produit jusqu’à 200 Gb par flow cell (ou 100 millions de reads cDNA), ouvrant ainsi la possibilité de travailler sur des génomes de taille importante ou sur plus d’échantillons simultanément à moindre coût. Plus d’informations à venir dans la prochaine newsletter de la PGTB en juin !
Le PCM vous informe que l'unité a investit dans de nouveaux matériels pour faire évoluer le NAS de backup et le NAS de bio-informatique pour améliorer leurs performances et leurs capacités de stockage. Le matériel est installé et le système évolue en version DSM7.0 ce qui entraînera quelques changements pour l'utilisateur. Les capacités de stockage vont nécessiter la migration des données qui se déroulera sur plusieurs semaines pour atteindre respectivement 100To et 70To pour les NAS de backup et de bio-informatique. Des ralentissements et indisponibilités ponctuelles pourront donc avoir lieu. Des évolutions sont également planifiées pour le NAS de l'université et le NAS de Pierroton.
PEPR FORESTT
Suite aux trois webinaires de présentation du PEPR FORESTT* (fin mars début avril), vous avez été nombreux à exprimer votre intérêt pour participer au processus de consolidation des projets ciblés (PC). Les présentations sont toujours disponibles ici et également accessibles via le site web ouvert début mai.
 
Concrètement :
*nous vous convions à deux webinaires organisés au mois de mai par les pilotes des PC (cf calendrier sur le site web). Les webinaires seront alors poursuivis de juin à début juillet par des échanges plus courts et plus fréquents. Septembre et octobre seront consacrés à l‘écriture des PC  sur la base des discussions et contributions du printemps.
 
*nous vous invitons également à exprimer votre intérêt en utilisant la maquette ci-dessous et en la déposant dans cet entrepôt, le plus tôt possible et jusqu’au 26 mai. Vous trouverez également associé à chaque PC, le document de préfiguration qui détaille son contenu présenté lors des webinaires.
 
Les retours de la communauté scientifique nous conduisent également :
  • à reformuler le contenu du PC1 dans le cadre d’une meilleure articulation avec les autres PC.
  • et à construire un PC sur les enjeux d’Adaptation (écologique et socio-économique). Nous vous tiendrons informé dès que possible de l’évolution de ce nouveau PC.
 
Maquette pour soumettre une expression d’intérêt à un PC (les jeunes chercheu.r.e.s sont encouragé.e.s à soumettre des propositions)
format .docx ou .odt
nommage : Nom_acronyme unité_n°PC
dépôt : https://nextcloud.inrae.fr/s/s9C8dfkiBcL3Mak (pepr-forestt@inrae.fr le cas éventuel)
Nom (et éventuellement collectif que je représente) :
email :
Institut :
Unité :
Titre de mon expression d’intérêt :
N° PC auquel mon expression d’intérêt se rapporte :
N° Tâche auquel mon expression d’intérêt se rapporte dans ce PC, sinon comment elle répond aux objectifs du PC (3 lignes) :
Argumentation scientifique de mon expression d’intérêt (10 lignes max) :
Moyens mobilisés pour y parvenir :
Discipline(s) :
Dispositif(s) de recherche :
Collaboration(s) académique(s) :
Collaboration(s) avec des porteurs d’enjeux :
Résultats attendus :
Impacts attendus :
 

* PEPR : Programmes et Équipements Prioritaires de Recherche
* FORESTT : FORETs et changements globaux : systèmes socio-écologiques en Transition
@ S.S.T. : des garrots à tourniquets ont été ajoutés dans les trousses de secours des véhicules de service et des armoires à pharmacie de l’unité. (A n’utiliser qu’en cas de saignement abondant et si compression manuelle inefficace, ou si plusieurs victimes avec saignements abondants).
 
@ Agents de terrain : des tire-tiques sont disponibles dans toutes les trousses de secours des véhicules de service.
 
@ utilisateurs des véhicules de service :  Pensez à vérifier le niveau d’AD Blue pour les véhicules Diesel ( Renault Traffic et Ford Ranger). Des bidons d’AD blue ont été mis dans le coffre de ces 2 voitures de service.
Dans le cadre des 20 ans de l'UMR, venez découvrir en présentiel ou en visio ce que sont devenus certains d'entre eux après leur passage à Biogeco (23 mai 9h30-12h)

>N'oubliez pas d'accompagner vos articles du logo et de la mention suivante :
Copyright © 2023 The Author(s). This is an open access article distributed under the CC BY-NC-ND 4.0 International license.


>De plus en plus d'articles sont accompagnés d'un résumé graphique, n'hésitez pas à nous en faire profiter !

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Netsvetov, M., Prokopuk, Y., Holiaka, D., Klisz, M., Porté, A. J., Puchałka, R., & Romenskyy, M. (2023). Is there Chornobyl nuclear accident signature in Scots pine radial growth and its climate sensitivity?. Science of The Total Environment, 878, 163132.
Maksym Netsvetov a coordonné et réalisé l'étude portant sur l'effet conjugué de la radioactivité de l'accident de la centrale de Chornobyl et le climat sur la croissance des pins sylvestres, qui vient d'être publiée dans Science of the Total Environment. L'effet de l'accident hors de la zone létale a très peu impacté les pins dont la résilience a permis une reprise de croissance 1 à 2 ans après l'explosion. Malgré la présence de radionucléides dans l'environnement et dans les arbres, la réponse au climat de leur croissance, tendance et évènements extrêmes, n'a pas été impactée. Commencé en Ukraine avant la guerre de 2022, ce travail a été achevé en France dans le cadre du séjour de Maksym à Biogeco, en collaboration avec la Pologne.

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Fort, T., Pauvert, C., Chancerel, E., Burlett, R., Wingate, L., Vacher, C. 2023. Leaf microbiome data for European beech (Fagus sylvatica) at the leaf and canopy scales collected in a gallery forest in South-West France. Annals of Forest Science, 80:14 (doi:10.1186/s13595-023-01181-z).
"Data paper" qui décrit la structure du microbiome foliaire dans la hêtraie du Ciron. Ces données ont été produites dans le cadre du projet MICROMIC (Labex COTE) et ont été analysées dans la thèse de Tania FORT.

Barroso-Bergadà, D., Delmotte, F., Faivre d’Arcier, J., Massot, M., Chancerel, E., Demeaux, I., Guimier, S., Guichoux, E., Bohan, D.A., Vacher, C. 2023. Leaf microbiome data for European cultivated grapevine (Vitis vinifera L.) during downy mildew (Plasmopara viticola) epidemics in three wine-producing regions in France. PhytoFrontiers, online (doi: 10.1094/PHYTOFR-11-22-0138-A).
"Data paper" qui décrit le microbiome associé aux lésions de mildiou de la vigne dans trois régions françaises. Ces données ont été produites dans le cadre du projet BCMicrobiome (Consortium Biocontrôle) et ont été analysées dans la thèse de Didac BARROSO-BERGADA.

Sophie Gerber, Camille Noûs. Avril 2023. Pensée végétale et simiesque, liens entre vivants. Arts et sciences, vol. 7, no. 2. https://www.openscience.fr/Pensee-vegetale-et-simiesque-liens-entre-vivants. DOI: 10.21494/ISTE.OP.2023.0966
Feuilleter en ligne : https://www.calameo.com/iste-group/read/00584164653ee853f8704
Mon article, issu d'un travail fait pendant le premier confinement, qui visait à croiser la place des plantes dans deux films d'animation et le livre qui les a inspiré, le baron perché, est enfin paru dans la revue Arts et sciences.

 © Jean-François Laguionie, préparation pour le film "Le voyage du prince".

Arruda A.J., Medeiros N., Fiorini C., Ordóñez-Parra C.A., Dayrell R.L., Messeder J.V.M., Zanetti M., Wardil M.V., Paiva D.C., Kozovits A.R., Buisson E., Le Stradic S., Silveira F.A.O. 2023. Ten principles for restoring campo rupestre, a threatened tropical, megadiverse, nutrient-impoverished montane grassland. Restoration Ecology.
Les Nations Unis ont lancé la décennie pour la restauration écologique, mais pour atteindre les ambitieux objectifs qui ont été fixés, la restauration des écosystèmes dégradées doit considérer tout type d’écosystème, notamment les écosystèmes ouverts tropicaux longtemps négligés dans les programmes de restauration. Nous fournissons dans cet article les lignes directrices pour restaurer les campos rupestres, des pelouses tropicales d’altitude, extrêmement riches en espèces, et menacées par de multiples activités humaines, en particulier l'exploitation minière. Ces principes ont pour vocation d’améliorer la science, mais aussi les politiques publiques et les pratiques de restauration des campo rupestres et analogues. 

Alfonsi, E., Benot, M.-L. & Alard, D. (2023) Processes underlying the assembly of plant communities: The role of environmental filtering heterogeneity in a competition–dispersal experiment. Journal of Vegetation Science, 34, e013186.

Cet article présente les résultats d'une expérimentation in situ visant à identifier les processus sous-jacents à la dynamique des communautés végétales, et leur importance relative. Cette expérimentation a été menée lors de la thèse d'Elsa Alfonsi, dans des prairies humides à Molinie de la Réserve naturelle nationale de l'Étang de Cousseau. Elle contribue à fournir des connaissances fondamentales, pouvant être remobilisées pour aider à la gestion, voire à la restauration de ces milieux.


Schimann H et al. 2023. Determinants of the vertical distribution of the phyllosphere differ between microbial groups and the epi- and the endosphere. Phytobiomes Journal
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