Le 23 mai l'AG de l'unité a permis de fêter les 20 ans de biogeco en commençant le matin par l'histoire de sa genèse par Antoine, des présentations sur site d'anciens membres de l'unité, et enfin des messages filmés encore disponibles sur l'intranet. Un grand merci à Léa Morillon (étudiante en M1), Fred et Sandrine pour la préparation de cette séquence qui fut suivie par une animation organisée par l'ADAS, appréciée de tous.
La veille, nous avons discuté du positionnement global de l'unité dans une trajectoire de transition énergétique. A ce titre nous vous sollicitons pour répondre à cette enquête iciet avons ouvert un forum de discussion auquel vous êtes toutes et tous invité.e.s à participer. Nous tirerons un bilan de ces échanges en octobre lors de la prochaine AG.
Et pour terminer bravo à Zoé pour la réussite au concours d'AI. Bienvenue au sein de l'unité !
Lynne Fessler, étudiante en deuxième année à Bordeaux-Sciences-Agro, sera en stage du 24 mai au 16 août dans l’équipe Xylomes. Elle travaillera sur la sélection phénomique chez le pin maritime et sera encadrée par Laurent Bouffier. Il s’agira d’essayer de prédire des phénotypes à partir de spectres NIRS en utilisant des méthodologies analogues à celles mises en œuvre en sélection génomique.
Nathan Labas, étudiant en première année à Telecom Physique Strasbourg, fera un stage ouvrier du 5 au 30 juin encadré par Laurent Bouffier. Il participera notamment à la mise en place d’une antenne LoRa sur le site de Pierroton avec Raphaël Segura.
>Changement dans le pilotage de l'équipe E4E: merci à Santi d'avoir accepté d'accompagner Ben dans la responsabilité du pilotage de l'équipe et à Marta d'avoir accompagné l'équipe depuis 2019.
> Dans le cadre de notre gestion du parc de véhicule de service (VS), une analyse du taux d'occupation des VS INRAE a été demandée lors du CU du 15 mai.
Cette analyse a été réalisée par Franck sur la base du GRR.
-de mai à octobre les VS "terrain" sont à un taux d'occupation de 80-100+%
-le mois de janvier est le moins sollicité (50-80%)
voici une synthèse pour deux années de référence 2019 et 2022
2019
2022
janvier
juin
septembre
janvier
juin
septembre
Kangoo EE-877-XK (VS terrain)
78
80
100(+)
67
100
91
Kangoo EX-631-JL(VS terrain)
65
100(+)
95
62
96
100(+)
Partner DL-615-NK2 (accidenté, HS)
74
100(+)
90
52
91
77
Yaris hybride EW-509-WR (VS citadin)
57
80
80
19
63
63
L'analyse est réalisée sur les jours ouvrables. Les % indiquent si le VS a été réservé au moins une fois par jour ( ne tient pas compte s'il est réservé plusieurs fois/jour) ...100(+) signifie que le véhicule a été réservé tous les jours de la semaine y compris certains jours du weekend.
Notre analyse et la discussion avec les membres du CU nous conduisent à 1/ la réduction du parc d'1 VS, un des Kangoo s'approchant de la réforme. 2/ se projeter (transition à anticiper et à amorcer dès maintenant pour ne pas la subir) vers plus de sobriété vis-à-vis des déplacements dans le cadre d'un réflexion plus globale sur l'acquisition des données sur le terrain.
> Lors du montage de vos projets, pensez à intégrer dans le budget CDD les différentes primes/indemnités. Outre le coût salarial chargé total il faut prévoir les indemnités tels que la participation à la mutuelle, la prise en charge partielle des frais de transport, ou encore le supplément familial de traitement, etc. N'hésitez pas à vous rapprocher de Sandrine pour plus de précision.
Recrutement
Toutes nos félicitations à Zoé qui a brillamment réussi le concours d’assistante ingénieure en biologie moléculaire à la PGTB !!!
Projets
Quelques exemples de projets en ce mois de juin :
Du metabarcoding avec l’UMR SAVE pour étudier l’impact des structures paysagères et de l'usage des pesticides sur les populations d’oiseaux dans les vignobles français, en étudiant leur régime alimentaire.
Du séquençage massif dans le cadre du projet MISTIC (Computational models of crop plant microbial biodiversity - PEPR Agroécologie et Numérique), en collaboration avec Pléiades et l’INRIA.
De la transcriptomique avec l’UMR EGFV afin d'identifier les déterminants moléculaires de caractéristiques clés qui pourraient être utilisées pour la sélection de porte-greffes de vigne en utilisant une gamme plus large d'espèces sauvages de Vitis jusqu'à présent inexplorées.
Du SSRseq avec l’Université de Bretagne Occidentale, afin d’évaluer le potentiel de cette technique pour la discrimination intraspécifique haut-débit de moisissures (champignons filamenteux) par rapport à la spectrométrie de masse Maldi-ToF qui est habituellement utilisée. Deux collections de moisissures seront étudiées, correspondant à deux espèces prééminentes parmi des isolats collectés sur des produits de boulangerie contaminés ainsi que dans l'environnement de production.
Colloque
Les 5 plateformes d’INRAE Genomics (PGTB, Get-Plage, Gentyane, EPGV, CNRGV) organisent les 13-14-15 novembre 2023 à Bordeaux leur deuxième colloque national dédié à la génomique, après la première édition qui s’est tenue en mai 2022 à Orléans. Plus d’informations à venir très prochainement mais vous pouvez d’ores et déjà le noter dans vos agendas !
L'Assemblée Générale des utilisateurs de Phenobois se tiendra le 05 juin à Bordeaux. Le programme est disponible ici
Une nouvelle version du Plan de Gestion de Données (PGD)de notre UMR est disponible ici.
fournit des liens et informations sur des outils de Cloud / partage, les espaces de stockage de données disponibles, l'accès au PGD d'unité, des outils de communication, des services proposés par l'unité et/ou par l'INRAE, des ressources...
>Métabolomique prédictive de la résistance aux stress (a)biotiques du pin maritime (Porteur Marc Kleinhentz). Métaprogramme XRisque.
>PEPR FORESTT
Voici d’autres informations sur la construction du PEPR FORESTT
1/ le site web du PEPR FORESTT est maintenant ouvert.
2/ les webinaires de présentation du programme sont disponibles sur la chaine YouTube du PEPR (ils ont été retirés du NAS de Pierroton)
3/ les webinaires consacrés à la présentation des projets ciblés (PC 2 3 4) sont aussi disponibles (mais temporairement) sur la chaine YouTube du PEPR. Ils seront retirés début septembre.
4/ en juin, les ateliers de travail (non enregistrés) seront thématisés (ex : les Living Lab du PC4 seront abordés le 6 juin !) … voir le détail ici à partir du 31 mai. Des comptes rendus seront déposés sur le site web.
5/ Votre expression d’intérêt, qu’elle soit individuelle ou collective, permettra aux pilotes de préparer ces ateliers du mois de juin. Merci de la déposer dans l’entrepôt dédié avant le 31 mai. Vous pourrez bien entendu les mettre à jour après cette date.
6/ Vous disposez également d’un forum de discussion sur MATTERMOST…n’hésitez pas à vous saisir de cette opportunité à la fois pour poser des questions d’intérêt général et échanger sur des thèmes précis.
>Recommandations suite présentation de la DIPSO disponible ici :
1/ publier chaque post-print sur HAL (cf Marion Desailly pour une aide et les classes virtuelles) == embargo de 6 mois. Pour le diminuer à 0 jour demander dès l'acceptation du papier une licence CC BY à l'éditeur.
2/ attention: HAL n'est pas connecté au WoS, HAL est connecté à ORCID mais pas l'inverse !
3 / Eviter de publier dans Frontiers in, MDPI et PLoSOne ; éviter de payer des APC surtout dans le cas où INRAE/UB paient un abonnement (=mode hybrides) ; Interdiction de publier dans des revues hybrides (abonnement payé par INRAE+ APC par l'unité !)
4/ penser systématiquement HAL pour la publication des documents (Créer un compte dans HAL , paramétrer correctement votre profil, créer votre idHAL) ; renseigner vos identifiants HAL et ORCID dans le SI INRAE.
L’article vise à tester l'allocation de la biomasse et la variation des traits racinaires de communautés végétales (mésocosmes) en réponse à la manipulation de trois composantes du changement climatique : la température, la concentration en CO2 et le niveau de précipitation. L’étude montre que la variation des traits racinaires plutôt que la biomasse racinaire reflétait les ajustements souterrains au changement climatique. De plus, la composition fonctionnelle et la diversité des traits associés ont modulé l'allocation de la biomasse. Ainsi, l'établissement de communautés végétales plus résilientes au changement climatique doit tenir compte de la composition fonctionnelle et taxonomique des mélanges de semences destinés à restaurer les prairies urbaines.
Bourdin, A., Dokhelar, T., Bord, S., Van Halder, I., Stemmelen, A., Scherer-Lorenzen, M., & Jactel, H. (2023). Forests harbor more ticks than other habitats: A meta-analysis. Forest Ecology and Management, 541, 121081. Il s'agit de la deuxième publication de la thèse d'Audrey
Tison, L., Franc, C., Burkart, L., Jactel, H., Monceau, K., de Revel, G., & Thiéry, D. (2023). Pesticide contamination in an intensive insect predator of honey bees. Environment International, 107975. Il s'agit d'une étude financée par le Labex COTE
Branco, S., Douma, J. C., Brockerhoff, E. G., Gomez-Gallego, M., Marcais, B., Prospero, S., Jactel, H.... & Branco, M. (2023). Eradication programs against non-native pests and pathogens of woody plants in Europe: which factors influence their success or failure?. NeoBiota, 84, 281-317.
Stemmelen, A., Castagneyrol, B., Ponette, Q., Prospero, S., San Martin, G., Schneider, S., & Jactel, H. (2023). Tree diversity reduces co-infestation of Douglas fir by two exotic pests and pathogens. NeoBiota, 84, 397-413.
Garcia, A., Samalens, J. C., Grillet, A., Soares, P., Branco, M., van Halder, I., Jactel, H. & Battisti, A. (2023). Testing early detection of pine processionary moth Thaumetopoea pityocampa nests using UAV-based methods. NeoBiota, 84, 267-279.
Green, S., Dehnen-Schmutz, K., Drakulic, J., Eschen, R., Orazio, C., Douma, J. C., ... & Jactel, H. (2023). Awareness, detection and management of new and emerging tree pests and pathogens in Europe: stakeholders’ perspectives. NeoBiota, 84, 9-40.
Jactel, H., Battisti, A., Branco, M., Douma, J. C., Kenis, M., Orazio, C., ... & Stoev, P. (2023). Management options for non-native forest pests along their invasion pathways. NeoBiota, 84, 1-7.
Toutes ces publications sont issues du numéro spécial de la revue NeoBiota consacrées aux résultats du projet HOMED que nous avons coordonné et qui s'est achevé cette année.
