Lettre de BIOGECO                      N° 131 Janvier 2023
Edito

Bonjour à tous,
 

  Quelle année mouvementée. Que dire à part trop ou trop peu, alors devant tous ses contrastes, le silence est parfois salvateur. Le début d’année qui s’annonce est encore une fois une occasion qui nous est donnée d’accueillir nos futurs aîné⋅e⋅s, de la Licence jusqu’aux Maîtrisé⋅e⋅s. C’est une grande joie que ce printemps qui s’annonce, de ses projets qui reprennent, de nos stagiaires qui, par une expérience laborantine, répandront une belle verbatim de leur séjour parmi nous. Rendez-vous leur est fait lors de la journée d’accueil des nouveaux arrivant⋅e⋅s le 12 janvier prochain.
  Nous en fêterons d’autres également de belles rencontres en 2023, lors des grandes retrouvailles de l’assemblée générale. Nous rencontrerons à nouveau quelques bons moments de ceux et de celles qui ont partagé et partagerons encore, le chaloupé souvenir de nos expériences communes lors des 20 ans de Biogeco.
  En attendant, nous vous souhaitons, à tous et à toutes, de très belles fêtes de fin d’année.

Virgil
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Ça y est le départ approche… Le temps pour moi de faire le bilan sur toutes ces années passées à vos côtés.
Arrivée en 2007 à Pierroton pour effectuer mon stage de Master avec Catherine et Christophe, je ne pensais pas à l’époque que j’allais rester jusqu’en 2012 pour y réaliser la cartographie génétique et la détection de QTL chez le chêne et le pin maritime. J’y ai appris les fondamentaux de la recombinaison génétique et compris enfin ce que les termes « distorsion de ségrégation », « synténie » et « colinéarité » voulaient dire… J’ai ensuite eu la chance de pouvoir revenir à Biogeco en 2015 dans le cadre du projet Treepeace (merci Antoine !) et intégrer l’année suivante l’équipe PGTB grâce à la réussite au concours Sauvadet. Le travail en plateforme, de prime abord assez déroutant pour moi de par son mode de fonctionnement que je connaissais peu, m’a permis de développer de nouvelles méthodes, acquérir de nouvelles compétences et cela toujours épaulée et encouragée par des collègues soudés, chaleureux et bienveillants. Il n’y a peut-être que les audits qualité qui ne me manqueront pas…
J’ai passé avec vous tous tant de bons moments, je me souviens des tournois de ping-pong surtout le match où j’ai battu le King Jean-Marc G., les gâteaux aux M&Ms de Catherine pour mon anniversaire, la compétition acharnée livrée par la PGTB lors de la fête des 50 ans de l’ADAS, la récolte de bois ancien avec Fredo et Antoine, la récolte de graminées allergènes avec Alain, la plantation de massifs avec Isa…
Tant de bons moments que je ne peux pas tous énumérer mais merci à chacun d’entre vous et particulièrement à la famille PGTB, vous allez tous beaucoup me manquer.
La Venise du Gâtinais m’attend. Je vous donnerai des nouvelles, soyez-en sûrs.
Je vous souhaite le meilleur.
A bientôt
Emilie

 
Sommaire
 

La photo du mois : Myriam Heuertz)
Régénération des mangroves à Cayenne. Un banc de vase stabilisé accueille de jeunes individus de palétuvier blanc (Laguncularia racemosa) et de palétuvier gris (Avicennia germinans).

>CU
  • 30 janvier-20 mars-5 juin
>codir
  • 16 janvier-6 mars-15 mai
>AG
  • 22-23 mai

> Le séminaire scientifique ECODIV aura lieu à Lyon du mercredi 15 mars 13h au vendredi 17 mars début d’après-midi (déplacement en TGV via Massy). Merci de vous inscrire ici  d'ici le 15 janvier.

=> Public :  Tous les chercheurs, ingénieurs et enseignants-chercheurs
=> Faites part de vos idées, envies ou propositions sur les différentes séquences
https://app.klaxoon.com/join/RSP79EG

Arrivées

Grégrory Soulet, du Master 2 Recherche BFT, sera accueilli au sain d'E4E encadré par Benjamin et Virgil. Il travaillera dans la continuité du projet LeafLitter qui cherche à déterminer le lien causal entre génétique du chêne et microbiote foliaire et du sol à travers la chimie des feuilles des arbres. Son stage commence le 3 janvier pour se terminer le 30 juin.

Daniela N'DO sera accueillie en stage de M2 avec Sylvain. L'intitulé de stage est l'Étude de la résistance à la sécheresse du Sorgho.

Ismaël Blanchard, du Master 2 BV de l’université de Nantes, nous rejoindra en Janvier pour un stage de 6 mois. Ismaël sera co-encadré par Véronique Decroocq et Ben pour réaliser une étude d’association visant à identifier les bases génétiques de la résistance au virus de la sharka dans des populations d’abricotiers sauvages. Ismaël sera le plus souvent à BFP mais passera à BIOGECO ponctuellement. 

Départs

Benjamin Penaud de PGTB est recruté à l'ISEM à Montpellier sur un poste d'Ingénieur d'études titulaire.

 
>Investissement dans les collectifs
Nous tenons à remercier chaleureusement Inge qui a depuis 2019 œuvré pour la mise en place puis le développement du PCM OEL. Les réalisations ont été nombreuses et couronnées de succès: ta personnalité altruiste et un groupe de collègues soudés portant des valeurs pour le collectif en auront été les principaux ingrédients. Tu peux être fier du travail accompli Inge ! Tu vas pouvoir maintenant te consacrer pleinement à tes activités de recherche, qui te tiennent tant à cœur. Avec Philippe, qui a bien voulu relever le challenge et que nous remercions également, tu laisses le pilotage du PCM entre de bonnes mains pour de nouveaux défis à relever en lien plus étroit avec le PCM INFO. Nos remerciements vont aussi à Marie-Lise et Soizig qui reprennent la responsabilité de l'équipe ECOGERE. Soizig prendra également le relais de Fred dans le groupe d'animation S&T.


> Accueil des nouveaux en 2023
merci de compléter le
fichier sur le NAS

>Economie d'énergie
-Accès au plugin ECOWATT dans notre intranet
ici
-En fonction des bâtiments les consignes pour le chauffage sont disponibles sur le GED ici (Instances et communication - Documents Rapports Evaluations Bilans - Plan de gestion énergétique)

Dans la mesure du possible nous comptons sur vous pour vous regrouper dans quelques bureaux afin de maximiser les économies d'énergie cet hiver.
Émission spéciale : Mégafeux, un défi pour demain

Faites découvrir la forêt ici

FCBA – Memento 2022 document de référence des données publiques concernant les secteurs forêt-bois, papier, ameublement, basé sur des données fiables et des sources connues.

 
  Retrouvez ici toute l'actualité de la PGTB

Départ
Après presque 4 années passées à la PGTB, Benjamin Penaud va rejoindre le CNRS de Montpellier au 1er janvier 2023, après sa réussite au concours d’ingénieur d’études. Il travaillera sur le Plateau Montpellier Bioinformatique Biodiversité à l’ISEM (Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier). Nous lui adressons toutes nos félicitations et le remercions pour ces années où il a beaucoup apporté à la plateforme. Bonne continuation Benjamin !
 
Projets
Quelques exemple de projets en ce mois de janvier :
  • Du génotypage SSRseq sur le circaète Jean-le-Blanc, un rapace inscrit à l'annexe I de la directive Oiseaux de l'Union européenne et qui se nourrit principalement de serpents. Ce projet se fait en collaboration avec l’UMR EBI du CNRS de Poitiers.
  • Du metabarcoding pour étudier les communautés procaryotiques dans des échantillons de sol et d'eau, en collaboration avec l’Université de Pau et des Pays de l’Adour.
  • Toujours du metabarcoding pour analyser l'impact chez les bars européens de l'imprégnation avec des bactéries candidates probiotiques sur la fonction immunitaire, la capacité de survie lors d'infections et le microbiote des poissons. Ce projet se fait en collaboration avec l’ANSES de Plouzané.
  • De la capture bisulfite pour explorer les niveaux de méthylation de l'ADN chez le blé hexaploïde, en collaboration avec l’UMR GDEC de Clermont-Ferrand.
  • La plateforme PhénoBois a passé avec succès son premier audit de certification qualité ISO 9001:2015 pour les activités de broyage (Orléans et Pierroton),  spectrométrie infrarouge (Orléans et Pierroton), chimie du bois (Orléans) et microtomographie (Clermont-Ferrand). Merci à tous les collègues qui ont contribué à ce succès !
  • La plateforme PhénoBois a accueilli en octobre deux collègues de l'unité Biogéochimie des Ecosystèmes Forestiers (Nancy), Nathalie Hirt et Robin Charrier, dans le cadre de l'opération "Ensemble sauvons la forêt de Chantilly". Nathalie et Robin ont effectué des mesures (spectres infrarouges) sur un millier d'échantillons de sol de cette forêt dépérissante, et Cloée Jean va poursuivre ce travail dans les semaines qui viennent sur plus de 20.000 prélèvements. Une vidéo explicative de ce projet colossal, impliquant des centaines de bénévoles, est disponible ici : https://youtu.be/-xE9jDQXGyY

>Signalement d'un email frauduleux : Procédures disponible ici

>Choisir un entrepôt de données n'est pas forcément intuitif...voici un guide pour vous y aider. En terme de site de dépôt c'est data.gouv qui constitue dorénavant l'entrepôt à privilégier.

Vacher C., Francioni C., Michel M., Faivre d’Arcier J., Fort T., Chancerel E., Delmotte F., Delmas C. L. 2022. Fungal metabarcoding data for two grapevine varieties (Regent and Vitis vinifera L. cv. Cabernet–Sauvignon) inoculated with powdery mildew (Erysiphe necator) under drought conditions. Phytobiomes Journal, online (doi:10.1094/PBIOMES-06-22-0037-A). Ce 'data paper' sur le mycobiome foliaire est issu du projet VIVALDI (Labex COTE) qui visait à caractériser la réponse de la vigne à des stress multiples (biotiques et abiotiques). L'expérimentation a été coordonnée par Chloé Delmas de l'UMR Save, le métabarcoding et l'analyse de données ont été réalisés par PGTB et BIOGECO.

Yanjun Song, Xavier Paul Bouteiller, Maximilian Larter, Christophe Plomion, Fabrice Sin, Sylvain Delzon. A safe breeding ground: genetically improved maritime pine for growth and stem form has more efficient but not more vulnerable xylem. Tree Physiol https://doi.org/10.1093/treephys/tpac125


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Comme les 1ères publications du GPR Bordeaux Plant Sciences commencent à tomber, un rappel d'Alexandre Reteau sur
Les remerciements :
« This study received financial support from the French government in the framework of the IdEX Bordeaux University  "Investments for the Future" program / GPR Bordeaux Plant Sciences »
Le recensement :
- signaler par un mail à destination du COS du GPR ;
- renseigner le tableau suivant sur le Resana du GPR
https://resana.numerique.gouv.fr/public/perimetre/consulter/150492?information=4044249 


 
Contactez Isa si vous souhaitez contribuer à la collecte de vêtements d'hiver + denrées alimentaires pour l'Ukraine. Vous pouvez également faire un don ici : https://www.helloasso.com/associations/la-maison-ukraininne/formulaires/2/widget
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