Bonjour,

Je vous adresse tout d'abord, au nom de la Direction de l'unité, tous mes vœux pour 2022 et je vous souhaite beaucoup de bonheurs et de réussites dans votre vie privée et professionnelle. J'espère bien sûr que nous pourrons très vite travailler dans de meilleures conditions, sans pandémie, et nous rencontrer plus fréquemment. L'AG du 14 mars devrait être une 1ère occasion de nous réunir collectivement depuis deux ans, avec notamment une sortie prévue au parc ornithologique du Teich. Elle sera aussi l'occasion de réfléchir ensemble sur la crise climatique.
2022, année internationale des sciences fondamentales pour le développement durable, nous invite à mieux faire connaître l’importance de nos activités de recherche auprès du grand public et à nous positionner plus fortement sur le lien science-société. Je formule le vœu que nous soyons de plus en plus présents sur ce terrain, à l'écoute de toute forme de radicalité -car elle suscite la réflexion- mais en n’alimentant pas la simple confrontation d'indignations -qui appauvrit le débat d'idées.
Je profite également de cet édito pour souhaiter la bienvenue aux nouveaux arrivants et je remercie toutes celles et ceux qui se sont investi.e.s et qui s'investissent dans leur accueil, ainsi que les encadrant.e.s et tout le personnel technique qui vont les suivre durant ce moment si important de leur formation. La parole est maintenant donnée à Xavier qui s'est retiré fin 2021 dans nos belles montagnes du Béarn. Félicitation pour ce beau parcours et un grand merci pour ton engagement professionnel et humain et tout ce que tu nous as apporté depuis ton arrivée au sein de l'unité.
 
Adishatz !
Christophe

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Bonjour à tous,

Il y a 31ans, l’année finissait pour moi avec un grand changement  en perspective. Je venais d’être admis au concours d’adjoint technique à l’unité de Pathologie Végétale de l’INRA de Villenave d’Ornon. Outre le fait de quitter les Pyrénées pour aller à Bordeaux, c’était surtout que j’intégrais la Fonction Publique. Après plus de 10 ans dans le privé, où j’ai pratiqué différents métiers. Après différents contrats, CDD, CDI, stages, licenciement économique …, je pouvais espérer trouver une stabilité de l’emploi et ce que cela implique.
Au sein de l’INRA, j’ai pu évoluer dans mon métier, me former, progresser dans ma carrière et même changer d’équipe et d’unité pour rejoindre Biogeco dans l’équipe Gemfor (la PathoFor à ce moment là). Dans ce cadre là j’ai pu faire un travail qui m’a passionné et cela avec des collègues que j’appréciais. Cela m’a permis aussi de rencontrer de nombreuses personnes venant d’horizons très divers, que ce soit des postdoctorants, doctorants, stagiaires  ou visiteurs, rencontres très enrichissantes  et qui parfois perdurent au fil des ans.
Il y a eu aussi parfois des moments plus difficiles, choses obligées dans les rapports humains. Je ne pense pas que tout est rose au sein de l’INRA (et maintenant INRAe) et il faut là aussi faire attention de défendre les droits qui ont été acquis. Mais je pense qu’il faut aussi savoir apprécier ce que l’on a. Il me reste en mémoire le coté positif de ma carrière à l’INRA
31 ans plus tard, je peux profiter d’avantages acquis par le passé : la retraite. Je souhaite à chacun de pouvoir en profiter, et d’ici là de vivre au mieux malgré les difficultés qui se dessinent
A une prochaine
Xavier

 

 

Dérèglement climatique: de la connaissance à la réflexion collective sur nos activités de recherche avec Didier Swingedouw (climatologue, présentera les figures marquantes du dernier rapport AR6 publié en 2021), Tamara Ben Ari (présentiel à confirmer, introduira la démarche du collectif labo1.5), Philippe Chaumeil (Biogeco, apportera un témoignage local sur le contrôle de l'émission de ges à Biogeco), Laure Teulières (historienne, université de Toulouse, membre fondatrice de l'Atecopol présentera ce collectif qui réfléchit l'urgence climatique et plus largement l'urgence écologique à une échelle interdisciplinaire) et enfin Jérôme Santolini (CEA, chimiste, membre de plusieurs associations dont Sciences citoyennes, abordera la question du lien science-société).

> Toutes nos félicitations à Juliette Archambeau qui a brillamment soutenu sa thèse le 17 Janvier, intitulée "Comprendre l’origine et prédire la variation génétique adaptative à large échelle à l’ère de la génomique : une étude de cas chez le pin maritime". Nous lui souhaitons beaucoup de réussite dans le cadre de son post-doc en Écosse.


>Dans le cadre de ma thèse sur l’étude des dépérissements des chênes, j’ai eu l’opportunité de partir 2 semaines au sein de la Forest Research Alice Holt Research Station en Angleterre. Au sein de l’institut, une petite équipe travaille sur l’Acute Oak Decline (AOD). Il s’agit d’un dépérissement rapide affectant Q. robur et Q. petraea. Les symptômes caractéristiques sont des suintements sur tronc issus de craquelures de l’écorce, des lésions des tissus corticaux (causé par une association de bactéries) et des galeries d’alimentation des larves du scolyte Agrilus biguttatus. Durant ce séjour, j’ai été encadrée par Sundeep Kaur, Bridget Crampton et Sandra Denman. Au programme, repérage des chênes touchés par l’AOD, initiation à l’échantillonnage des symptômes, isolements et cultures des bactéries au laboratoire et formation à la qPCR. Cette dernière permet de détecter en même temps la présence des quatre bactéries observées dans les lésions.
Des symptômes similaires ont été identifiés dans les forêts françaises bien que l’AOD n’est pas été reconnue comme étant présente en France. Le but est ainsi d’appliquer les méthodes instruites en Angleterre sur les échantillons français afin de détecter la présence des bactéries associées à ce dépérissement rapide.
Bien que l’objectif de ce séjour était de bénéficier d’une formation, cela a aussi été l’occasion de discuter des perspectives quant à la suite des recherches sur l’AOD et notamment sur une collaboration plus poussée et des hypothèses de travail communes. Lisa Ehenlaub

> Impacts sociétaux selon la méthode ASIRPA : le Douglas

Cette étude décrit le programme d’amélioration génétique du Douglas qui a permis de créer des variétés adaptées aux reboisements dans des stations forestières de basse et moyenne altitude. Cette espèce forestière métropolitaine s’avère la plus performante pour la séquestration du carbone et produit du bois de grandes qualités technologiques.  Étude dispo ici 

  Retrouvez ici toute l'actualité de la PGTB.

Quelques exemples de projets en ce mois de février :

• Le développement d’un panel microsatellites chloroplastiques pour séquençage Illumina (SSRseq) sur le pin maritime, en collaboration avec Laurent Bouffier et Mathilde Flores
• Du génotypage SSRseq dans le cadre du projet POTENCHENE (Mécanismes du masting chez le chêne : la synchronisation entre les arbres est-elle liée à leur proximité génétique ?), en collaboration avec les collègues lyonnais du LBBE et au sein de l’unité Antoine Kremer, Sylvain Delzon et Thomas Caignard
• Du metabarcoding de communautés de champignons forestiers (litières de frêne) en collaboration avec les collègues de Nancy (Marc Buée et Gabrielle Laval)
• Du séquençage methylseq sur notre nouveau séquenceur NextSeq 2000, en collaboration avec Alexandre Favereaux (Bordeaux Neurocampus)
• Du séquençage long-read Nanopore sur Oenococcus (bactérie principale responsable de la fermentation malolactique), en collaboration avec l’ISVV (Claire Le Hénaff)

1/ Qualité : Gestion des données de l’UMR et Réseau Référents Données Opérationnels
 
A partir du 1er Janvier 2022, la gestion des données devient la priorité de la démarche qualité au sein de l’unité, et sera encadrée par le PCM INFO . La gestion, la description, le partage et la valorisation des données seront particulièrement visés pour répondre au défi de l’Open Science et rendre donc accessibles et réutilisables les produits de nos recherches.
 
Le rôle du PCM INFO sera notamment de :

• Sensibiliser l’ensemble des agents aux bonnes pratiques sur la gestion, le partage, la valorisation des données et leur traçabilité, en fonction de leur mode d’obtention (terrain, expérimental, simulation, données compilées), de leur origine (analyse, code, expérimentation, observation, simulation) et de leur type(jeux de données, collection, image, modèle, logiciel, …)
• Mettre à disposition des agents des espaces de stockage pour leurs données et les guider dans l’utilisation d’outils de gestion des données institutionnels et/ou internes à Biogeco
• Accompagner les agents dans la prise en main du Plan de Gestion de Données de l’UMR afin de favoriser la démarche FAIR (Findable Accessible Interoperable Reusable)
• Organiser des séances de formations / informations et promouvoir des recommendations, sous forme de séminaires, tutoriels ou fiches, sur les outils et concepts disponibles liés à la gestion des données

 
Ces actions s’intègrent dans une ambition institutionnelle, et  sont d’ores et déjà ancrées au sein de l’institut, par la mise en place des principes pour la gouvernance des données et du réseau de référents données opérationnels (RDO).
 
L’UMR Biogeco est représentée dans ce réseau, pour le département ECODIV et le Centre Nouvelle-Aquitaine Bordeaux, par Frédéric Raspail (référent Logiciels & modélisation) et François Ehrenmann (référent bases de données & bio-informatique).
 
Plan de Gestion de Données | Outil de gestion des jeux de données | Dataverse Biogeco | Outils et services informatiques

Lien Zoom : https://inrae-fr.zoom.us/j/97898437683?pwd=eTVKUnNpYUV0MmwyRytOcE9KUUFsUT09

Meeting ID: 978 9843 7683
Passcode: 264M&1406a

> Animations internes à venir. Contacter les animateurs si vous souhaitez participer à leur préparation

• Ecologie urbaine : animée par Frédéric Revers et Frédéric Barraquand. 8 avril 2022
• Interactions Arbres-Pathogènes : animée par Jean-Charles Leplé et Cyril Dutech. 10 juin 2022 à confirmer
• Forêts tropicales : animée par Myriam Heuertz et Santiago Trueba. septembre 2022
• Deep Learning : animée par Simon Labarthe et PCM Info. Novembre 2022

>En préparation de l'AG du 14 mars, Stéphanie Mariette organise un exposé introductif de Mélanie Bayens, Chargée de mission ""Transitions environnementales et sociétales à l'Université de Bordeaux, le mardi 1er mars à 11h en visio sur l'utilisation de l'outil fresque du climat ainsi que ses missions.

En suivant, Stéphanie organisera des sessions autour de la fresque du climat. Des créneaux de 13h à 15h vous sont proposés les mardi 1er (B2), jeudi 3 (Pierroton), vendredi 4 (Pierroton), lundi 7 (Pierroton), mardi 8 (B2), jeudi 10 (Pierroton) et vendredi 11 mars (Pierroton), avec deux groupes de 8 (grand maximum) en parallèle. Stéphanie enverra un doodle afin d'organiser les groupes.

 

>Le projet Vigie-Lacs, financé par l’Agence de l’Eau Adour Garonne (2022-2026) et coordonnés par Vincent Bertin d’INRAE EABX (Gazinet) vise à analyser les dynamiques écologiques et à modéliser les relations fonctionnelles entre les communautés végétales aquatiques et leurs biotopes physiques et chimiques dans les lacs et étangs du littoral aquitain dans le contexte des changements globaux.
BIOGECO est impliqué dans un volet (responsables : Olivier Lepais et Aurélien Jamoneau, EABX) visant à étudier la diversité et la structure génétique de neuf espèces de la communauté de macrophytes et d’étudier les relations entre diversité génétique et diversité taxonomique des communautés afin d’améliorer les connaissance de ces espèces pour la gestion (deux des espèces sont rares et font l’objet d’un Plan National d’Action). Ce volet du projet est en lien avec le projet ISO-SGDC (2021-2023) financé par le Métaprogramme Biosefair.

>Le projet ANR Inca a démarré  le 1er janvier pour 48 mois. Son titre exact est "Hidden Semi Markov Models: INference, Control and Applications". La coordinatrice est Nathalie Peyrard, Inrae, MIAT (Toulouse), et les partenaires sont outre l'Inrae, le LMAC (Laboratoire de Mathématiques Appliquées de Compiègne), le LMRS (Laboratoire de Mathématiques Raphaël Salem, Rouen), et l'IMAG (Institut Montpelliérain Alexandre Grothendieck, Montpellier). Alain Franc de Pleiade en fait partie, anime la tâche sur les applications, et participe au groupe de travail mettant en relation certains éléments de calcul tensoriel et d'inférence dans les modèles statistiques (avec comme enjeu le passage à l'échelle). Les applications sont notamment en écologie et épidémiologie, mais aussi l'aide à la décision en santé humaine et l'étude des tremblements de Terre (séries temporelles).
 

Prévention

Le calendrier des sessions de formations SST 2022 organisées sur le site de la Grande Ferrade.
 
Sessions de recyclages sur une journée en présentiel : *
 

Session 1	Jeudi 10/03/2022 de 9h00 à 17h00
Session 2	Jeudi 24/03/2022 de 9h00 à 17h00
Session 3	Mardi 05/04/2022 de 9h00 à 17h00
Session 4	Jeudi 14/04/2022 de 9h00 à 17h00
Session 5	Mardi 10/05/2022 de 9h00 à 17h00
Session 6	Jeudi 09/06/2022 de 9h00 à 17h00
Session 7	Mardi 21/06/2022 de 9h00 à 17h00
Session 8	Jeudi 23/06/2022 de 9h00 à 17h00
Session 9	Mardi 28/06/2022 de 9h00 à 17h00
Session 10	Mardi 06/09/2022 de 9h00 à 17h00

 
Sessions de formations initiales sur 2,5 jours en présentiel :*
 

Session 1	Mardi 19/04/2022 de 9h à 12h Mercredi 20/04/2022 de 9h à 17h Jeudi 21/04/2022 de 9h à 17h
Session 2	Lundi 13/06/2022 de 9h à 12h Mardi 14/06/2022 de 9h à 17h Jeudi 16/06/2022 de 9h à 17h

 

• pour les sites extérieurs, un calendrier est proposé directement aux unités.

Ces formations sont programmées sous réserve de l’évolution de la crise sanitaire et des directives gouvernementales et sont susceptibles d’être annulées ou reportées.
 
Pour vous inscrire, merci d’envoyer un mail à valerie.petit@inrae.fr en précisant la session choisie.

>Les infrastructures de recherche disposent désormais d'un DOI.
N'oubliez pas d'y faire référence si votre article s'est appuyé sur l'une d'entre elles.
>Unité Expérimentale de Génétique et Biomasse Forestières (GBFOR)
doi: 10.15454/1.5572308287502317E12
>Unité Expérimentale Entomologie et Forêt Méditerranéenne (UEFM)
doi: 10.15454/1.5572419184859124E12
>Unité Expérimentale Forêt Pierroton (UEFP) doi: 10.15454/1.5483264699193726E12
>Plateforme Phenobois doi:10.15454/1.5572410490640864E12
>Plateforme Silvatech doi: 10.15454/1.5572400113627854E12
>Pateforme PGTB doi:10.15454/1.5572396583599417E12

>L'infrastructure de Recherche In-Sylva France a désormais une collection HAL qui permet un accès facile et pérenne à l'ensemble des travaux de recherche permis par l'IR et aux services qui la constituent.
 
Cette collection contient "tous" les articles scientifiques, à comité de lecture et indexés par le WOS de 2016 à 2020, ce qui fait un peu plus de
300 articles à comité de lecture liés à l'IR et à au moins un des services de l'IR.
Il y a 88 articles recensés dans la collection In-Sylva France qui ont au moins un auteur de Biogeco. On peut le voir ici :(chercher biogeco dans la page). Cela signifie que ce travail a été soutenu par un des services de cette IR (réseau GEN4X, plateforme Phenobois, UE UEFP....). Vous trouverez ci-joint la procédure pour que lors du dépôt de vos articles dans HAL INRAE, vous soyez en mesure d’ajouter les métadonnées nécessaires à cette indexation.

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Publication d'un article dans la revue Journal of Agricultural and Environmental Ethics. Sophie Gerber, Quentin Hiernaux. Plants as machines: history, philosophy and practical consequences of an idea
Résumé traduit.
La plante considérée comme une machine : histoire, philosophie et conséquences d’une idée
Les plantes sont régulièrement identifiées à des machines. Quelles sont les origines philosophiques de cette représentation du monde végétal ? Quelles sont les conséquences techniques et éthiques de cette conception ? L'idée trouve ses racines dans l'animal-machine de Descartes mais la thèse de la plante-machine reste aujourd'hui largement implicite. Nous faisons l'hypothèse que, bien qu'elle soit rarement discutée, cette thèse reste influente actuellement. Nous analysons comment les sciences biologiques et agricoles se sont historiquement appuyées sur la pensée des plantes vues comme des machines et comment elles continuent à le faire aujourd'hui, autour de la sélection végétale, de la production agricole et des biotechnologies. Nous discutons des conséquences juridiques et éthiques les plus préoccupantes de l’occultation du caractère vivant des plantes. Enfin, nous explorons des voies moins réductrices et destructrices de penser aux plantes et de vivre avec elles.
Un travail issu de ma collaboration avec Quentin, philosophe des plantes bruxellois.
L'unité a été d'un soutien précieux pour la relecture de l'anglais. En effet, décidemment, notre excellent globish n'est pas à la hauteur des attentes des textes de ce type de discipline. Le biais linguistique en philosophie est détaillé ici, avec des inégalités structurelles observées entre les anglophones de naissance et les non-anglophones...

Barbeta, A., Burlett, R., Martín-Gómez, P., Fréjaville, B., Devert, N., Wingate, L., Domec, J.-C. and Ogée, J. (2022), Evidence for distinct isotopic compositions of sap and tissue water in tree stems: consequences for plant water source identification. New Phytol, 233: 1121-1132. https://doi.org/10.1111/nph.17857
Cet article, issu d'une collaboration entre ISPA et Phenobois, décrit une nouvelle approche pour séparer les différents pools d'eau présents dans une branche, afin de mieux comprendre le cycle de l'eau dans un écosystème. Il est basé sur l'utilisation du cavitron et d'une méthode d'extraction sous vide.

Muniz, A. C., Pimenta, R. J. G., Cruz, M. V., Rodrigues, J. G., Buzatti, R. S. D. O., Heuertz, M., Lemos- Filho, J. P., & Lovato, M. B. (2022). Hybrid zone of a tree in a Cerrado/Atlantic Forest ecotone as a hotspot of genetic diversity and conservation. Ecology and Evolution, 12, e8540.
Ce travail est le fruit d'une collaboration avec Andé Carneiro Muniz suite à son séjour à Biogeco en 2019 dans le cadre d'une mobilité. Ses recherches portent sur l'évolution des espèces d'arbres dans l'écotone entre le Cerrado et la forêt atlantique brésilienne.

S. Tirera, B. de Thoisy, D. Donato, C. Bouchier, V. Lacoste, A. Franc & A. Lavergne. The Influence of Habitat on Viral Diversity in Neotropical Rodent Hosts Viruses 2021, 13(9), 1690; 
Il s'agit d'un article partie de la thèse de Sourakata Tirera (Université de Guyane) co-encadré par Anne Lavergne et Alain Franc. Cette thèse est un des éléments de la collaboration entre l'Institut Pasteur de Guyane et BioGeCo, pour connecter l'étude de la diversité virale, le calcul intensif et la modélisation statistique. Sourakata a soutenu sa thèse en décembre dernier, et est maintenant Ingénieur en CDI à l'Institut Pasteur de Guyane dans l'équipe de Anne Lavergne. Cette collaboration est à mettre au crédit du réseautage au sein du Labex CEBA.
 
M. A. Abouabdallah, N. Peyrard, A. Franc. Does clustering of DNA barcodes agree with botanical classification directly at high taxonomic levels? Trees in French Guiana as a case study Molecular Ecology Resources, 2022;00:1–16,
Il s'agit de l'article valorisant la première année de thèse d'Anwar, où il était à Touloiuse chez MIAT (Nathalie Peyrard, modélisation statistique). Ce travail fait suite à celui sur l'introgression révélée pour les arbres de Guyane dans un travail antérieur (Henri, Patrick, Philou, Jean-Marc, Alain, Rémy à BioGeCo & al. (AMAP, EcoFoG). Ce sont les mêmes données qui ont été utilisées. Ce travail a bénéficié du soutien du labex CEBA, et est un élément pour soutenir la vitalité du meta-barcoding, trop souvent présenté comme un sujet achevé.

Alain Franc. Tensor Ranks for the Pedestrian for Dimension Reduction and Disentangling Interactions [Research Report] 9445, Inrae - BioGeCo; Inria Bordeaux Sud-Ouest. 2021. hal-03518107 accessible également via arXiv
Il s'agit de la livraison d'un travail méthodologique qui a duré quelques années, plus en phase certes avec MathNum que EcoDiv, mais passons les frontières, pour assembler en un cadre unique et homogène une littérature un peu disparate sur le rang des tenseurs. Quesaco ? Un tenseur est simplement un tableau à plusieurs entrées (plus que deux), et on peut y faire des choses comme l'ACP, l'AFC, etc ... où le rang est la dimension de l'espace dans lequel on projette. Ce document comprend un chapitre sur les "tensor-trains" (mais pas que ...), une notion utilisée par Anwar dans sa thèse en cours pour permettre des calculs en grande dimension en modélisation statistique en co-encadrement avec MIAT (Nathalie Peyrard) et INRIA Bdx (Olivier Coulaud). Je prévois de trouver un éditeur pour en faire un bouquin, et de continuer à développer ces approches notamment les couplages avec la modélisation statistique, notamment dans un projet ANR qui démarre (INCA) piloté par N.P. (MIAT, Toulouse).

Jensen EL, Díez-del-Molino D, Gilbert TP, Bertola LD, Borges F, Cubric-Curik V, de Navascués M, Frandsen P, Heuertz M, Hvilsom C, Jiménez-Mena B, Miettinen A, Moest M, Pečnerová M, Barnes I, Vernesi C. 2022. Ancient and historical DNA in conservation policy. Trends in Ecology and Evolution
Cet article d'opinion a été conçu lors d'un atelier sur la génomique de l'ADN ancien organisé par l'action COST G-BIKE fin 2020.

L. Lécuyer, D. Alard, S. Calla, B. Coolsaet, T. Fickel, K. Heinsoo, K. Henle, I. Herzon, I. Hodgson, F. Quétier, D. McCracken, B.J. McMahon, I. Melts, D. Sands, E. Skrimizea, A. Watt, R. White, J. Young, 2022. Conflicts between agriculture and biodiversity conservation in Europe: Looking to the future by learning from the past, Advances in Ecological Research, Volume 65, Editor(s): David A. Bohan, Alex J. Dumbrell, Adam J. Vanbergen, Academic Press, Pages 3-56,

Revardel, E., Lepais, O. Development and characterization of microsatellite markers for the French endemic Angelica heterocarpa (Apiaceae) and congeneric sympatric species. BMC Res Notes 15, 15 (2022).

>Un ciné-débat organisé le 9 février par la ville de Villenave d’Ornon autour du film « L’intelligence des arbres » avec la participation de Rémy Petit,

>Accès aux ressources génétiques : l’essentiel sur la réglementation APA
Vous disposez de collections de travail dans vos unités, de micro-organismes, de ressources génétiques forestières, …? Vous les enrichissez ? Vous les distribuez ? Ce webinaire vous concerne forcément !
Venez en savoir plus sur l’implémentation du Protocole de Nagoya et les règles d’Accès aux ressources génétiques et de Partage des Avantages (APA) le mardi 15 mars après-midi (14h00 – 17h00), dans un webinaire ouvert à tous.

Inscriptions via cet evento avant le vendredi 11 mars : https://evento.renater.fr/survey/webinaire-ecodiv-sur-lapa-15-mars-2022-apres-midi-r3qkeemc.
Merci de bien vouloir indiquer votre nom complet et votre unité en remplissant le sondage.
Le webinaire aura lieu sur Zoom. Les codes de connexion seront envoyés aux personnes inscrites au mois de Mars.
 
Toute question sur le webinaire pourra être adressée par courriel à barbara.lacor@inrae.fr