Lettre de BIOGECO                      N° 103 Mars 2020
Edito

Bonjour,

Je tenais pour commencer à souhaiter, au nom de tout le personnel de l'unité, la bienvenue à Léa Peypelut qui nous a rejoint depuis le 2 mars au sein du pôle de gestion.

Voici quelques repères pour poursuivre sur notre lancée dans le cadre de l'évaluation par le HCERES, dont nous venons d'apprendre le nom de notre conseiller scientifique (Christopher Carcailler) :

BILAN: la rédaction du bilan de chaque axe (par les GT "bilan") ainsi que des faits structurants associés est en cours de finalisation (13 mars). Ces contributions feront l'objet d'une itération entre rédacteurs, GT "bilan" et Direction de mi à fin mars avant d'être présentés en codir le 3 avril. L'ensemble du bilan sera alors disponible pour une consultation par le personnel. 

PROJET: les retours des 7 équipes et 4 PCM sont attendus pour le 13 mars également. Ils seront mis en ligne sur l'intranet. Ces contributions constitueront une source d'information précieuse pour la finalisation de la rédaction des Domaines de Recherche Prioritaires (DRP) par les GT "Projet". Une version finale des 4 DRP sera présentée en codir le 3 avril. Contrairement à la précédente évaluation, nos pairs échangeront avec nous essentiellement sur la base du projet dont nous présenterons une première ébauche le 5 mai en présence des directions des deux tutelles.

 / covid-19 : le PC nous a sollicité pour inventorier les points névralgiques dans le cadre de la continuité de service en cas de passage au stade 3 (dont les conséquences sont déjà très controversées avant d'y être !). Bref, de notre point de vue les activités menées au sein de Biogeco ne relèvent pas de cette définition, mais si vous identifiez une activité névralgique merci d'en faire rapidement part à la Direction (direction.biogeco@inrae.fr).
Pour terminer, je reprendrais la conclusion d'un article de The Scientists: Les  meilleures mesures de protection restent celles recommandées pour le rhume ou la grippe. « Les gens devraient prendre les mêmes précautions qu’ils prendraient de toute façon pendant la saison de la grippe. Notamment en se lavant les mains fréquemment et en évitant de se toucher le visage". 
Au sein des locaux de biogeco, nous n'achèterons donc pas de masque, ni de gel hydroalcoolique, ni ne ferons de réserve de pâtes...

Christophe.
Sommaire
 

La photo du mois : (© C Plomion) chênes, aulnes et saules le long de la Leyre sortie de son lit
  • 2 mars : arrivée de Léa Peypelut au sein du pôle de gestion de l'UMR
  • 23 mars: CU 9h30-12h, Airial
  • 20 mars : séminaire du Département EcoFA, Lyon (avec une dizaine de représentant.e.s de l'unité)
  • 27 mars : visite de classes de 1ère du lycée Bel Air Arcachon

A venir: 5 mai , AG en présence des tutelles, dédiée à la présentation du Bilan et du Projet.

Arrivées

Léa Peypelut:  TR INRAE, nouvelle gestionnaire de notre unité.

Maxime Lecomte, étudiant de M2 en biologie Computationnelle, débutera le 17/02 un stage de 6 mois dans l'unité sur la modélisation métabolique d'un consortium microbien de bactéries du lait. Le projet consiste à modéliser l'activité métabolique d'un consortium de 3 bactéries lors de la fabrication d'un fromage. Il s'agit de comprendre les mécanismes de production des composés volatils définissant les qualités organoleptiques du fromage.
 
Connor Tiffany sera en visite dans le laboratoire du 9/03 au 13/03 (invitation via le cluster SysNum de l'UB). Il travaillera sur l'inférence d'interactions dynamiques dans un écosystème bactérien après antibiothérapie.

Aimée Bienvenu intégrera la plateforme PGTB pour son stage de Master 2 du 1 Mars au 31 Août. Elle aura pour objectif de comparer différentes technologies/stratégies pour des analyses de métagénomique ciblée (métabarcoding).

Nous accueillons une nouvelle stagiaire, Eva Austruy (Agrosup Dijon), qui travaillera sur le succès reproducteur du châtaigner, au sein de l'équipe Ecogere, co-encadrement Rémy et Clément, du 16 mars au 14 août.

-Vous avez dit biais inconscients?
-Merci aux utilisateurs des VS de nettoyer les véhicules...les clés pour accéder au matériel de lavage (sur le site de Cestas) sont à retirer au secrétariat.
Conférence - débat (Manu, Lise, Myriam, Bastien, Alex, Christophe) avec des élèves de 1ère au lycée Jay de Beaufort de Périgueux ; la diversité des métiers de la recherche, la démarche scientifique, la recherche en écologie... une génération consciente des enjeux environnementaux de l'anthropocène qui nous renvoie aussi ses craintes et ses doutes ! Éveiller la curiosité et l'esprit critique des élèves via la démarche scientifique c'est contribuer à les armer pour discerner les croyances des faits.


Rémy, Clément et Fred Revers se rendront à la réunion annuelle du GDP Pollineco qui se tiendra du 23 au 25 mars à Mons (Belgique) pour y présenter les travaux menés dans l'équipe Ecogere sur la pollinisation et les pollinisateurs.
 
Dans le cadre du 12e Printemps des sciences humaines et sociales, du 17 mars au 7 avril 2020, dont le beau programme est ici, le spectacle Chic botanique sera rejoué le 2 avril, (d'abord à 14h devant des lycéens agricoles) puis à 20h30 à Canopé. Le même jour, à 18h, a lieu une conférence « Pourquoi philosopher sur le végétal ? », à laquelle Sophie Gerber participe avec Quentin Hiernaux à l'Espace Baïetto de la La Maison Européenne des Sciences de l’Homme et de la Société.
"La Dordogne Libre"  suite à une demi-journée avec les élèves de 1ère.
 
  Retrouvez ici toute l'actualité de la PGTB

Au programme ce mois-ci :
  • Du séquençage de microsatellites chez les éléphants de mer pour évaluer leur contribution reproductive en fonction de leurs traits phénotypiques et de leur personnalité (collaboration Cécile Ribout du Centre d’Etude Biologiques de Chizé – CNRS / Université de La Rochelle).
  • Toujours du séquençage de microsatellites sur des chênes sessiles issus d’un test de provenances, afin d’étudier les interactions plantes-insectes (collaboration Andreas Prinzing de l’Université de Rennes et Jörg Müller du Bavarian Forest National Park).
  • Du metabarcoding sur les saumons des îles Kerguelen pour étudier leur comportement alimentaire (collaboration Béatrice Lauga de l’Université de Pau et des pays de l'Adour).
  • Du génotypage MassARRAY sur le lièvre et sur la belette pour étudier le déterminisme génétique de la couleur du pelage (collaboration Inês Miranda et Mafalda Sousa Ferreira du CIBIO de Porto).
  • La visite le 12 mars des étudiants du Master 1 B2AS et le 27 mars des élèves de 1ère du Lycée Bel Air d'Arcachon.

PCM info
Retour formation web scraping:
Le 21 février dernier, Ludovic a assisté à une formation URFIST sur le web scraping (ensemble de méthodes d'extraction automatique de contenu de site web).
Ces méthodes peuvent être intéressantes afin, par exemple, de:
  • constituer des bases de données (photos, données de géolocalisation de sites d'études...) disponibles via des sites web divers sans accès vers une base de données centralisée
  • faire des statistiques à partir de sites web de référencement (Web of Science, Google scholar, etc.)
  • archiver des données numériques (par définition volatiles) présentent sur des sites webs
Si certaines personnes son intéressées pour avoir un rapide résumé de cette formation et une introduction à ces méthodes, merci de contacter le PCM info. Le cas échéant, une session d'introduction pourra être organisée:
  • Objectif et philosophie du web scraping. Dans quel cas l'utiliser et dans quel cas ne pas l'utiliser?
  • Structure des pages web et méthodes HTTP QUERY et POST
  • description globale des syntaxes xml et html
  • Outils d'analyses de contenu (developer tools)
  • Outils R de web scraping

Infrastructure informatique:

Le PCM info fait évoluer l'infrastructure informatique du site de Talence.

> Désormais un serveur DHCP est installé sur le NAS pour gérer l'attribution automatique des adresses IP. Cela évitera les configurations fastidieuses et hasardeuses des postes informatiques.

> Un nouveau réseau physique local "laboratoire" a également été installé et configuré pour isoler les postes sensibles et faciliter la gestion des machines d'acquisition de données.

> Un serveur VPN installé sur le NAS permet également d’accéder de façon sécurisée à ce réseau laboratoire depuis n'importe quelle machine extérieure pour pouvoir surveiller à distance les expérimentations en cours

> La sécurité du NAS a également été renforcée. Pensez à utiliser des mots de passe forts (Maj/minuscule, chiffre, caractères spéciaux et mots de passe long). Plusieurs dizaines de tentatives d'intrusion sont détectées quotidiennement.

Sur le site de Pierroton

> Augmentation de la mémoire vive du NAS-PGTP et du NAS-BkUP pour permettre l’hébergement de nouveaux services comme Redmine demandé par la plateforme.

Portabilité pipelines informatiques:

Domitille Coq--Etchegaray actuellement en stage avec Benjamin B. et Ludovic a mis en place un tutoriel afin de générer des pipelines de génomiques qui soient à la fois reproductibles et portables entre environnements Linux (i.e. pouvant migrer tel quel sans problèmes de compatibilité entre différents postes de travail: ordinateur personnel, CBIB, MCIA...).

Ce tutoriel se base sur l'utilisation de Snakemake et Singularity et est disponible à l'adresse suivant

https://forgemia.inra.fr/umr-1202-biogeco/snakemake_singularity_hpc

Contactez Ludovic pour de plus amples informations.
*12 mars 14h, salle 1, bâtiment A33 (IMB), campus de Talence
Connor Tiffany (doctorant, UC Davis) invité par Simon
Omic data in microbial ecology. Inferring ecological models with metabarcoding data
(diapo en anglais, présentation en anglais)

*Vendredi 13 mars - 9h30 , Airial - Cestas
Ana Farinha (postdoc Biogeco) - Adding knowledge to the ecology of a recent invasive insect in Europe - the bug Leptoglossus occidentalis
Armel Donkpegan (postdoc BFP) - Genome-wide association analyses to identify loci controlling fruit quality traits in sweet cherry
 
*Mercredi 25 mars - 10h30-12h00 , Airial, Cestas
A l'occasion de leur visite dans le cadre d'un projet collaboratif avec Biogeco.
Nicolas Bierne (ISEM, Montpellier) - Anthropogenically admixed mussel genomes support a polygenic architecture of species barriers (diapo en anglais, présentation en français)

Anthropogenic hybridization is of particular interest for evolutionary biologists to study selection in hybrids in natural conditions and at an intermediate temporal scale between lab crosses and post-glacial hybrid zones. We recently identified two anthropogenic admixture events between native mussels (M. edulis) and the invasive M. galloprovincialis. We showed previously with ancestry-informative SNPs that those populations exhibit complete genomic mixing. Under classic models of hybrid incompatibilities, either underdominance or pairwise Bateson-Dobzhansky-Muller incompatibilities, incompatible alleles are expected to be purged from admixed populations. We looked for large departures from the average admixture rate or complete fixation of the invasive lineage at the genomic scale. Surprisingly we found limited evidence for those, and no fixation at all. Clear parallelism in admixture patterns was observed between independent admixtures, suggesting that selection was repeatable in hybrids. The genetic architecture of species barriers could be better explained by a complex polygenic model than by a few strong effect incompatibilities.

Ivan Scotti (INRAE, Avignon)-  Microgeographic adaptation in forest trees : a source of resiliance in wild stands?" (diapo en anglais, présentation en français)

A venir : séminaire UE Arbo-UMR BIOGECO , 03 avril de 9h30 à 11h30 (Airial)
1 –Présentation des jardins communs de Toulenne   
2 –Présentations des pedigrees de chênes (QTL) de Bourran  
3 –Présentation du dispositif de croisements contrôlés de Bourran  
4-Présentation du dispositif Diallèle Châtaignier de Bourran
5- Présentation des autres dispositifs forestiers sur l’UEA
6- Présentation des conditions d’accès à l’Unité Expérimentale Arboricole
Projet Xylella
Un contrat a été signé entre INRAe et Hennessy pour financer un projet de recherche sur Xylella en Nouvelle Aquitaine et PACA. Il a pour objet d’apporter un ensemble de connaissances sur la biologie de la bactérie, ses relations avec les plantes hôtes et son cortège d’insectes vecteurs avant dans un deuxième temps de proposer et de tester au champs au champ des stratégies de gestion/lutte/prophylaxie de la maladie. A l’initiative du Dpt SPE, il concerne le CBGP, l’IRHS, SAVE et BIOGECO. Notre Unité sera particulièrement impliquée sur la détection de la bactérie en NA (insecte espion) et l’obtention de connaissances sur les vecteurs potentiels (cycles de développement, distribution dans les paysages…). Contact Biogeco : C. Burban

Projet FORGENIUS (H2020) lancement d'un nouvau projet européen "Improving access to FORest GENetic resources Information and services for end-USers" (coord. I Scotti, INRAE Avignon) 19 partenaires dont INRAE Avignon, Orléans, Bordeaux (E4E).  FORGENIUS will develop methods and tools providing greater insight into the characteristics and the value of all forest-relevant GenRes collections presently existing in 35 European countries, and linked through the EUFGIS Information System (http://portal.eufgis.eu). FORGENIUS will create novel services for users within and outside the conservation communities and significantly increase and improve data quantity and quality in the European forest genetic resources (Forest GenRes) information system that describes all accessions. The services created by FORGENIUS will also allow end-users to characterise prospective new genetic conservation units. To do so, it will use state-of-the-art indices ranging from genomics and phenotyping to remote sensing and predictive models.
Formation initiale des Assistants de Prévention : du 24 au 26 juin et du 21 au 23 octobre

Bittebiere A.-K., Benot M.L., Mony C. 2020. Clonality as a key but overlooked driver of biotic interactions in plants. Perspectives in Plant Ecology, Evolution and Systematics, 43:125510.

Cette revue bibliographique est issue de la collaboration entre C. Mony (MCU Rennes 1) et deux de ses anciennes doctorantes (A.K. Bittebiere, MCU Lyon 1 et M.L. Benot). Restée un moment sous la forme de projet, elle a pu voir le jour suite à une sollicitation pour contribuer à un numéro spécial sur les plantes clonales.

Yeo S., Lafon V., Alard D., Curti C., Dehouck A., Benot M.-L. 2020. Classification and mapping of saltmarsh vegetation combining multispectral images with field data. Estuarine, Coastal and Shelf Science.

Cet article présente le travail réalisé par Samantha Yeo lors de son stage de Master 2 (Biodiversité et Suivis Environnementaux, Univ. Bordeaux) à BIOGECO et en collaboration avec la société I-Sea, spécialisée dans la télédétection (http://i-sea.fr). Suite à son stage, Sammi est retournée aux États-Unis où elle a travaillé dans le domaine des SIG. Elle est actuellement en poste à Nature Conservancy, Washington D.C. où elle réalise des analyses spatiales pour les 24 États toujours inclus dans l'accord de Paris pour atteindre les objectifs de réduction des émissions de CO2 (United States Climate Alliance)
INRAE
*Questions réponses sur votre parcours professionnel INRAE ici

*La campagne des concours externes ingénieurs et techniciens pour 2020 est ouverte au sein de notre institut.

*Le programme des séances InfodocExpress du mois de mars 2020 est disponible ici.

*L’archive ouverte des productions de l’Inra, PRODINRA, sera versée dans la plateforme d’archive ouverte commune nationale, HAL, le 16 mars 2020 en même temps que la base de publications IRSTEA pour former HAL-INRAE dont l’ouverture est programmée le 23 mars 2020. Les productions d’INRAE rejoindront ainsi celles des universités, des grandes écoles et des autres instituts de recherche français. HAL a été développé par le Centre pour la Communication Scientifique Directe (CCSD) du CNRS à partir de 2001. Elle est destiné au dépôt et à la diffusion des articles publiés ou non, des thèses, des communications aux congrès, des ouvrages, des chapitres d’ouvrages, des HDR, etc. Les créations de publication dans Prodinra cesseront donc le 16 mars 2020, les alimentations par les documentalistes reprendront sur Hal-INRAE le 23/03/2020.
La migration des données de Prodinra et d’Irstea Publications vers HAL-INRAE s’échelonnera sur le mois d’avril 2020.

INRAE a adhéré depuis le 01/01/2020 aux 3 complémentaires santé et prévoyance référencées par le Ministère de l’agriculture et de l’alimentation (MAA).
Les complémentaires santé et prévoyance retenues par le MAA sont : Pour plus de renseignements, une page dédiée à la protection sociale complémentaire est disponible sur l’intranet RH : https://intranet.inrae.fr/ressources-humaines/CARRIERE/Action-et-prestations-sociales/La-protection-sociale-complementaire.

UB
*Une réunion d’accueil annuelle des nouveaux collaborateurs est organisé le lundi 16 mars de 14h à 16h30 au Bâtiment A9, amphi 3, campus de Peixotto, site de Talence.

*L'Université de Bordeaux propose pour l'année 2020, une nouvelle édition de son appel à projets "colloques/conférences/réunions". Pour formuler une demande de subvention, les porteurs devront compléter et retourner le dossier par voie électronique avant le 18 mars 2020 à aff.scientifiques@u-bordeaux.fr, sous couvert du directeur d’unité.

Le congrès mondiale de la nature (UICN) se déroulera du 11 au 19 juin 2020 à Marseille. Toutes les informations utiles sont disponibles sur le site internet. Le tarif préférentiel est ouvert jusuq'au 11 mars.
Le bilan social INRA 2018 est téléchargeable ici.

Les 8èmes adayades culturelles se dérouleront du 20 au 24 mai 2020 dans un cadre exceptionnel à Savines-le-lac dans les Hautes Alpes, elles seront placées sous le signe des étoiles.
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