"Quelle époque épique !

Il est des périodes qui forcent à l’humilité, l’introspection et l’action. Ce n’est pas le moindre des paradoxes.

Humilité lorsque nous constatons que notre société, notre fonctionnement, notre positionnement individuel et collectif peuvent être ébranlés aussi rapidement et profondemment. Introspection car nous ne pouvons pas faire semblant de croire que nous avons eu à faire à un incident fugace. Il s’agit là d’un sérieux coup de semonce, directement en prise avec les problématiques des changements globaux et de l’érosion de la biodiversité que nous connaissons bien à Biogeco. Action car la réponse aux crises nécessite une réaction rapide en tirant les leçons des événements.

Depuis mi-mars, l'unité est resté en action. Nous avons tenté de garder le rythme, malgré tout, en veillant à la cohésion du groupe et à la préservation de la santé de chacun. Ceci est garant d’une reprise dans les meilleures conditions possibles pour tous. Un grand merci à toutes celles et ceux qui ont participé aux divers fonctionnements collectifs durant cette période, aux collègues qui se sont portés volontaires pour mettre en place des consignes sanitaires du 11 au 15 mai, et aux Agents de Prévention qui ont déjà accueilli une quarantaine de personne sur nos deux sites pendant ces deux dernières semaines. Merci également aux initiatives de solidarité qui se poursuivent, vis-à-vis des étudiants confinés par exemple.

Notre reprise d’activité sur site, qui va s'accélérer pendant le mois de juin, coïncide aussi avec la fin du processus de rédaction du rapport d'évaluation du HCERES. Merci pour votre engagement pendant ces huit derniers mois et pour vos contributions. Gageons que le terme “Unité” prenne encore plus de sens pour chacun, que la solidarité, l’humilité mais également l’ambition de pousser nos recherches plus loin au bénéfice de la société soient des valeurs partagées par tous. Plus que jamais la recherche doit être une priorité.

Au plaisir de se revoir très bientôt... en vrai !"

 

Rapport HCERES : rappel pour les permanents de l'UMR
-Merci à celles et ceux nombreux qui nous ont envoyé ou qui ont ajouté directement sur le google doc leurs commentaires. Une présentation des thèmes du projet sera faite le 3 juillet. cette animation scientifique est ouverte à l'ensemble de l'unité.
-Si ce n'est déjà fait, merci de remplir au plus vite le fichier déclaratif de vos contributions aux thèmes et activités transversales et.ou PCM  dans le document  disponible en synology drive ici.

Plan de Reprise d'Activité (PRA) : mois de juin
A la demande des tutelles, la Direction de l’unité doit mettre en place un nouveau PRA pour le mois de juin dans le cadre de la reprise progressive d'activité. Y sera indiqué QUI est présent sur site QUAND et OU. Au-delà des aspects logistiques liés à votre accueil sur site dans les meilleures conditions, il s’agit grâce à cette procédure de faciliter la traçabilité d’éventuels cas contact en cas de déclaration de la covid. Après avoir pris connaissance du 1^er onglet (lisez-moi), remplissez le second onglet (juin 2020) du fichier « reprise d’activité biogeco » mis en ligne sur le NAS en Synology Drive (accès direct ici). Si vous n'êtes pas en mesure de le remplir pour l'ensemble du mois,  faites le semaine après semaine, en tout cas avant le lundi précédent la semaine concernée. Les données seront envoyés aux tutelles tous les mardi matin de la semaine n-1 pour communiquer le présentiel de la semaine n. Merci de remplir le fichier même si vous êtes en TT ou en congé, en le précisant.

Concours INRAE :

Date limite dépôt du dossier : 03/07/20 à 17H
Date des auditions : 14/09 au 18/09/20 pour l’accès de TRS à TREX et du 21/09 au 25/09/20 pour l’accès TRN à TRS

Rappel des coordonnées de l'assistante de service social
--> Mélissa Coiffard m.coiffard@focsie.fr
 

La semaine du 11 au 15 mai a été marquée par la réorganisation de nos locaux en vu de vous accueillir dans les meilleures conditions. Un grand merci à Gaëlle, Jennifer, Alice, Manu, et Régis au B2, Sandrine, Marie, Léa, Cécile, Martine, Chantal, Frédo, Xavier, Gilles, Jean-Marc et Christophe à Pierroton ...sans oublier Adline, Véronique, Florence, Emilie, Philou, Céline, Franck, François et Loic qui ont eux œuvré à distance pour que tout fonctionne bien.
 

Tout retour sur site ou départ en mission passe désormais par un accueil individuel. Cette visite du "déconfiné" dure au minimum 30 minutes. Elle est organisée par les agents de prévention de l'unité et vise à vous présenter les nouvelles consignes sanitaires mises en place pour gérer et vivre avec le risque viral.
 

Science grand format sur FRANCE 5 : Le génie des arbres
Excellent documentaire scientifique réalisé par : Emmanuelle Nobécourt  sur le fonctionnement de l'arbre et de la forêt qui s'appuie notamment sur des travaux de PHENOBOIS portant sur le dysfonctionnement de l'appareil vasculaire des arbres.
 

*Mobilisation de la FRB par les pouvoirs publics français sur les liens entre Covid-19 et biodiversité. Document disponible ici.

*"intelligence" ou co-évolution ? Flowers can hear buzzing bees—and it makes their nectar sweeter :  Encore une excellente histoire à l'interface de la biologie et de la physique comptée le 16 mai par JC Ameisen dans son émission "Sur les Épaules de Darwin" . Pour en savoir plus https://doi.org/10.1111/ele.13331

*La plante en kit: Une série riche et ludique de Marc-André Sélosse, sur l'un des êtres vivants omniprésent et pourtant souvent oublié : la plante !

*Lire ou relire: La Forêt et le Bois en France en 100 Questions

  Retrouvez ici toute l'actualité de la PGTB
Projets
 
Depuis mi-mai, nous avons repris les manips et les analyses pour le projet Antigone (Développement d’outils d’identification et de quantification de la présence de Gnomoniopsis castaneae, champignon pathogène des châtaigniers - collaboration Biogeco / Invenio), pour le projet Physiopath (Identification des mécanismes sous-jacents au dépérissement de la vigne – collaboration Chloé Delmas UMR SAVE) et pour le projet Plantasat (Etude de la relation entre la biodiversité des plantes hôtes, ici le chêne sessile, et la biodiversité des insectes associés – collaboration Andreas Prinzing de l’Université de Rennes).
 
Equipements
 
Un nouvel automate de pipetage, le Viaflo 384,  a été livré au mois de mai. Il s’agit du même modèle que celui qui est en service en salle d’extraction d’ADN, mais cette fois au format 384. Il permettra le transfert rapide de petits volumes (0.5-12.5µL) pour le dosage, les PCR, les transferts d’échantillons, … Cet appareil a été acquis grâce au projet Athéné (coord. Corinne Vacher).
 

Qualité
 
Grande première cette année, la PGTB aura son audit interne de qualité en visioconférence les 10 et 11 juin, dans le cadre de la certification ISO 9001|NFX 50-900.
 

PCM INFO :

Avec les règles de distanciation physique imposées, il y a plus que jamais nécessité d'organiser l'occupation des laboratoires. C'est chose faite avec l'extension du système de Gestion et de Réservation des Ressources (GRR) aux laboratoires des sites de Pessac et Cestas. Choisissez votre domaine (ex: activités pathologie) un ensemble de ressources sont alors disponibles (ex: 10 postes de travail dans les labos de pathologie). »

Avec le confinement, nos habitudes de travail ont évolué. Au cours de ces 2 derniers mois, de nouveaux besoins ont émergé et le PCM info a mis en place divers outils pour faciliter le travail à distance.

Un portail (point d’entrée unique) centralisant les principaux services utiles à l’unité est accessible à http://nas-pgtp.pierroton.inra.fr/biogeco/info_unite.php et dans l’onglet “ACCES DIRECT” du site web de Biogeco.

Vous disposez de liens directs vers différentes solutions d’édition collaborative institutionnelles (Mise en place de Office Online) ou locale (Synology drive office). Des solutions de communication instantanées de type Chat (Skype, Synology Chat), de différentes solutions de visio (Skype, jitsi, renavisio, etc.) ainsi que des liens vers des tutos.

Le PCM info a contribué aux nombreux tests de solutions alternatives à Skype entreprise sous Linux proposé au niveau national. Actuellement, la seule alternative fonctionnelle est le client SKY qui est une solution payante (en cours de beta test: https://ariane.inrae.fr/kb_view.do?sysparm_article=KB0013056).

Nous avons également avancé sur la documentation en rédigeant plusieurs tutoriaux et documents sur la mise en oeuvre des outils et la configuration pare-feu sous linux. Plusieurs projets sont en cours sur l’organisation structurelle des projets incluant de la bio-informatique, le versionnage et la synchronisation du code, l’utilisation de markdown, la portabilité et la diffusion des workflows, etc. Le PCM étant demandeur d’expérience tierce, n’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés et voulez être impliqués dans cette démarche.

Le PCM info continue à travailler sur l’optimisation de nos solutions de stockage/archivage/partage avec sauvegarde ou non dans l’unité. N’hésitez pas à solliciter le PCM pour vous accompagner et trouver les solutions adaptées à vos besoins.

PCM OEL :
Rappel: Les ateliers d'extraction d'acide nucléiques concernent les laboratoires O30 O31 pour l'ADN - O32 pour l'ARN, au sein du bâtiment "Observatoire". Ils sont rattachés au PCM OEL. Céline est responsable de leur gestion. Toute réservation passe dorénavant par le GRR, cf onglet "Atelier extraction".

-10h45-12h:  brainstorming sur le contenu d'un futur débat Science - Société sur le thème de "l'écologie urbaine" thème en pleine émergence au sein de l'unité (animé par Fred Revers)

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INFO SUR LES PROJETS ANR EN COURS

L'ANR vient de préciser les modalités de prolongation systématique des projets ANR impactés par la crise sanitaire (lire annonce sur le site de l'ANR).
 
Dans le contexte de la crise sanitaire actuelle et pour faire suite aux annonces du 23 avril 2020 par le Ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation (MESRI), l’ANR précise que les projets en cours seront prolongés de façon systématique d’une durée de 6 mois.

Cette mesure sera implémentée automatiquement dans les outils métiers de l’agence et ne demandera aucune démarche de la part des laboratoires ou de leurs services gestionnaires auprès de l’agence.

La fourniture de l’ensemble des livrables liés à ces projets, tels que relevés de dépenses, rapports scientifiques, sera donc aussi reportée à l’échéance de versement suivante. Les porteurs de projets gardent la possibilité de mettre fin à leurs projets avant l’expiration de cette prolongation exceptionnelle.

Dans le cas où des prolongations supplémentaires seraient nécessaires (recours à des campagnes de terrain, expérimentations annuelles impactées par la crise sanitaire, expérimentations animales, par exemple), il sera possible d’effectuer une demande d’extension jusqu’à 12 mois en adressant cette demande particulière via le formulaire classique de demande de prolongation accessible en ligne via le plateforme ANR des projets (accessible avec les identifiants porteur ou gestionnaire).

L’impact financier de la crise sanitaire sera pris en compte par l’ANR grâce un financement compensatoire permettant la prolongation de contrats de thèse, de post-doctorat, ainsi que de CDD d’ingénieurs et de techniciens financés sur projet ANR. Une concertation est actuellement menée avec le MESRI et plusieurs établissements financeurs afin d’harmoniser les dispositifs et de définir de façon précise les règles de compensation ainsi que les modalités d’application et de versement. Il est à noter que le dispositif sera parfaitement formalisé, les demandes de compensation seront centralisées par les services gestionnaires des établissements ou organismes.

Médecin de prévention
En cas de questions sur votre état de santé (que vous soyez personne dite vulnérable ou non) dans le cadre d’une reprise sur site, vous avez la possibilité de consulter (en présentiel ou en téléconsultation) le médecin de prévention dont vous dépendez, et à votre demande. Vous trouverez ci-dessous un récapitulatif des coordonnées téléphoniques ou courriel pour joindre le secrétariat de votre médecin de prévention.

• INRAE : au médecin de prévention : Christine MULLER au 05 56 49 92 40 ou secrétariat sandra.mano@ahi33.org
• UB : à l’équipe médicale sstcovid19@u-bordeaux.fr pour toute question concernant le COVID 19, à votre médecin de prévention habituel : hayette.elbeldi@u-bordeaux.fr et brigitte.lengronne@u-bordeaux.fr, ou encore à la psychologue du travail sonia.lanatrix@u-bordeaux.fr.

Retrouver les consignes institutionnelles pour gérer le risque viral
UB
INRAE

ainsi que le nouveau module d'e-learning  " Coronavirus : bio-aérosols et gestes barrières" (durée 10 min) " produit par la société Kaptitude sur le portail INRAE d’e-formation. Il permet notamment de sensibiliser les agents à l’utilité des gestes barrières.

Accueil des "déconfinés" par un agent de prévention (AP)
Afin de permettre votre retour sur le site dans les meilleures conditions, une visite des locaux, au cours de laquelle les nouvelles consignes et les règles à tenir vous seront présentées par un AP, est organisée dès votre arrivée. Cette visite dure 30 minutes (voire plus en fonction de vos questions). Merci d'indiquer votre jour et horaire d’arrivée à (prevention-biogeco@inrae.fr) afin d'organiser le planning des visites.  Nous vous demandons SVP de vous présenter dans le hall de l’Observatoire (à Pierroton) en salle de repos du 1er étage (au B2) dès votre arrivée, sans passer par les autres bâtiments ni votre bureau.


Guide du "déconfiné"
Un guide des bonnes pratiques pour vivre avec le risque viral a été co-rédigé par la Direction, les agents de prévention et les responsables de la qualité. Il a été soumis au CU le 18 mai pour avis d'ici fin mai. La dernière version sera mise à disposition de tout le personnel début juin via le GED. Elle sera également rattachée au guide d'accueil (remis à chaque nouvel arrivant).

Cartographie des laboratoires
La liste des laboratoires ainsi que des personnes responsables de leur gestion sont indiquées dans le dossier " cartographie des laboratoires" de la section "LABORATOIRES" du GED. La nomenclature des laboratoires est reprise dans le GRR pour leur réservation.

Réservation des salles de réunion
-à Pierroton, la capacité d'accueil de chaque salle du site a été modifiée sur le système informatique de réservation (GRR). Des consignes d'accès et de désinfection sont affichées sur les portes d'entrée. Merci de les respecter.
-au B2, Biogecause est dorénavant limitée à 4 personnes.

Muniz AC, Lemos-Filho JC, Viana e Souza HA, Marinho RC, Buzatti RSdO, Heuertz M*, Lovato MB* (2020) The protected tree Dimorphandra wilsonii (Fabaceae) is a population of inter-specific hybrids: recommendations for conservation in the Brazilian Cerrado/Atlantic Forest ecotone. Annals of Botany, * joint senior authors. 
Ce travail résulte du séjour d'André Carneiro Muniz, doctorant encadré par Maria Bernadete Lovato à l'Université du Minas Gerais au Brésil, à Biogeco en 2018-2019. Nous montrons que l'arbre tropical Dimorphandra wilsonii, reconnu par l'UICN comme en danger critique d'extinction, est en fait une population d'hybrides entre deux espèces apparentées dans l'écotone du Cerrado et la forêt atlantique brésilienne. Les actions de gestion pour la conservation devront désormais se concentrer sur les espèces parentales, surtout D. exaltata qui est très menacée dans la forêt atlantique.   

Lepais O, Chancerel E, Boury C, Salin F, Manicki A, Taillebois L, Dutech C, Aissi A, Bacles CFE, Daverat F, Launey S, Guichoux E. 2020. Fast sequence-based microsatellite genotyping development workflow. PeerJ 8:e9085

Cet article décrit une procédure optimisée pour développer à la fois de nouveaux marqueurs microsatellites et des protocole de génotypage par séquençage. Il est le fruit d’un travail initié il y a 4 ans dans le cadre d’un petit projet de R&D avec la PGTB, suivi par plusieurs applications sur différents modèles biologiques.

Demenou BB, Migliore J, Heuertz M, Monthe Kameni FS, Ojeda DI, Wieringa JJ, Dauby G, Albreht L, Boom A, Hardy OJ (2020) Plastome phylogeography in two African rain forest legume trees reveals that Dahomey Gap populations originate from the Cameroon volcanic line. Mol Phylogenet Evol. 2020; .   
Cet article fait partie de la thèse de Boris Demenou, dirigée par Olivier Hardy à l'Université Libre de Bruxelles. Boris a effectué un séjour à Biogeco dans le cadre d'une mobilité labex COTE pour travailler sur l'analyse de données phylogénomiques sur les arbres tropicaux d'Afrique avec Myriam Heuertz.

Benoit Laurent, Marylise Marchand, Emilie Chancerel, Gilles Saint-Jean, Xavier Capdevielle, Charlotte Poeydebat, Anthony Bellée, Gwenaelle Comont, Laure Villate, Marie-laure Desprez-Loustau. 2020. A richer community of Botryosphaeriaceae within a less diverse community of fungal endophytes in grapevines than in adjacent forest trees revealed by a mixed metabarcoding strategy.
Ce travail est un premier résultat du projet BODEGA. Il s'est appuyé sur le pipeline d'analyse testé par Charlie Pauvert, et fait écho aux travaux de thèse de Thomas Fort. Nous avons montré notamment que la diversité des champignons endophytes colonisant le bois des vignes était plus réduite que celle observée dans les bois des chêne et des pins voisins. A contrario, les pathogènes opportunistes de la famille des Botryosphaeriaceae étaient plus présent chez la vigne. Nous suspectons que les pratiques culturales pourraient être à l'origine de ces observations.

INRAE
*Colloque du département EcoFA d'INRAE : 6-7 octobre à Lyon.

• Pour le nom court : ECODIV 
• Pour le nom long français : Écologie et biodiversité des milieux forestiers, prairiaux et aquatiques
• Pour le nom long anglais : Ecology and Biodiversity of forest, grassland and freshwater ecosystems

UB
*Reprise du travail sur site au B2 autorisée à partir du Mardi 26 mai 14h.

* Colloque L'écologie, du labo à l'école : enjeux, démarches, acteurs à Bordeaux le 18 novembre 2020.

*Le numéro 4-5 de 2019 de la Revue forestière française consacré au colloque de Chambord "habitats forestiers et forêts habitées " est mis en ligne ici.  N'hésitez pas à transmettre à cette adresse des articles, des notes, des libres expression.... pour diffusion via cette revue.