Lettre de BIOGECO                    N° 102 Février 2020
Edito

Bonjour,
Est-ce trop tard pour souhaiter à tous une bonne et joyeuse année 2020 ? Non, car nous sommes  encore en janvier à l’heure où j’écris ce petit édito. Je vous adresse donc, au nom de la direction, tous mes vœux et vous souhaite beaucoup de bonheurs et de réussites dans votre vie privée et professionnelle.
2020 c’est l’année de la BD, j’espère donc que cela sera aussi celle de la BD de Bastien, et que d’autres initiatives artistiques et/ou culturelles « chic » verront le jour au sein de l’unité.
Mais 2020 c’est surtout l’année internationale de la santé des végétaux. Cela nous concerne tous car « protéger les plantes (et les arbres ) c’est protéger la vie » (http://www.fao.org/plant-health-2020/home/fr/). Bonne année à tous nos arbres et plantes annuelles préférées, qui subissent toujours de multiples aléas biotiques et abiotiques.
Une autre actualité de l’année concerne l’ensemble de notre unité. Il s’agit de la préparation de notre évaluation par l’HCERES (Haut Conseil de l’évaluation de la recherche et de l’enseignement supérieur), évaluation qui se fera en 2021 mais pour laquelle nous devons notre rapport en juin 2020. Un grand nombre de collègues se sont déjà investis dans la préparation du bilan scientifique et administratif et du projet. Merci à vous. La tâche n’est pas terminée, et cela fera l’objet du premier CoDir. Nous avons aussi sollicité l’ensemble du personnel lors de l’AG de janvier, et nous vous demanderons encore des retours lorsque la rédaction sera plus avancée.
Un gros merci aussi pour tous ceux qui ont participé aux demi-journées d’accueil des nouveaux arrivants. Plusieurs nouveaux stagiaires, doctorants et ou collègues ont ou vont bientôt intégrer notre collectif (cf rubrique Vie de Biogeco). Dans ce cadre, nous nous réjouissons de la prochaine arrivée de Léa Peypelut (le 2 mars), recrutée comme gestionnaire INRAE suite à notre demande de poste arbitrée favorablement en janvier.
Vous trouverez dans la lettre toutes les autres dernières informations de l’UMR (AG BIOGECO, Cote et les GPR, nos projets et nos dispositifs expérimentaux…). Et n’oubliez pas d’inscrire dans votre agenda les dates des séminaires organisés par l’unité.
 
Cordialement
Cécile
Sommaire
 

La photo du mois : (© Sophie Gerber) Une danseuse, les billots de Fredo Lagane, les pins de Laurent Salera : spectacle Chic botanique, novembre 2019, Festival Facts, Université de Bordeaux (avec notamment, pour Biogeco, Jennifer Dudit et Sophie Gerber)
Lundi 3 février
> Codir B5 13h30-17h

Arrivées :

Arthur Demené rejoint l'équipe Gemfor pour une durée de 15 mois le 1er Février. Dans le cadre du projet Homed Il travaillera sur la génétique de Cryphonectria Parasitica avec Cyril (3 mois) et la modélisation de l'évolution des traits d'histoire de vie chez les champignons pathogènes ascomyscètes avec Jean-Paul (12 mois).

Audrey Bourdin démarre sa thèse intitulée "Effets de la diversité des arbres sur la réduction des risques pour la santé humaine des insectes forestiers urticants", sous la direction d'Hervé Jactel.

Vincent Derval, de l'université de Rennes, travaillera à Pierroton du 20 Janvier au 30 juin 2020 dans le cadre de son stage de Master 2 "Écologie Fonctionnelle Comportementale et Évolutive" et sera et co-encadré par Bastien C.  et Benjamin B. Son stage, financé par le labex COTE, visera à étudier le rôle de la variation naturelle des métabolites spécialisés dans la résistance de plantules de chêne aux agents biotiques lors de la régénération, en focalisant pour le moment sur les larves d'un insecte généraliste.
 
Domitille Coq--Etchegaray, de l'université de Bordeaux travaillera à Pierroton à partir du 17 février 2020, pour 6 mois dans le cadre de son Master 2 de "Bioinformatique".  Elle sera co-encadrée par Ludovic D. et Benjamin B. Son stage visera à produire l'assemblage d'un nouveau génome de référence pour le chêne pédonculé, et plus précisément du génotype A4. Pour cet assemblage, elle utilisera en particulier des données de séquençage Nanopore produit par Christophe Boury (PGTB), en combinaison avec des données Illumina et une carte optique (Bionano). Au delà de l'assemblage du génome, le stage de Domitille visera à détecter les variants structuraux (délétion, insertion, inversion) par rapport au génome déjà existant.   
 
Enora Leux de l'université de Claude Bernard de Lyon 1 est en Master 2 "Analyse et Contrôle". Elle réalisera son stage à partir du 2 mars pour 6 mois, et travaillera à la plateforme métabolome de Bordeaux, au sein de l'UMR BFP. Elle sera encadrée par Stéphane Bernillon (BFP) et Benjamin B.  Son stage aura pour but d'identifier et annoter les métabolites spécialisés chez le Chêne ( Quercus spp L) mesurés par le protocole de phénotypage LC-MS haut débit mis en place par BB et SB dans le cadre du projet de recherche de BB. Un objectif supplémentaire de son stage sera de purifier certains composés, ouvrant la voie vers des tests de l'effet ces composés en isolation sur les performances de pathogènes ou d'insectes herbivores.

Lison Zunino du Master 2 "Biodiversité, Ecologie, Evolution" de l'Université de Poitiers effectuera son stage (encadrement Olivier) dans le cadre du projet DuneBioDiv dont le titre est « Effets des traits d’histoire de vie et de l’histoire démographique sur la structuration de la diversité génétique des populations : approche comparative chez huit espèces herbacées du cordon dunaire aquitain ». Pour cela, elle effectuera le développements de marqueurs microsatellites nucléaires et chloroplastiques et leur génotypage par séquençage chez les premiers sites échantillonnées l’été passé.

Orane Mordacp, actuellement dans le laboratoire d'Alain Paquette (Uqam, Canada) est en visite à Biogeco en janvier et février pour analyser les données du jardin commun de Hêtre (encadrement Sylvain).

Thomas Caignard commencera un post-doc de 2 ans sur l'ANR FOREPRO (oak masting) à partir du 1er février. Il sera accueilli dans l'équipe E4E (encadrement Sylvain).

Départ :
Marie Demeillez, après un CDD de 21 mois au sein de pôle de gestion, a quitté l'unité. Nous l'a remercions vivement pour son travail.
 > Il est extrêmement décevant de voir si peu de monde aux animations S&T du vendredi. Quelle image pour les personnes que nous invitons...tout ça va finir par décourager les animateurs ! Merci de participer plus activement à ces moments d'échange et de découverte. Le groupe d'animation y met beaucoup d'énergie.

> Nous rappelons que les documents présentés en AG du 20 janvier sont disponibles sur le GED (rubrique "Instances et Communication" puis "Assemblée Générale"), comme ceux des CU et codir d'ailleurs.

> Ici vous trouverez un MOOC sur les violences sexuelles et sexistes au travail.

 >La prochaine AG aura lieu le 5 mai (9h-12h30) sur le site de Cestas en présence des tutelles. Merci dès à présent de réserver cette date.

> Vos page web sont disponibles sur le nouveau site web de l'UMR. Vous pouvez les mettre à jour.

> N'hésitez pas à envoyer à Sandrine vos actualités pour alimenter la rubrique ACTU du site web.

> Contacter Sandrine avant le 21 fev. afin d'organiser le déplacement des chercheurs, ingénieurs et enseignants-chercheurs intéressés par le séminaire du département Eco-FA d'INRAE (18 mars 13h au vendredi 20 mars début d’après-midi à Lyon). Ce séminaire aura pour objectif principal d’échanger sur les orientations, priorités et grandes actions du département et de commencer à construire le Schéma Stratégique de Département (SSD) pour 2020-2025.

> Signature Monoligne (NS n°2020-10) suite et fin pour les consignes:
 
1/ Hiérarchie descendance -->BIOGECO à la fin
2/ INRA-->INRAE
3/ Convention INRAE-UB pour l’ordre -->ordre alphabétique recommandé

-si vous êtes à Cestas et un personnel de INRAE ou UB:

INRAE, Univ. Bordeaux, BIOGECO, F-33610 Cestas, France

-si vous êtes à Pessac et un personnel de INRAE ou UB:

INRAE, Univ. Bordeaux, BIOGECO, F-33600 Pessac, France


4/ cited Highly--> UB en 1er obligatoirement

      Univ. Bordeaux, INRAE, BIOGECO, F-33600 Pessac, France

ou
      Univ. Bordeaux, INRAE, BIOGECO, F-33610 Cestas, France

>Si vous voulez en savoir plus sur "Comment réduire l'empreinte de nos activités de recherche sur l'environnement" c'est ici (via Atelier d'écologie politique de Toulouse) ou ici (labo 1.5)....de la matière à réflexion pour tout le monde. Nous en rediscuterons notamment en CU cette année.

> Suite à notre demande d'équipement moyen, le département EcoFA a donné son feu vert pour cofinancer la rénovation de la seconde chapelle de la serre du site de Cestas.
> Le 9 janvier 2020, le colloque final du LABEX COTE a permis de restituer l'ensemble des actions et projets portés depuis sa création. Ce labex aura permis à des communautés scientifiques couvrant une grande variété de disciplines dans le domaine des sciences de l’environnement (chimie, physique, biologie, sciences humaines et sociales...) et à des acteurs du territoire de mettre en place des projets et actions pour élaborer des outils permettant de comprendre et prédire l'évolution des écosystèmes mais aussi de développer des méthodes de gestion adaptative et de gouvernance pour assurer leur durabilité. L'UMR y a fortement contribué.
Dans le cadre du lancement en 2019 des grands programmes de recherche (GPR) de l'Université de Bordeaux, une nouvelle dynamique a été engagée afin de consolider les interdisciplinarités mises en place au sein du Labex COTE et de renforcer la composante SHS. Le nouveau GPR "Tackling Global Environmental Change" permettra de poursuivre ces recherches en étudiant les moteurs des changements globaux, la variabilité de réponse des socio-écosystèmes étudiés et la diversité dans la prise de décision sociétale.

> Katha, Santi, Antoine, Laurent, Annie, Marta, Alexandre, Natalia, Isabelle. fin janvier en Avignon pour  la conférence GENTREE "Genetics to the rescue: Managing forests sustainably in a changing world".

© I Lesur

> Mise en place de 2 badges mutualisés pour les Pierrotonnais afin d'accéder au parking du B2 à l'Université. Ces badges sont gérés au secrétariat par Véronique. N'oubliez pas de les lui rapporter après utilisation.

> Arndt se rendra au workshop international ‘The buffering capacity of forests in a warming world’ à Stockholm du 25 au 27 février. Il présentera ses recherches sur les micro-refuges climatiques.

> Myriam  a participé en tant que formatrice à l'École thématique ‘Genomic tools for conservation: a practitioner’s guide’ à La Valletta (Malte) du 20 au 22 janvier 2020. Cette École organisée par l'action COST G-BIKE - Genomic Knowledge for Resilient Ecosystems - a permis à des gestionnaires d'espaces naturels et à des étudiants en génétique ou génomique des populations de se rencontrer et de travailler sur leurs problématiques de conservation, accompagnés des formateurs G-BIKE.
 
> Eclaircie et élagage mi-janvier 2020 de la parcelle Bourran 3 où sont installés des familles de plein-frères inter-spécifiques  chêne pédonculé x sessile et intra sessile, bouturées en 2007-2008 et plantées en 2009-2011. Plusieurs études (phénologie, tolérance à la sécheresse, herbivorie) ont utilisée ce matériel. Une rondelle a été récoltée pour chaque arbre coupé. Activité suivie par Benjamin Dencausse.



© C Bodénès

> Armée jusqu'aux dents cette équipe de choc (Bordeaux-Nancy) en quête de rameaux de chênes sessiles pour le projet ANR Epitree.  21 janvier - Sillégny

 

 
© C Plomion
> Dans Le Parisien du 22 janvier...Un quart de la forêt de Montmorency coupé à cause d’un champignon tueur d’arbres ! C'est des recherches menées par INRAE BIOGECO (thèse de Marylise) en partenariat avec l'ONF (Michel Beal) dont il s'agit.

> Les microsatellites de chênes ont permis de résoudre une enquête criminelle en Allemagne
En 2017, nous avions été sollicités par le bureau de la police scientifique allemande pour fournir des marqueurs génétiques permettant de résoudre une  enquête criminelle. Un corps avait été trouvé dans un sac lesté au fond d’un lac.  Ce sac comprenait également quelques feuilles de chênes. L’analyse génétique des feuilles a permis de retrouver l’endroit où le crime avait été commis. D’autres éléments de l’enquête suggéraient en effet que le crime pouvait avoir été commis à  proximité de chênes. La comparaison des empreintes génétiques microsatellites des arbres  suspectés et des feuilles trouvés sur le corps a permis d’identifier le lieu du crime. Cet indice a finalement contribué à la résolution de l’enquête. Le procès vient d’avoir lieu en décembre et l’auteur du crime a été condamné à la prison à vie. Nous avons reçu un message de remerciements du bureau de la police criminelle pour avoir fourni les marqueurs microsatellites utilisés pour l’enquête.
L’affaire concernait une vengeance familiale dans la communauté albanaise en Allemagne, qui a perduré sur plusieurs décennies. Pour plus d’information (c’est en allemand):
https://www.sueddeutsche.de/panorama/ulm-mord-blutrache-albaner-19-jaehriger-1.4394568
https://www.welt.de/vermischtes/article175408703/Blutrache-am-Anglersee-Ermordet-fuer-eine-Tat-die-sein-Onkel-vor-17-Jahren-beging.html
Antoine et Catherine
  Retrouvez ici toute l'actualité de la PGTB

Projets
 
Au programme de ce mois de février :
  • Du génotypage par séquençage de marqueurs microsatellites sur plusieurs espèces d’écrevisses et de poissons (collaboration Julien Cucherousset du Laboratoire Evolution & Diversité Biologique au CNRS de Toulouse).
  • Le début du génotypage MassARRAY sur les hêtres tortueux de Verzy (collaboration Christophe Plomion & Ludovic Duvaux).
  • Du génotypage MassARRAY sur le nématode blanc de la pomme de terre (collaboration Eric Grenier de l’UMR IGEPP à Rennes).
  • Toujours sur la pomme de terre, du metabarcoding pour étudier les communes bactériennes et fongiques (collaboration Eléonore Attard de l’Université de Pau).
  • De la ddPCR pour étudier la bactérie Coxiella burnetii pathogène des élevages ovins et caprins (collaboration Elsa Jourdain de l’UMR EPIA à Clermont-Ferrand).
Qualité, hygiène et sécurité
 
La PGTB a passé avec succès son audit externe de surveillance le 14 janvier dans le cadre de la certification ISO 9001|NFX 50-900.
 
Recrutement
 
La PGTB va recruter au 1er avril un(e) technicien(ne) pour prendre en charge les activités de séquençage ciblé (metabarcoding et SSR-Seq). Tous les détails ici.
 

PCM INFORMATIQUE

1) Mise en place d'une photothèque
Suite à des nombreuses récurrentes au sein de l'unité concernant les besoins de stockage de photos, le PCM a mis à disposition une photothèque accessible depuis votre espace NAS 147.100.113.73 ou directement à l'adresse suivante: https://147.100.113.73/photo/#!Albums
Pour créer un nouvel album/projet et déposer des photos:
  • se connecter avec son LDAP
  • créer un dossier par projet: cliquer sur le bouton "add" (en haut à gauche) --> "create album"
  • éventuellement créer des sous-dossiers
  • téléverser vos photos: "Add" --> "Upload files"
  • Contacter le PCM pour pouvoir gérer votre répertoire et ajouter des "tags" pour la classification, supprimer des photos et rendre public votre répertoire une fois terminé
Si vous avez un lot important de photos existantes, il est possible de créer en masse directement sur le NAS. Dans ce cas, contacter directement le PCM pour vous aider.
Pour télécharger un dossier, cocher la case qui apparaît lorsque l'on passe la souris sur l'aperçu puis cliquer sur "download".

Nous espérons que ce développement sera utile.
 
2) lPGD : Plan de gestion de Données
La mise en place du PGD de structure pour l'UMR se poursuit. François réalise actuellement le tour des différentes équipes et PCM pour le présenter.
Pour rappel, voici ci-dessous tous les liens permettant d'accéder aux ressources disponibles : Le but est :
  • de faire un retour à François et Philou sur le contenu des documents / applications qui vous ont été présentés (d'ici la fin du mois de Février)
  • pour toutes celles et ceux ayant des jeux de données disponibles, de tester l'interface web de saisie de métadonnées pour un jeu de données (la documentation est complète, à part le lien concernant la procédure de connexion à l'espace de stockage)
Merci d'avance à tous pour votre participation et vos retours !
PS : pour accéder à ces liens de votre domicile ou en déplacement, l'utilisation du VPN est requise.
 
3) Informations diverses
Le PCM est en train de réfléchir au meilleur déploiement de pathway studio au sein de l'unité.
Une réflexion est également en cours (cf. email de Fred Raspail) sur l'automatisation de certains traitements d'image et sur l'utilisation d'ImageJ à Biogeco. Vos réflexions nous intéressent.
"
"Du fait du faible nombre de personnes de notre unité qui assistent aux séminaires du vendredi (seules 10-15 personnes sur un ensemble de 110 personnes ont assisté aux derniers séminaires à Cestas ou Pessac...quelle image pour les invités extérieurs!), le groupe d'animation s'interroge sur le fait de maintenir les animations sous cette forme. Afin de proposer d’éventuelles alternatives, le groupe animation va prochainement envoyer un questionnaire à l'ensemble de l'unité pour identifier d'une part les raisons qui expliquent ce désintérêt qui se traduit par une faible participation à ces séminaires et d'autre part d'autres formes d'animation qui pourraient être plus attractives pour le personnel".

Nous attendons des équipes et PCM une mobilisation pour préparer des présentations thématiques didactiques (cf GEMFOR et OEL en 2019) pour cette nouvelle année.

Nous attendons du personnel de BIOGECO qu'il se mobilise individuellement...pourquoi ne proposez-vous pas des présentations que vous faites ailleurs ?

En espérant que nous soyez plus nombreux pour les deux prochains vendredis, voici le thème des présentations.

07/02: JC Leplé (Airial) 

"Pathway Studio-Plant, un outil pour l'inférence de réseau de connaissance biologique chez les plantes" . exposé en français et diapos en anglais

 Résumé: Pathway Studio-Plant est à la fois un logiciel et une base de donnée de connaissance biologique permettant d'analyser et de visualiser des mécanismes moléculaires, des voies métaboliques et de signalisation, des données de transcriptomique, de protéomique et de métabolomique mais également tout ensemble de gènes identifiés au travers d’autres approches (marque de sélection, GWAS, QTLs etc…). Il s'agit d'une ressource assez exhaustive de données facilement consultables provenant d'articles publiés décrivant les interactions entre les molécules, les gènes, les processus cellulaires. La base de donnée compte actuellement plus de 500 000 relations et 140 000 protéines, extraites de plus de 100 000 textes intégraux et 270 000 résumés. Après une évocation rapide de l’historique de la création de cet outil je vous présenterai l’outil de manière interactive (via un accès web).


14/02: Mathieu Laparie (Airial), invité
INRAE, Unité de Recherche de Zoologie Forestière (URZF), Centre Val de Loire, site d’Orléans. 

"De l'importance de l'hétérogénéité phénotypique dans les invasions biologiques : filtres écologiques et sélection à travers les étapes du processus ". exposé en français et diapos en anglais
 
Résumé : La prise en compte des forces évolutives en jeu à un front d'expansion a été une avancée majeure en Biologie des invasions. En effet, des pressions sélectives sont susceptibles d'intervenir différentiellement sur les traits d'histoire de vie tels que la tolérance thermique ou la phénologie au sein des populations selon qu'elles sont proches ou non des limites de leur aire de distribution. Les phénotypes en coexistence ont un impact essentiel sur les dynamiques éco-évolutives lors de changements distributionnels parce que les individus pionniers sont rarement un sous-échantillon aléatoire des populations. Au contraire, ils rencontrent plus probablement un meilleur succès dans les zones néo-colonisées parce qu'ils combinent des traits qui augmentent leur chances (1) d'atteindre ces zones, (2) de tolérer ou contourner les conditions limites, et/ou (3) d'assurer une fitness non-nulle au-delà de l'aire historique. En raison de ces filtres sélectifs qui s'appliquent au front d'expansion, mais de la même manière aux étapes précédentes du processus d'invasion, on s'attend donc à ce que les traits de vie soient structurés dans le temps et l'espace le long des gradients d'expansion ou d'invasion. La compréhension du succès invasif passe ainsi par la prise en compte de l'hétérogénéité phénotypique qui conditionne la capacité à franchir chaque étape du processus. L'hétérogénéité inter- et intra-population reste pourtant difficile à appréhender et a jusqu'à présent été négligée dans la plupart des approches prédictives, ce qui contribue à la difficulté à anticiper l'accélération des invasions souvent observée. À travers des exemples chez les insectes, j'illustrerai certains de ces aspects souvent connus mais dont l'importance est largement sous-estimée, et comment les étapes du processus d'invasion peuvent elles-mêmes trier les phénotypes de manière non-aléatoire, favorisant des performances qui contrastent avec celle de populations natives moyennes.


21/02
9h30-12h30 créneau réservé à l'airial pour des échanges entre pilotes des 4 DRP et l'unité
 
-------------------
 
à noter dans votre agenda dès maintenant pour le mois d'avril

Mardi 7 avril , à Pessac, dans la salle des séminaires du rez-de-chaussée du bâtiment B2, entre 14 et 18 heure. Une demi-journée d'étude intitulée : « L'environnement sculpte-t-il le gène ? Regards historiques ». Organisée par Sophie Gerber (Umr Biogeco) et Pascal Duris (laboratoire SPH).

Intervenant·e·s et titres :
* Antonine Nicoglu (enseignante-chercheuse en philosophie, faculté de médecine de l'Université de Tours)
 « L’épigénétique Waddingtonienne ou les rencontres imagées du développement et de la génétique »

* Gaëlle Pontaroti (professeure certifiée de philosophie, Paris)
 « Hérédité étendue : quels rôles pour l'environnement ? »

* Victor Petit (enseignant-chercheur à l’Université de Technologie de Troyes)
 « Le milieu est-il l’environnement ? Perspectives philosophiques et historiques. »

* Jérôme Pierrel (enseignant-chercheur en épistémologie et histoire des sciences, Université de Bordeaux)
 « Quels gènes pour la génétique soviétique ? »

---------------------

>Le projet "TREEMUTATION - Mutation in the tropical tree canopy" a été retenu pour financement en tant que projet stratégique du labex CEBA pour 2020 - 2022. Le projet est piloté par Myriam Heuertz (Biogeco) et Niklas Tysklind (UMR Ecofog, Kourou) et compte sur la participation de plusieurs agents Biogeco et de la PGTB, de l'UMR Amap de Montpellier, de l'UMR EDB de Toulouse et de l'Université de Vienne. Les objectifs principaux sont de séquencer trois génomes de référence d'arbres tropicaux des forêts de Guyane et de tester les effets de l'exposition au gradient de lumière UV de la canopée sur l'accumulation de mutations dans les tissus végétaux.

>Démarrage du projet ExotTrees, dans le cadre du programme bilatéral  PHC Amadeus, avec Marcela van Loo (Université de Vienne, Autriche). Pendant 2 ans (2012-22), ce programme d'échange permettra de développer les collaborations avec BIOGECO (Annabel et al.) sur le thème de la diversité des arbres exotiques en Europe.
> Les fiches d'expositions aux risques professionnels n’ont pas toutes été envoyées à l’équipe Prévention. Les retardataires peuvent encore le faire en l’envoyant à l’adresse prevention-biogeco@inrae.fr.
 
> des nouvelles de Morgane URLI
Voici quelques lignes sur mon parcours depuis ma thèse au sein de l'UMR BIOGECO.
 
J'ai soutenu mon doctorat à Biogeco en février 2013. Depuis, j'ai enchaîné plusieurs post-doctorats au Québec dont un à l'Université de Sherbrooke sur les capacités de migration de l'érable à sucre de juillet 2013 à juin 2015.  De juillet 2015 à avril 2018, j'ai effectué plusieurs post-doctorats au sein de la Direction de la recherche forestière (DRF) du Ministère des Forêts, de la Faune et des Parcs (MFFP) avec Nelson Thiffault qui m'ont permis d'appréhender la sylviculture au Québec. Actuellement, je coordonne un projet de recherche sur les réponses physiologiques des semis d’essences forestières à l’augmentation anticipée de la sécheresse dans un climat futur au Québec en tant que professionnelle de recherche à l’Université Laval dans le laboratoire d’Alison Munson en collaboration avec Catherine Périé (DRF, MFFP) et Nelson Thiffault (Ressources Naturelles Canada). Ce projet me permet de renouer avec mes domaines de prédilection que sont l'écophysiologie et la biogéographie tout en y intégrant des problématiques issues de la sylviculture.

 
Ipekdal K., Burban C., Sauné L., Battisti A., Kerdelhué C. (2020) From refugia to contact: Pine processionary moth hybrid zone in a complex biogeographic setting. Ecology and Evolution,
Suite à sa venue sur Pierroton il y a qq années dans le cadre de sa thèse, Kahraman Ipekdal, en poste à l'Université de Kırşehir (Turquie), a continué de collaborer avec l'Université de Padoue, le CBGP et Biogeco pour étudier l'histoire évolutive des processionnaires du pin Thaumaetopoea pityocampa et T. wilkinsoni.

S Wagner, C Plomion, L Orlando. Uncovering signatures of DNA methylation in ancient plant remains from patterns of post-mortem DNA damage. Frontiers in Ecology and Evolution.
Stéphanie a utilisé l'ADN ancien de trois espèces de plante (dont le chêne) et montré qu'on pouvait y retrouver des traces de méthylation de l'ADN, ce qui ouvre un champ d'investigation sur le processus de plasticité dans le passé.

Garate Escamilla H, Brelsford GC, Hampe A, Robson TM, Benito Garzon M
(2020) Greater capacity to exploit warming temperatures in northern populations of European beech is partly driven by delayed leaf senescence. Agricultural and Forest Meteorology, in press.
Il s'agit du second artice de la thèse d'Homero.
 
Cheikh Albassatneh M, Escudero M, Ponger L, Monnet AC, Arroyo J, Nikolic T, Baccheta G, Bagnoli F, Dimopoulos P, Leriche A, Médail F, Roig A, Spanu I, Vendramin GG, Hampe A, Fady B (2020) A comprehensive, genus-level time-calibrated phylogeny of the tree flora of Mediterranean Europe and an assessment of its vulnerability. Botany Letters
Résultat d'un projet collaboratif (WOODIV) mené au CESA .

Schermer, É., Bel‐Venner, M. C., Gaillard, J. M., Dray, S., Boulanger, V., Le Roncé, I., Delzon S. & Venner, S. (2020). Flower phenology as a disruptor of the fruiting dynamics in temperate oak species. New Phytologist, 225(3), 1181-1192.
3eme article de la thèse d'Eliane qui est maintenant partie en post-doc au WSL de Zurich ou elle va continuer à travailler sur le masting des arbres via une approche de modélisation.
 
Corso, D., Delzon, S., Lamarque, L. J., Cochard, H., Torres‐Ruiz, J. M., King, A., & Brodribb, T. (2020). Neither xylem collapse, cavitation or changing leaf conductance drive stomatal closure in wheat. Plant, Cell & Environment.
1er article de la thèse de Déborah qui travaille sur la résistance à la sécheresse du blé entre la Tasmanie et BIOGECO. 
 
J Kattge, G Bönisch, S Díaz, S Lavorel et al. 2020. TRY plant trait database–enhanced coverage and open access. Global Change Biology, 26:119–188. 
729 auteurs dont Bastien Castagneyrol, Hervé Jactel, Myriam Heuertz et Sylvain Schmitt de Biogeco.   
TRY est un réseau de scientifiques de la végétation dirigé par Future Earth et l'Institut Max Planck de Biogéochimie en Allemagne qui maintient la base de données mondiale TRY de traits morphologiques, anatomiques, biochimiques, physiologiques ou phénologiques de plantes. Ces traits sont primordiaux pour comprendre et prédire l'adaptation des écosystèmes face à la perte de biodiversité et du changement global. L'article de Kattge et collaborateurs analyse la répartition des données dans les versions TRY 1-5, qui comprennent 387 jeux de données avec 11.8 millions de mesures de traits. Actuellement la version 6 de la base de données est en préparation. La plupart des auteurs de cet article sont des contributeurs de données. Biogeco a contribué des données du dispositif Orphée et de traits foliaires d'arbres tropicaux de Paracou (Guyane). 
 
Thibaut Fréjaville, Natalia Vizcaíno‐Palomar, Bruno Fady, Antoine Kremer, Marta Benito Garzón (2020)  Range margin populations show high climate adaptation lags in European trees Global Change Biology.

Juliette Archambeau, Paloma Ruiz-Benito, Sophia Ratcliffe, Thibaut Fréjaville, Alexandre Changenet, Jose M.Muñoz Castañeda, Aleksi Lehtonen, Jonas Dahlgrenh, Miguel A. Zavala, Marta Benito Garzón (2020) Similar patterns of background mortality across Europe are mostly driven by drought in European beech and a combination of drought and competition in Scots pine. Agricultural and Forest Meterology 
 
Paloma Ruiz-Benito, Giorgio Vacchiano, Emily R Lines, Christopher PO Reyer, Sophia Ratcliffe, Xavier Morin, Florian Hartig, Annikki Mäkelä, Rasoul Yousefpour, Jimena E Chaves, Alicia Palacios-Orueta, Marta Benito Garzón, Cesar Morales-Molino, J Julio Camarero, Alistair S Jump, Jens Kattge, Aleksi Lehtonen, Andreas Ibrom, Harry JF Owen, Miguel A Zavala (2020) Available and missing data to model impact of climate change on European forests. Ecological Modelling

Aguayo J, Fourrier-Jeandel C, Capdevielle X, Vétillard F., Piou D., Iturritxa E., Robin C. Assessment of molecular detection of Fusarium circinatum in insects and passive spore traps in Pinus radiata plantations. For Path. 2020;00:e12574.
Fruit d’une collaboration avec l’ANSES de Nancy (J. Aguyao), l’institut Neicker (E. Iturritxa) et d’une mise en commun de compétences en pathologie forestières et entomologiques, cette étude (projet Resipath) nous permet de mieux évaluer la menace du “pitch canker” (maladie causée par F. circinatum présent en Pays basque espagnol) pour les  plantations de pins.
Les deux Grands programmes de Recherche de l'Université de Bordeaux, dans lesquels l'unité est fortement impliquée "Tackling" et "BPS" ont été retenu en fin d'année par l'Idex de Bordeaux. Ces deux projets (d'un ensemble de 16 retenus) seront soumis début avril 2020. Tous ne seront pas retenus par le jury international suite à l'audition orale qui aura lieu cet automne. Pour les lauréats, les projets débuteront au premier trimestre 2021.
INRAE

Vous trouverez ici le lien sur la charte d’identité visuelle d'INRAE (charte graphique avec logos, modèle de documents word, ppt,  signature électronique, etc.) :
 
INRAE vient de se voir accorder par l’AFNOR (l’Association française de normalisation) la double labellisation Diversité et Égalité professionnelle.  Tout sur le label Alliance ici.

INRAE 2030: La consultation, lancée en décembre 2019, se poursuit jusquà la mi-février 2020: ici

UB

Journée du Département des Sciences de l’Environnement de l'UB : 7 mai 2020 Agora du Haut Carré (Bât C4, Campus de Talence). Cette journée a pour but de permettre aux membres de la communauté de se rencontrer et de mieux se connaître.
> Marc-André Selosse, spécialiste du microbiote aux multiples activités de recherche en France et à l'international vient nous parler du monde incroyable et mystérieux des microorganismes à l'échelle des animaux, des plantes et des civilisations.  Plus d'infos ici . La conférence se déroulera le 6 février à partir de 12h30 dans l’amphithéâtre GABA du bâtiment B5 situé sur le  campus de Talence - arrêt de tram François Bordes. Possibilité de manger sur place avec le buffet.

> Orléans 9-13 mars 2020 : International Symposium IUFRO on Pine Wilt Disease ici. L'UMR sera représentée par Hervé.
Sur cette problématique du nématode voir deux articles récents questionnant la régulation européenne en terme de coupe rase autour des foyers détectés:

Modeling the distances traveled by flying insects based on the combination of flight mill and mark release-recapture experiments

Effectiveness of clear-cuttings in non-fragmented pine forests in relation to EU regulations for the eradication of the pine wood nematode


>ISPA vous invite
Installée au cours de l’hiver 2012-2013 pour tester et étudier le fonctionnement de 8 itinéraires sylvicoles innovants, la plateforme expérimentale XYLOSYLVE (http://sylve.xyloforest.org/ )  a maintenant 7 ans. Nous vous convions à une demi-journée de présentations et visite le jeudi 20 février de 9h30 à 13h, à l’INRAE de Pierroton. Merci de signaler à Pierre Trichet votre présence.

> 4 Février à 14h 
Séminaire de Bioinformatique et Biologie Computationnelle sur la thématique de l'annotation de génomes microbiens.
 
Orateur : Alexandra Calteau (LABGeM CEA / Institut de Biologie François Jacob / Genoscope)
 
TITRE : MicroScope: an integrated platform for the annotation and exploration of microbial gene functions through genomic, pangenomic and metabolic comparative analysis
 
Lieu :  Salle de Conférences du Centre de Génomique Fonctionnelle
 
Résumé : Large-scale genome sequencing and the increasingly massive use of high-throughput approaches produce a vast amount of new information that completely transforms our understanding of thousands of microbial species. However, despite the development of powerful bioinformatics approaches, full interpretation of the content of these genomes remains a difficult task. Launched in 2005, the MicroScope platform (https://www.genoscope.cns.fr/agc/microscope) has been under continuous development and provides analysis for prokaryotic genome projects together with metabolic network reconstruction and post-genomic experiments allowing users to improve the understanding of gene functions. Recently new tools and pipeline have been developed to perform comparative analyses on hundreds of genomes based on pangenome graphs.
To date, MicroScope contains data for >12 300 microbial genomes, part of which are manually curated and maintained by microbiologists (>4700 personal accounts in January 2020). The platform enables collaborative work in a rich comparative genomic context and improves community-based curation efforts.
L’AG de la section locale ADAS-Pierroton aura lieu vendredi 7 février à l’Airial 13h-14h. Vous êtes tous les bienvenus à cette AG, l’ordre du jour sera le suivant:
  • présentation générale de l’ADAS (activités / subventions)
  • bilans moral et financier de l’année en cours (qui doivent être validés par un vote)
  • bilan des activités proposées à Pierroton en 2019 (tour de table des responsables d’activités)
  • organisation de la coupe pétanque à Mimizan en juin 2020
  • préparation du budget 2020 (nous devons envoyer notre demande de budget au national avant le 14 février) : toute proposition (nouvelle activité / événement sur Pierroton) est la bienvenue
  • élection du CA de Pierroton : toutes les bonnes volontés sont les bienvenues pour que notre section soit dynamique !
Autres infos :
  • N’oubliez de cotiser (10€) pour 2020 (si possible par le lien qui vous a été envoyé). Pour les premières inscriptions, merci de contacter François Ehrenmann.
  • L’adas est ouverte à tous les agents travaillant sur le site (permanent/non permanent, inra / non inra). Pour plus d’infos, aller voir le passeport de l’adassien disponible sur le site
Twitter Biogeco Twitter Biogeco
Internet Biogeco Internet Biogeco