Lettre de BIOGECO                      N° 107 Eté 2020
Edito

Bonjour à tous,


Après ce dernier mois passé marqué par le déconfinement et la reprise progressive de tout le personnel sur nos deux sites, nous allons entamer la période de la trêve estivale. Cette période va correspondre à un retour à un fonctionnement normal, avec des possibilités de deux jours de télétravail, tout en maintenant les gestes barrières. Si vous avez une moindre question à ce sujet n'oubliez pas de consulter le guide du déconfiné de BIOGECO ou de consulter les collègues de la cellule prévention et ceux qui continuent à mettre tout en œuvre pour nous assurer de bonnes conditions de travail. Un grand merci à eux tous, ils se reconnaitront!

Merci également à toutes et à tous pour vos contributions au rapport HCERES. Vendredi 3 juillet, une animation scientifique est consacrée à la présentation des thèmes du projet d’unité.
Et ne manquez pas l'HDR de Bastien à l'amphi de la Grande Ferrade le 30 juin.

Enfin, on se réjouit à BIOGECO du succès de deux anciennes collègues à des concours CRCN INRAE et on espère pouvoir ainsi continuer à travailler avec elles.

Bon et bel été à tous!

Cécile
Sommaire
 

La photo du mois : (© Alexis Ducousso) Vous pouvez apercevoir au fond le bourg du village de Pujols sur Ciron. Devant c’est la prairie du château Lassalle, le Ciron a repris son ancien lit datant du moyen-âge. A partir des repères posés et de Géoportail, la largeur du Ciron était de 292 m pour vous donner un idée la Garonne en temps normal mesure 170 m à l’embouchure du Ciron et 320 m à Bordeaux.
Voici le calendrier des instances et assemblées de site pour le second semestre :

Sept.
  • 14-09 : Assemblée de site Pessac - 10h - Salle des Séminaires
  • 21-09 : CU - 9h30 - Airial
  • 28-09 : CODIR - 13h30 - B5
Oct.
  • 13 : visite des tutelles (INRAE et UB) : interaction avec le personnel et la Direction le matin et AG l'après-midi.
Nov.
  • 30-11 : Assemblée de site Pessac - 10h - Salle des séminaires (B2)
Déc.
  • 1 : visite du CHSCT à la demande de la Direction.
  • 7-12 : CODIR - 13h30 - B5
  • 14-12 : CU 9h30 - Airial 
  • Assemblée de site Cestas - 13h30 - Airial

Arrivées :
Pierre Vallès effectue son stage de Master 1 BEE de Bordeaux avec Emmanuel Corcket et Ludovic Lacombe dans l'équipe Ecogere depuis début mai. Avec le déconfinement, son stage a pu être converti en présentiel jusqu'au 23 juillet. Il travaille dans le cadre du réseau ReSCan (réseau sol-canopée) mis en place lors la thèse Ludovic, et notamment sur les paramètres mésoclimatique et d'interception lumineuse en relation avec la dynamique de régénération du hêtre dans quatre régions biogéographiques françaises.

Wesley Trebier, étudiant en Master 1 Biodiversité Ecologie et Evolution, effectue un stage de deux mois depuis le 1er Juin au sein de l'équipe Gemfor. Il travaille sur la caractérisation in vitro des effets de la température sur la croissance de la Chalarose du frêne avec Jean-Paul Soularue, Cécile Robin et Gilles Saint Jean.

Départs :
Julien Bonnier et Tanguy Menthonnex ont effectué leur stage de licence 3 (Université de Bordeaux) de mi-mai au 26 juin sur la pollinisation du châtaignier, avec Eva, Clément et Rémy. Merci à eux pour leur aide précieuse pour le travail de terrain et de labo dans des conditions particulières (reprise progressive d'activités), nous leur souhaitons bonne chance pour la suite en Master.
 
> Pour les CDD et leurs encadrant.e.s
Les entretiens professionnels d’activité sont  dématérialisés avec un processus géré dans l’application PeopleSoft RH.  Depuis mi-juin les délégations ont été données à vos encadrants. Cet entretien est obligatoire pour les contrats d'une durée minimale d'un an.

> Un grand merci à toutes et à tous pour vos contributions et retours qualitatifs sur le bilan et le projet du rapport HCERES. C'est très utile de disposer d'un tel document pour construire l'avenir de notre unité !

> La badgeuse reprend du service. Tout le personnel concerné par les horaires variables doit reprendre ce mode de comptabilisation du temps de travail à compter du 6 juillet.

> La nouvelle plaquette de présentation de l'unité est en ligne sur notre site web
> Aménagement du site de Pierroton:
Deux nouvelles tables en bois ont été installées à proximité du bâtiment "Observatoire", elles faciliteront la prise du déjeuner et les discussions au grand air ! Merci à Xavier et Frédo.

> Aménagement du site de pessac
Le système de audio/visio-conférence de la salle biogecause (bâtiment B2, 1er étage) est maintenant disponible. Merci à Régis et Alice.
 
Les principaux systèmes (polycom, Renater, skype entreprise et skype classique...) sont installés. Si vous souhaitez installer un autre logiciel, n'hésitez pas à le demander à Régis .
 
Il est bien entendu possible d'utiliser les applications via le web (jitsi, zoom ,... ) Pour ceux qui ont un accès sur l'ENT de l'université, n'hésitez pas à tester l'application Blue Button qui est très chouette et fonctionne bien!
Elle propose plusieurs fonctionnalités intéressantes : note partagées, enregistrement de la séance / présentation,  outils de dessins (whiteboard) partagés, et les classiques chat et  partage d'écran.
 
Il est accessible ici : https://webconf.u-bordeaux.fr/b/
Un tutoriel si besoin : http://www.bigbluebutton.org/html5

Céline a fait la formation initiale en grimper arboricole avec Rémi Dourthe et Joan Hochet, deux techniciens de l’unité expérimentale Forêt Pierroton la semaine du 08 juin au 12 juin 2020. Le formateur Norbert Turion (technicien à l’INRAE d’Avignon) nous a donc initié aux techniques de grimper, les déplacements dans l’arbre ainsi que quelques secours. Malgré la situation sanitaire, Norbert a pu établir un protocole Covid qui a permis d’appliquer les gestes barrières et ainsi suivre la formation en toute sérénité.
Les conditions de la formation était idéale puisque nous n'étions que quatre personnes au total ce qui favorise les échanges au sein du groupe et l’entraide. J’ai vraiment beaucoup apprécié cette formation avec un formateur au top malgré une météo plutôt capricieuse cette semaine-là.
J’espère pouvoir mettre en pratique tous ce que j’ai appris dans les prochains mois  pour pouvoir aller échantillonner dans les arbres !!

UN DECONFINEMENT BIEN ARROSE DANS LA VALLE DU CIRON
Alexis Ducousso, Marion Walbott, Jennifer Dudit et Yannick Mellerin
 
La vallée du Ciron a connu un épisode de météo hors norme le soir du 8 mai avec une pluie record entrainant une crue exceptionnelle. En 1928, le calme Ciron a connu une crue hivernale qui a marqué l’esprit de nos anciens. A Villandraut, le niveau de l’eau était proche de ce triste record, à Pujols sur Ciron il a été dépassé de plus de 50 cm. Heureusement, nous ne déplorons pas de victimes physiques par contre, les dégâts psychologiques sont importants en particulier chez les personnes âgées. Les dégâts matériels et écologiques sont extrêmement importants. Les plus médiatiques viennent des piscicultures avec la libération de plusieurs centaines de tonnes de truites et de 7000 esturgeons du Danube et de Sibérie. Ces espèces peuvent s’hybrider avec l’esturgeon de l’Atlantique dont la dernière population réside dans la Garonne. Cette crue a dispersé de manière extrêmement efficace les écrevisses américaines dans toutes les zones humides. De nombreuses pollutions sont à déplorer : contenus de cuves de fuel, dispersion massive de plastique, bidons de produits toxiques parti au fil de l’eau, stations d’épuration saturées ou inondées,… La végétation est adaptée aux crues hivernales pas à une crue aussi longue en période de développement. Nos dispositifs expérimentaux ont été touchés : végétation impossible à inventorier, pièges à coléoptères perdus, stations météos submergées, etc …. Probablement un tiers sont passés sous l’eau entrainant à minima une perte de données. Il faut attendre leur analyse pour connaître les pertes.
Cette crue adresse de nombreuses questions à la recherche en terme de compréhension de son mécanisme, de décrire les dégâts, de trouver des solutions pour les prévenir ou les atténuer et aussi aux sciences humaines.


Rue principale du bourg de Pujols sur Ciron. La photo est prise le matin du 11 mai avant le niveau maximal de la crue, l’eau est montée encore d’un mètre. La borne électrique est celle de la pompe de relevage de la station d’épuration du village source d’une des pollutions massives.
 
>Planet Vie, une ressource en science de la vie pour les enseignants

> Trois citations de longueurs inégales, à méditer pour l'été.  Sophie.

Souvenez-vous de la déclaration - qui avait ému le monde de la recherche et généré de nombreuses tribunes - du président du CNRS, Antoine Petit, le 26 novembre 2019, qui résumait ainsi l’idéologie sous-tendant la future loi de programmation de la recherche : « Il faut une loi ambitieuse, inégalitaire – oui, inégalitaire, une loi vertueuse et darwinienne, qui encourage les scientifiques, équipes, laboratoires, établissements les plus performants à l’échelle internationale, une loi qui mobilise les énergies. » Darwin n'ayant jamais appliqué ses idées à l'humain, c'est Herbert Spencer qu'il faut invoquer.
Je vous propose de bref extrait d'un livre qui, je l'espère, éclaire ce propos.
Joëlle Zask, Introduction à John Dewey. Paris, La Découverte, 2015.
Dans la mesure où Spencer est l'auteur à qui sont dus le concept idéologique de survie des plus aptes et la transposition du concept d'évolution des espèces de Darwin à des questions de politique sociale, marquer la différence entre sa pensée et celle de Darwin est important.
La véritable évolution doit par définition abolir toute limite fixe, tout commencement, origine, force, loi, but. S'il y a évolution alors tout cela évolue aussi. Tout cela doit être défini dans les termes d’un processus.
Dans l’histoire des conceptions cosmologiques on peut ainsi distinguer le monde immobile, le monde mouvant entre des limites immobiles - qui est celui de Spencer, et le monde mouvant créé par Darwin*.
*Darwin avait faite sienne cette remarque à propos de Spencer : "tout en huile et sans os... une pompe à penser"
 
Napoléon Ier aurait demandé à Pierre-Simon de Laplace (mathématicien, astronome, physicien, 1749-1827) pourquoi son traité de cosmologie "Mécanique celeste" ne mentionnait pas Dieu. Il aurait répondu « Sire, je n'ai pas besoin de cette hypothèse ».
Il aurait expliqué plus tard que Dieu étant une hypothèse qui explique tout mais ne prédit rien, elle n'est donc pas utilisable dans le cadre de la science.
 
Une phrase citée dans John Dewey, Arthur Bentley Fisher, 1949. Knowing and the Known. Beacon Press.
Theodosius Dobzhansky and Montague Francis Ashley-Montagu, 1947, Science, p. 588.
« It is well known that heredity determines in its possessor not the presence or absence of certain traits, but, rather, the responses of the organism to its environments. The responses may be more or less rigidly fixed, so that approximately the same traits develop in all environments in which life is possible. On the other hand, the responses may differ in different environments. Fixity or plasticity of a trait is, therefore, genetically controlled. »
 
  Retrouvez ici toute l'actualité de la PGTB

Projets
 
Quelques exemples de projets au programme de cet été :
  • Du génotypage MassARRAY dans le cadre du projet POLLENSUP (Evaluation du taux de pollution pollinique d’une parcelle conservatoire de pin maritime après apports supplémentaires en masse de pollens sélectionnés), en collaboration avec le FCBA (Sandrine Canlet-Debille).
  • Du génotypage de microsatellites par séquençage pour étudier la diversité génétique des algues sargasses, en collaboration avec Didier Aurelle et Frédérique Viard, de la Station Biologique de Roscoff.
  • Du metabarcoding sur la truite arc-en-ciel afin d’étudier l’impact sur le microbiote d’une nourriture 100% végétale avec ou sans prébiotique. Ce projet se fait en collaboration avec Karine Ricaud de l’Université de Pau (UMR NuMéA).
  • Du séquençage Oxford Nanopore pour décrypter le génome de la Jussie, plante aquatique invasive, en collaboration avec Dominique Barloy de l’UMR Ecologie et Santé des Ecosystèmes à Rennes.
  • Des optimisations sur nos protocoles (SSR-Seq, metabarcoding, …) afin de réduire les coûts et le temps de manips, sans altérer la qualité des données produites.
 
Equipements
 
L’automate de pipetage VIAFLO 384 est opérationnel depuis mi-juin. La tête de pipetage 96 puits permet le transfert rapide de petits volumes (0.5-12.5µL) de plaque 96 à 96, de plaque 96 à 384 et de plaque 384 à 384. Il est donc idéal pour réaliser des dosages, le dépôt d’ADN dans un mix PCR, … Cet automate nécessite une mise en autonomie et doit être, comme tout équipement à la PGTB, réservé sur notre Grr (http://arachne.pierroton.inra.fr/plateforme/Grr/login.php) avant utilisation.
 
Qualité
 
La PGTB a passé avec succès son audit interne de qualité dans le cadre de la certification ISO 9001|NFX 50-900.


PCM INFO

Le PCM info a fait une analyse de risque informatique à Biogeco.
Il s'avère que certains services sensibles sont touchés par des risques majeurs et imminents de panne (https://www.extremetech.com/computing/244074-intel-atom-c2000-bug-killing-products-multiple-manufacturers).
 
Les principaux services concernés sont:
  • l'hébergement des données (projets + R&D) de la Plateforme
(sequenom, ddPCR, ONT...)
  • l'hébergement des services de la Plateforme
  • la Qualité de la Plateforme
  • une partie des sauvegardes des postes Windows
  • le Plan de Gestion de Données de l'unité
  • les sauvegardes des postes Linux
  • le Chat Synology
  • le Drive Synology
  • la photothèque
  • ...
3 NAS sont concernés:
  • le NAS-PGTP et le NAS-BKUP de la Plateforme sont équipés d'un processeur intel C2000. Nous venons d'apprendre qu'ils présentent une faiblesse critique menant à une mort prématurée. Ces NAS ne sont plus sous garantie et ont de plus en plus de mal à redémarrer à chaque intervention.
  • Le NAS-unité, devenu obsolète, a près de 10 ans et ne permet plus de faire fonctionner les services demandés.
 
Le PCM-info préconise de revoir entièrement le parc informatique en conservant ce qui peut l'être (disques durs et baies d'extensions) et en achetant 2 nouveaux NAS qui permettront le maintient des services actuels ainsi que la mise en place de nouveaux services sécurisés.
Ce bilan a été discuté avec la Direction. Le financement de ces investissements est à l'étude.

Un nouvel outil de sauvegarde Borg backup vient d'être installé et testé par le PCM-info. A destination exclusive des postes Linux, cet outil permet d'offrir un système de sauvegarde performant, crypté et économe en espace. Les sauvegardes sont hébergées sur le NAS-backup de l'unité. Pour le mettre en place, un tutoriel est disponible sur le GED section informatique/PCM informatique. L'utilisation du NAS-backup comme cible pour l'outil de sauvegarde de Ubuntu est également possible. Vous pouvez nous contacter pour vous guider.
 
> 30 juin : HDR de Bastien "Ecologie de la résistance des plantes aux insectes herbivores"

Lieu : Amphi Grande-Ferrade
Horaire : 9h30
Consignes : Apporter votre masque pour rentrer et sortir de l’amphi
                  La distanciation physique devra être respectée à l'intérieur de l'amphi.

Résumé :Quoi de moins anodin qu’une chenille donnant un coup de mandibule dans une feuille de chêne ? Pour en arriver là, il aura fallu qu’un papillon femelle de quelques centimètres reconnaisse un chêne de plusieurs mètres comme une source de nourriture valable pour ses descendants, le tout en évitant les autres arbres et en échappant aux becs des oiseaux et aux dents des chauves-souris. Il aura aussi fallu que la chenille contourne les mécanismes de défense que le chêne aura mis en place en réponse à l’attaque. Derrière ce simple coup de mandibule, il y a toute l’histoire évolutive des plantes et des insectes qui a façonné l’anatomie et la physiologie du chêne et de la chenille. Il y a aussi une épais maillage d’interactions plus ou moins évidentes entre le chêne, la chenille, et l’ensemble des organismes qui les entourent. C’est ce maillage d’interactions que j’essaie de détricoter pour comprendre les mécanismes de la résistance des plantes aux insectes herbivores. Avec les bons outils (expérimentations, méta-analyses, science citoyenne), j’ai tiré sur quelques fils de la pelote. Je n’ai pas encore tout démêlé (qui le pourrait ?) mais je peux maintenant présenter une idée assez claire de la manière dont les attaques d’insectes herbivores sur les plantes sont conditionnées par la diversité des plantes et les conditions climatiques à différentes échelles.

>3 juillet (9h30-12h) : présentation en visioconférence du contenu des 4 thèmes du projet d'unité (15’ de présentation, 15’ d’échange)

9h30-10h : Thème 4 par Manu
10h-10h30 : Thème 3 par Corinne
pause
11h-11h30 : Thème 2 par Jean-Marc
11h30-12h : Thème 1 par Ben

Projet "ECOPASTO - Ecopastoralisme et gestion naturelle des milieux humides : vulgarisation et diffusion des expériences" accepté par le groupe Transfert du Labex COTE. Collaboration entre E. Corcket pour Biogeco et le Conservatoire des Races d'Aquitaines. Réalisation de juillet à novembre 2020 d'un inventaire des actions écopastorales en France, d'un guide sur les pratiques ecopastorales, d’un séminaire sur l’écopastoralisme. Recrutement d'Irene Castañeda González en prolongement de son poste d'ATER 2019-2020.

Dans le cadre de l’AAP CLIMAT AmSud, le projet  de collaboration internationale "NetForSur" (Assessing Andean forest vulnerability under climate change: a dendroecological, ecophysiological and biogeographic approach) avec l'Amérique du Sud vient a été soumis. Il a déjà reçu lun cofinancement du Métaprogramme "Adaptation et l’atténuation du changement climatique" d'INRAE. Il est coordonné par Annabel.
The NetForSur project will evaluate the vulnerability of forests to climate change along a latitudinal gradient in the Andes Cordillera; to achieve this goal, we will build a research network including 4 countries (Argentina, Chile, France, Peru) to develop synergies using similar methodologies in dendroecology, ecophysiology and remote sensing. The results will complete worldwide inventories of forest dieback and to propose updating of the species status in national and international red lists.
> Retrouver le guide de l'INRS sur le télétravail en situation exceptionnelle, ici.
> Quelques conseils de l'INRS pour le travail par forte chaleur, ici.

> Nous poursuivons l'amélioration des conditions hygiéniques sur nos deux sites avec l’installation de robinetterie sans contact à Pierroton et au B2....des économies d'eau espérées également.
De nouvelles mises à jour (assouplissement des consignes sanitaires) ont été insérées dans le guide du "déconfiné" disponible sur le GED.
Les chaleurs reviennent, les fontaines à eau vont être de nouveau en service. Toutefois, veuillez privilégier votre propre bouteille d’eau ou gourde. Attention : il est formellement interdit de remplir sa bouteille d’eau ou gourde aux fontaines à eau pour éviter tout risque de contact et donc de contamination. 

> Pour mémoire, bien que le travail sur une échelle soit interdit (Art 4153-30 ; décret n° 205-444 du 17/04/2015 ), il est possible d'y déroger sous réserve d'utiliser les EPI (Équipement de Protection individuelle) et pour risque faible, travail de courte durée et sans caractère répétitif (décret R 4323-61).
Les personnes doivent s'adresser à Xavier qui assure la formation à l'utilisation de ces EPI. Aucune utilisation ne pourra être faite sans cette formation.
                
Toutes nos félicitations à :

Pili qui a réussi le concours de CRCN en Avignon sur un poste de Chargée de recherche en biologie des populations d’insectes phytophages forestiers

Marina qui a réussi le concours de CRCN à Bordeaux sur une poste de Chargée de recherche en génétique du développement et du fonctionnement racinaire de la vigne.

 

Dayer, S., Herrera, J. C., Dai, Z., Burlett, R., Lamarque, L. J., Delzon, S., ... & Gambetta, G. A. (2020). The sequence and thresholds of leaf hydraulic traits underlying grapevine varietal differences in drought tolerance. Journal of Experimental Botany.
 
Cardoso, A. A., Visel, D., Kane, C. N., Batz, T. A., Sánchez, C. G., Kaack, L., ... & Corso, D. (2020). Drought‐induced lacuna formation in the stem causes hydraulic conductance to decline before xylem embolism in Selaginella. New Phytologist.
 
Laurent B., Larue C., Chancerel E., Guichoux E, Petit R., Barreneche T., Robin C. Lepais O. Microhaplotype genotyping‑by‑sequencing of 98 highly polymorphic markers in three chestnut tree species 2020. Conservation Genetics Resources https://doi.org/10.1007/s12686-020-01157-5


Balducci, L., Fierravanti, A., Rossi, S., Delzon, S., De Grandpré, L., Kneeshaw, D. D., & Deslauriers, A. (2020). The paradox of defoliation: Declining tree water status with increasing soil water content. Agricultural and Forest Meteorology, 108025.10.1016/j.agrformet.2020.108025
 
Davi, H., Durand-Gillmann, M., Damesin, C., Delzon, S., Petit, C., Rozenberg, P., ... & Boivin, T. (2020). Distribution of endemic bark beetle attacks and their physiological consequences on Pinus halepensis. Forest Ecology and Management, 469, 118187.  10.1016/j.foreco.2020.118187

Touzot, L; Schermer, E; Venner, S; Delzon, S; Rousset, C; Baubet, E; Gaillard, JM; Gamelon, M. How does increasing mast seeding frequency affect population dynamics of seed consumers? Wild boar as a case. study. Ecological Applications  
 
Gauzere, J; Teuf, B; Davi, H; Chevin, LM; Caignard, T; Leys, B; Delzon, S; Ronce, O; Chuine, I. Where is the optimum? Predicting the variation of selection along climatic gradients and the adaptive value of plasticity. A case study on tree phenology. Evolution letters
 
Li, XM; Delzon, S; Torres-Ruiz, J; Badel, E; Burlett, R; Cochard, H; Jansen, S; King, A; Lamarque, LJ; Lenoir, N; St-Paul, NM; Choat, B. Lack of vulnerability segmentation in four angiosperm tree species: evidence from direct X-ray microtomography observation. Annals Forest Science
   
Donkpegan A, Hardy OJ, Doucet JL, Heuertz M*, Piñeiro R* (2020) Miocene diversification in the savannahs precedes tetraploid rainforest radiation in the African tree genus Afzelia (Detarioideae, Fabaceae). Frontiers in Plant Science.*joint senior authors
Ce travail fait suite à un séjour d'Armel Donkpegan, actuellement postdoc à l'UMR BFP, à Biogeco dans le cadre d'une mobilité Labex COTE. Nous avons éclairé la phylogénie du genre d'arbres Afzelia en Afrique sur base de données de génotypage par séquençage dans le cadre d'une étroite collaboration avec Rosalía Piñeiro, postdoc à l'Université d'Exeter.  

Schmitt S, Hérault B, Ducouret E, Baranger A, Tysklind N, Heuertz M, Marcon E, Cazal SO, Derroire G. 2020. Topography consistently drives intra- and inter-specific leaf trait variation within tree species complexes in a Neotropical forest. Oikos.
Cette article constitue le premier article de thèse accepté de Sylvain. Il a été réalisé en collaboration avec nos collègues de l'UMR ECOFOG en Guyane Française et Bruno Hérault, co-encadrant de Sylvain, qui travail lui en Côte d'Ivoire. Il met en évidence la réponse similaire de la variation des traits foliaires à la topographie entre espèces sœurs au sein des complexes d'espèces Symphonia et Eschweilera dans le site d'étude Amazonien de Paracou.

Alfaro-Sánchez R, Valdés-Correcher E, Espelta JM, Hampe A, Bert D (2020) How do social status and tree architecture influence radial growth, wood density and drought response in spontaneously established oak forests? Annals of Forest Science 77: 49.
Article du numéro spécial SPONFOREST fruit d'une collaboration entre BIOGECO et le CREAF (Barcelone) qui étudie la croissance des arbres des ilôts de chêne dans les Landes de Gascogne et leur susceptibilité face aux changements climatiques.

Temunović M, Garnier-Géré P, Morić M, Franjić J, Ivanković M, Bogdan S, Hampe A (2020) Candidate gene SNP variation in floodplain populations of pedunculate oak (Quercus robur L.) near the species' southern range margin: weak differentiation yet distinct associations with water availability. Molecular Ecology
Cet article émerge d'une étude emmenée par la chercheuse Martina Temunovic (Université de Zagreb) dans le cadre d'une mobilité du programme Trees4Future. Les analyses moléculaires de ce papier complémentent une étude en jardin commun sur les mêmes provenances (Bogdan et al. Ann. For Sci. 2017) qui a mis en évidence l'existence d'une adaptation locale par rapport au stress hydrique.

Ruíz Carbayo H, Pino J, Bonal R, James PMA, Hampe A, Molowny-Horas R, Espelta JM (2020) Insect herbivory in novel Quercus ilex L. forests: the role of landscape attributes, forest composition and host traits. Annals of Forest Science  77: 32.
Article du numéro spécial SPONFOREST qui montre la complexité des facteurs (génétiques et écologiques) qui influencent la sélection d'arbres hôte par les insectes herbivores a différentes échelles.

Valdés-Correcher E, Bourdin A, González-Martínez SC, Moreira X, Galmán A, Castagneyrol B, Hampe A (2020) Leaf chemical defences and insect herbivory in oak: accounting for canopy position unravels marked genetic relatedness effects. Annals of Botany,
Voici le deuxième papier résultat de la thèse d'Elena. Il relève que les arbres hôtes des insectes herbivores peuvent montrer des différences génétiques conséquentes dans leur susceptilité. Seulement si on ne néglige pas la variation intra-spécifique, bien sûr, comment l'ont fait presque toutes les études antérieures.

Hampe A, Alfaro-Sánchez R, Martín-Forés I (2020) Establishment of second-growth forests in human landscapes: ecological mechanisms and genetic consequences. Annals of Forest Science  77: 00.
Pièce éditoriale du numéro spécial SPONFOREST du même titre qui sortira en fin juin.

Gerzabek G, Oddou-Muratorio S, Hampe A (2020) Recruitment of a genotyped seedling cohort in an expanding oak forest stand: diversity, dispersal and performance across habitats. Annals of Forest Science 77: 00.
Article du numéro spécial SPONFOREST qui correspond au troisième chapitre de la thèse de Gabriel Gerzabek et qui suit l'évolution d'une cohorte de plantules de chêne pedonculé durant les premières années de leur vie (y compris leur morte).

Villellas J, Martín-Forés I, Mariette S, Massot M, Guichoux E, Acuña-Míguez B, Hampe A, Valladares F (2020) Functional distance is triggered more strongly by environmental factors than by genetic relatedness in expanding Juniperus thurifera forest stands. Annals of Forest Science 77: 66.
Article du numéro spécial SPONFOREST fruit d'une collaboration entre BIOGECO (partie génétique) et le Museé National de Sciences Naturelles à Madrid (partie écologique) qui montre l'importance du contexte environnemental pour le développement individuel des arbres lors d'une expansion forestière.
> Vous trouverez ici le GPR BPS et ici le GPR Tackling qui ont été soumis en juin à l’université de Bordeaux.
INRAE

> Noms des départements stabilisés

BAP- Biologie et amélioration des plantes - Plant biology and breeding
Nom usuel communication : Biologie et amélioration des plantes- Plant biology and breeding
 
AQUA- Sciences des écosystèmes aquatiques, des ressources en eau et des risques associés - Sciences for aquatic ecosystems, water resources and the associated risks
Nom usuel communication : Ecosystèmes aquatiques, ressources en eau et risques- Aquatic ecosystems, water resources and risks
 
ALIMH- Alimentation humaine - Human nutrition and food safety
Nom usuel communication : Alimentation humaine- Human nutrition and food safety
 
SA- Santé animale - Animal health
Nom usuel communication : Santé animale- Animal Health
 
ECODIV - Écologie et biodiversité des milieux forestiers, prairiaux et aquatiques - Ecology and biodiversity of forest, grassland and freshwater environments
Nom usuel communication : Ecologie et biodiversité- Ecology and biodiversity
 
MICA - Microbiologie et chaine alimentaire - Microbiology and the food chain
Nom usuel communication : Microbiologie et chaîne alimentaire- Microbiology and the food chain
 
SPE - Santé des plantes et environnement - Plant health and environment
Nom usuel communication : Santé des plantes et environnement- Plant health
 
AGROECOSYSTEM - Agronomie et sciences de l'environnement pour les agroécosystèmes - Agronomy and environmental sciences for agroecosystems
Nom usuel communication : Agroécosystèmes- Agroecosystems
 
GA - Génétique animale - Animal genetics
Nom usuel communication : Génétique animale- Animal genetics
 
MATHNUM -  Mathématiques, informatique, sciences de la donnée et technologies du numérique - Mathematics, computer and data sciences, digital technologies
Nom usuel communication : Mathématiques et numérique - Mathematics and digital technologies
 
ACT - Sciences pour l'action, les transitions, les territoires - Sciences for action and transition
Nom usuel communication : Action, transitions et territoires- Action and transitions
 
TRANSFORM - Sciences pour l’ingénierie des aliments, des produits biosourcés et des résidus de l’activité humaine - Sciences for food, bioproducts and waste engineering
Nom usuel communication : Aliments, produits biosourcés et déchets- Food, bioproducts and waste
 
PHASE - Physiologie animale et systèmes d'élevage - Animal physiology and farming
Nom usuel communication : Physiologie animale et élevages- Animal physiology and farming
 
ECOSOCIO - Economie et sciences sociales pour l'agriculture, l'alimentation, l'environnement - Economics and social sciences for agriculture, food and the environment
Nom usuel communication : Economie et sciences sociales- Economics and social sciences

> Elections des conseils du Département ECODIV 2020 - APPEL A CANDIDATURE !
  • Date limite d’affichage des listes électorales provisoires : mardi 23 juin 2020 ;
  • Date limite de demande de rectification des listes électorales : vendredi 3 juillet 2020 (demande de rectification à depotefpa-nancy@inrae.fr)
    • Pour les CSS, nous invitons les chercheurs à vérifier la CSS à laquelle ils ont été rattachés. Le changement de rattachement de CSS pour les élections est bien lié à votre thématique de recherche mais n’affectera pas votre positionnement initial auprès de la DEV. En effet, si vous êtes rattaché à 2 CSS, vous pouvez demander votre rattachement pour l’élection à l’une de ces deux CSS.
  • Date limite de dépôt des candidatures: vendredi 31 juillet à 17 heures par courrier à par email - La date de réception de la candidature prise en compte sera le premier envoi au département (que ce soit par voie électronique ou voie postale) 
    • Pour nos instances de département CS et CG : A l’adresse : INRAE - Département ECOFA – Route d’Amance – 54280 CHAMPENOUX et par mail à depotefpa-nancy@inrae.fr  ;
    • Pour les CSS : A l’adresse : INRAE -  Direction des Affaires Juridiques  - 5/9Pôle Vie institutionnelle et normes internes 147, rue de l’Université75338 PARIS CEDEX et par mail à DAJ-Elections@inrae.fr
  • Date limite d’affichage des listes électorales définitives et listes de candidats : lundi 7 septembre 2020 ;
  • Ouverture du scrutin : jeudi 8 octobre 2020 à 14h00 (heure de Paris) ;
  • Clôture du scrutin : jeudi 15 octobre 2020 14h00 (heure de Paris) ;
  • Dépouillement : jeudi 15 octobre 2020 à 14h30 (heure de Paris).
> Les nouvelles CSS INRAE sont les suivantes :
  • Agronomie, Élevage, Forêt
  • Biologie des interactions Hôtes-Agresseurs, Symbiotes et Commensaux
  • Biologie Intégrative des plantes
  • Écologie, Biologie des populations et dynamique des écosystèmes
  • Génétique végétale et animale
  • Mathématique, Informatique, Sciences et Technologies du numérique, Intelligence artificielle et Robotique
  • Microbiologie, Ecosystèmes microbiens, Systèmes agro-
    alimentaires, Biotechnologies
  • Nutrition et Toxicologie
  • Biologie animale
  • Sciences de l’environnement : terre, eau et atmosphère
  • Sciences et Ingénierie des Aliments, des Matériaux, Produits Biosourcés & Ressources d’origine résiduaire
  • Sciences Économiques, Sociales et de Gestion
  • Accompagnement de la recherche (Soutien et pilotage de la recherche)

>INRAE 2030 : les grands enseignements de la consultation interne

>Le programme des Classes virtuelles IST/séances InfodocExpress du mois de Juillet 2020 est disponible ici.

UB

>Les bulletins de salaires et attestations fiscales sont désormais disponibles en ligne sur l'espace numérique sécurisé de l'agent public. Vous y trouverez également les informations relatives à votre carrière et retraite.
> Retrouvez les informations sur la prochaine conférence du groupe IUFRO “Fagaceae and Notofagaceae ». Ici

> REUNION RECHERCHE-ACTION DU CIRON
La prochaine réunion recherche-action sur le Ciron aura lieu le 1er octobre à Bernos-Beaulac. Morane Genet (SMABVC) nous fera un bilan de cette crue centennale et nous aurons un exposé de Alain Dupuy (ENSEGID) sur l’hydrogéologie de la vallée et les possibilités de coopérer avec son unité.
Toute proposition d’exposé est la bienvenue, elle est à envoyer à Alexis Ducousso (alexis.ducousso@inrae.fr)

> Lancement de l'opération internationale "Fascination of Plant Day 2021"

> Plusieurs nouvelles proviennent du projet SPONFOREST, qui est entré en phase de dissemination et communication de ses résultats. Le journal Annals of Forest Science est sur le point de publier un numéro spécial intitulé "Establishment of second-growth forests in human landscapes: ecological mechanisms and genetic consequences". Un communiqué de presse du Département ECODIV suivra sous peu. BiodivERsA vient d'emmener l'élaboration d'un policy brief sur le projet et son sujet : la reforestation secondaire en Europe. Enfin, le site web de SPONFOREST vient de subir une mise à jour importante qui est désormais accessible par le lien https://www6.inrae.fr/sponforest/Project.
Depuis quelques mois l'Unité a participé à la préparation de trois projets dans le cadre de l'AAP de l'ANR: EQUIPEMENTS STRUCTURANTS POUR LA RECHERCHE :

-"Emerging Pests Inside" : il s'agit d'une plateforme pour l’étude des maladies de plantes émergentes en milieu confiné, destinée à compléter les infrastructures existantes et à venir (serres S3 BFP , et serres S2 des CPER 2015 et 2020) sur le site de la Grande Ferrade par l’acquisition d’un ensemble de cellule de serres, de chambres climatisées et de laboratoires, tous d’un niveau S3 de biosécurité. Ce projet est co-porté par les départements SPE (T. Candresse, coordinateur) et ECODIV (Cécile).
 
-"PHENET" (Réseau de phénotypage haut-débit de l'agriculture et de la forêt, coord. B Muller) :  déploiement d’un maillage nationale d’outils de phénotypage et de caractérisation de l’environnement haut débit pour une diversité d’espèces végétales, de génotypes, de pratiques de gestion et de conditions environnementales. Projet co-porté par les deux infrastructures nationales In-Sylva et Phenome (Céline pour le volet forestier et contact pour l'unité)

- “MicroWorld Discovery’”, plateformes de culture de microbiotes des sols, plantes, animaux et aliments (Corinne pour le volet plante, contact pour l’unité).
Chargé-e de projet sur la mise en valeur et la protection de la biodiversité des sites INRAE.  
 
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