Lettre de BIOGECO                      N° 126 Juin 2022
Edito

Bonjour à tous,

Les Directions actuelles et précédentes s'associent pour remercier chaleureusement Cécile pour le temps et l'énergie qu'elle a dédié au collectif en tant que Directrice Adjointe de l'UMR Biogeco depuis janvier 2015 et responsable de l'équipe GEMFOR depuis 2020.
Merci pour tout ce que tu nous a apporté Cécile. Nous te souhaitons de t'accomplir pleinement dans les missions qui te seront confiées dans le cadre de ta nomination comme Cheffe de Département Adjointe du département ECODIV d'INRAE. L'équipe en place a de la chance de t’accueillir ! Bon courage pour ce nouveau challenge... Cette nomination  mérite bien une photo de châtaignier pour ouvrir cette lettre !

UMR Biogeco - Biodiversité Gènes et Communautés - Robin Cécile
Sommaire
 

La photo du mois : (© Myriam Heuertz) Châtaigniers centenaires, pris dans la Réserve naturelle Acquerino Cantagallo en Toscane, Italie, à environ 900 m d'altitude dans les Appenins.  La culture du châtaignier, maintenant abandonée dans la région, était une source d'alimentation importante pour les populations de montagne.
Calendrier des instances de l'unité pour le second semestre:
> CU : 5 sept. 14 nov.
> CoDir : 12 sept. (présentation des sujets de thèse pour ECODIV) & 28 nov.
> AG : 3 oct.

Arrivées
Heidy Schimann. Bonjour, Je suis chargée de recherche INRAe, en poste depuis 2005 à l'UMR Écologie des Forêts de Guyane à Kourou et à partir de juillet 2022 membre de l'UMR BIOGECO dans le cadre de la mobilité au sein de l'Institut.
Après un DEA en Écologie Microbienne à Lyon, ma thèse portait sur le fonctionnement microbien des sols dans un contexte de restauration des milieux dégradés suite à une activité minière. Après mon recrutement, mes recherches ont d'abord porté sur les communautés fongiques des sols et litières impliquées dans les processus de décomposition en forêt tropicale, en utilisant des approches fonctionnelles telles que des mesures d'activités enzymatiques. Actuellement mes recherches concernent la compréhension des règles d'assemblages des communautés microbiennes – du microbiome- dans les sols et les plantes, mais aussi les interactions qu'elles développent. Pour cela, j'utilise essentiellement des outils moléculaires et bioinformatiques. Je travaille beaucoup en collaboration avec des botanistes et des écophysiologistes, ce qui m'a familiarisé aux mesures de traits foliaires et racinaires, morphologiques et anatomiques.
En parallèle, je me suis aussi beaucoup impliquée dans la caractérisation de la distribution des espèces fongiques (principalement Basidiomycètes) à l'échelle de la Guyane à travers des missions de terrain en sites isolé et en collaboration avec des collègues mycologues et du Muséum d'Histoire Naturelle. Cela a abouti à la mise à disposition d'une base de données mais aussi au développent de protocoles d'échantillonnages adaptés. Par ailleurs, je suis aussi très impliquée dans des démarches de sensibilisation à la biodiversité dite négligée au grand public (https://biodiversiteguyane.cnrs.fr/qui-sommes-nous/ ) via la mise à disposition aux enseignants de malettes pédagogiques dédiées, la mise en ligne de documents pédagogiques, des expositions photo, etc.. (https://com-au-carre.fr/?s=bing ).
Actuellement, mes recherches portent sur la compréhension (1) des transmissions verticale et horizontale du microbiote chez les plantes ; (2) du rôle du microbiote dans les stratégies développées par les espèces végétales tropicales pour résister aux changements globaux (en particulier la tolérance à la sécheresse).

Thomas Dumartinet - Séjour post-doctoral de deux ans dans le cadre du GPR-Bordeaux Plant Science sur la génomique de l'adaptation des champignons phytopathogènes de plantes à leur hôte. Il travaillera avec Cyril Dutech, Marie Foulongne-Oriol (UMR Mycsa) et François Delmotte (UMR SAVE). Il sera basé à l'unité SAVE à la Grande-Ferrade pour l'essentiel de son séjour.

Francesca Petracca de l université de Naples effectuera un sejour de plusieurs mois à la plateforme PHENOBOIS pour travailler sur la resistance à la secheresse de cepages de vigne italien. 

Lorena Baldocchi de Université du Québec à Chicoutimi effectuera un sejour d'un mois à PHENOBOIS en juillet prochain pour travailler sur les especes d'arbres du nord du canada; 
En ce mois de mai l'Unité a accueilli de nombreux collégiens et lycéens sur le site de Pierroton :

- le 3 mai, 60 élèves de 6ème du collège pilote la main à la pâte Leroi Gourhan (Le Bugue, 24). Les élèves ont découverts nos recherches en écologie. Au menu : tiques, chenilles, oiseaux, et bien sûr arbres.
- le 10 mai, 150 élèves de 1ère des lycées Victor Louis (Talence) et Jean Monnet (Blanquefort), ont découverts la recherche aux travers de nombreux ateliers (tiques, chenilles, oiseaux, dendroécologie, phénologie des chênes, croisements contrôlés, ...). Un grand merci à notre organisateur de ces deux journées, Bastien, ainsi qu'à tous les collègues du site (BIOGECO, ISPA, UE) qui se sont encore investis cette année : Remi D, Rémi B, Catherine, Benjamin, Didier, Nattan, Yasmine, Elena, Audrey, Laura, Arndt, Inge, Christophe O, Christophe P,  Pierre, Jean Baptiste, Timothée, Théo.




Pour rappel :
Conférence Forecasting and managing multi-risks in Mediterranean, temperate and boreal forests à in Bordeaux (France) du 4 au 6 juillet 2022:  Cette conférence, réunissant des chercheurs européens et nord-américains, a pour objectif de discuter des différentes méthodes de gestion multirisque afin de proposer une feuille de route pour éclairer la décision publique.
Pour plus d'informations sur la conférence, découvrir le programme et s'inscrire (avant le 10 juin) , veuillez consulter le site https://www.forests-multirisks2021.com/.
 
>La Commission européenne s'est fixée comme objectif de planter au moins 3 milliards d'arbres en Europe d'ici 2030 (mais combien iront au bout ?) . Si vous avez planté des arbres, vous pouvez enregistrer vos plantations sur l'application web ici: mapmytree.eea.europa.eu. Vous y retrouverez les plantations d'arbres fruitiers faites entre Airial et Artiga !

>La Revue forestière française consacre son 1er numéro thématique de 2022 aux forêts en libre évolution ou à haute naturalité, c’est-à-dire sans coupe de bois, ni prélèvement de toute sorte. La forêt en libre évolution est au centre d’un débat à la fois scientifique, culturel, éthique et politique. Elle pourrait faire émerger de nouvelles formes d’associations végétales ou animales, même si les connaissances scientifiques ne sont pas encore bien établies à son sujet.

> Protection de la nature : allons-nous "aimer la nature"... jusqu'à ce qu'elle crève, sans jamais nous mettre en colère ? Pourquoi les naturalistes ne dénoncent pas plus la gravité de la situation ? Comment politiser, doter de griffes et de crocs les "amoureux de la nature" ? Echange entre  Vincent Verzat et Julien Perrot.

> Le travail de Vincent Laval un artiste-marcheur fasciné par les territoires forestiers.

>Culture F pour découvrir les artistes contemporains qui mettent la forêt, les végétaux ou le bois à l’honneur

> Il s'agit d'un concours de dessin sur gélose avec des micro-organismes destiné aux lycéens et étudiants. Le thème de cette année est : "cultures et traditions régionales". N'hésitez pas à visiter les pages des éditions précédentes, les réalisations sont surprenantes !

> La Face cachée de nos consommations - Quelles surfaces agricoles et forestières importées?
et pour la question de la déforestation importée voire aussi ici.
Retrouver deux productions audiovisuelles sur la forêt expérimentale (Sylvain, Thomas, Déborah, Régis).
*France 3
https://www.francetvinfo.fr/meteo/climat/environnement-en-gironde-des-chercheurs-imaginent-la-foret-du-futur_5068543.html#xtor=CS2-765
 
*UB
 Forêt : https://f.io/GJDROsNY 
  Retrouvez ici toute l'actualité de la PGTB

Projets
 
Quelques exemple de projets en ce mois de juin :
  • Développement de marqueurs SSR pour séquençage Illumina sur de nombreuses espèces. Des poissons (bar, syngnathe moindre, sprat, gobie des sables), en collaboration avec l’UMR BOREA du MNHN à Dinard. Des agents pathogènes responsables des dépérissements des noyers français (Botryosphaeria dothidea et Neofusicoccum parvum), en collaboration avec le LUBEM de l’Université de Bretagne Occidentale. Des arbres (pin noir de Salzman et cèdre), en collaboration avec l’URFM d’Avignon. Et des espèces à fort enjeu de conservation (poisson gale endémique de Martinique, circaète Jean-le-Blanc, écrevisse à pattes blanches) en collaboration avec l’UMR EBI du CNRS de Poitiers.
  • Du metabarcoding sur le microbiote bactérien des huîtres, en collaboration avec l’UMR EPOC.
  • Du reséquençage de 120 génotypes de Fusarium graminearum, agent pathogène de la vigne, dans le cadre d’une étude de génétique d'association, en collaboration avec l’UR MycSA.
  • Du génotypage MassArray, en collaboration avec Antoine Kremer (BIOGECO) et Thibault Leroy (IRHS d’Angers), après le développement d’un jeu de marqueurs SNP permettant d’identifier les quatre principales espèces de chênes blancs européens (sessile, pédonculé, pubescent, tauzin) ainsi que leurs hybrides.
 
Recrutement
 
La PGTB recrute un(e) ingénieur(e) d’études spécialisé(e) en séquençage haut-débit Illumina pour 24 mois à compter du 01/09/22. Plus d’infirmations ICI.
 

3 juin - 9h30 - 10h30 Airial (Pierroton) et Zoom - David Chagné, The New Zealand Institute for Plant & Food Research Ltd - Le manuka néo-zélandais: de la génomique à la culture Maori 
https://inrae-fr.zoom.us/j/94447231799

10 juin -  9h30-10h30 (uniquement en visio) - Pierre Bonnet, Cirad - Présentation de PlantNet
https://inrae-fr.zoom.us/j/2444126069?pwd=bGZjQUxTNGVydkREV0RKcTR4YTlCdz09
ID de réunion : 244 412 6069
Code secret : 1inJ2a1YLR

17 juin - 9h30 - 10h30 B2 (Pessac) et Zoom - Muriel Dagens, Rectorat de Bordeaux, Pessac - Présentation des projets en lien avec l'éducation et l'écologie

24 juin - 9h30 - 10h30 B2 (Pessac) et Zoom -  Séminaire vivants et technologies
     * Introduction par Stéphanie Mariette : place des techniques de marquage génétique et de séquençage dans nos pratiques de recherche sur la biodiversité depuis les années 2000,
     * Michel Hernould : édition des génomes (notamment crispr-cas), mise en œuvre, ce qu'elle rend pratiquement possible, ses applications, ses éventuels dangers, etc.
     * Pascal Ragouet et Philippe Gorry : la question de la génomique dans le traitement des cancers, ses aspects sociaux.
     * Philippe Bihouix nous offrira pendant la matinée le regard décalé, non-biologiste, d'un spécialiste des questions technologiques
 
La Commission Européenne vient d'annoncer le financement du projet Horizon Europe intitulé "Climate-smart rewilding: ecological restoration for climate change mitigation, adaptation and biodiversity support in Europe" (wildE). Ce projet de recherche occupera un consortium de 22 partenaires de 12 pays entre janvier 2023 et décembre 2026 (48 mois). INRAE participe à travers BIOGECO (Arndt Hampe/coordinateur, Bastien Castagneyrol, Inge van Halder et Alba Lazaro) et l'unité BETA à Nancy (Jens Abildtrup).

Résumé :
The European Union aims to reduce net carbon emissions by 55% in 2030, and become climate neutral by 2050. These goals can only be met if it boosts carbon storage in terrestrial ecosystems, preferably while fostering socio-environmental co-benefits such as conserving biodiversity, adapting to climate change, and safeguarding socio-economic and cultural values. Both the IPCC and the IPBES have emphasised the great potential of ecosystem restoration and related nature-based solutions (NbS) for addressing the challenge.

wildE introduces ‘climate-smart rewilding’ as an innovative restoration approach to create climate benefits while also addressing other socio-environmental needs. The project gathers a multi-disciplinary team of leading European experts to develop a research and innovation programme addressing the climate-biodiversity nexus in tight association with the socio-economic dimension of large-scale restoration. The team will also project scenarios to assess Europe’s rewilding potentials under diverse land-use and climate change futures.

wildE will (i) generate comprehensive case-comparative data on European rewilding trends and outcomes, (ii) quantify the net social, economic and environmental benefits, synergies and trade-offs related to rewilding and alternative land-use options; (iii) develop cutting-edge projections for future land use and climate scenarios; and (iv) develop tangible and readily accessible decision-support and management guidelines to enable policymakers, conservation managers, communities, and the private sector to co-construct climate-smart rewilding strategies as effective NbS for meeting the EU’s climate and biodiversity targets. Embedded within an ambitious stakeholder engagement, communications programme, wildE research will enable climate-smart rewilding as operational large-scale NbS to effectively foster the natural capacity of Europe’s ecosystems for climate change mitigation, adaptation and biodiversity support.
Le plan d'action "Prévention" de l'unité a été discuté en CU. Il sera présenté fin juin au CHSCT du centre INRAe en présence du responsable CHSCT de l'Université de Bordeaux.
Frederic Labbé, doctorant dans l'équipe GEMFOR entre 2012 et 2015, a été recruté au CIRAD sur un poste de génomicien dans l’UMR PVBMT (peuplements végétaux et bioagresseurs en milieu tropical) basée à La Réunion. Par l’analyse bioinformatique de données de génomique à haut débit, ses recherches se focaliseront sur l'épidémiologie, l'écologie et l'évolution des agents du Huanglongbing des agrumes et du jaunissement mortel du cocotier, bactéries phytopathogènes d'importance mondiale transmises par des insectes vecteurs. Frederic rejoindra l'équipe de génomique et épidémiologie des agents pathogènes émergents de l’UMR au 1er septembre prochain.
Journé V, Andrus R, Aravena MC, ..., Delzon S, ..., Hampe A, ... Clark JS (2022) Globally, tree fecundity exceeds productivity gradients. Ecology Letters
 
Hervé Jactel, Lorenzo Marini. Libre évolution des forêts et maîtrise du risque sanitaire associé aux scolytes des conifères. Rev For Fr. Des forêts en libre évolution

Muys, B., Angelstam, P., Bauhus, J., Bouriaud, L., Jactel, H., Kraigher, H., Müller, J., Pettorelli, N., Pötzelsberger, E., Primmer, E., Svoboda, M.,  Thorsen, J.B., Van Meerbeek, K. 2022. Forest Biodiversity in Europe. From Science to Policy 13. European Forest Institute.

Qiu T, Andrus R, Aravena MC, Delzon S, ..., Hampe A, ..., Clark JS (2022) Limits to reproduction and seed size-number trade-offs that shape forest dominance and future recovery. Nature Communications

Bourdin A, Bord S, Durand J, Galon C, Moutailler S, Scherer-Lorenzen M and Jactel H (2022) Forest Diversity Reduces the Prevalence of Pathogens Transmitted by the Tick Ixodes ricinus. Front. Ecol. Evol. 10:891908.
L’expérience menée sur ORPHEE dans le cadre du projet Dr Forest montre que la proportion de tiques infectées par un une borrélie de Lyme diminue avec l’augmentation de la richesse spécifique en arbres 
INRAE
> motion design du département ECODIV

> Retrouver ici le guide pratique du conducteur contenant les informations utiles : les garanties et les consignes à respecter en cas de panne ou accident.

UB
> nouveau site institutionnel de l’université (www.u-bordeaux.fr)
 
> Conférence Forecasting and managing multi-risks in Mediterranean, temperate and boreal forests

Bordeaux (France) du 4 au 6 juillet 2022. Cette conférence, réunissant des chercheurs européens et nord-américains, a pour objectif de discuter des différentes méthodes de gestion multirisque afin de proposer une feuille de route pour éclairer la décision publique.Pour plus d'informations sur la conférence, découvrir le programme et s'inscrire, veuillez consulter le site https://www.forests-multirisks2021.com/. Notez que vous pouvez soumettre un résumé pour un poster avant le 31 mai 2022 ! Inscrivez-vous avant le 10 juin pour participer à cet événement international ! N'hésitez pas à contacter Patricia Braconnier (patricia.braconnier@inrae.fr) si vous avez des questions,


> Conference, Managing Forest Genetic Resources (FGR) for an Uncertain Future, June 20-23 Lisbon, Portugal. Practical information here.

Session A: Accelerating breeding to cope with new challenges and uncertain future
Chairs: Leopoldo Sánchez-Rodríguez (INRAE, France), Chedly Kastally (University of Helsinki, Finland)
Keynote: Laurence Moreau (GQE-Le Moulon, INRAE; France)

Session B: Forest genetic resources (FGR) and adaptation to climate change
Chairs: Stephen Cavers (UKCEH, UK), Juliette Archambeau (INRAE, France)
Keynote: Tongli Wang (University of British Columbia; Canada)

Session C: The forests we want: deployment of forest reproductive material (FRM) for forest-based solutions
Chairs: Sven Mutke (CSIC, Spain), Marina de Miguel (INRAE, France)
Keynote: Conceição Silva (UNAC, Forest Owner Association; Portugal)

Session D: Science policy interface for mitigation, adaptation and risk management in forestry
Chairs: Richard Whittet (Forest Research, UK), Simone Bianchi (LUKE, Finland)
Keynote: Michele Bozzano (EUFORGEN, EFI; Barcelona, Spain)

> Animation IR IN-SYLVA France
Conférence en ligne « La qualité du bois, pour quoi faire ? Tout savoir sur la caractérisation et la mesure de la qualité du bois pour résoudre de multiples questions scientifiques » organisée par IN-Sylva France le mardi 7 juin 2022.  L’ objectif sera de  présenter les multiples activités INRAE fédérées au sein de l'infrastructure de recherche nationale IN-Sylva France qui portent sur la qualité du bois, pour des problématiques scientifiques variées. Elle est a priori destinée en priorité aux collègues INRAE, mais elle est ouverte aux extérieurs.
Plus d’informations

> sur ce lien, le programme prévisionnel des 2 journées de réflexion et de partage de connaissances autour de la xylogénèse sous contraintes environnementales multiples. Celles-ci ont pour ambition d’être un carrefour interdisciplinaire et se tiendront sur le Campus de Champenoux du 05/07 – 14h au 07/07 – 13h. L’inscription est gratuite mais obligatoire avant le 3 juin sur ce formulaire d’inscription. Nous attendons vos propositions de communication orale pour compléter le programme scientifique (trame de résumé jointe en pièce attachée), à adresser à xylo2022@inrae.fr avant le 3 juin également.

> 13e conférence internationale de la Société Française de Biologie Végétale, du 29 au 31 aout 2022 à Montpellier

> Bordeaux Métropole (Christophe DANGLES, Samia PELLETIER (Direction Stratégie et Maîtrise d’Ouvrage du patrimoine naturel), Marie COMBRIE, Carole TISON (Pôle Territorial Ouest), Annabel PORTE (INRAE Nouvelle-Aquitaine), HORTIS, Plante et Cité et l’Université de Bordeaux organisent une journée technique sur le thème des microforêts urbaines, le 24 juin 2022 à Talence (Campus bâtiment A9 amphi B).
 
Au programme : Une matinée d’échange avec une dizaine d’intervenants pour partager nos réflexions sur les premières expériences de microforêts urbaines dans la métropole bordelaise. Un après-midi pour approfondir et illustrer nos propos par la visite de plusieurs sites.

> Le Conseil Régional de la Nouvelle-Aquitaine a validé, ce mois de mai 2022, la continuation de son accompagnement du Réseau Régional de Recherche FUTURS-ACT (https://futurs-act.fr/ ) pendant 4 ans pour sa phase de "consolidation". Vous pouvez consulter un aperçu du rapport soumis au Conseil Régional ici.
 
 
 
> Prolongation : Appel à projets 2022 du RMT AFORCE
L'appel à projets 2022 du RMT AFORCE (adaptation des forêts au changement climatique) est officiellement lancé. Date limite de soumission : 19 juin 2022. Plus d’informations et soumission

> L'action COST G-BIKE Genomic Biodiversity Knowledge for Resilient Ecosystems a ouvert un appel pour financer des "Short Term Scientific Missions, STSM" pour visiter un laboratoire de votre intérêt pour des activités en relation avec les thématiques de G-BIKE: https://www.g-bikegenetics.eu/en/open-calls/stsm
N'hésitez pas à contacter les working group leaders de G-BIKE pour plus d'informations et un avis sur l'adéquation de votre idée de STSM. Cet appel peut être très intéressant pour des chercheurs en début de carrière. Les demandes sont prises au fil de l'eau, et de préférence pour une date de réalisation avant la mi-octobre 2022
Appel à dons du programme PAUSE du Collège de France, qui permet de financer l'accueil de chercheurs et artistes en exil. https://www.programmepause.org/appel-aux-dons-durgence/
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