Lettre de BIOGECO                      N° 120 Novembre & Décembre 2021

Edito

Bonjour à tous,

Cette dernière lettre de l'année est publiée alors que commence la COP26. « Tous les signaux sont au rouge", avertit le président de la COP à l'ouverture du sommet…mais nous en connaissons le triste dénouement,  non ?  Bien que le dernier rapport du Giec fut une piqure de rappel éloquente.

Il y a déjà 20 ans, un autre président, scandait lui aussi « Notre maison brûle, et nous regardons ailleurs ». Tant de promesses, faites la main sur le cœur, accompagnées le jour même par des engagements de débloquer des budgets qui finiront détournés (les fameux agendas politiques) vers d’autres priorités : économie, immigration, terrorisme, politique internationale, sécurité, voire santé et retraites, reléguant au second plan les engagements de la veille.
 
L'inaction des dirigeants trouve heureusement un autre écho dans une conférence parallèle, de ceux déterminés, empreints d'un sentiment d'urgence et informés des faits scientifiques. C'est vers ces jeunes que doivent porter nos efforts de vulgarisation des résultats de nos travaux de recherche. Nous recevrons à ce titre des collégiens et lycéens dans le cadre de leur cursus scolaire. Je compte sur l'engagement de celles et ceux qui sont et seront sollicité.e.s à des degrés divers au sein de notre unité pour contribuer à ces moments de transmission des connaissances et d'acculturation à la démarche scientifique, formant ainsi des citoyens capables de participer aux débats sociétaux liés à la crise climatique et de peser sur les décisions à venir.

Bonne fin d'année
Christophe

 
Sommaire
 

La photo du mois : (© https://showyourstripes.info/s/europe/all). Warming Stripes for Europe from 1901-2020.
NOVEMBRE

-->8, 9, 10 nov.: 13h30-15h AG consacrée au Complément Indemnitaire Annuel des ITA.
Trois créneaux en visio conférence (et présentiel: pyramide limité à 6 personnes) afin que chacun.e puisse participer aux échanges. https://inrae-fr.zoom.us/j/5462729327?pwd=WUl1ZE02Q2s3VTB4MmZDRHo4Qk5BUT09

-->19 nov. Visite du BTS ANABIOTECH

-->22 nov. CU 9h30 Airial

-->26 nov. Journée des Doctorant.e.s Airial

DECEMBRE
--> 6 dec. CoDir 13h30 Airial

--> 8 dec. visite du B2 par le CHSCT (les responsables de labo doivent être présents)

-->9 dec. rencontre Direction - AIBC 13h30 Château

-->13 dec. assemblée de site de Pierroton 13h30 Airial

 

Le CDD UB de Bérengère est prolongé d'un an à compter du 1er janvier 2022. Ses missions au sein de l'équipe ECOGERE restent les mêmes à savoir: prise en charge des échantillonnages de l'entomofaune (terrain et labo), assistance aux relevés botaniques, personne relai prévention dans le bâtiment B2, soutien aux activités d'enseignements (travaux pratiques), implication dans le PCM EOL (15%). Par ailleurs Bérengère continuera a assurer la fonction de référente AP pour le B2 (5%).

Semírian Campos Amoêdo, doctorante à l'Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia, INPA, à Manaus (Brésil), est accueillie en séjour scientifique à Biogeco pour deux mois (novembre et décembre). Elle bénéficie d'un soutien de mobilité de la Direction des Relations Internationales d'INRAE pour effectuer un travail de caractérisation génétique de la polyembryonie dans le genre d'arbres tropicaux Carapa, en collaboration avec Myriam Heuertz et la PGTB.

Arnaud Chevalier--Mairet a commencé sa thèse le 1er Novembre 2021 sous la direction de Pauline Garnier-Géré et Camille Lepoittevin, dans le cadre d'un projet de partenariat intitulé GENSPIR: Caractérisation Génétique et Ecologique des provenances de chênes du LimousiN au sein de leur complexe d’eSpèces : aPplication à la gestion et à la conservatIon des Ressources forestières du futur. Ce projet vise à produire des connaissances sur la diversité génétique des chênes de la région Centre-Limousin, afin d’estimer leur potentiel d’adaptation aux changements climatiques au sein du complexe de chênes Européens, et de proposer des stratégies de gestion et de renouvellement des peuplements forestiers pour cette région. Des approches de génomique des populations et de génétique quantitative seront utilisées pour inférer les processus évolutifs et écologiques en jeu, et ainsi mieux prédire les réponses des chênes à ces processus. Les résultats attendus permettront de proposer de stratégies de conservation et de renouvellement des peuplements forestiers

Sarah Tula est recrutée en CDD TR au sein du pôle administratif Pierroton pour une durée de 12 mois. Sa principale mission sera la gestion des missions.

 
>En ces temps de soumission de projet, vous trouverez le n° RNSR de biogeco ici

>Rappel: Les étapes associées à la création et diffusion d'un communiqué de presse rattaché à un résultats de recherche sont détaillés ici:

>Sensibilisation aux discriminations

Dans le cadre de la mission « Egalité-Diversité » d'INRAE, vous trouverez les modalités d’accès à un outil ludique de sensibilisation sur les discriminations à http://www.escapegame-missionegalite.com/inrae
quelques précisions :
- A l’ouverture du lien, il faut créer un compte avec votre adresse mail + un mot de passe.
- A la création de votre compte, vous recevrez un lien vous permettant de confirmer votre inscription.
- Il suffira ensuite, à chaque connexion, d’entrer votre adresse mail + votre mot de passe.
- Il faut résoudre toutes les énigmes du 1er volet « discriminations » pour pouvoir accéder au volet « générations ». Il en va de même pour pouvoir accéder au volet « origines ».

>Entretien CDD
Conformément à la charte interne des contractuels (disponible ici), un entretien doit être réalisé pour un agent contractuel, avant la fin de son engagement (contrat) avec INRAE.
 
L’objectif de cet entretien est de formaliser les motifs justifiant une mesure :
  • Soit de renouvellement de la période d’essai voire de rupture du contrat en cours ou à échéance de celle-ci
  • Soit de non-renouvellement à l’échéance du contrat.
  La maquette est disponible auprès de Sandrine.

> Horaires Prox’Bus
 
Départ gare de Gazinet :              →           Arrivée INRAE Pierroton :
8h26                                                                     8h35
9h00                                                                     9h12
 
Départ INRAE Pierroton :             →           Arrivée gare de Gazinet :
17h15                                                                   17h29
18h10                                                                   18h24

> La campagne annuelle d'alimentation et de droit d'option des CET est ouverte. Le CET est désormais géré sous #Temps.
>Transfert de connaissances vers les gestionnaires forestiers : Alexis Ducousso et Brigitte Musch ont entamé une série de webinaires intitulé: La génétique évolutive au service de la gestion et de la conservation des forêts.

La forêt est devenue un sujet de société entrainant des tensions à l'intérieur des organismes de gestion forestière et entre les gestionnaires forestiers et les Associations de Protection de la Nature et de l'Environnement. Suite à différents conflits portant sur la gestion forestière et en particulier la migration assistée et l'hybridation, FNE et l'ONF ont décidé de mettre en place une formation sur la génétique évolutive pour les forestiers et les militants écologistes. Le but est de donner une culture de base pour sortir d'un débat purement émotionnel. Brigitte Musch (RDI ONF et ex-thésarde de Pierroton) et Alexis Ducousso ont monté cette formation. Un premier test a été réalisé sous forme d'un webinaire le 14 octobre 2021 pour les militants de FNE mais plusieurs forestiers . Il a été suivi par une trentaine de personnes avec des premiers retours très positif. Cette formation va être déployée dans différentes régions de France. Des formations sont déjà prévues dans les Alpes de Haute Provence, la Gironde, les Hauts de France, ...

>Amandine, Bérengère, Catherine, Rémy et Fred se rendront à la 3ème Réunion Annuelle du GDR Pollinéco (Pollinisation, réseaux d’interaction et fonctionnalité des écosystèmes) qui se tiendra du 16 au 18 novembre à Toulouse
 
>Vidéo congrès UICN
 La vidéo de la session CRGF au congrès de l’UICN est en ligne ici

>Publication Overlap: Building an Academic House with Salami Shingles.
Recycler une partie du texte du matériel et méthode de son papier dans un autre manuscrit, on n'est pas loin de tous l'avoir fait. Découper un jeu de données pour en faire deux papiers lisibles au lieu d'une monographie dont aucun éditeur ne veut, on y a au moins tous pensé. Est-ce que c'est mal ? Est-ce que ça fait du mal ? Est-ce que les coupables c'est forcément les autres ? Quelques élémentsde discussion dans ce papier qui vaut le détour : Urbanowics & Reineke, 2018, Bulletin of the ESA

>Découvrez la web-série documentaire de la filière forêt-bois
 
>Retrouvez les précédents cafés numériques sur le site de la DipSO
 
>"Le flux des informations atténue-t-il le goût du vrai ?" Conférence d'Etienne Klein

> Du labo à la classe: l'évolution en action
 
> Comment l’homme modifie l’équilibre du climat sur la Terre. Le Monde
  Retrouvez ici toute l'actualité de la PGTB

Equipements
 
Le nouveau séquenceur Illumina NextSeq 2000 sera mis en service le 18 novembre. Avec des débits allant de 100 à 1200 millions de séquences d’une longueur maximale de 2x150 pb, cette machine est parfaitement adaptée pour les applications demandant du haut-débit, telles que le RNAseq, le séquençage de génomes ou de panels de gènes et la métagénomique. Elle intègre également la suite logicielle Bio-IT DRAGEN directement implémentée dans un réseau de portes programmables in situ (Field-Programmable Gate Array - FPGA) permettant des analyses bioinformatiques ultra-rapides.

Projets
 
Quelques exemples de projets en ce mois de novembre :
  • Du développement et du génotypage de microsatellites par séquençage Illumina sur Carapa surinamensis en collaboration avec Myriam Heuertz, Semírian Campos Amoêdo et Niklas Tysklind et financé par B4EST et le Labex CEBA.
  • Du métabarcoding sur la vigne pour définir le profil microbien de la bande brune, désordre vasculaire attribué à l’esca, dans le cadre d’un projet porté par Chloé Delmas (UMR SAVE).
  • De la R&D dans le cadre du projet EpiTruite visant à tester les capacités du kit EpiTYPER du MassARRAY à analyser de façon ciblée les sites de méthylation en amont de gènes chez la truite arc-en-ciel, dans le cadre d’une collaboration avec Lucie Marandel (UMR NuMeA).
Formation
 
De nombreuses visites d’étudiants prévues ce mois, avec les étudiants du BTS Analyses Biologiques et Biotechnologies le 19 novembre, du Master Biologie-Santé le 23 novembre et de la Licence Pro Outils Biotechnologiques et Agroécologiques au service des filières agricoles le 24 novembre.
 
Vous trouverez dans le GED d'unité des modèles de MTA (Material Transfer Agreement) en français et en anglais, dans le cadre d'envoi de matériel végétal (graines, feuilles ou autres).+ une grille d'évaluation pour vous aider à passer en revue les différentes clauses du MTA, dans le but d'évaluer s’il est acceptable ou non.
Venez nombreux à l'Airial le 26 Novembre à partir de 9h30 pour écouter nos doctorant.e.s présenter leurs sujets de recherche pour les nouveaux et leurs résultats pour les autres, et surtout échanger avec eux. Vous trouverez le programme ci-dessous. Cette journée sera également disponible en visio-conférence avec le lien suivant:
https://inrae-fr.zoom.us/j/92755075812?pwd=YUlwVFFvaU55c0RoTnFFZkNmeXVldz09
Meeting ID: 927 5507 5812
Passcode: jdd1202&B6
 
9h30-10h00 Méta-analyse de l'effet de la diversité des forêts sur les ennemis naturels des herbivores - Alex Stemmelen
10h00-10h10 Potentiel d'évolution de trois espèces fondatrices dans des unités de conservation génétique - Adélaïde Theraroz
10h10-10h30 Etude de l'effet de la diversité des arbres sur les tiques et les pathogènes qu'elles portent - Audrey Bourdin
 
10h30-11h00 Pause
 
11h00-11h10 Analyse du microbiome de la vigne et des sols viticoles pour développer le biocontrôle microbien de l'oidium et du mildiou - Poala Fournier
11h10-11h30 Déterminisme génétique de la variation des métabolites foliaires chez le chêne sessile - Domitille Coq--Etchegaray
11h30-11h40 Diversité des prédateurs et régulation de l'herbivorie sur le chêne : Effet du climat et de l'urbanisation à différentes échelles - Laura Schille
 
11h40-13h30 Pause
 
13h30-13h50 Sélection génomique et construction de normes de réaction chez le pin maritime - Victor Papin
13h50-14h00 Pathologies émergentes des chênes et causes multiples des dépérissements dans un contexte de changement climatique - Lisa Eichenlaub
14h00-14h20 Etude du rôle des facteurs écologiques locaux dans la conservation de la biodiversité - Amandine Acloque
 
14h20-14h40 Pause
 
14h40-14h50 Caractérisation génétique et écologique des provenances de chênes du limousin au sein de leur complexe d'espèces - Arnaud Chevalier--Mairet
14h50-15h10 Genomic predictions across generations in a breeding programm of Eucalyptus globulus - Geoffrey Haristoy
15h10-15h30 Apprentissage statistique pour l'identification d'OTUs et la caractérisation de la biodiversité - Mohamed-Anwar Abouabdallah

 
15h30 Fin
 

Les infrastructures IN-SYLVA France et RARe (Ressources Agronomiques pour la Recherche) auxquelles participe l'unité, sont maintenues  sur la feuille de route nationale des infrastructures de recherches avec le label IR auprès du MESRI à compter de 2021.  Pour RARe: Les piliers Forêt et Environnement sont les piliers essentiellement concernés sur le périmètre du département ECODIV.  Plus d’informations sur le pilier Forêt ici.

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Les projets suivants ont été déposés fin octobre dans le cadre de l'AAPG ANR 2022

AndeScape : Assessing the vulnerability of Patagonia Andes forests to climate change through a monitoring, experimental, and modeling approach. Axe A.2. UMR BIOGECO (Annabel Porté, Porteuse), PIAF, URFM , BIOFORA , RECOVER , SILVA et
INTA EEA (Argentine).

BioTEAK : Applied teak biology dedicated to sustainable timber forestry in French Guiana. Axe A.3. UMR AGAP (JM GION, Porteur), UMR BIOGECO (Xylomes, PGTB), ECOFOG, AMAP, ISPA, UR Forêt&Sociétés
 
FORESIGHT : Let’s use tree diversity to FOsteR Edaphic interactionS Involved in forest plantation adaptation to drought. Axe A.3.  UMR Eco&Sols (Porteur), LEM, ISPA, BIOGECO (BIODIV), EMMAH
 
MULTIDUNE : Multilevel interactions among sand dune plant and soil communities: dynamics, function and evolution. Axe  A.2. UMR BIOGECO (Olivier Lepais, Porteur), ISPA, ECODIV
 
BIONUTS : BIOgeographical patterns of sweet chestNUT associated diversitieS: exploring long-term signature of tree domestication and its consequences on socio-ecosystem functioning. Axe B1.6. UMR CEFE (Porteur), BIOGECO (GEMFOR, ECOGERE), ISEM, Montpellier University.

DYNAMO : Transposable element mobilization and the dynamic adaptation of root growth in oaks. Axe A2. UMR BIOGECO (Grégoire Le Provost, porteur), IBENS, BEF, IAM

TGV-4-TREES : The role of structural Genomic Variation in shaping local adaptation in FORest TREES. Axe A.2. URGI (Porteur), UMR (BIOGECO, E4E), URFM, CNRGV, UMR LGDP

Semaine européenne de réduction des déchets

La semaine européenne de réduction des déchets 2021 aura lieu du 20 au 28 Novembre 2021. INRAE propose une série d’évènements qui se tiendront au cours du mois de Novembre :
>Liang YY, Yuan S, Shi Y, Zhou BF, Chen XC, QQ, Ingvarsson PK, Plomion C, Wang B. Linked selection shapes the landscape of genomic variation in three oak species. New Phytol DOI: 10.1111/nph.17793

>Gailing O,Hipp AL, Plomion C, Carlson JE (2021) Oak population genomics. In : Population Genomics of Forest Trees. Springer.

> Hurel A, de Miguel M, Dutech C, Desprez-Loustau ML, Plomion C, Rodríguez-Quilón I, Cyrille A, Guzman T, Alía R, González-Martínez SC, Budde KB. Genetic basis of growth, phenology and susceptibility to biotic stressors in maritime pine. Evolutionary Applications (DOI: 10.1111/eva.13309 ). Il s'agit du premier article de la thèse d'Agathe Hurel, issu d'une collaboration entre pathologistes et généticiens de BIOGECO. Dans cet article, nous évaluons la résistance à différents agents pathogènes dans le jardin commun CLONAPIN de Pierroton, estimons l'héritabilité et d'autres paramètres génétiques pertinents, et identifions certains gènes (notamment un facteur d'initiation de la traduction possiblement induit par des maladies, eIF-5) associés aux réponses biotiques chez le pin maritime. Le résultat principal est que les arbres plus grands présentaient une longueur de nécrose plus longue causée par D. sapinea tandis que les arbres plus petits étaient plus affectés par A. ostoyae. De plus, les populations de pins maritimes des zones à températures estivales élevées et à sécheresses fréquentes étaient moins sensibles à D. sapinea mais plus sensibles à A. ostoyae.

>Sterck L, de María N, Cañas RA, de Miguel M, Perdiguero P, Raffin A, Budde KB, López-Hinojosa M, Cantón FR, Rodrigues AS, Morcillo M, Hurel A, Vélez MD, de la Torre FN, Modesto I, Manjarrez LF, Pascual MB, Alves A, Isabel MP, Callejas M, Pizarro A, El-Azaz J, Hernández-Escribano L, Guevara MA, Majada J, Salse J, Grivet D, Bouffier L, Raposo R, de la Torre A, Zas R, Cabezas JA, Ávila C, Trontin JF, Sánchez L, Alía R, Arrillaga I, González-Martínez SC, Miguel C, Cánovas FI, Plomion C, Díaz-Sala C, Cervera MT. In : The pine Genome. Chapter 5 : Maritime pine genomics in focus. Springer. Article de synthèse d'un des 100 volumes consacré aux génomes des plantes
INRAE
>Mise à Jour du guide de prévention ici https://intranet.inrae.fr/ressources-humaines/Media/Fichier/COVID-19/Consignes-prevention
> politique stratégique science ouverte: Ouvrir la science et partager les connaissances est une des orientations politiques d’INRAE 2030. Pour cela, en cohérence avec le Plan national pour la science ouverte (PNSO) du ministère de la Recherche, l’institut se dote d’une politique stratégique Science Ouverte et d’un plan d’actions pour 2021-2024. Lancée officiellement en septembre, cette stratégie est portée par la DipSO (Direction pour la Science Ouverte).
 
> Plus d’informations sur la stratégie et le plan d’actions Science Ouverte sur le site intranet institutionnel
> Découvrez également en ligne la plaquette de présentation de la DipSO. Vous y retrouverez l'éventail d'outils proposés par la DipSO et directement accessibles pour vos activités de recherche.

> HAL INRAE

-La collection HAL-BIOGECO est disponible ici. merci de remplir vos CV HAL.

-Un accord national entre l’éditeur Elsevier et le consortium Couperin a abouti à l’ajout dans HAL de fichiers sur des articles déjà présents dans HAL. Cela concerne des articles publiés entre le 1er janvier 2019 et le 30 septembre 2019. C’est la version postprint, aussi appelée « manuscrit auteur accepté » (MAA), qui a été ajoutée. Exemple : https://hal.inrae.fr/hal-02154521v1. Plus d’informations ici : https://www.ccsd.cnrs.fr/2021/10/accord-national-avec-lediteur-elsevier-mise-en-oeuvre-des-imports-dans-hal/

L’adresse mail à laquelle vous pouvez contacter l’accueil du Centre INRAE (Ferrade) est accueil-nab-ferrade@inrae.fr
Les colloques reprennent mais pas tous en présentiel:

>Séminaire du métaprogramme CLIMAE
 
Le métaprogramme « Agriculture et Forêt face au changement climatique : adaptation et atténuation » - CLIMAE organise un séminaire, les 17 et 18 Novembre 2021, à Marne-la-Vallée.
Programme complet et inscriptions bientôt disponibles ici Site internet du métaprogramme (en construction)
 
Et pour ne rien manquer sur tous les métaprogrammes en cours et à venir, pensez à consulter :
  • Le site intranet de tous les métaprogrammes INRAE. Des infos pratiques sur tous les métaprogrammes passés, présents et à venir. Les métaprogrammes INRAE sont des dispositifs d’animation et de programmation scientifiques ouverts à tous les scientifiques  de l’institut, pour une durée de 5 à 8 ans. Ils concernent un nombre restreint de thématiques nécessitant des approches systémiques, interdisciplinaires et une intégration transversale des recherches de plusieurs départements scientifiques. Abonnez-vous aux actus de ce site pour être au courant des nouveautés concernant tous les MP !

 
>EVOLTREE online seminars "Genomics in Practice"
 
Wednesday 3 November 2021 16:30-18:00 CET Prof Mike Bruford, Cardiff University Conserving genomic diversity for climate resilience in a changing world?
 
Wednesday 10 November 2021 09:00-10:30 (!) CET Dr Rebecca Jordan, CSIRO Hobart Building resilience to change: using genomics to guide plant restoration and conservation in a changing world?
 
Wednesday 17 November 2021 16:30-18:00 CET Prof Emily Latch, University of Wisconsin-Milwaukee "Genomic data improves wildlife conservation"
 
Thursday  25 November 2021 16:30-18:00 CET.
Prof Louis Bernatchez, Laval University, Québec? Genomics applied to fisheries management and conservation?
 
More details can be found here: https://www.evoltree.eu/webinars Registration can be found here:
https://www.evoltree.eu/evoltree-online-seminar-series-2021-on-genomics-in-practice
 
Seats in the live sessions are limited to 150. All seminars will be recorded and available on the EVOLTREE YouTube channel afterwards:
https://www.youtube.com/channel/UCla0sRglK9UUPYp5Ks8hwFA.

 

> GDR BOIS

> L'IEFC en partenariat avec le projet B4EST organise une manifestation à destination des acteurs régionaux en français qui se déroulera le 19 novembre à Pierroton : "La recherche au service de la résilience et de la bioéconomie du Pin Maritime : Contribution du projet européen B4EST" http://www.iefc.net/fr/optimizing-bioeconomy-and-maritime-pine-resilience-through-genetic-improvement/

> IUFRO Tree Biotech
en ligne. July 7th and 8th, 2022 in Harbin, China.

>Réunion du GDR AIEM et journées ALPHY

Réunion annuelle du GDR AIEM (Approche Interdisciplinaire de l’Evolution Moléculaire) et les journées ALPHY (ALignments and PHYlogeny) se dérouleront à Rennes, du 24 au 26 Janvier 2022. Inscriptions ici avant le 20 Décembre 2021
 
> Conférence IUFRO « Pacific North-West Conifers »
 en ligne, du 8 au 10 Novembre 2021. Inscriptions ici avant le 5 Novembre 2021

> La nouvelle assistante sociale Mme Delepine sera sur le site de Pierroton le mardi 23 novembre toute la journée.

>L'ADAS vous propose une après-midi festive sur le site de Pierroton après 1 an et demi sans évènement !

Au programme, un buffet le samedi midi suivi d’une session musique (type « bœuf » où les musiciens apportent leur instrument pour jouer quelques morceaux et aussi faire partager leur pratique aux adassiens présents) et de jeux (tournois baby-foot et/ou ping-pong, jeux de société, voire jeux extérieurs selon la météo du jour).

Pour organiser au mieux cette demi-journée, merci de répondre au sondage suivant (2-3 minutes maximum pour le remplir) : https://sondages.inrae.fr/index.php/279537?lang=fr
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