Lettre de BIOGECO                      N° 108 Septembre 2020
Edito

Bonjour,

J'espère que vous avez passé un bel été malgré une situation sanitaire toujours compliquée et fait le plein d'énergie pour la rentrée.

Pour commencer je tenais à remercier l'immense majorité du personnel d'être resté mobilisé sur les consignes en matière de lutte et de prévention contre l’épidémie de Covid-19 cet été. A la rentrée, avec des effectifs sur nos deux sites beaucoup plus importants, il nous faudra plus que jamais rester vigilant ...certainement sur la durée pour une course de fond qui s'annonce longue.

La reprise se fait donc dans les conditions que vous connaissez (cf communications récentes des présidences INRAE et UB), avec le port du masque grand public obligatoire en tout lieu (clos et de circulation) SAUF lorsque vous travaillez seul.e dans un bureau ou à l'extérieur. Je comprends que cette obligation est dure à supporter, surtout pour nos collègues travaillant la plupart du temps en laboratoire et sur le terrain, mais elle nous est imposée par les circonstances. Quant aux bureaux partagés par des télétravailleurs, ils pourront bénéficier d'une flexibilité* pour alléger les jours de cohabitation (organisez-vous).

Devant cette nouvelle obligation nous avons des perceptions très différentes : pour certain rassurant, le port du masque peut être très anxiogène pour d'autres, signe d'un danger permanent contre lequel il faut se protéger, voire susciter une certaine méfiance vis-à-vis d'autrui. Acceptons cette diversité, accueillons avec bienveillance les rappels lors d'un oubli, soyons attentif aux autres, évitons toute singularité en la matière ... en l'absence de vaccin le port du masque et les autres gestes barrières qui sont devenus un réflexe, restent le meilleurs moyen de protection mutuelle contre le coronavirus.

Masqués, nos interactions en présentiel seront bien entendu dégradées, mais la  visioconférence nous prive aussi des visages des interlocuteurs et de la spontanéité nécessaire aux échanges. A l'heure où j'écris cet édito les consignes sont de limiter les réunions en présentiel au strict nécessaire. Encore faut-il s'accorder sur ce que nous considérons comme strict nécessaire ! Dans cet espace de subjectivité, ce qui s'avère nécessaire pour les uns peut être considéré comme superflu pour d'autres ... bref, pour faire fonctionner un collectif de recherche nous avons besoin d'interagir au sein de nos instances, de poursuivre nos animations, d'avoir la possibilité de réunir nos collectifs - modulo le port du masque, le maintien d'une distanciation physique dans des espaces capacitifs ayant des possibilités d'aération, ce qu'autorise la salle de réunion de l'Airial à Pierroton ou celle du rdc du B2 sur le campus universitaire.

Vous trouverez dans ce nouveau numéro une mine d'information que nous avons collecté et enrichi cet été grâce à vos retours. Merci de continuer à alimenter votre lettre mensuelle. J'attire votre attention sur la visite du comité d'évaluation dont les dates et la composition viennent d'être fixées. L'ensemble de l'UMR sera naturellement convié à ces échanges.

Je terminerais avec une pensée émue pour notre collègue et amie Magda Bou Dagher Kharrat (accueillie au sein de l'UMR au début des années 2000) dont l'exercice du métier d'enseignant-chercheuse est rendue extrêmement difficile suite à la tragédie de Beyrouth.

Christophe

* flexibilité sur les jours de TT (qu'il faut néanmoins poser via l'application Ariane) pour permettre un roulement ds un bureau partagé + 3ème jour "flottant" à discuter au cas par cas.
Sommaire
 

La photo du mois : Tableau du peintre russe Ivan Chichkine (cf l’ensemble de ses œuvres ici)
Septembre
9-09
Programme de recherche du Ciron : réunion de travail sur le microclimat 9h30-12h30, Airial

14-09
Assemblée de site Pessac - 10h, Salle des Séminaires du rdc au B2

21-09
Conseil d'Unité - 9h30-12h, Airial

28-09
Comité de Direction - 13h30-17h, Airial

Octobre
13-10
AG - 9h-17h. Merci de répondre à l'enquête suivante avant le 14 sept. afin de comptabiliser les personnes présentes.

14-10
Réunion d’information concernant le projet d’infrastructure partagée regroupant les serres et autres équipements à haut niveau de confinement du site INRAE de Villenave d'Ornon. 9h-11h, Amphi de la Grande Ferrade

 

Arrivées:

Céline Meredieu:  Bonjour.  Je suis de retour au sein de Biogeco après avoir rempli pendant deux ans et demi un certain nombre de missions transversales auprès de l’Unité Expérimentale Forêt Pierroton (UEFP). Mon affectation a débuté avec la première labellisation de cette UE en tant qu’Infrastructure Scientifique Collective (ISC). Mes missions ont porté sur les fonctions que doit exercer une ISC à savoir l’interaction avec les communautés scientifiques pour le montage et le suivi de projets en partenariat (processus phénotypage-expérimentation et observation), les conditions d'usage et de gestion des données, la stratégie de diffusion des connaissances opérationnelles. Pour cela j’ai participé à l’animation de l’UEFP au sein de la Cellule d’Animation et Management. Je vais continuer à exercer ces missions autant que faire se peut car j’ai à cœur, comme tous mes collègues de cette unité, que le Centre Nouvelle-Aquitaine Bordeaux possède une ISC de haute qualité dédiée au soutien des programmes de recherche sur l’écosystème forestier. Cette affectation m’a permis de mieux comprendre la stratégie des UE/IE du département ECODIV afin de mener ma mission de préfiguration de l’Infrastructure de Recherche Forêt puis de coordonner le montage scientifique de l’Infrastructure de Recherche In-Sylva France et d’obtenir sa labellisation par INRAE au côté de L. Saint-André (UR BEF), C. Plomion et B. Fady (URFM). Mon projet scientifique à Biogeco va s’insérer principalement dans le Thème 3 [Comprendre la dynamique et le rôle fonctionnel de la biodiversité] du projet d'unité, mais aussi de façon plus marginale dans les Thèmes 4 [Comprendre la dynamique et le fonctionnement des socio-écosystèmes pour la gestion, la conservation et la restauration de la biodiversité] et 2 [Comprendre et prédire les phénotypes complexes]. Ainsi, en accord avec la Direction de l'unité et les responsables de l'équipe BIODIV, je rejoins ce collectif au 1er septembre.

Mathieu Crétet, étudiant ingénieur AgroParisTech, travaillera pendant 6 mois (sept-fév) dans le cadre du projet Labex Transfert "BELE Bocage, ELEvage, climat. Comment adapter les espèces de prairies et bocages face au changement climatique ?". Il participera à l'identification d'espèces d'arbres plus résistantes au stress hydrique et thermique et l'élaboration d'une clé de sélection en fonction des objectifs et contraintes des agriculteurs; l'objectif global est d'augmenter la résistance au CC du bocage et de diversifier les services fournis aux agriculteurs, dont l'approvisionnement d'un fourrage estival de complément pour le bétail. Mathieu sera installé à l'université, encadré par Annabel Porté, et travaillera en collaboration avec les techniciens de la plateforme Phénobois et le CIVAM Charente Limousine.

Benjamin Tyssandier rejoindra la PGTB le 15 septembre, en qualité de technicien pour une durée d’un an. Il prendra en charge les projets de métagénomique ciblée et de séquençage de microsatellites sur Illumina.

Arnaud Chevalier-Mairet recruté en CDD pendant deux mois dans l'équipe Gemfor sous la responsabilité de Cyril Dutech pour aider à analyser l'évolution de la structure génétique de populations d'armillaire au cours du temps.

Damien Lucas qui a effectué son M2 avec Fred Revers revient passer un mois (du 1er au 30 septembre) dans l'équipe ECOGERE pour poursuivre le projet engagé (méta-analyse sur l'effet lisière sur les oiseaux)

Nathan German, étudiant à l'Agrocampus Ouest à Rennes, arrive le 7 septembre pour 5 mois dans l'équipe GEMFOR, en stage avec Laure Villate. Il va travailler sur l'effet de la co-infection du pin maritime par Diplodia sapinea sur la dynamique des populations du nématode Bursaphelenchus mucronatus.


Doctorant.e.s

Amandine Acloque qui a réussi le concours de l'ED Sciences et Environnement de l'UB. Elle démarrera sa thèse le 1er octobre au sein de l'équipe ECOGERE sous l’encadrement de Fred Revers. Elle s'intitule:  "Etude du rôle des facteurs écologiques locaux dans la conservation de la biodiversité : exemple de la ripisylve du Ciron"
 
Julia Brahim qui démarrera sa thèse le 15 novembre au sein de l'équipe ECOGERE. Cette thèse est en en cotutelle avec l'Université de Québec sous l'encadrement de Manu Corcket. Elle s'intitule : "Évaluation du microbiote et des chaînes trophiques dans un contexte de migration assistée d'arbres forestiers"

Victor Papin qui a réussi le concours de l’ED Sciences et Environnement de l'UB. Il rejoindra, courant octobre, l’équipe XYLOMES pour une thèse intitulée « Sélection génomique chez le pin maritime ». Il sera encadré par Laurent Bouffier, Christophe Plomion et Léopoldo Sanchez (UMR BioForA Orléans). Cette thèse s’inscrit dans le cadre du projet européen B4EST.

Mohammed-Anwar Abouabdallah a démarré sa thèse en octobre 2019 avec un financement INRAE-INRIA sous l'encadrement de Alain Franc, Nathalie Peyrard (département MathNum Toulouse) et Olivier Coulaud (Inria Bordeaux), sur le sujet "Apprentissage statistique pour l'identification d'OTUs  et la caractérisation de la biodiversité". Il a été accueilli pendant un an dans l'unité MathNum de Toulouse, et rejoint l'équipe Pleiade le 15 septembre, accueilli dans le bâtiment Inria de Talence, et sur le site de Pierroton.



Départs:

Après 4 ans de CDD d'assistant ingénieur à Biogeco (depuis le 1 septembre 2016),  le contrat de Julie Faivre d'Arcier n'a pu être prolongé. Julie a contribué a de nombreuses activités, principalement de biologie moléculaire, dans le cadre de plusieurs projets et contrats à GemFor et Biodiv, en lien avec la plate-forme. Tous ceux avec qui elle a travaillé ont pu apprécier ses compétences, sa conscience professionnelle et sa gentillesse. Nous lui souhaitons le meilleur pour la suite. 

Le contrat post-doctoral de Benoit Laurent s’est terminé en juillet. Dans le cadre du projet région VISTA, Benoit a terminé les travaux sur le déterminisme de la résistance à l’encre des châtaigniers,  initiés à GEMFor et T. Barreneche (UMR BFP) il y a plusieurs années et prolongés par C. Larue en collaboration avec  E. Guichoux, O. Lepais. En collaboration avec  C. Bodenes, et T. Zhebentyayeva (Pennsylvania State University), Benoit a réalisé de nouvelles cartes génétiques et identifiés des QTL. Il a aussi profité de la mise au point d’un grand nombre de marqueurs microsatellites, pour tester l’hypothèse d’introgression chez des populations basques de châtaigniers. Toute l’équipe GEMFor a pu bénéficier de ses nombreuses compétences, son enthousiasme et sa bonne humeur au cours de ses trois années passées avec nous et nous espérons tous que ses nouveaux projets vont pouvoir vite se réaliser.
 
> Retrouvez notre rapport d'auto-évaluation (HCERES) dans le GED ici. Un grand merci à toutes et à tous pour vos contributions.

Merci d'envoyer à Christophe d'ici le 25 septembre :
- toute erreur éventuelle, voire complément à y apporter
- la liste des conférences invités entre 2015 et 2019.

> Visite du comité d'évaluation du HCERES
Date: 2 et 3 février 2021

Composition  :
Christian Parisod | Professeur | U de Berne, Suisse | sciences des plantes, biologie évolutive, génétique Président
Karine Alix | Maitre de Conférences | AgroParisTech, Saclay | agronomie, sciences des plantes, génétique CSS INRAE
Frank Berninger | Professeur | U Eastern Finland, Joensuu, Finlande | écophysiologie, écologie forestière, aménagement forestier
Frédéric Brunet | Ingénieur de Recherche, ENS-Lyon | génomique, génétique, biologie évolutive PAR
Pilar Catalan | Professeure | U de Saragosse, Espagne | sciences de l’environnement, biodiversité, écologie de la conservation
Julie Leloup | Maitre de Conférences | Sorbonne Université, Paris | écologie fonctionnelle, sciences de l’environnement CNU
Clélia Sirami | Chargée de Recherche | INRAE, Toulouse | agro-écologie, biodiversité, sciences de la conservation

> Rappel: entretien annuel d'activité (CDD-encadrant) : mode d’emploi ici.
> Opération d’haubanage d’arbres emblématiques du jardin Thuret (INRAE, Antibes) cet été : des experts du grimpage au service de notre patrimoine vivant (Gilles et Xavier étaient de la partie !). Retrouvez le communiqué de presse ici.
 
 

Si vous visionnez des webinaires scientifiques d'intérêt pour l'Unité, merci de les envoyez à Sandrine, nous les ferons figurer dans cette rubrique.
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>Restauration du châtaignier en Amérique du nord.
>B.A-BA de la captation carbone dans la filière forêt bois ici
>Livre blanc "pour que vive la nature"
> Can scientists solve Darwin’s ‘abominable mystery’ about the angiosperm explosion?
> 100 chiffres expliqués pour tout savoir sur les espèces et les aires protégées en France

> Parcours e-learning du Pilier Forêt de l'Infrastructure nationale RARe

> « C’est un sentiment infiniment plus large que l’amour ou la sympathie personnelle, un instinct qui s’est peu à peu développé parmi les animaux et les hommes au cours d’une évolution extrêmement lente, et qui a appris aux animaux comme aux hommes la force qu’ils pouvaient trouver dans la pratique de l’entr’aide et du soutien mutuel, ainsi que les plaisirs que pouvait leur donner la vie sociale. ». Pierre Kropotkine, 1902. L’Entr’aide, un facteur de l’évolution. Traduction (1906) de Louise Guieysse-Bréal.

> Le mot anglais outlier, utilisé couramment en statistiques, semble toujours impossible à traduire en français de façon plus simple que "donnée abberante".
Alternative intéressante, nous pouvons utiliser le mot horsain ou horsaine, qui signifie à l'origine "qui n’est pas natif de Normandie", et qui désigne par extension une personne qui vient du dehors, un étranger, une inconnue : https://fr.wikipedia.org/wiki/Horsain
> Vigil'Encre et Modèles de distribution des espèces forestières pour mieux prédire leur vulnérabilité au changement climatique... cités dans le Rapport d'activité INRAE 2019

> Le Monde 29.08.2020 « Les forêts de plantations possèdent la plupart des attributs des forêts dites naturelles » - TRIBUNE de Hervé.

> L'Humanité 25.08.2020 "Une année de souffrance pour nos forêts" INTERVIEW de sylvain.

>Communiqué de presse: "Convention sur la Diversité Biologique : mieux évaluer pour prévenir la perte de la biodiversité ". Dans un article publié en août dans la revue Biological Conservation, les scientifiques proposent trois nouveaux indicateurs génétiques, ainsi que des modifications des objectifs et indicateurs actuels de la Convention sur la Diversité Biologique (CDB).

> Communiqué de presse : " Etablissement spontané de forêts en Europe : une opportunité pour la préservation et la gestion des paysages " . Voir aussi le n° spécial de Annals of Forest Science, édité par Arrndt.
  Retrouvez ici toute l'actualité de la PGTB

Projets
 
Quelques exemples de projets au programme de cette rentrée :
 
-              Du génotypage MassARRAY dans le cadre du projet ICONE (Evaluation de l'impact des ports de navigation sur les populations de gorgones dans les zones marines protégées environnantes), en collaboration avec le Observatoire Océanologique de Banyuls-sur-Mer (Mariana Padron).
-              Du séquençage de microsatellites chez les éléphants de mer pour évaluer leur contribution reproductive en fonction de leurs traits phénotypiques et de leur personnalité (collaboration Cécile Ribout du Centre d’Etude Biologiques de Chizé – CNRS / Université de La Rochelle).
-              La fin du projet Dispersinva : Etude de la variabilité génétique par séquençage de microsatellites chez sept espèces invasives de poissons et d’écrevisses dans les lacs artificiels de gravière (collaboration avec Julien Cucherousset de l’UMR EDB CNRS – IRD – Université de Toulouse).
-              Une étude de l’effet de perturbateur endocrinien des pesticides chez les poissons zèbres, par analyse du transcriptome, en collaboration avec Patrice Gonzalez de l’UMR EPOC.
 
Locaux
 
Afin de se mettre en conformité avec les demandes émises par le CHSCT, la PGTB se réorganise en ce mois de septembre. Désormais, il n’y aura plus de bureau ni de salle informatique dans la zone laboratoire. Nous profitons de ce déménagement pour réorganiser les différentes pièces du laboratoires, et allons effectuer divers travaux d’amélioration (ouverture de cloisons pour une meilleure circulation, installations d’armoires à déchets ventilées, pose de prises ondulées pour protéger les équipements, …).
 
PCM INFO :
Depuis 2018, l'UMR Biogeco possède un dataverse à son nom, afin de répertorier l'ensemble des jeux de données produits au sein de l'unité. Celui-ci correspond à une "collection" de jeux de données pour une structure (dans ce cas précis, notre unité, mais cela peut être pour une autre structure). A ce jour, une dizaine de jeux de données validés constituent ce dataverse.
 
En tant qu'agent de l'UMR, vous avez la possibilité, avec votre identifiant LDAP, de :
  • Rechercher, visualiser et télécharger des données publiées par INRAE 
  • Créer, gérer et publier des données dans le dataverse Biogeco (contact : François Ehrenmann pour tout ajout de dataset et/ou aide à la création)
  • Demander la création d'un dataverse pour un projet de recherche. La création d'un dataverse vous engage à en assurer l'administration et à respecter une charte des administrateurs de dataverse. En tant qu'administrateur d'un dataverse, vous pouvez si besoin accorder à un collaborateur externe INRAE, le droit de contribuer au dépôt, la gestion et la publication des données dans le cadre d'un projet spécifique impliquant ce collaborateur.
 
Pour rappel, le portail https://data.inrae.fr/ répond à un double objectif :
  • Proposer des services aux équipes de recherche de l’institut et de leurs partenaires pour faciliter la gestion et l’ouverture des données scientifiques (liées ou non à des publications scientifiques), et ce notamment dans le cadre de projets européens
  • Répondre aux obligations réglementaires françaises en matière d’ouverture des données
 
Des vidéos de présentation du portail et des fonctionnalités proposées, ainsi que des interviews, sont accessibles ici : https://www6.inrae.fr/datapartage/Partager-Publier/Deposer-dans-Data-INRAE
 

Nous avons reçu le matériel pour le remplacement des NAS (backup, unité et PGTP). La migration des données et services est en cours. Cela représente un volume actuel de près de 70To ce qui prend plusieurs jours/semaine de transfert. A ce jour, le NAS de Talence a été remplacé ainsi que le NAS de backup. La migration des NAS d'unité et de la plateforme sont en préparation. Vous rencontrerez probablement des ralentissements et des modifications d'accès. Nous vous informerons de l'évolution au cours du mois de septembre
> 2 oct. 9h30-11h Airial - Archive ouverte HAL et Open Science (Sybille De-Mareschal ; Marie-Pierre Raymond- INRAE)

> La réunion  du réseau Génétique du département ECODIV, initialement prévue les 17-18 Septembre 2020 à Pierroton, est reprogrammée au 18 et 19 Mars 2021, toujours sur le site Pierroton. Si les circonstances ne permettent pas une réunion en présentiel à cette date la réunion aura lieu (présentations et atelier méthodologique) sous la forme de webinaires.  Une partie du programme aura pour but la présentation et la prise en main de l'outil gMETAPOP, en coordination avec Pauline Garnier-Géré.
>  AAP ECODIV accueil de post-doctorant "Tree fitness in a changing world", 12 mois de Post-Doc (coord.Santi, unités impliquées BIOGECO et URFM)

> AAP Recherche Région NA. "Mortalité des arbres ou dépérissement au cours des phases précoces de la dynamique forestière du pin maritime". 12 mois de Post-doc (coord. Sylvain)

> AAP Recherche Région NA." Identification des mécanismes sous-jacents à la baisse de productivité et de la mortalité des plantes dans un contexte de changement global". Equipement (coord. Sylvain)
 

> Démarrage pour 3 ans, du projet collaboratif et partenarial entre l'UMR Biogeco (A Porté, Phénobois), l'UMR UREP (C Picon Cochard, Clermont Ferrand) et le CIVAM Charente Limousine (G Moreau), dont l'objectif est de travailler à l'identification d'espèces prairiales et arborées, permettant l'adaptation du bocage et de la prairie permanente aux changements climatiques. Des actions de communication scientifique sur le thème des changements climatiques seront réalisés en Charente Limousine, en coordination avec des journées thématiques organisées par le CIVAM (RandoFerme, Greffage, etc.) . Ce projet bénéficie de plusieurs financements : Labex Transfert "BELE Bocage, ELEvage, climat. Comment adapter les espèces de prairies et bocages face au changement climatique ?" porté par l'UMR Biogeco, et  2 financements portés par le CIVAM : GIEE Groupement d'Intérêt Economique et Environnemental "Bovins Bio"  et "Biodiversité" de l'Espace Mendès France" de la région Nouvelle Aquitaine.

 
> Poursuite du plan d'action "prévention" avec l'achat cet été de 3 armoires ventilées (2 armoires pré- et post-PCR dans le bâtiment Artiga + 1 armoire en salle extraction ADN dans le bâtiment Observatoire).

> Prévention risque covid:
UB: beaucoup d'info sur l'Espace d'information Coronavirus (point de la situation, consignes sanitaires, FAQ, ... )

INRAE: cf doc de prévention ici

> SECURITE ROUTIERE Jeudi 26 septembre 2019  de 9 h à 17 h  
Grande Ferrade, ateliers de 45 min, libre d’accès sans inscription préalable.
Bonjour,
Après un passage de quelques mois à l'Université de Copenhague, j'ai obtenu un poste de chargée de recherche à l'Université de Göttingen dans l'équipe du Prof. Oliver Gailing. Je commence le 1er Septembre 2020.  Je vais poursuivre mes travaux sur la chalarose du frêne et l'adaptation locale et préparerait mon habilitation à diriger des recherches sur la génomique des arbres forestiers. Bien à vous,
Katharina Budde

Bonjour,
Après avoir quitté Biogeco je suis revenue pour quelque mois à l’INIA à Madrid. Pour peu de temps, car depuis le 1er septembre j’ai intégré l’UMR EGFV à Villenave d’Ornon, après avoir réussi le concours de CRCN cette année. Je compte pouvoir appliquer tout ce que j’ai appris en génétique quantitative et génomique à Biogeco à l’étude du développement et fonctionnement des porte-greffes de vigne. Les forêts vont me manquer mais j’espère pouvoir continuer à collaborer avec vous.
A bientôt, Marina.
> Bert D, Lebourgeois F, Ponton S, Musch B, Ducousso A (2020)  Which oak provenances for the 22nd century in Western Europe ? Dendroclimatology in common gardens. Plos One
Il s’agit de la conclusion d’un projet que j’avais proposé en 2006 pour ma mobilité vers Biogeco. Cette œuvre a nécessité 12 chantiers de terrains répartis entre 2010 et 2016 à Petite Charnie (Sarthe), Vincence (Nièvre) et Sillegny (Moselle), organisés avec Alexis. Gros travail avec camaraderie et tronçonneuses. Nous avons ainsi récolté 4000 rondelles de Quercus robur et petraea, que Frédéric Lagane a préparé et mesuré. Une partie des travaux a permis de collaborer avec nos collègues de Nancy dans le cadre du contrat H2Oak (coord. O Brendel). Les 180 000 cernes ont servi pour établir la sensibilité au climat de 26 provenances européennes. Nous cherchions des indications pour aider les gestionnaires pour le choix de provenances pouvant servir lors d’éventuelles migrations assistées en France, dans le cadre de scénarios climatiques qui se dérouleront durant la prochaine génération de chênes. Les remerciements sont situés page 21 du PDF et concernent beaucoup de monde, dont Patrick Reynet qui a été très présent sur nos chantiers. Résumé par D. Bert, juin 2020

Photo = février 2015 à Vincence. L’UE d’Orléans et Biogeco unis sur le terrain.

Hoban S, Bruford M, D’Urban Jackson J, Lopes-Fernandes M, Heuertz M, Hohenlohe PA, et al. Genetic diversity targets and indicators in the CBD post-2020 Global Biodiversity Framework must be improved. Biol Conserv. 2020;248: 108654.
Pour mieux prévenir la perte de biodiversité, avec des collègues de l'action COST G-BIKE - Genomic biodiversity knowledge for resilient ecosystems, des collègues du UICN Conservation Genetics Specialist Group et du GEO-BON, nous avons publié des suggestions pour améliorer les objectifs de conservation dans le cadre du nouveau programme à 2030 et 2050 de la Convention pour la Diversité Biologique, ainsi que des indicateurs efficaces pour surveiller l'atteinte de ces objectifs. L'article est accompagné de sa note politique à destination des décideurs et INRAE a publié une actualité à ce sujet. 

Du Y, Mao L, Queenborough SA, Primack R, Comita L, Hampe A, Ma K
(2020) Macro-scale variation and environmental predictors of flowering and fruiting phenology in the Chinese angiosperm flora. Journal of Biogeography 47.
Une étude macro-écologique basée sur >16,000 espèces végétales et des gradients environnementaux exceptionnellement larges qui met en évidence des différences assez générales entre les stratégies phénologiques des plantes herbacées et ligneuses.
 
Espelta J, Cruz-Alonso V, Alfaro-Sánchez R, Hampe A, Messier C, Pino J
(2020) Functional diversity enhances tree growth and reduces herbivory damage in secondary broadleaf forests but does not influence resilience to drought. Journal of Applied Ecology 57.
Contribution à un numéro spécial édité par les partenaires de SPONFOREST montrant que les forêts secondaires de hêtre peuvent rapidement acquérir des niveaux de diversité taxonomique et fonctionnelle assez élevés.
 
Lamonica D, Pagel J, Valdés-Correcher E, Bert D, Hampe A, Schurr FM
(2020) Growth potential varies more than competition among spontaneously established forest stands of Pedunculate oak (Quercus robur). Annals of Forest Science 77.
La dernière contribution au premier numéro spécial SPONFOREST qui essaie de décortiquer les principaux déterminants de la grande variation observée dans la croissance d'arbres à l'intérieur et entre différents ilôts de chêne en Gironde.

M-L Desprez-Loustau, Y Balci, D Cornara, P Gonthier, C Robin, M-A Jacques. Is Xylella fastidiosa a serious threat to European forests?
Revue bibliographique sur cette "bactérie tueuse" dont on a beaucoup parlé au sujet des oliviers mais qui pourrait aussi menacer les arbres forestiers.

Alexandre H, Truffaut L, Klein E,  Ducousso A, Chancerel E,  Lesur I, Dencausse B,   Louvet JM,  Nepveu G,  Torres-Ruiz JM,   Lagane F, Musch B,  Delzon S, Kremer A (2020). How does contemporary selection shape oak phenotypes? Evolutionary Applications . DOI: 10.1111/eva.13082
 
Kremer A. (2020) Brassages génétiques, diversité et adaptation.  Dans « Brassages planétaires : jardiner le monde avec Gilles Clément » Moquay P. & Mure V. éditeurs. Hermann. Pp 106-111

Abbate L, Mercati F, Di Noto G, Heuertz M, Carimi F, Fatta del Bosco S, et al. Genetic Distinctiveness Highlights the Conservation Value of a Sicilian Manna Ash Germplasm Collection Assigned to Fraxinus angustifolia (Oleaceae). Plants. 2020;9: 1035.  
Ce travail repose sur une collaboration informelle entre Myriam Heuertz et Francesco Mercati de l'IBBR de Palerme et vise à éclairer la valeur de conservation d'une collection sicilienne de frêne à manne, un exsudat sucré du frêne à fleurs ou du frêne à feuilles étroites utilisé dans les industries cosmétique, pharmaceutique et de confiserie. La production de manne de frêne est devenue très marginale en Sicile avec un risque important pour la conservation de la ressource végétale, or le réservoir génétique sicilien du frêne à feuilles étroites a une haute valeur de conservation car il présente une forte différenciation génétique comparé à une collection de toute l'aire de distribution de l'espèce.


> ECOBIOSE: Rapport complet disponible ici

> Pour communiquer vos résultats ou activités auprès d'INRAE, consulter le guide "communiqué de presse" ici.
Après le dépôt des deux GPR, voici les phases suivantes de l'instruction:

Phase d’évaluation des projets à l’automne : externalisation de l’évaluation scientifique à l’ESF (European Science Foundation) (envoi des dossiers fin juin), évaluation scientifique des projets par des pairs internationaux.

Phase d’audition des projets à la fin de l’année : audition des porteurs par un comité scientifique international multidisciplinaire (en cours de constitution), analyse de la pertinence, de la faisabilité des projets au regard de l’ambition visée par l’action GPR et de la stratégie de l'Université de Bordeaux et des tutelles partenaires.

Phase de sélection (fin 1er trimestre pour installation des éléments opérationnels avant l’été et un démarrage automne 2021) : sélection par un comité local (UB + EPST + établissements associés) placé sous le pilotage du président de l'Université de Bordeaux, sélection finale des projets à soutenir, des enveloppes budgétaires et des conditions de réalisation des programmes.
INRAE

> La sécurité informatique de l’INRAE s’est dotée d’un site web où vous trouverez une mine d’informations d’hygiène informatique pour la sécurité de vos données sur votre poste de travail fixe et surtout nomade.

> INSTAE : partagez vos photos !

Partagez à la communauté interne vos plus belles photos et courtes vidéos. Pour cela envoyez nous vos médias à intranet-contact@inrae.fr en précisant la légende la plus complète possible, le lieu de la prise de vue et le nom de l’auteur. Les légendes sont visibles en survolant l’image.

> des MOOC ( formations accessibles en ligne) mis à jour régulièrement, disponibles ici

> Evaluation CSS des chercheurs (concerne pour nous les dossiers CRHC et DREX)

Vous retrouverez sur le site de la DEV toutes les informations pratiques nécessaires à l’établissement de vos dossiers :

> la campagne de mobilité est lancée, avec pour BIOGECO deux profils cette année:
- TR (équipe BIODIV et PCM OEL) : https://jobs.inrae.fr/mobilite/campagne-annuelle-mobilite/camob20-tr-ecodiv-1
- CRCN (équipe PLEIADE): https://jobs.inrae.fr/mobilite/campagne-annuelle-mobilite/camob20-cr-mathnum-2

UB

Pour les fans de métriques : l‘Université de Bordeaux progresse au classement thématique Shanghai 2020
 

Sciences de la matière /Mathématique / Sciences de la Terre (Natural Sciences, SCI), Ingénierie (Engineering, ENG), Sciences de la vie (Life Sciences, LIFE), Sciences médicales (Medical Sciences, MED), Sciences sociales (Social Sciences, SOC). (GRAS) a dévoilé sa nouvelle édition le 29 juin dernier. Créé en 2009, le Shanghai GRAS classe plus de 4000 universités dans 54 disciplines, réparties en cinq grandes thématiques : Subject Academic of RankingLe classement thématique Global

 

L’université de Bordeaux figure cette année dans 27 disciplines du classement et est désormais présente dans le TOP 100 de deux disciplines : Agricultural Sciences et Mathematics.

L’université de Bordeaux apparaît également dans le TOP 150 de cinq disciplines : Food Science & Technology, Chemistry, Ecology, Oceanography et Human Biological Sciences.

 




 
>Rappel: INRAE est partenaire de The Conversation, un média qui met à l’honneur les experts prêts à partager leurs recherches au plus grand nombre. Découvrez les articles parus ces dernières semaines sur les recherches INRAE ici. En vulgarisant les sciences, la recherche devient accessible aux citoyens.
 

>Le colloque L'écologie, du labo à l'école, organisé par Bastien, prévu le 17 novembre est reporté au 17 mars 2021, en espérant que d'ici là on puisse l'organiser "en vrai". Il est évidemment toujours possible de 1/ s'inscrire, 2/ proposer une communication et 3/ diffuser le plus largement possible dans les réseaux francophones. Voici d'ailleurs le lien : https://colloque.inrae.fr/ecologie-ecole

>Biodiversity Genomics 2020. Colloque virtuel.
Les inscriptions sont gratuites et les journées sont décalées (fin d’après-midi début de soirée). Un moyen de suivre les grands projets de séquençage de biodiversité, les techniques mises en œuvre, etc…

>Le réseau d'animation scientifique R2D2 du métaprogramme SELGEN organisera un webinaire les 26 et 27 novembre 2020. programme à suivre.
ANR : plan d'action et AAP générique pour 2021. Nous ferons un bilan en CoDir des projets qui seront soumis cette année.
Le centre INRAE-Nouvelle Aquitaine Bordeaux inscrit au challenge de la mobilité 2020 - soyez nombreux à vous inscrire pour participer!!
https://www.challengedelamobilite.com/etablissement/1227/inrae-centre-nouvelle-aquitaine-bordeaux
 

Reprise des entrainements de KiRelax le jeudi midi en salle Airial ou en extérieur (selon disponibilité et météo) à partir du 3 septembre. La section propose des activités variées de bien-être et de détente en accès libre et gratuit (être à jour de sa cotisation ADAS). Le site extérieur est en libre accès, équipé de plateformes de méditation et de fiches d'enchainements de qi gong pour une pratique autonome.
Consignes : en salle respect des gestes barrières  et en extérieur distanciation de rigueur. Du gel hydroalcoolique est à votre disposition. Veuillez venir avec votre masque, merci. contact: patrick.leger@inrae.fr
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