Bonjour,

Je reviendrais tout d'abord sur une série d'évènements qui ont rythmé le fonctionnement de l'unité en cette fin d'automne, avec :
-sept nouveaux docteurs qui ont brillamment soutenu leur thèse en novembre et décembre. Nous les remercions vivement pour tout le travail accompli pendant ces trois années passées au sein de notre collectif et leur souhaitons de s'épanouir dans leurs futurs projets professionnels.
-la réussite de Marta et Myriam au concours DR2 de l'INRA, la promotion de Véro et l'inscription de Sylvain pour la seconde année consécutive dans le classement des chercheurs les plus cités dans le monde. Toutes nos félicitations...
- la journée du 25 nov. qui fut un temps fort de notre animation S&T. Plébiscité par la grande majorité des personnes présentes, nous ré-éditerons la séquence du marathon scientifique en 2020.
- la restitution d'Ecobiose, où l'état des connaissances scientifiques - sur les interrelations entre biodiversité, fonctionnement des écosystèmes et provision de services économiques et socio-culturels sur le territoire néo-aquitain - a été présenté en présence des responsables politiques.
- la fin des travaux de rénovation. Un grand merci aux collègues qui ont œuvré depuis maintenant plus de deux ans pour améliorer les conditions de travail sur le site de Pierroton, et qui se traduisent concrètement par de nouveaux locaux pour le pôle de gestion, trois nouveaux bureaux dont un dédié à l'accueil des collègues de l'Université, les deux autres pouvant accueillir jusqu'à 7 stagiaires, une salle de réunion, des vestiaires... et un abri vélo.

Comme vous le savez, l’UMR soumettra son rapport d’évaluation au HCERES fin juin 2020. Ce rapport comprendra deux parties (Bilan et Projet) ainsi que 4 annexes (dont les produits et activités de la recherche de l'ensemble du personnel; les  interactions de l’unité avec l’environnement non académique, impacts sur l’économie, la société, la culture, la santé; l’implication dans la formation par la recherche. Vous trouverez  tous les documents que nous a transmis le HCERES sur le GED en suivant le chemin : Instances et communication/ Rapport-évaluation-bilan/Evaluation HCERES2020/doc HCERES. Vous y trouverez aussi les documents relatifs aux évaluations précédentes.
Nous sollicitons dès maintenant tous les permanents pour remplir les rubriques du fichier envoyé en décembre et classer les PRODUITS de la recherche en fonction des 5 axes du projet d'unité en cours (le projet d'unité 2016-2021 présentant les axes est aussi disponible sur le GED). Merci de retourner ce document à hceres-biogeco@inra.fr le plus vite possible afin que les groupes de travail qui vont plancher sur le BILAN dès la rentrée puisse disposer de l'ensemble des travaux effectués au sein de l'unité.


Bonnes fêtes de fin d'année 2020.
Christophe

 

Jeudi 9 janvier
> Colloque final du LabEx COTE - Agora du Haut Carré Talence

Vendredi 10 janvier
> Comité de Direction élargi (séance de travail sur le Bilan 2015-2019): 10h30-16h30 - Airial

Lundi 13 janvier
> Assemblée Générale de l'UMR  9h-17h - Airial

Mardi 14 janvier
> Débat Sciences-Société sur le thème de la biodiversité 9h-17h - Airial

Lundi 20 janvier
> Conseil d'Unité  9h30-12h00 - Airial

Lundi 27 & Mardi 28 janvier
> Accueil des nouveaux arrivants respectivement à Cestas (le 27 à 14h) et Pessac (le 28 à 9h)
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Prochaines dates à retenir

> Nous avons appris en début de semaine le décès de  Christian Lexer. Les plus anciens d’entre nous se souviennent sans doute de son passage à Pierroton en 1997 et en 1999, comme doctorant dans le cadre de sa thèse à l’Université BOKU de Vienne. D’autres l’ont côtoyé à cette époque dans le laboratoire de Génétique de BOKU, qui accueillait nos propres étudiants. Christian avait contribué au développement des microsatellites chez le chêne dans le cadre d’une coopération entre l’INRA de Pierroton et l’Université BOKU. Par la suite il effectua un séjour postdoctoral à l’Université d’Indiana aux USA dans le laboratoire de Loren Rieseberg, où il accueillit d’ailleurs d’autres anciens de Pierroton. De retour en Europe, il rejoint successivement le Jardin botanique royal de Kew à Londres, puis l’Université de Fribourg en Suisse, avant de prendre la direction du Laboratoire de Systématique et d’Evolution de l’Université de Vienne. A Fribourg il avait accueilli Myriam Heuertz pour étudier la diversité génomique dans les points chauds de biodiversité en Afrique. En prenant comme modèle le peuplier, Christian s’est longtemps intéressé aux barrières interspécifiques dans les genres Populus et Salix,  à leur dynamique dans les zones hybrides, à leur maintien dans la structure du génome. Cette proximité thématique avec nos propres préoccupations chez les chênes lui a permis de maintenir des contacts fréquents avec différents membres de BIOGECO. Il venait d’ailleurs d’accueillir Thibault Leroy comme jeune chercheur dans son équipe. Nous perdons non seulement un collègue, mais un ami de longue date. Certains se souviennent de sa gentillesse et de sa courtoisie dans la vie collective du labo. Son dynamisme associé à sa discrétion ne donnait que plus de force à son argumentation, et d’empreinte à sa contribution scientifique.
Myriam et Antoine
voir ici le communiqué de l'Université de Vienne. 

> Rappel : voici l'URL qui vous permet de faire remonter des demandes de travaux du site de Pierroton via Philippe Chaumeil et Franck Salin. http://nas-pgtp.pierroton.inra.fr/osticket/upload/

> Nouveaux documents déposés dans le GED : 
- les contribution des collectifs à la 1ère version des Domaines de Recherche Prioritaires, la présentation synthétique des DRP présentée le 25 nov., ainsi que les synthèses des groupes de discussion du 25 nov. sont disponibles à document de travail de l'UMR / BIOGECO
- divers documents pour l'évaluation du HCERES disponibles à Instances et communication/ Rapport-évaluation-bilan/Evaluation HCERES2020

> Pour sa 15^ème année, l’Académie des sciences renouvelle l’initiative « Les Grandes Avancées Françaises en Biologie présentées par leurs auteurs ».  Le formulaire de candidature est consultable sur le site Internet de l'Académie des sciences à l’adresse suivante :  https://bit.ly/2R1TNpn
 

> Marta et Myriam viennent de réussir le concours DR2. Voir plus d'info sur leurs projets dans les actualités de l'UMR. Toutes nos félicitations !

> Véronique a été promue dans le corps des TR. Bravo Véro et toutes nos félicitations !

> Les 6 et 7 février, Frédéric Danjon participe à une réunion annexe de la conférence icropm2020 à Montpellier : "Phenotyping and modeling of plant anchorage and physiology"

> Le site de l'Université est depuis plusieurs mois soumis à l'ouverture par badge. Les personnes qui ne sont pas titulaires de badges peuvent appeler via l'interphone à l'entrée. Il suffit de sélectionner Biogeco et d'appeler. L'appel est relayé sur le téléphone du secrétariat en premier lieu puis sur le téléphone de Gaëlle Capdeville.

> Fin des travaux des travaux de rénovation sur le site de Cestas.

Abri vélo


Pôle de gestion, vestiaires, bureaux



Couloir derrière le secrétariat vers Artiga


Salle de réunion "pyramide" dispo sur le GRR


Nouveaux bureaux


Vestiaires femmes


Vestiaires hommes

 

>Sylvain Delzon figure dans le Classement des chercheurs les plus cités en 2019.
Chaque année Clarivate Analytics fait un classement des chercheurs et chercheuses les plus cité.e.s et publie le « Highly Cited Researchers » . Publications scientifiques, résultats, notoriété ou encore reconnaissance scientifique… C’est près de 6 000 chercheurs et chercheuses qui sont nommé.e.s dans le classement pour leur travaux dans différents champs de la science. Clarivate Analytics rappelle que cette distinction n’est pas uniquement de son fait mais n’est que le retour de la reconnaissance des pairs du chercheur.

>Changement climatique : notre forêt est-elle en danger ? Reportage d'America Lopez (journaliste de France3) sur nos recherches  (voir aussi sur youtube).

> Dans le cadre de la restitution d'Ecobiose (une déclinaison Régionale de l'IPBES) qui s'est tenue le 2 dec. à l'Hôtel de Région, Fred Revers et Hervé Jactel ont présenté les travaux sur les socio-ecosystèmes forestier et urbain. Un autre chapitre a été préparé par Didier Alard et concerne les prairies permanentes et bocages. De nombreux autres collègues de l'UMR ont participé à la rédaction de ces synthèses (Marie-Lise, Inge, Alexis, Manu, Bastien, Arndt, Michel). La vidéo est disponible ici! et le rapport sera bientôt disponible sur le site web d'Ecobiose. Cette étude montre ô combien il est urgent de poursuivre l'acquisition de connaissances sur le rôle de la biodiversité dans les services qu'elle fournit à la société. Des solutions pour faire face à son éffondrement sont déjà disponibles mais attendent des décisions politiques courageuses.

  Retrouvez ici toute l'actualité de la PGTB

Le Pilier Forêt de l’infrastructure nationale RARe  a été labellisé par le GIS Ibisa. Il est maintenant sur le chemin de la certification ISO 9001 pour la fin 2020. Pour l’UMR Olivier Lepais intervient dans le groupe processus « Caractériser – Génotypage ». les autres processus concernent l’introduction de ressources génétiques, leur conservation, leur caractérisation phénotypique et leur distribution.

Projets
Au programme de ce mois de janvier :

• La montée en puissance des projets de séquençage de marqueurs microsatellites sur diverses espèces d’écrevisses et de poissons (collaboration Julien Cucherousset de l’Université de Toulouse), de plantes de l’écosystème dunaire (projet LABEX DUNEBIODIV porté par Olivier Lepais) ou encore sur Nothofagus (collaboration Katrin Heer de l’Université de Marbourg).
• Différents projets de metabarcoding sur plusieurs poissons et coquillages (collaboration Hélène Moussard & Laure Bellec de l’UMR EPOC).
• De la Droplet Digital PCR sur matrice environnementale en collaboration avec l’UMR EPIA de Clermont-Ferrand.

 
Equipements
Un nouveau séquenceur Illumina iSeq100 a été mis en service avant Noël. Cet appareil compact et très automatisé permet de séquencer en 2x150pb (bientôt 2x250pb), et génère 4 millions de paires de lectures. Il sera principalement dédié au metabarcoding ou aux petits projets de séquençage de marqueurs microsatellites, en complément du MiSeq.
 
Qualité, hygiène et sécurité
Le 14 janvier, la PGTB aura son audit externe de qualité, dans le cadre de sa certification ISO 9001|NFX 50-900.

{ Toutes nos félicitations aux heureux parents d'Anna (Adline et Christophe) qui voient la vie en rose au sens propre comme au figuré ! }

PCM OEL:
La Direction et Inge remercient beaucoup Alexis pour son aide précieuse dans le lancement et le fonctionnement du PCM OEL en 2019. Inge reprendra seule la direction de ce collectif en 2020.

Bartholomé J, Brachi B, Marçais B, Mougou-Hamdane A, Bodénès C, Plomion C, Robin C, Desprez-Loustau ML. The genetics of exapted resistance to two exotic pathogens in pedunculate oak. New Phytol doi: 10.1111/nph.16319
Un des 7 articles de l'unité à paraître dans le cluster sur la génomique des chênes.

:Jia-hui Chen, Yuan Huang, Benjamin Brachi, Quan-zheng Yun, Wei Zhang, Wei Lu, Hong-na Li, Wen-qing Li, Xudong Sun, Guang-yan Wang, Jun He, Zhuo Zhou, Kai-yun Chen, Yun-heng Ji, Ming-ming Shi, Wen-guang Sun, Yongping Yang, Ren-gang Zhang, Richard Abbott, and Hang Sun. Genome-wide analysis of Cushion willow provides insights into alpine plant divergence in a biodiversity hotspot. Nature Communication (sous presse)
Collaboration en 2018 et 2019 avec le premier auteur, un ancien collègue de l'université de Chicago, sur une étude découlant du séquençage du génome d'un Saule nain (5cm!) poussant sur les hauts plateaux Himalayens.

Garrouj M, Alard D, Corcket E, Marchand L, Benot, M-L. The effects of management on vegetation trajectories during the early‐stage restoration of previously arable land after hay transfer. Ecology and Evolution.

Le premier article de thèse de Myriam qui présente les résultats des premières années de l'expérimentation de restauration écologique sur le site de l'Île de Raymond.

Chateigner A, Lesage-Descauses M-C, Rogier O, Jorge V, Leplé J-C, Brunaud V, Roux CP-L, Soubigou-Taconnat L, Martin-Magniette M-L, Sanchez L, Segura V (2019) To what extent gene connectivity within co-expression network matters for phenotype prediction? bioRxiv: 523365.

Burban C., Susana Rocha S., Leblois R., Rossi J-P., Sauné L., Branco M., Kerdelhué C. (sous presse) From sympatry to parapatry: a rapid change in the spatial context of incipient allochronic speciation. Evolutionary Ecology, Cette publication s'intègre dans le cadre de la thèse de Susana Rocha au Portugal, encadrée par M. Branco (Université de Lisbonne), C. Kerdehué (CBGP) et C. Burban (Biogeco)

Rossi J-P., Godefroid M., Burban C., Chartois M., Mesmin X., Farigoule P., Streito J.-P., Cruaud A., Rasplus J.-Y. (2019) Évaluer le risque associé à des agents phytopathogènes émergents transmis par des insectes : le cas de Xylella fastidiosa.  Innovations Agronomiques, 77: 87-97. (pdf)
Collaboration SPE/ EFPA - CBGP/Biogeco sur les vecteurs de Xylella

Andreas Makiola, Zacchaeus Greg, Donald J Baird, Matthew A, Sam Philip, ... Corinne Vacher,...et al. 2019. Key questions for next-generation biomonitoring. Frontiers in Environmental Science, Frontiers, In press. ⟨hal-02402296⟩ https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02402296/?

Bouffier, L., Klápště, J., Suontama, M., Dungey, H.S., and Mullin, T.J. 2019. Evaluation of forest tree breeding strategies based on partial pedigree reconstruction through simulations: Pinus pinaster and Eucalyptus nitens as case studies. Canadian Journal of Forest Research 49(12): 1504-1515.
Cet article a été rédigé dans le cadre du projet Gentree lors de la mobilité de Laurent Bouffier à l’institut de recherche SCION en Nouvelle-Zélande (novembre 2017 – juillet 2018). Il montre l’intérêt d’utiliser les marqueurs moléculaires pour simplifier l’étape de croisements contrôlés chez les arbres forestiers à partir de deux programmes d’amélioration contrastés : le pin maritime en France et l’Eucalyptus en Nouvelle-Zélande. Cette simplification est rendue possible par la reconstitution a posteriori des relations d’apparentement en utilisant un nombre limité de marqueurs.
 
 

> Colloque final du LabEx COTE sera organisé le jeudi 9 janvier 2020, à l'Agora du Haut Carré sur le campus de Talence.
Ce colloque a pour objectifs de restituer l'ensemble des actions et projets portés par le LabEx COTE depuis sa création et de discuter autour du projet scientifique du futur grand programme ce qui permettra l'interaction et la transition entre les deux phases.

INRAE

> Du 16 au 18 mars 2020 : séminaire du nouveau département ECO-FA ouvert à tous les scientifiques (IE IR CR DR EC).

> Création de l'INRAE
- Retrouvez ici les informations sur 80 mots clés liés à INRAE. Nous souhaitons porter à votre attention les nouveaux cycles de travail qui vont être automatiquement imputés au 1er janvier 2020 :

• 30 jours de congés annuels pour un cycle de travail de 36 heures par semaine (temps complet sur 5 jours).
• 30 jours de congés + 15 jours de RTT annuels pour un cycle de travail de 38h40 par semaine (temps complet sur 5 jours).

Les personnes qui souhaiteraient changer de cycle de travail au 1er janvier 2020 doivent se manifester auprès de Véronique.

De plus amples informations sur les congés des agents INRAE (solidarité, fractionnement, CET) sont disponibles dans le Point d’Info RH du mois de mai 2019

- Retrouvez l'ensemble des informations importantes relatives au débat participatif (le cadre, les objectifs, le calendrier en détails), dans un message vidéo de Philippe Mauguin, futur Président directeur-général d'INRAE ici. Vous avez jusque mi-février pour apporter votre pierre à l'édifice.

Le programme des séances InfodocExpress du mois de janvier 2020 est disponible ici.

> Tout le personnel a reçu un message de Philippe Mauguin et Marc Michel nous annonçant le lancement de la plateforme en ligne (inrae2030.fr) qui servira à nourrir le plan stratégique INRAE 2030. Le format des débats est libre. Il peut s’agir d’un groupe de collègues, d’une équipe ou d’une unité, souhaitant formuler un avis sur l’un des thèmes proposés. La seule contrainte est de publier un compte rendu sur la plateforme et ce avant le 14 février 2020. De nombreuses contributions (consultables) ont déjà été postées.
Si vous êtes partant pour animer.participer à un groupe de discussion au sein de l'UMR (créneau de 1h30 de discussion suivi de 30' de rédaction) merci de vous faire connaître auprès de Sandrine pour l'organisation entre les 3 et 13 février.  L’idée serait de mener une réflexion (en petits groupes) sur quelques thèmes (parmi les 10 proposés)... par exemple : L’Europe et l’international / L’innovation et la science ouverte / Nos réponses liées à la gestion des ressources.

UB

> La Journée du Département des Sciences de l’Environnement se déroulera le Jeudi 7 mai 2020 à l’Agora du Haut Carré (Bât C4, Campus de Talence). Suite à la restructuration de la Recherche qui a eu lieu en 2019 au sein de l’Université de Bordeaux, cette journée a pour but de permettre aux membres de la communauté de se rencontrer et de mieux se connaître. Programme de la journée à venir.

> Le mandat de F Garabetian se termine fin 2021: Compte tenu du calendrier de préparation de la future contractualisation 2022 – 2026, il convient d’identifier la future directrice ou le futur directeur lors du conseil de l’ED, le 28 février 2020. Il ou elle prendrait ses fonctions à compter du 1er Janvier 2022 mais cela permettra d’interagir pour préparer le bilan et le projet à soumettre à l’HCERES en septembre 2020.

Les personnes intéressées sont donc invitées à faire part de leur candidature à l’ED (edoc.se@u-bordeaux.fr) avant 21.02.2020.

> L’Université de Bordeaux a souhaité honorer les docteurs et par là, leurs encadrants, ayant soutenu leur thèse en 2019 au cours d’une cérémonie qui leur soit entièrement dédiée. Cet évènement se tiendra le samedi 11 janvier 2020 à 17h au Pin Galant à Mérignac, en présence des familles et des proches des docteurs. La cérémonie sera animée par Mathieu Vidard, journaliste scientifique et producteur de l'émission La Terre au carré sur France Inter. Inscription via votre espace personnel ADUM, rubrique « A faire »,  Inscription cérémonie des docteurs 2019.

Retrouvez ici le communiqué de presse d'un atelier international dont SPONFOREST a été co-cordinateur.
 

> The international scientific conference "Genetics to the rescue: managing forests sustainably in a changing world" is for scientists in the fields of evolutionary biology, genomics, functional ecology, conservation genetics and political sciences interested in forests as model organisms and in applying results of these fields to the global challenge of sustainable forest management. 
The conference will take place at the University of Avignon, at its beautiful downtown Hannah Arendt campus, January 28 and 29, 2020. A stakeholder events (January 30) and a training session (January 30) will follow immediately, in parallel. A Wikipedia editing training session will be held Friday January 31, in the morning.  Registration ends January 10, 2020. See: https://colloque.inra.fr/confgentree2020/

L'association DECODER souhaite faciliter l'accès à la recherche au grand public via la vulgarisation d'articles scientifiques. Le principe est simple, un.e chercheur.se co-auteur.e d'un article scientifique publié propose une version raccourcie de son article à une classe de collège/lycée qui joue le rôle de reviewers pour le rendre compréhensible du grand public. La version finale est éditée et publiée sur le site (téléchargeable et diffusable gratuitement sous licence CC (téléchargeable et diffusable sans modification)).