Lettre de BIOGECO                      N° 95 Avril 2019
Edito

Bonjour à tous,

Je commencerais cet édito par vous signaler les journées des doctorants du département "Sciences et Environnement" de l'Université de Bordeaux. Elles se dérouleront les 24 et 25 Avril sur le site universitaire. Tout le personnel est invité à venir prendre connaissance des recherches menées dans les différentes unités de ce nouveau département.

Quoi de neuf en ce début de printemps ?
-Une nouvelle étape de franchie vers la rénovation des bâtiments "pagode-pyramide", avec la sélection des entreprises par le Centre. Le début des travaux est imminent et Philippe toujours à la manœuvre pour piloter ce dossier.
-L'ouverture d'un nouveau gestionnaire de documents (GED) permettant de partager des documents de travail et d'en archiver d'autres de façon sécurisée. A titre d'exemple le pôle de compétences métiers OEL y a déjà poster des informations dont la liste des demandes d'intervention reçues à ce jour. Vous y trouverez également une mises à jour de l'organigramme, les compte-rendus des instances de l'unité, et bien d'autres documents...Un grand merci à François, Adline et Sandrine pour la mise à flot de ce gestionnaire électronique.
-Une animation scientifique et technique qui a maintenant pris son rythme de croisière avec quatre animateurs (Myriam, Raph, Fred et JC) très efficaces pour maintenir le cap.

Je terminerais en vous annonçant une excellente nouvelle avec l'arrivée d'Alice Rivière au pôle de gestion de l'UMR (site de Pessac). Alice travaillait au département "Sciences et Techniques"  et a souhaité effectuer une mobilité à la suite de la restructuration des départements de recherche de  l'Université. Cette arrivée en avril garantit un tuilage efficace avec Sylvia jusqu'à la fin de l'année. Bienvenue à bord Alice!

Que ce vocabulaire de la marine qui a jalonné cet édito vous donne envie de vous joindre à l'activité sociale présenté à la fin de cette lettre.
Bonne pêche.

Christophe

 
Sommaire
 

La photo du mois  :

Peinture de Chênaie tirée de l’article passionnant de Jean Pinon sur les peintres russes : forêts, arbres et arbuste (Rev For Fr 2018)
1er Avril CU 9h30-11h30 Pierroton  
8 Avril CoDir 9h30-11h30 Pessac  
11 Avril CoGes 9h30-11h30 Pierroton  
         
         

*Après un mois d'absence Marie Demeillez est de retour (CDD de 12 mois) pour renforcer le pôle de gestion sur le site de Cestas.

*Arrivée d'une nouvelle gestionnaire d'unité: Alice Rivière (Université de Bordeaux). Nous lui souhaitons bienvenue au sein de l'Unité.

*Marion Walbott revient séjourner à Biogeco pour 1 an à partir du 1er avril pour travailler sur le projet SEEFOREST (projet LabEx, Vallée du Ciron). Son travail consistera à constituer une base de données sur l'ensemble des parcelles forestières bordant le Ciron afin d'y renseigner un ensemble de variables à la fois d'ordre socio-économiques (types de propriétaires forestiers, etc.) et écologiques (type de boisement, type de sol, etc.) en allant valider une partie des informations sur le terrain. Elle interagira avec le CRPF et le Syndicat Mixte d'Aménagement du Bassin Versant du Ciron pour renseigner une partie des variables et réalisera aussi un travail en SIG.
*Utilisation des véhicules de Services et Personnels : les consignes sont rappelées dans le courriel de Véronique  daté du 13.03.2019.

*Missions à l'étranger: le circuit de demande d’autorisation de mission à l’étranger est simplifié, voir ici. Il n’est plus nécessaire de passer par l’adresse « ba-om-etranger ». L’approbation se fera directement dans l’outil de demande dématérialisé.

* Des travaux à venir sur Pierroton :

-Des travaux (peinture des boiseries extérieures et capotage en zinc des abouts de charpente) dont nous connaitrons l’ampleur exacte dans les prochaines semaines via le service travaux du Centre, vont être engagés en 2019 sur les bâtiments pagode & pyramide afin de garantir la pérennité du bâti.
-Suite à l'attribution des LOTS pour la rénovation dans les bâtiments pagode & pyramide, les travaux débuterons dans les jours/semaines à venir. Des instructions vous seront données pour la circulation dans les bâtiments.

 
Sous la houlette de Jean-Marc, Sylvain et Antoine, les résultats de 15 années de recherches sur l'adaptation des arbres (volet pyrénéen) ont été présentés et débattus le lundi 25 mars à la Maison du Parc National de Luz Saint-Sauveur, en présence de gestionnaires d'espaces naturels.

Les 11 et 12 mars Alexis, Didier, Benjamin B et D, Grégoire et Christophe se sont rendus à Nancy pour la réunion annuelle du projet ANR H2oak. Ils en ont profité pour récolter des échantillons à Sillégny afin d'étudier la variabilité des marques épigénétiques entre 20 provenances de chênes sessiles.

Les deux profils IE (Etiologie des maladies forestières émergentes) et CR (Restauration écologique) soumis au département EFPA mi-février ont été présentés lors du conseil scientifique du département le 26 Mars par Cyril, Manu et Christophe...à suivre le classement des profils sans précision de date.

Arthur Demené et Agathe Hurel ont participé au concours « Ma thèse en 180 secondes ». Arthur est arrivé en demi-finale et Agathe en finale de l’Université de Bordeaux. Bravo à nos deux représentants!

Audrey Bourdin, une étudient de M2 qui est en stage avec moi est partie à la Misión Biológica de Galicia à Pontevedra (CSIC, Espagne) du 18 au 29 Mars en collaboration avec Xoaquín Moreira pour quantifier les composés phénoliques dans les feuilles de chêne.

- Quelles améliorations génétiques pour les forêts de demain? Le projet B4est mentionné dans Forestopics.

-Vallée du Ciron (33) : visite au coeur de 40 000 ans de biodiversité, dans le journal Sud-Ouest.
  Retrouvez ici toute l'actualité de la PGTB
Au programme de ce mois d’avril :
  • De la droplet digital PCR dans le cadre du projet ENCRE « Mise au point d’une méthode sensible de détection des agents de l’encre à partir d’échantillons de sols », en collaboration avec Cécile Robin et Marylise Marchand.
  • Du séquençage long-reads sur le teck, espèce très récalcitrante d’après les premiers tests, en collaboration avec Jean-Marc Gion.
  • Du metabarcoding long-reads dans le cadre du projet SAMFIX « SAving Mediterranean Forests from Invasions of Xylosandrus beetles and associated pathogenic fungi », en collaboration avec Cécile Robin.
  • Du séquençage bisulfite (methyl-seq) pour étudier les profils de méthylation chez le chêne. Ce travail est réalisé dans le cadre du projet METDRY (collaboration Grégoire Le Provost), qui s’intéresse à l’identification de régions génomiques impliquées dans la préférence écologique chez les chênes blancs européens par une approche multi-omic (RNA-seq, miRNA-seq, methyl-seq).
PCM OEL
Dans les 2,5 mois de son existence le PCM OEL a déjà reçu 25 demandes d’intervention de 5 équipes différentes. Ces demandes sont visibles sur le GED, rubrique OEL/Terrain. Le pôle a également organisé du 20 au 22 mars une formation de 3 jours de tronçonnage a Pierroton, à laquelle quatre membres du pôle ont participé.

Benjamin, Yannick et Jean-Marc avec le formateur pendant la formation tronçonnage.

Le pole OEL recevra la visite d’Éric Roy, Assistant ingénieur de l’unité de recherche Prairies et Plantes Fourragères (URP3F) les 4 et 5 avril. Éric est spécialisé dans l’analyse d’image et plus particulièrement en photogrammétrie numérique. Il propose de faire une démonstration de reconstruction 3D de prise d’images faites par drone. Il effectuera donc un survol de drone pour la prise d’images et nous fera une présentation orale. Compte tenu des impératifs d’une météo clémente et adaptée pour permettre le vol, sa visite et les détails de l'organisation sera confirmée dans les prochains jours.
 
Animations Biogeco
Vendredi 5 avril, 9h30 - 10h30 à Pierroton, Airial
  • Josep Maria Espelta (CREAF, Universitat Autònoma de Barcelona) - Recently established forests: Addressing land use history effects on community assembly and resilience to climate change
  • Didier Bert - Projet SPONFOREST à Biogeco : étude dendrochronologique sur des bosquets de chênes autour de Pierroton
Vendredi 12 avril, 9h30 - 10h30 à Pessac, salle du rdc du bâtiment B2
  • Mara Benito-Garzón - The importance of local adaptation and phenotypic plasticity to understand populations’ sensitivity to climate change across species ranges

Les journées des doctorants de l'école doctorale 304, organisées par l'association TerraDOC, se dérouleront cette année du 24-25 Avril 2019 à l'Espace Agora Domaine du Haut-Carré. Ces journées sont l'occasion de faire vivre notre école doctorale et de réunir les acteurs des différentes disciplines qui la compose (Ecologie évolutive fonctionnelle et des communautés, Physique de l'environnement, Anthropologie biologique, Epistémiologie et histoire des Sciences, Préhistoire, Biogéochimie et Ecosystèmes, Géochimie et Ecotoxicologie, Sédimentologie marine et Paléoclimat). Cette année nous souhaitons faire de ces journées un évènement particulier, en accueillant les 250 chercheurs, enseignants–chercheurs, ingénieurs et techniciens des unités de recherche au sein desquelles nous effectuons nos thèses. L'objectif de ce colloque est de faire valoir l'interdisciplinarité de notre communauté à travers la mise en avant de thématiques communes à nos différentes disciplines. Comme chaque année, l'unité participera financièrement à cet évènement.
Lancement en avril 2019 du projet Chic Botanique, soutenu par l'appel à projets Arts et Sciences de l'Université de Bordeaux (organisateur du Festival Facts)

« Dans Chic botanique, le binôme Kenza Afsahi (sociologue du cannabis au Centre Émile Durkheim) et Thierry Poquet (metteur en scène), en synergie avec Sophie Gerber (biologiste et philosophe des végétaux à Biogeco) et leurs collaborateurs, invite à un voyage onirique et scientifique en immersion avec des végétaux. Performance spectaculaire et médiation interactive entre publics, étudiants, scientifiques et artistes, Chic botanique invite à appréhender les plantes en les sortant de leur transparence : de quelles intelligences ces êtres vivants sont-ils dotés ? »
Qualité
Une nouvelle interface de gestion des documents de l'unité, utilisant l'outil de collaboration Sharepoint, est maintenant disponible en remplacement de l'ancien système GDO. Cette interface est accessible à cette adresse : https://sites.inra.fr/site/GED-Biogeco
Elle a pour vocation de centraliser des documents diffusables et de les rendre accessible par téléchargement. Merci à toutes et tous d'utiliser exclusivement cette nouvelle interface pour consulter ou déposer des documents (L'ancien système GDO reste cependant toujours accessible tant que la migration vers GED n'est pas complètement finalisée).

La connexion à la GED se fait via les identifiants LDAP. Vous devez tous y avoir accès, au minimum en consultation. N'hésitez pas contacter Adline Delcamp adline.delcamp@inra.fr ou François Ehrenmann francois.ehrenmann@inra.fr si vous constatez des problèmes d'accès ou si vous avez besoin de droits particuliers sur des emplacements.
Cécile Bâcles qui a été accueillie à Biogeco jusqu'en Décembre 2018 sur sa mission d'accompagnement d'ECOBIOSE, comité scientifique régional sur la biodiversité, a rejoint le service de montage et suivi de projet de l'Université de Bordeaux le 1er Mars. Cécile tient à remercier chaleureusement Biogeco pour son accueil et vous invite à la contacter pour de plus amples informations sur les services d'appui au montage de projets Européens et Internationaux proposés par l'Université de Bordeaux.
Goncalves AL, García M V., Heuertz M, González-Martínez SC (2019) Demographic history and spatial genetic structure in a remnant population of the subtropical tree Anadenanthera colubrina var. cebil (Griseb.) Altschul (Fabaceae). Annals of Forest Science, 76, 18.
Cet article est issu de la thèse d'Alejandra Concalves dirigée par María García à l'Université Nationale de Misiones, Argentine, suite à un séjour effectué à Biogeco sous la direction de Santiago González-Martínez et Myriam Heuertz.

Vargas OM, Heuertz M, Smith SA, Dick CW (2019) Target sequence capture in the Brazil nut family (Lecythidaceae): Marker selection and in silico capture from genome skimming data. Molecular Phylogenetics and Evolution, 135: 98–104.
Dans cet article, Myriam Heuertz a collaboré avec l'équipe de Christopher Dick de l'Université du Michigan pour développer un jeu de marqueurs de capture de séquences pour la famille des Lécythidacées. Ce travail a été financé en partie à travers le projet COLLEVOL financé par le labex CEBA. 
 
T Leroy, JM Louvet, C Lalanne, G Le Provost, K Labadie, JM Aury, S Delzon, C Plomion, A Kremer (2019). Adaptive introgression as a driver of local adaptation to climate in European white oaks. bioRxiv, 584847
Les résultats de cette étude menée dans le cadre du post-doc de Thibault Leroy suggèrent un mécanisme d'introgression du chêne pédonculé dans l'adaptation de populations de chênes sessiles en altitude et latitude septentrionale.
Rappel :

Trois appels à projets  différents pour soutenir les plateformes d'analyse, d'expérimentation et d'observation des unités partenaires du LabEx COTE.

  1. AAP "Plateforme d'analyse"
  2. AAP "Plateforme d'expérimentation"
  3. AAP "Plateforme d'observation"

Les candidatures sont évaluées au fil de l'eau.
Ouverture des mobilités "Métiers d'avenir" : candidatures ouvertes jusqu'au 3 mai 2019. Le dispositif de mobilité « Métiers d’Avenir » est une offre de mobilité réservée aux agents Inra, qu’ils soient ingénieur(e)s, technicien(ne)s ou chercheur(e)s, souhaitant se réorienter, évoluer vers de nouvelles activités et prêts à s’investir dans une démarche d’acquisition de nouvelles compétences.

Les contours du nouveau département d'écologie du nouvel Institut ont été présentés par Catherine Bastien le 18 mars lors d'une réunion conjointe des DU de l'INRA et de l'IRSTEA. Ce sont 4 unités de l'IRSTEA, représentant 70 permanents,  qui rejoignent pour tout ou partie le département EFPA pour former le département "fonctionnement dynamique et gestion des écosystèmes faiblement anthopisés", à savoir : Efno; Lessem; Ecodiv et Recover. A venir (i) à l'automne 2019, deux séminaires d'aculturation scientifique (7-11 oct.) et technique  (23-27 sept.); (ii) en 2020 un séminaire fondateur pour préparer le nouveau schéma stratégique de département.

Retrouver les Webinars de présentation des nouvelles directions du futur institut INRA-IRSTEA " Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement".

Les demandes de « Bourses de Congrès pour Doctorants » sont disponibles auprès du Département de Recherche des Sciences de l'Environnement de l'Université de Bordeaux. Les demandes sont à adresser à Jérôme Joubès (jerome.joubes@u-bordeaux.fr) et Magalie Baudrimont (magalie.baudrimont@u-bordeaux.fr) avant le 1er mai.

L'Université de Bordeaux recherche dans le cadre du Prix de thèse 2019 du 27 juin 2019, des professeurs étrangers, invités, ou de chaire pour constituer le jury. Vous pouvez vous faire connaitre jusqu'au 16 avril.
 

Pour information, le CNRS et l'Université de Bordeaux organisent un atelier ERC (inscription obligatoire) le 11 Avril 2019 à l'IECB (campus de Pessac).

Le Colloque AFORCE 2019 « Forêt et changement climatique : accompagner la décision d’adaptation » se tiendra les 2 et 3 avril 2019 à Montpellier. Programme définitif ici.

Vous pouvez télécharger la dernière édition des Échos d’Ecofor ici. Nous accueillons sa rédactrice en chef, Cécile Nivet, depuis quelques mois sur le site de Cestas.

Le groupe Sciences en questions a le plaisir de vous inviter à sa prochaine conférence qui se tiendra les 21 et 24 mai prochains : Quentin Hiernaux : Le comportement végétal et les controverses sur l'intelligence des plantes

L’appel d'offres “Manifestations scientifiques” du Département de Recherche des Sciences de l'Environnement de l'Université de Bordeaux, est ouvert jusqu'au 1er mai 2019. Le formulaire de candidature est téléchargeable ici.

Rappel : La Fondation L'Oréal, en partenariat avec l'UNESCO et l'Académie des Sciences a lancé l'appel à candidature de l'édition 2019 des Bourses France L'Oréal-UNESCO Pour les Femmes et la Science.  Date limite de dépôt des dossiers de candidature : dimanche 14 avril 2019.
A l'occasion de l'ouverture de la pêche, l'étang de Pierroton a repris du service. Des poissons ont été déversés en grand nombre par l'amical des pêcheurs de Cestas. Les taquineurs de goujon sont attendus à l'aube du 1er avril avec canne et moulinet. Venez nombreux...
Twitter Biogeco
Internet Biogeco